PDB-5dok: Crystal structure of Tetrahymena p45C

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5dok

タイトル

Crystal structure of Tetrahymena p45C

要素

Telomerase associated protein p45

キーワード

DNA BINDING PROTEIN / telomerase / WH motif / Tetrahymena

機能・相同性

telomerase holoenzyme complex / telomere maintenance via telomerase / chromosome, telomeric region / metal ion binding / Telomerase-associated protein of 45 kDa

機能・相同性情報

生物種

Tetrahymena thermophila (真核生物)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 2.3 Å

データ登録者

Wan, B. / Tang, T. / Wu, J. / Lei, M.

引用

ジャーナル: Nat.Struct.Mol.Biol. / 年: 2015
タイトル: The Tetrahymena telomerase p75-p45-p19 subcomplex is a unique CST complex
著者: Wan, B. / Tang, T. / Upton, H. / Shuai, J. / Zhou, Y. / Li, S. / Chen, J. / Brunzelle, J.S. / Zeng, Z. / Collins, K. / Wu, J. / Lei, M.

履歴

登録	2015年9月11日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2015年11月25日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2015年12月23日	Group: Database references
改定 1.2	2024年3月20日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_oper_list Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5dok.cif.gz	155 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5dok.ent.gz	121.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5dok.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5dok_validation.pdf.gz	439.1 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5dok_full_validation.pdf.gz	440.7 KB	表示
XML形式データ	5dok_validation.xml.gz	14.2 KB	表示
CIF形式データ	5dok_validation.cif.gz	19.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/do/5dok ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/do/5dok	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5dofC 5doiC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6vee-d 6emp-d 3jrr-2 4uf2-d 1tft-d 1zu2-d 3tf7-3 5zva-1 5mlf-3 5mlf-7 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#227 - 2018年11月テロメラーゼ (Telomerase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Telomerase associated protein p45

B: Telomerase associated protein p45

ヘテロ分子

48 kDa, 2 ポリマー
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1

A: Telomerase associated protein p45

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
24 kDa, 1 ポリマー
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2

B: Telomerase associated protein p45

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
24 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

A: Telomerase associated protein p45

B: Telomerase associated protein p45

ヘテロ分子

A: Telomerase associated protein p45

B: Telomerase associated protein p45

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
96.1 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	75.999, 89.051, 75.888
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 108.640, 90.000
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-519- HOH
2	1	B-516- HOH

#1: タンパク質	Telomerase associated protein p45 / p45 分子量: 23988.246 Da / 分子数: 2 / 断片: WH motif, UNP residues 170-373 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Tetrahymena thermophila (真核生物) 遺伝子: TAP45 / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q6JXI5
#2: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 66 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.54 Å³/Da / 溶媒含有率: 51.5 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 0.08 M Magnesium acetate tetrahydrate, 0.05 M Sodium cacodylate trihydrate pH 6.5, 15% v/v PEG 400

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SSRF

/ ビームライン: BL17U / 波長: 1 Å

検出器

タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2015年5月15日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.3→50 Å / Num. obs: 20444 / % possible obs: 95.6 % / 冗長度: 5.3 % / B_iso Wilson estimate: 32.19 Å² / R_merge(I) obs: 0.127 / R_pim(I) all: 0.059 / R_rim(I) all: 0.14 / Χ²: 1.493 / Net I/av σ(I): 22.196 / Net I/σ(I): 7.3 / Num. measured all: 107423

