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- PDB-5do6: Crystal structure of Dendroaspis polylepis venom mambalgin-1 T23A... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5do6
タイトルCrystal structure of Dendroaspis polylepis venom mambalgin-1 T23A mutant
要素Mambalgin-1
キーワードTOXIN / Acid Sensing Ion Channels / Pain suppression Drug / Elapid Venom polypeptide
機能・相同性
機能・相同性情報


ion channel regulator activity / toxin activity / extracellular region
類似検索 - 分子機能
: / Snake toxin cobra-type / Snake three-finger toxin / CD59 / CD59 / Snake toxin-like superfamily / Ribbon / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
IODIDE ION / S-1,2-PROPANEDIOL / Mambalgin-1
類似検索 - 構成要素
生物種Dendroaspis polylepis polylepis (コブラ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.697 Å
データ登録者Stura, E.A. / Tepshi, L. / Kessler, P. / Gilles, M. / Servent, D.
引用
ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2016
タイトル: Mambalgin-1 Pain-relieving Peptide, Stepwise Solid-phase Synthesis, Crystal Structure, and Functional Domain for Acid-sensing Ion Channel 1a Inhibition.
著者: Mourier, G. / Salinas, M. / Kessler, P. / Stura, E.A. / Leblanc, M. / Tepshi, L. / Besson, T. / Diochot, S. / Baron, A. / Douguet, D. / Lingueglia, E. / Servent, D.
#1: ジャーナル: J Synchrotron Radiat / 年: 2017
タイトル: Comparison of helical scan and standard rotation methods in single-crystal X-ray data collection strategies.
著者: Polsinelli, I. / Savko, M. / Rouanet-Mehouas, C. / Ciccone, L. / Nencetti, S. / Orlandini, E. / Stura, E.A. / Shepard, W.
履歴
登録2015年9月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02015年12月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年2月17日Group: Database references
改定 1.22017年1月25日Group: Database references
改定 1.32024年10月23日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Mambalgin-1
B: Mambalgin-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,8629
ポリマ－13,0892
非ポリマー7737
水2,972165
1
A: Mambalgin-1
B: Mambalgin-1
ヘテロ分子

A: Mambalgin-1
B: Mambalgin-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,72418
ポリマ－26,1784
非ポリマー1,54514
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_655-x+1,y,-z+1/21
Buried area6410 Å2
ΔGint-27 kcal/mol
Surface area12520 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)55.900, 100.990, 53.480
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-266-

HOH

21B-239-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Mambalgin-1 / Mamb-1 / Pi-Dp1


分子量: 6544.618 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 22-78 / 変異: T23A / 由来タイプ: 合成 / 詳細: T23A mutant
由来: (合成) Dendroaspis polylepis polylepis (コブラ)
参照: UniProt: P0DKR6
#2: 化合物
ChemComp-IOD / IODIDE ION / ヨ-ジド


分子量: 126.904 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: I
#3: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 化合物 ChemComp-PGO / S-1,2-PROPANEDIOL / (S)-1,2-プロパンジオ-ル


分子量: 76.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O2
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 165 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.88 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.34 % / 解説: Prismatic crystals
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.6
詳細: Protein: redissolved from lyophilized at 5mg/ml mamb-1-T23A in 50mM Na Acetate, pH 5.5. Precipitant: 21.6% PEG600, 3.6% PEG 20K 0.18M mixed L-malic acid, MES, Tris (pH4) and mixed sodium ...詳細: Protein: redissolved from lyophilized at 5mg/ml mamb-1-T23A in 50mM Na Acetate, pH 5.5. Precipitant: 21.6% PEG600, 3.6% PEG 20K 0.18M mixed L-malic acid, MES, Tris (pH4) and mixed sodium Malonate, imidazole, boric acid(pH10) in the ratio 40:60. Cryoprotectant: 30% MPEG 550, 40% CryoProtX cryomix9, 10% NaAc pH 6.5, 0.1M potassium iodide soaked for 1 min.
PH範囲: 5.5 - 7.6 / Temp details: cooled incubator

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Ambient temp details: N2 cryostat - Helical scan
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 2 / 波長: 0.9801 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2015年6月3日 / 詳細: X-ray centering - Helical scan
放射モノクロメーター: [111] Si Cut monochromator / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9801 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.697→37 Å / Num. all: 16719 / Num. obs: 31543 / % possible obs: 97.5 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 7.1 % / Rmerge(I) obs: 0.061 / Rsym value: 0.057 / Net I/σ(I): 21.83
反射 シェル解像度: 1.697→1.74 Å / 冗長度: 4.8 % / Rmerge(I) obs: 0.408 / Mean I/σ(I) obs: 4.64 / % possible all: 78.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1692精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHENIXAutoSol位相決定
Cootモデル構築
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.697→27.95 Å / SU ML: 0.16 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.38 / 位相誤差: 21.25 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2048 837 5.01 %Random
Rwork0.1715 ---
obs0.1731 16719 97.69 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.697→27.95 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数898 0 14 165 1077
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0061033
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0171382
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.35406
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.043142
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005187
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.6974-1.80380.25241220.20422302X-RAY DIFFRACTION87
1.8038-1.9430.23761390.18292650X-RAY DIFFRACTION100
1.943-2.13850.21851420.16112700X-RAY DIFFRACTION100
2.1385-2.44780.19611410.16512683X-RAY DIFFRACTION100
2.4478-3.08330.2271440.17412725X-RAY DIFFRACTION100
3.0833-27.95380.17881490.16862822X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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