+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 5dok | ||||||
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Title | Crystal structure of Tetrahymena p45C | ||||||
Components | Telomerase associated protein p45 | ||||||
Keywords | DNA BINDING PROTEIN / telomerase / WH motif / Tetrahymena | ||||||
Function / homology | telomerase holoenzyme complex / telomere maintenance via telomerase / chromosome, telomeric region / metal ion binding / Telomerase-associated protein of 45 kDa Function and homology information | ||||||
Biological species | Tetrahymena thermophila (eukaryote) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / SAD / Resolution: 2.3 Å | ||||||
Authors | Wan, B. / Tang, T. / Wu, J. / Lei, M. | ||||||
Citation | Journal: Nat.Struct.Mol.Biol. / Year: 2015 Title: The Tetrahymena telomerase p75-p45-p19 subcomplex is a unique CST complex Authors: Wan, B. / Tang, T. / Upton, H. / Shuai, J. / Zhou, Y. / Li, S. / Chen, J. / Brunzelle, J.S. / Zeng, Z. / Collins, K. / Wu, J. / Lei, M. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 5dok.cif.gz | 155 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb5dok.ent.gz | 121.8 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 5dok.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 5dok_validation.pdf.gz | 439.1 KB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 5dok_full_validation.pdf.gz | 440.7 KB | Display | |
Data in XML | 5dok_validation.xml.gz | 14.2 KB | Display | |
Data in CIF | 5dok_validation.cif.gz | 19.1 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/do/5dok ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/do/5dok | HTTPS FTP |
-Related structure data
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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2 |
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3 |
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Unit cell |
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Components on special symmetry positions |
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-Components
#1: Protein | Mass: 23988.246 Da / Num. of mol.: 2 / Fragment: WH motif, UNP residues 170-373 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Tetrahymena thermophila (eukaryote) / Gene: TAP45 / Plasmid: pET28a / Production host: Escherichia coli BL21(DE3) (bacteria) / Strain (production host): BL21(DE3) / References: UniProt: Q6JXI5 #2: Chemical | #3: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.54 Å3/Da / Density % sol: 51.5 % |
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Crystal grow | Temperature: 277 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 6.5 Details: 0.08 M Magnesium acetate tetrahydrate, 0.05 M Sodium cacodylate trihydrate pH 6.5, 15% v/v PEG 400 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: SSRF / Beamline: BL17U / Wavelength: 1 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: MAR CCD 165 mm / Detector: CCD / Date: May 15, 2015 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 1 Å / Relative weight: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 2.3→50 Å / Num. obs: 20444 / % possible obs: 95.6 % / Redundancy: 5.3 % / Biso Wilson estimate: 32.19 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.127 / Rpim(I) all: 0.059 / Rrim(I) all: 0.14 / Χ2: 1.493 / Net I/av σ(I): 22.196 / Net I/σ(I): 7.3 / Num. measured all: 107423 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1 / Rejects: _
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: SAD / Resolution: 2.3→35.953 Å / SU ML: 0.34 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.38 / Phase error: 29.18 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 91.08 Å2 / Biso mean: 38.8249 Å2 / Biso min: 15.53 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 2.3→35.953 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 8
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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