PDB-5dmz: Structure of human Bub1 kinase domain phosphorylated at Ser969

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5dmz

タイトル

Structure of human Bub1 kinase domain phosphorylated at Ser969

要素

Mitotic checkpoint serine/threonine-protein kinase BUB1

キーワード

TRANSFERASE / kinase / phosphorylation

機能・相同性

機能・相同性情報

histone H2A kinase activity / positive regulation of maintenance of mitotic sister chromatid cohesion, centromeric / regulation of sister chromatid cohesion / regulation of chromosome segregation / meiotic sister chromatid cohesion, centromeric / outer kinetochore / mitotic spindle assembly checkpoint signaling / Amplification of signal from unattached kinetochores via a MAD2 inhibitory signal / Mitotic Prometaphase / EML4 and NUDC in mitotic spindle formation ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.4 Å

データ登録者

Breit, C. / Weir, J.R. / Musacchio, A.

資金援助

2件

引用

ジャーナル: Plos One / 年: 2015
タイトル: Role of Intrinsic and Extrinsic Factors in the Regulation of the Mitotic Checkpoint Kinase Bub1.
著者: Breit, C. / Bange, T. / Petrovic, A. / Weir, J.R. / Muller, F. / Vogt, D. / Musacchio, A.

履歴

登録	2015年9月9日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2015年12月16日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2015年12月23日	Group: Database references
改定 1.2	2016年10月19日	Group: Database references
改定 1.3	2024年1月10日	Group: Author supporting evidence / Data collection ...Author supporting evidence / Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_audit_support / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_conn_type Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_audit_support.funding_organization / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn_type.id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5dmz.cif.gz	415.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5dmz.ent.gz	347.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5dmz.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	5dmz_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5dmz_full_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示
XML形式データ	5dmz_validation.xml.gz	25.9 KB	表示
CIF形式データ	5dmz_validation.cif.gz	34.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dm/5dmz ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dm/5dmz	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	3e7e PDB 未公開エントリS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	6jkm-d 4qpm-1 5ta6-d 6jkk-d 4r8q-d 4qpm-2 6f7b-d 6dts-2 3ht5-d 5d7a-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#205 - 2017年1月核膜孔複合体 (Nuclear Pore Complex) 類似性 (5) #245 - 2020年5月スプライソソーム (Spliceosomes) 類似性 (1) #43 - 2003年7月 Srcチロシンキナーゼ (Src Tyrosine Kinase) 類似性 (1) #60 - 2004年12月ユビキチン (Ubiquitin) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Mitotic checkpoint serine/threonine-protein kinase BUB1

B: Mitotic checkpoint serine/threonine-protein kinase BUB1

ヘテロ分子

84.8 kDa, 2 ポリマー
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1

A: Mitotic checkpoint serine/threonine-protein kinase BUB1

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
42.4 kDa, 1 ポリマー
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2

B: Mitotic checkpoint serine/threonine-protein kinase BUB1

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
42.4 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	62.380, 66.340, 106.540
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 98.34, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Mitotic checkpoint serine/threonine-protein kinase BUB1 / hBUB1 / BUB1A 分子量: 41924.547 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 726-1085 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: BUB1, BUB1L / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) 参照: UniProt: O43683, non-specific serine/threonine protein kinase
#2: 化合物	ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP 分子量: 427.201 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₅N₅O₁₀P₂ / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM
#3: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 24 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.6 Å³/Da / 溶媒含有率: 52.72 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.6 / 詳細: 0.2 M NaCl, 15% PEG 3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年9月12日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.4→56.1 Å / Num. all: 33923 / Num. obs: 33866 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 6.9 % / R_merge(I) obs: 0.11 / Net I/σ(I): 10.99
反射シェル	解像度: 2.4→2.47 Å / 冗長度: 6.9 % / R_merge(I) obs: 2.4 / Mean I/σ(I) obs: 1 / % possible all: 99.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.9_1692	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHASER	v6.2.0	位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3E7E

3e7e
PDB 未公開エントリ

解像度: 2.4→43.304 Å / SU ML: 0.39 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 32.83 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2451	1692	5 %
R_work	0.2105	-	-
obs	0.2122	33831	99.76 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.4→43.304 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5526	0	56	24	5606

