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- PDB-5do5: Crystal Structure of 2'-Fluoro-RNA bearing a phosphorodithioate -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5do5
タイトルCrystal Structure of 2'-Fluoro-RNA bearing a phosphorodithioate
要素RNA (5'-R(*CP*GP*CP*GP*AP*AP*UP*UP*(AF2)P*(2SG)P*CP*G)-3')
キーワードRNA / 2'-fluoro-RNA / phosphorodithioate RNA / PS2-RNA
機能・相同性RNA / RNA (> 10)
機能・相同性情報
生物種synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.2 Å
データ登録者Pallan, P.S. / Egli, M.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM086937 米国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal Structure of 2'-Fluoro-RNA bearing a phosphorodithioate
著者: Pallan, P.S. / Egli, M.
履歴
登録2015年9月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年9月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年10月19日Group: Refinement description
改定 1.22017年9月20日Group: Author supporting evidence / Derived calculations / カテゴリ: pdbx_audit_support / pdbx_struct_oper_list
Item: _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.32019年12月25日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.42023年9月27日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: RNA (5'-R(*CP*GP*CP*GP*AP*AP*UP*UP*(AF2)P*(2SG)P*CP*G)-3')


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)3,8871
ポリマ－3,8871
非ポリマー00
水1,20767
1
A: RNA (5'-R(*CP*GP*CP*GP*AP*AP*UP*UP*(AF2)P*(2SG)P*CP*G)-3')

A: RNA (5'-R(*CP*GP*CP*GP*AP*AP*UP*UP*(AF2)P*(2SG)P*CP*G)-3')


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)7,7752
ポリマ－7,7752
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_556-x,y,-z+11
Buried area1190 Å2
ΔGint-2 kcal/mol
Surface area4510 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)41.237, 34.366, 31.976
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 127.500, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
対称性点対称性: (シェーンフリース記号: C (n回回転対称))
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-234-

HOH

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要素

#1: RNA鎖 RNA (5'-R(*CP*GP*CP*GP*AP*AP*UP*UP*(AF2)P*(2SG)P*CP*G)-3')


分子量: 3887.498 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 67 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.41 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.04 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6
詳細: sodium cacodylate, pH 6.0, 40 mM sodium chloride, 10 mM magnesium chloride, 6 mM spermine tetrahydrochloride, and 5% v/v MPD

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-G / 波長: 0.97857 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2013年10月3日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97857 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.2→50 Å / Num. obs: 11122 / % possible obs: 99.3 % / 冗長度: 5.7 % / Rmerge(I) obs: 0.069 / Rpim(I) all: 0.032 / Rrim(I) all: 0.077 / Χ2: 1.854 / Net I/av σ(I): 44.679 / Net I/σ(I): 11.6 / Num. measured all: 62980
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
1.2-1.242.60.29310500.8750.2090.3610.75194
1.24-1.293.40.26611160.9110.1650.3140.87599.2
1.29-1.354.20.28810900.9510.150.3260.878100
1.35-1.425.60.31711320.9620.140.3470.927100
1.42-1.516.80.26911020.9740.1110.2911.13999.9
1.51-1.636.90.16411160.9880.0670.1771.592100
1.63-1.7970.1111300.9950.0450.1191.932100
1.79-2.056.90.08911150.9940.0370.0972.378100
2.05-2.596.70.07111210.9950.030.0772.915100
2.59-506.20.05311500.9950.0260.063.21699.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SHELX精密化
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ID:2Q1R

2q1r


解像度: 1.2→50 Å / WRfactor Rfree: 0.2297 / WRfactor Rwork: 0.19 / 交差検証法: THROUGHOUT
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2297 553 5 %Random
Rwork0.19 ---
obs-11102 99.3 %-
原子変位パラメータBiso max: 152.45 Å2 / Biso mean: 19.0865 Å2 / Biso min: 7.02 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.2→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数0 255 0 67 322

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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