PDB-5dpo: The crystal structure of uncharacterized protein (LPG2149) from L...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5dpo

タイトル

The crystal structure of uncharacterized protein (LPG2149) from Legionella pneumophila

要素

Uncharacterized protein

キーワード

UNKNOWN FUNCTION / LPG2149 protein

機能・相同性

:

機能・相同性情報

生物種

Legionella pneumophila str. Paris (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

多波長異常分散 / 解像度: 1.644 Å

データ登録者

Nocek, B. / Cuff, M. / Evdokimova, E. / Joachimiak, A. / Savchenko, A.

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: The crystal structure of uncharacterized protein (LPG2149) from Legionella pneumophila
著者: Nocek, B. / Cuff, M. / Evdokimova, E. / Joachimiak, A. / Savchenko, A.

履歴

登録	2015年9月13日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2015年11月25日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5dpo.cif.gz	58.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5dpo.ent.gz	45.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5dpo.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dp/5dpo ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dp/5dpo	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	1wud-d 5t7m-2 5lt9-1 5t65-2 2qsj-d 3aos-2 2qv0-2 4hy5-d 2i89-5 3aj4-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Uncharacterized protein

14.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Uncharacterized protein

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
28.4 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	35.679, 35.679, 178.745
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	96
Space group name H-M	P4₃2₁2

#1: タンパク質	Uncharacterized protein 分子量: 14210.443 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Legionella pneumophila str. Paris (バクテリア) 株: Paris / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: G8UX47
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 182 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.04 Å³/Da / 溶媒含有率: 39.56 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: 0.2M Ca Acetate hydrate, 20%PEG3350, 2%Sucrose / Temp details: 21

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.9794 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2012年7月20日
放射	モノクロメーター: double crystal / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9794 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.64→35 Å / Num. obs: 15047 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 7.2 % / R_merge(I) obs: 0.054 / Net I/σ(I): 29.2
反射シェル	解像度: 1.64→1.67 Å / R_merge(I) obs: 0.522 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / % possible all: 98.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	dev_1888	精密化
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング
HKL-3000		位相決定

精密化

構造決定の手法:

多波長異常分散 / 解像度: 1.644→34.989 Å / SU ML: 0.18 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0.1 / 位相誤差: 21.11 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2074	1387	5.2 %	Random selection
R_work	0.1761	-	-	-
obs	0.1778	26675	99.36 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.644→34.989 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	863	0	0	182	1045

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.004	902
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.755	1217
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.183	362
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.029	137
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.003	155

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.6437-1.7024	0.2958	141	0.2494	2495	X-RAY DIFFRACTION	97
1.7024-1.7706	0.2822	138	0.2168	2504	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7706-1.8511	0.236	123	0.1969	2568	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8511-1.9487	0.2302	118	0.2077	2551	X-RAY DIFFRACTION	99
1.9487-2.0708	0.2361	122	0.1807	2545	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0708-2.2307	0.2163	148	0.1765	2548	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2307-2.4551	0.2008	174	0.1697	2474	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4551-2.8102	0.2155	147	0.1699	2542	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8102-3.54	0.1884	126	0.1583	2563	X-RAY DIFFRACTION	100
3.54-34.9967	0.1702	150	0.1604	2498	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	4.0712	2.3468	-1.0966	3.713	-0.8576	1.748	-0.1762	-0.045	0.351	-0.4026	-0.0219	0.1193	-0.1932	0.0219	0.1188	0.1809	0.0074	-0.0255	0.1622	0.013	0.0927	14.9894	13.3712	50.5476
2	2.0848	-0.302	0.0013	1.1788	-0.4705	0.834	-0.0037	-0.002	-0.3009	-0.0718	-0.0228	0.1213	0.0401	0.0125	0.0137	0.0773	0.0017	0.0028	0.105	-0.0111	0.1166	11.9092	0.1435	60.3484
3	1.0499	0.4672	0.2164	1.5836	-2.1418	3.6718	-0.1931	-0.2992	0.077	-0.1501	0.1624	0.1898	0.0658	-0.1118	-0.2989	0.2788	0.0044	0.1063	0.1796	-0.0107	0.1824	23.8881	4.7043	43.9446
4	0.9634	-0.3786	0.1962	2.4941	-0.536	0.8682	-0.0278	0.0315	0.0087	0.0366	-0.0467	0.0271	0.0171	-0.1034	0.0494	0.103	-0.0006	-0.0066	0.0587	0.0024	0.0653	24.2259	24.2069	28.2859

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 11 through 38 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 39 through 77 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 78 through 91 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 92 through 114 )

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