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.004	5728
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.853	7748
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.373	2134
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.03	828
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	972

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.4-2.4706	0.4057	139	0.3856	2639	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4706-2.5504	0.3869	140	0.3772	2647	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5504-2.6415	0.4057	138	0.3517	2633	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6415-2.7473	0.3405	141	0.3294	2689	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7473-2.8723	0.3456	141	0.2832	2670	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8723-3.0237	0.3647	141	0.2673	2668	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0237-3.2131	0.2724	140	0.2541	2672	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2131-3.461	0.2835	141	0.24	2673	X-RAY DIFFRACTION	100
3.461-3.8091	0.2135	142	0.2048	2689	X-RAY DIFFRACTION	100
3.8091-4.3599	0.2064	141	0.175	2677	X-RAY DIFFRACTION	100
4.3599-5.4913	0.1749	143	0.1522	2715	X-RAY DIFFRACTION	100
5.4913-43.3107	0.2107	145	0.168	2767	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.5343	-0.3281	-0.2773	0.9759	-0.4767	2.8033	0.0641	0.0657	0.0758	0.0187	-0.1075	-0.7621	-0.2109	0.9173	0.1125	0.6193	0.0011	0.0727	0.9369	-0.1435	1.0461	2.0768	3.6234	-50.9779
2	2.7842	-1.1877	2.7062	3.7719	-0.1285	3.0216	0.0664	0.1599	-1.8595	0.3015	-0.5891	-1.6763	0.4946	2.7256	0.2989	1.2884	0.2467	-0.5279	1.0657	0.1395	1.0878	-8.1601	-8.7772	-27.4563
3	4.9523	-1.7961	-0.897	4.922	1.1997	2.0954	-0.1396	-0.5897	-0.9003	1.1125	0.0576	-0.0879	0.8488	0.8431	-0.0597	0.9106	-0.0022	-0.1086	0.7895	0.0744	0.7594	-7.6172	-2.0842	-32.3131
4	2.2249	1.1272	2.6373	3.238	4.6435	7.2376	-0.2245	-0.3722	1.5627	1.1167	0.5286	-0.3236	0.35	-0.1832	-0.1388	0.7696	-0.0212	-0.0774	0.8946	-0.0565	0.8509	-9.7147	6.4125	-27.6112
5	1.9689	1.5765	-1.0904	2.4957	-1.1316	5.5899	-0.009	-0.1392	-0.033	0.0584	0.0084	-0.8334	-0.1273	0.7522	0.0069	0.5424	-0.0101	-0.0221	0.7801	-0.0779	0.8713	-5.741	8.2003	-42.3131
6	5.0987	-0.1775	-0.3164	4.4008	-0.3087	4.0075	0.0495	-0.2153	0.0173	0.0859	0.0543	-0.1391	-0.1646	-0.0128	-0.0784	0.4993	-0.0388	0.0181	0.4531	-0.0341	0.445	-24.9211	10.5338	-44.8696
7	3.2369	0.9234	-0.1972	2.0096	-6.7535	4.176	0.8076	-1.3149	1.2667	0.7233	0.7003	0.1016	-1.4699	-0.6062	-1.5664	1.456	-0.2927	0.3187	1.1901	0.0141	0.8837	-25.4646	20.5233	-32.6766
8	3.9364	-3.0958	-0.57	5.8562	4.4929	4.8446	-1.6128	-2.6869	0.4273	0.9473	1.264	1.9044	-0.9155	-0.8359	0.3309	1.4824	0.1219	0.2507	1.2529	-0.1301	1.0691	-26.2585	24.6578	-40.6774
9	4.2385	0.5382	-0.4153	3.2796	-0.1743	6.579	0.0308	-0.0482	0.0128	-0.3279	0.0687	-0.636	-0.6723	0.7288	-0.1119	0.5463	0.0006	0.1385	0.698	0.0563	0.8062	-9.7236	11.9968	-54.2041
10	7.7129	2.9635	1.8661	8.7974	-2.3125	2.0829	-0.0283	0.1126	-0.2861	-0.1651	0.5256	0.3009	-0.2633	-0.1164	-0.6591	0.6084	0.0095	0.1236	0.6962	-0.0302	0.7313	-15.0967	0.6535	-60.7655
