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- PDB-5dmm: Crystal Structure of the Homocysteine Methyltransferase MmuM from... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5dmm
タイトルCrystal Structure of the Homocysteine Methyltransferase MmuM from Escherichia coli, Metallated form
要素Homocysteine S-methyltransferase
キーワードTRANSFERASE / Homocysteine Methyltransferase
機能・相同性
機能・相同性情報


homocysteine S-methyltransferase / S-adenosylmethionine-homocysteine S-methyltransferase activity / S-methylmethionine metabolic process / S-methylmethionine cycle / S-methylmethionine-homocysteine S-methyltransferase activity / methionine biosynthetic process / methylation / DNA damage response / zinc ion binding
類似検索 - 分子機能
Betaine-homocysteine S-methyltransferase, BHMT / Homocysteine-binding-like domain / Homocysteine-binding domain / Homocysteine-binding domain superfamily / Homocysteine S-methyltransferase / Homocysteine-binding domain profile. / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
BETA-MERCAPTOETHANOL / 2-AMINO-4-MERCAPTO-BUTYRIC ACID / Homocysteine S-methyltransferase
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.779 Å
データ登録者Li, K. / Li, G. / Bradbury, L.M.T. / Andrew, H.D. / Bruner, S.D.
引用ジャーナル: Biochem.J. / 年: 2016
タイトル: Crystal structure of the homocysteine methyltransferase MmuM from Escherichia coli.
著者: Li, K. / Li, G. / Bradbury, L.M. / Hanson, A.D. / Bruner, S.D.
履歴
登録2015年9月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年11月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年2月3日Group: Database references
改定 1.22023年9月27日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_struct_oper_list / struct_conn
Item: _citation.journal_id_CSD / _database_2.pdbx_DOI ..._citation.journal_id_CSD / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry
改定 1.32023年11月15日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2
改定 1.42024年4月3日Group: Structure summary / カテゴリ: chem_comp / Item: _chem_comp.pdbx_synonyms
改定 1.52024年5月1日Group: Derived calculations / カテゴリ: struct_conn / struct_conn_type
Item: _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id ..._struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn_type.id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Homocysteine S-methyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,8676
ポリマ－33,4581
非ポリマー4105
水3,243180
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area430 Å2
ΔGint-52 kcal/mol
Surface area11410 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)78.949, 85.924, 87.662
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number23
Space group name H-MI222
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-636-

HOH

21A-724-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 Homocysteine S-methyltransferase / S-methylmethionine:homocysteine methyltransferase


分子量: 33457.754 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Escherichia coli (strain K12) (大腸菌)
株: K12 / 遺伝子: mmuM, yagD, b0261, JW0253 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): C43 / 参照: UniProt: Q47690, homocysteine S-methyltransferase
#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物 ChemComp-BME / BETA-MERCAPTOETHANOL / 2-メルカプトエタノ-ル


分子量: 78.133 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6OS
#4: 化合物 ChemComp-HCS / 2-AMINO-4-MERCAPTO-BUTYRIC ACID / L-Homocysteine / ホモシステイン


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 135.185 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H9NO2S
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 180 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.41 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.93 % / 解説: rod-shaped
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.6
詳細: 1.6 M ammonium sulphate, 10% v/v glycerol and 0.1 M sodium acetate pH 4.8
PH範囲: 4.8

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-G / 波長: 0.9787 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2015年7月22日
放射モノクロメーター: Diamond [111] / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9787 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.779→24.23 Å / Num. obs: 13523 / % possible obs: 93.4 % / 冗長度: 5.2 % / Rmerge(I) obs: 0.093 / Rsym value: 0.104 / Net I/σ(I): 14.86
反射 シェル解像度: 1.779→1.84 Å / 冗長度: 5 % / Rmerge(I) obs: 0.66 / Mean I/σ(I) obs: 2.49 / % possible all: 95.36

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1692精密化
XDSDarwin 13.4.0データ削減
Aimless0.5.8データスケーリング
ARP3.3.1モデル構築
MOLREP2.12位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1q7m

1q7m


解像度: 1.779→24.225 Å / SU ML: 0.16 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 20.37 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2052 1427 5.28 %Random selection
Rwork0.183 ---
obs0.1841 -93.38 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.779→24.225 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2171 0 15 180 2366
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0072238
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1193047
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.163801
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.044349
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006402
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.7793-1.84290.28381720.25732538X-RAY DIFFRACTION95
1.8429-1.91660.27991130.23972683X-RAY DIFFRACTION97
1.9166-2.00380.22141510.21312575X-RAY DIFFRACTION96
2.0038-2.10940.21021220.19852614X-RAY DIFFRACTION96
2.1094-2.24150.21561790.18482561X-RAY DIFFRACTION95
2.2415-2.41440.20951450.18452570X-RAY DIFFRACTION95
2.4144-2.65710.20341400.19162558X-RAY DIFFRACTION93
2.6571-3.0410.22291480.18672543X-RAY DIFFRACTION92
3.041-3.82890.19461120.16112520X-RAY DIFFRACTION90
3.8289-24.22690.16361450.15692436X-RAY DIFFRACTION85

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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