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- PDB-5dmy: Beta-galactosidase - construct 33-930 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5dmy
タイトルBeta-galactosidase - construct 33-930
要素Beta-galactosidase
キーワードHYDROLASE / galactosidase / truncation mutant
機能・相同性
機能・相同性情報


beta-galactosidase / beta-galactosidase activity / carbohydrate metabolic process / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Bacterial Ig-like domain / Bacterial Ig-like domain (group 4) / Glycoside hydrolase family 2, domain 5 / Glycoside hydrolase family 2 C-terminal domain 5 / Domain of unknown function DUF4982 / Domain of unknown function (DUF4982) / Invasin/intimin cell-adhesion fragments / Glycoside hydrolase, family 2 / Glycoside hydrolase family 2, catalytic domain / Glycosyl hydrolases family 2, TIM barrel domain ...Bacterial Ig-like domain / Bacterial Ig-like domain (group 4) / Glycoside hydrolase family 2, domain 5 / Glycoside hydrolase family 2 C-terminal domain 5 / Domain of unknown function DUF4982 / Domain of unknown function (DUF4982) / Invasin/intimin cell-adhesion fragments / Glycoside hydrolase, family 2 / Glycoside hydrolase family 2, catalytic domain / Glycosyl hydrolases family 2, TIM barrel domain / Glycoside hydrolase, family 2, immunoglobulin-like beta-sandwich / Glycosyl hydrolases family 2, sugar binding domain / Glycosyl hydrolases family 2 / Glycosyl hydrolases family 2, sugar binding domain / Beta-Galactosidase/glucuronidase domain superfamily / Coagulation factors 5/8 type C domain (FA58C) profile. / F5/8 type C domain / Coagulation factor 5/8 C-terminal domain / Galactose-binding domain-like / Galactose-binding-like domain superfamily / Glycosidases / Glycoside hydrolase superfamily / Jelly Rolls / Immunoglobulins / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
NICKEL (II) ION / Beta-galactosidase
類似検索 - 構成要素
生物種Bifidobacterium bifidum (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.95 Å
データ登録者Watson, K.A. / Lazidou, A.
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Rational protein engineering toward the development of a beta-galactosidase with improved functional properties
著者: Lazidou, A. / Charalampopoulos, D. / Watson, K.A.
履歴
登録2015年9月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02016年10月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年5月1日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Beta-galactosidase
B: Beta-galactosidase
C: Beta-galactosidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)294,57114
ポリマ－294,1973
非ポリマー37311
水44,4792469
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3480 Å2
ΔGint-89 kcal/mol
Surface area90220 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)153.040, 52.650, 153.329
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 91.64, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

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タンパク質 , 1種, 3分子 ABC

#1: タンパク質 Beta-galactosidase


分子量: 98065.734 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: HHHHHHVEDATRSDSTTQMSSTPEVVYSSAVDSK QNRTSDFDANWKFMLSDSVQAQDPAFDDSAWQQVDLPHDYSITQKYSQSNEAESAYLPGG TGWYRKSFTIDRDLAGKRIAINFDGVYMNATVWFNGVKLGTHPYGYSPFSFDLTGNAKFG ...詳細: HHHHHHVEDATRSDSTTQMSSTPEVVYSSAVDSK QNRTSDFDANWKFMLSDSVQAQDPAFDDSAWQQVDLPHDYSITQKYSQSNEAESAYLPGG TGWYRKSFTIDRDLAGKRIAINFDGVYMNATVWFNGVKLGTHPYGYSPFSFDLTGNAKFG GENTIVVKVENRLPSSRWYSGSGIYRDVTLTVTDGVHVGNNGVAIKTPSLATQNGGNVTM NLTTKVANDTEAAANITLKQTVFPKGGKTDAAIGTVTTASKSIAAGASADVTSTITAASP KLWSIKNPNLYTVRTEVLNGDTVLDTYDTEYGFRWTGFDATSGFSLNGEKVKLKGVSMHH DQGSLGAVANRRAIERQVEILQKMGVNSIRTTHNPAAKALIDVCNEKGVLVVEEVFDMWN RSKNGNTEDYGKWFGQTIAGDNAVLGGDKDETWAKFDLTSTINRDRNAPSVIMWSLGNEM MEGISGSVSDFPATSAKLVAWTKAADSTRPMTYGDNKIKANWNESNTMGDNLTANGGVVG TNYSDGANYDKIRTTHPSWAIYGSETASAINSRGIYNRTTGGAQSSDKQLTSYDNSAVGW GAVASSAWYDVVQRDFVAGTYVWTGFDYLGEPTPWNGTGSGAVGSWPSPKNSYFGIVDTA GFPKDTYYFYQSQWNDDVHTLHILPAWNENVVAKGSGNKVPVVVYTDAAKVKLYFTPKGS TEKRLIGEKSFTKKTTAAGYTYQVYEGTDKDSTAHKNMYLTWNVPWAEGTISAEAYDENN RLIPEGSTEGNASVTTTGKAAKLKADADRKTITADGKDLSYIEVDVTDANGHIVPDAANR VTFDVKGAGKLVGVDNGSSPDHDSYQADNRKAFSGKVLAIVQSTKEAGEITVTAKADGLQ SSTVKIATTAVPGTSTEKTVRSFYYSRNYY
由来: (組換発現) Bifidobacterium bifidum (バクテリア)
遺伝子: bbgIII / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: D4QAP3, beta-galactosidase