11	7.1368	1.6467	-1.412	4.5919	-0.4991	3.8301	0.1077	0.8771	-0.0471	-0.4264	0.0123	0.2748	0.1476	-0.3363	-0.0758	0.6766	-0.0306	0.0062	0.6175	-0.0189	0.5293	-26.2596	6.6556	-60.4142
12	4.4551	-3.8178	1.9841	3.3132	-1.4599	2.0824	0.9446	0.3352	-0.6413	0.6577	-0.4872	2.0918	0.4489	-0.8611	-0.8131	0.8447	-0.0968	-0.0202	1.2807	0.0022	1.0995	-44.9747	7.3949	-56.5137
13	2.0764	-1.8131	-1.7197	7.6325	2.8577	8.6333	0.1966	0.4091	0.1502	-0.9071	-0.1872	-0.0666	-0.0951	-0.1431	-0.082	0.424	0.0255	-0.0199	0.4677	0.0817	0.4451	-31.0411	19.0328	-56.4234
14	8.4192	-5.7796	3.4845	9.7346	-7.0016	8.4489	-0.5798	-0.2344	-0.4402	1.2827	0.7666	0.7229	-0.4795	-0.618	-0.2965	0.7203	-0.0105	0.0868	0.6723	0.0284	0.5274	-33.6698	12.0586	-33.3263
15	3.6672	-2.5736	-3.0369	2.6609	1.533	2.9524	-0.1073	-0.169	0.0917	1.1905	0.1589	-0.008	0.772	-1.1274	0.0349	1.3717	0.1768	0.2653	0.8359	0.0206	0.6951	-26.2896	0.704	-27.1085
16	2.7274	-0.0537	-2.1471	0.4532	-0.0766	3.1733	0.0725	-0.4099	0.0284	0.461	-0.0294	-0.6984	-0.3256	0.9759	0.0678	0.9183	-0.0271	-0.2082	1.1607	-0.0073	0.9557	-6.4529	17.3533	7.52
17	7.7263	1.7375	-5.3908	2.3717	0.9307	6.075	-0.9929	-1.8592	1.8904	-0.3829	0.4013	0.8861	-0.5231	0.8428	0.4261	1.0412	-0.1229	0.044	0.9088	-0.0915	1.0859	-5.2497	32.1454	-9.9146
18	5.6527	0.6263	0.463	2.4643	-0.6921	4.8765	0.2633	0.5832	0.7347	-0.2558	-0.0171	-0.5917	-0.8671	0.3826	-0.2382	0.8708	-0.0593	0.1662	0.6269	0.0027	0.9014	-9.8099	26.3215	-15.0561
19	6.3447	-3.0715	-1.7492	3.3031	4.1003	6.4099	0.0002	0.813	0.1471	-0.6397	-0.0888	-0.7318	0.4734	0.4684	-0.2201	0.8774	0.0431	0.1294	0.8019	0.0503	0.8394	-10.3382	22.1217	-18.3081
20	3.1729	-0.3482	-1.9071	1.635	-0.912	4.8852	0.0883	0.0331	-0.2763	0.354	0.3154	-0.5259	0.6401	0.4949	-0.2465	0.7272	0.1064	-0.101	0.7239	-0.045	0.7795	-11.4239	13.1887	-5.0544
21	3.4189	1.359	0.0292	2.7026	0.6907	3.2224	0.0144	0.117	-0.1058	0.3252	0.1078	-0.0801	0.0908	-0.0212	-0.035	0.642	0.0857	0.037	0.5003	-0.0215	0.5277	-27.4095	13.7233	-7.5467
22	9.2306	5.1898	-0.2313	3.1212	-1.3533	7.9779	0.5736	0.4552	-1.2087	0.7652	0.3471	-1.283	0.9517	0.0056	-1.0309	1.3425	0.1928	0.019	0.8296	-0.0129	0.8601	-26.4432	4.9795	-19.1744
23	1.211	1.9354	-0.0223	5.8691	2.3902	5.0661	-0.2528	2.1029	0.5812	-0.7664	2.2459	-0.1616	0.6551	1.8022	-1.8614	1.3629	-0.1848	-0.0693	1.1923	-0.2692	1.3365	-30.4398	-1.8495	-12.3155
24	6.7982	-2.4895	2.4168	3.8299	-3.0423	2.476	0.1236	-0.0875	-0.3186	0.3346	0.2492	-0.1335	-0.4238	-0.0916	-0.5433	0.6255	-0.0593	-0.0672	0.4959	0.0097	0.579	-18.3024	10.6513	4.6871
25	4.0889	0.6168	1.1026	3.0425	0.7535	3.6607	0.1664	-0.527	0.2729	0.5806	-0.1768	0.2483	-0.0848	-0.0671	0.031	0.9937	0.0245	0.0969	0.5673	0.0103	0.5084	-33.7214	17.2557	7.5728
26	0.9403	2.4245	1.9697	6.2683	5.0812	4.1395	0.3915	-0.1022	1.4818	-0.0003	-0.748	1.1724	-1.8804	-0.8048	0.4659	1.7804	0.1455	0.1317	0.8755	-0.0868	1.0253	-52.3423	16.2337	-1.8623
27	2.2344	-0.0552	0.076	4.7709	1.5115	6.4176	0.1832	-0.3127	-0.0257	0.917	-0.2782	0.1017	0.1791	-0.188	0.093	0.7458	-0.0588	0.0955	0.4778	0.1084	0.5651	-39.7693	3.6659	0.5304
28	9.5762	6.1429	-1.1401	3.7797	-0.5548	4.2616	-0.611	0.1227	0.1225	-0.7773	0.5988	-0.0341	0.4227	-0.3594	0.0711	0.8613	0.0584	0.0175	0.5926	0.0387	0.5027	-32.9888	13.9114	-22.3703