反射シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique all	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Χ²	% possible all
2.3-2.38	5.5	0.734	2124	0.899	0.334	0.808	0.557	98.2
2.38-2.48	5.5	0.516	2065	0.925	0.235	0.568	0.578	98.6
2.48-2.59	5.4	0.385	2089	0.939	0.178	0.425	0.69	98.5
2.59-2.73	5.1	0.283	2098	0.958	0.135	0.315	0.836	98
2.73-2.9	5.1	0.206	2071	0.979	0.097	0.228	1.073	97.9
2.9-3.12	5.6	0.166	2114	0.987	0.075	0.183	1.322	99.1
3.12-3.44	5.5	0.125	2141	0.989	0.058	0.138	1.936	99
3.44-3.93	4.7	0.102	1548	0.989	0.05	0.115	2.593	73.3
3.93-4.95	4.9	0.074	2074	0.995	0.036	0.083	3.133	96.1
4.95-50	5	0.066	2120	0.996	0.031	0.074	2.865	96.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
SCALEPACK		データスケーリング
PHENIX	1.9_1692	精密化
PDB_EXTRACT	3.15	データ抽出
Coot		モデル構築
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 2.3→35.953 Å / SU ML: 0.34 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.38 / 位相誤差: 29.18 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.276	1056	5.17 %	0
R_work	0.2228	19357	-	-
obs	0.2256	20413	95.51 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 91.08 Å² / B_iso mean: 38.8249 Å² / B_iso min: 15.53 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.3→35.953 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2816	0	2	66	2884
B_iso mean	-	-	39.98	41.22	-
残基数	-	-	-	-	339

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.009	2864
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.291	3854
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.078	435
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	477
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	18.736	1088

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 8

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
2.3001-2.4048	0.3418	137	0.2455	2484	2621	98
2.4048-2.5316	0.2917	111	0.2386	2510	2621	98
2.5316-2.6901	0.2833	114	0.2296	2507	2621	99
2.6901-2.8977	0.3012	131	0.219	2439	2570	98
2.8977-3.1892	0.2948	156	0.237	2481	2637	99
3.1892-3.6503	0.2894	127	0.2393	2356	2483	93
3.6503-4.5975	0.2385	130	0.2007	2087	2217	89
4.5975-35.9574	0.2652	150	0.2138	2493	2643	97

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.1242	-0.3529	-0.2354	0.5463	0.1079	0.6361	-0.0072	-0.0589	-0.0356	0.0427	0.0316	-0.081	-0.0304	0.1057	-0	0.2401	-0.014	-0.0136	0.2148	-0.0001	0.2611	-4.163	-4.4695	75.4018
2	1.3132	-0.039	-0.2083	0.7368	-0.1824	0.8995	-0.0015	0.2663	-0.1803	-0.0403	-0.0132	0.0453	0.003	0.0085	0	0.2696	0.0126	0.0034	0.2846	-0.0423	0.2414	-21.2927	-10.5861	51.742
3	7.2634	-1.1989	-3.937	5.4644	-2.9513	5.945	-0.1343	0.0371	0.0084	0.1443	0.1048	-0.089	0.0625	-0.0466	0	0.3302	0.0345	0.0964	0.0773	0.0902	0.406	-14.1305	-7.4835	64.72
4	0.1791	-0.1438	0.2053	0.0842	-0.1575	0.2174	-0.0406	0.1896	0.0509	-0.03	0.0495	-0.0007	0.0078	0.1162	0.0077	0.2021	0.0217	0.0498	0.1932	0.0402	0.1996	-14.4024	-4.7223	57.8784

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	CHAIN A AND RESID 177:367	A	177 - 367
2	X-RAY DIFFRACTION	2	CHAIN B AND RESID 178:366	B	178 - 366
3	X-RAY DIFFRACTION	3	( CHAIN A AND RESID 401:401 ) OR ( CHAIN B AND RESID 401:401 )	A	401
4	X-RAY DIFFRACTION	3	( CHAIN A AND RESID 401:401 ) OR ( CHAIN B AND RESID 401:401 )	B	401
5	X-RAY DIFFRACTION	4	( CHAIN A AND RESID 501:525 ) OR ( CHAIN B AND RESID 501:541 )	A	501 - 525
6	X-RAY DIFFRACTION	4	( CHAIN A AND RESID 501:525 ) OR ( CHAIN B AND RESID 501:541 )	B	501 - 541

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関連情報:EMDBヘッダ

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