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非ポリマー , 5種, 2480分子

#2: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#4: 化合物 ChemComp-NI / NICKEL (II) ION


分子量: 58.693 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ni
#5: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 2469 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.1 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.4 %
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 20% w/v PEG 6000, 0.1M MES, 0.2M NaCl, pH6

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I02 / 波長: 0.97858 Å
検出器タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年12月13日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97858 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.95→54.93 Å / Num. obs: 170170 / % possible obs: 95.2 % / 冗長度: 2.8 % / Net I/σ(I): 5.1
反射 シェル解像度: 1.95→1.98 Å / 冗長度: 2.6 % / Rmerge(I) obs: 0.366 / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / % possible all: 87.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1692精密化
xia2データ削減
Aimlessデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: homology model

解像度: 1.95→54.928 Å / SU ML: 0.27 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.91 / 位相誤差: 27.77 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2641 8533 5.01 %Random selection
Rwork0.1982 ---
obs0.2016 170170 94.97 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.95→54.928 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数19365 0 17 2469 21851
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00819866
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.09227096
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.3386877
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0433023
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0043521
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.95-1.97220.35042480.26174804X-RAY DIFFRACTION87
1.9722-1.99540.32972520.25944892X-RAY DIFFRACTION86
1.9954-2.01970.31572570.24864898X-RAY DIFFRACTION86
2.0197-2.04530.32262510.24714796X-RAY DIFFRACTION87
2.0453-2.07220.33062460.2434932X-RAY DIFFRACTION87
2.0722-2.10060.31862800.23644959X-RAY DIFFRACTION87
2.1006-2.13060.30122680.23654933X-RAY DIFFRACTION88
2.1306-2.16240.29212770.24144946X-RAY DIFFRACTION88
2.1624-2.19620.30242730.22975105X-RAY DIFFRACTION90
2.1962-2.23220.28512530.21745044X-RAY DIFFRACTION91
2.2322-2.27070.272680.21085242X-RAY DIFFRACTION92
2.2707-2.3120.31172830.20735304X-RAY DIFFRACTION94
2.312-2.35640.2752880.20585389X-RAY DIFFRACTION96
2.3564-2.40450.28112730.20465575X-RAY DIFFRACTION98
2.4045-2.45680.27453100.2045579X-RAY DIFFRACTION99
2.4568-2.5140.26182790.20135658X-RAY DIFFRACTION99
2.514-2.57680.28923150.21735554X-RAY DIFFRACTION99
2.5768-2.64650.29932900.2135697X-RAY DIFFRACTION99
2.6465-2.72440.30012950.20045514X-RAY DIFFRACTION99
2.7244-2.81230.2683370.1975634X-RAY DIFFRACTION100
2.8123-2.91280.26862900.20825666X-RAY DIFFRACTION100
2.9128-3.02940.26622950.21165628X-RAY DIFFRACTION100
3.0294-3.16730.2822810.20235690X-RAY DIFFRACTION99
3.1673-3.33430.25753240.19085664X-RAY DIFFRACTION100
3.3343-3.54310.25612740.18895699X-RAY DIFFRACTION100
3.5431-3.81660.23542860.17615697X-RAY DIFFRACTION100
3.8166-4.20060.2043010.15185718X-RAY DIFFRACTION100
4.2006-4.80810.18922900.14145788X-RAY DIFFRACTION100
4.8081-6.05650.20413220.14965727X-RAY DIFFRACTION99
6.0565-54.95010.19113270.16445905X-RAY DIFFRACTION99

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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