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	(chain A and resid 735:774)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	(chain A and resid 775:779)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	(chain A and resid 780:806)
4	X-RAY DIFFRACTION	4	(chain A and resid 816:818)
5	X-RAY DIFFRACTION	5	(chain A and resid 819:870)
6	X-RAY DIFFRACTION	6	(chain A and resid 871:929)
7	X-RAY DIFFRACTION	7	(chain A and resid 930:934)
8	X-RAY DIFFRACTION	8	(chain A and resid 935:938)
9	X-RAY DIFFRACTION	9	(chain A and resid 939:961)
10	X-RAY DIFFRACTION	10	(chain A and resid 962:972)
11	X-RAY DIFFRACTION	11	(chain A and resid 973:1017)
12	X-RAY DIFFRACTION	12	(chain A and resid 1018:1021)
13	X-RAY DIFFRACTION	13	(chain A and resid 1022:1063)
14	X-RAY DIFFRACTION	14	(chain A and resid 1064:1080)
15	X-RAY DIFFRACTION	15	(chain A and resid 1081:1083)
16	X-RAY DIFFRACTION	16	(chain B and resid 735:769)
17	X-RAY DIFFRACTION	17	(chain B and resid 770:775)
18	X-RAY DIFFRACTION	18	(chain B and resid 776:801)
19	X-RAY DIFFRACTION	19	(chain B and resid 802:806)
20	X-RAY DIFFRACTION	20	(chain B and resid 816:858)
21	X-RAY DIFFRACTION	21	(chain B and resid 859:925)
22	X-RAY DIFFRACTION	22	(chain B and resid 926:934)
23	X-RAY DIFFRACTION	23	(chain B and resid 935:938)
24	X-RAY DIFFRACTION	24	(chain B and resid 939:960)
25	X-RAY DIFFRACTION	25	(chain B and resid 961:1017)
26	X-RAY DIFFRACTION	26	(chain B and resid 1018:1021)
27	X-RAY DIFFRACTION	27	(chain B and resid 1022:1065)
28	X-RAY DIFFRACTION	28	(chain B and resid 1066:1083)

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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