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- PDB-5dma: Crystal structure of C-terminal tudor domain in PcrA/UvrD helicase -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5dma
タイトルCrystal structure of C-terminal tudor domain in PcrA/UvrD helicase
要素ATP-dependent DNA helicase PcrA
キーワードHYDROLASE / RNA polymerase / PcrA/UvrD helicase / Tudor domain / Transcription
機能・相同性
機能・相同性情報


DNA helicase complex / DNA 3'-5' helicase / recombinational repair / DNA unwinding involved in DNA replication / 3'-5' DNA helicase activity / isomerase activity / ATP hydrolysis activity / DNA binding / ATP binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
ATP-dependent DNA helicase PcrA / PcrA/UvrD tudor domain / DExx box DNA helicase domain superfamily / UvrD-like DNA helicase C-terminal domain profile. / UvrD-like DNA helicase, C-terminal / UvrD-like helicase C-terminal domain / UvrD/REP helicase N-terminal domain / UvrD-like helicase, ATP-binding domain / UvrD-like DNA helicase ATP-binding domain profile. / DNA helicase, UvrD/REP type / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
ATP-dependent DNA helicase PcrA
類似検索 - 構成要素
生物種Geobacillus stearothermophilus (バクテリア)
手法X線回折 / 単一同系置換・異常分散 / 解像度: 1.53 Å
データ登録者Lin, C.L. / Dillingham, M. / Wigley, D.
資金援助 英国, 3件
組織認可番号国
Wellcome Trust095519/B/11/Z 英国
Wellcome Trust100401/Z/12/Z 英国
Biotechnology and Biological Sciences Research CouncilBB/I003142/1 英国
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2017
タイトル: The structure and function of an RNA polymerase interaction domain in the PcrA/UvrD helicase.
著者: Sanders, K. / Lin, C.L. / Smith, A.J. / Cronin, N. / Fisher, G. / Eftychidis, V. / McGlynn, P. / Savery, N.J. / Wigley, D.B. / Dillingham, M.S.
履歴
登録2015年9月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02016年9月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年10月19日Group: Data collection
改定 1.22017年3月1日Group: Database references
改定 1.32017年5月3日Group: Database references
改定 1.42017年8月30日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.52024年5月8日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ATP-dependent DNA helicase PcrA


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)5,9781
ポリマ－5,9781
非ポリマー00
水1,17165
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area3580 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)50.485, 50.485, 40.212
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number154
Space group name H-MP3221

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要素

#1: タンパク質 ATP-dependent DNA helicase PcrA


分子量: 5977.875 Da / 分子数: 1 / 断片: C-terminal tudor domain, UNP residues 671-724 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Geobacillus stearothermophilus (バクテリア)
遺伝子: pcrA / プラスミド: pET47b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P56255, DNA helicase
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 65 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.57 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.05 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: 3.5M sodium formate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-X / 波長: 1.54 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 300K / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年7月4日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.5→50 Å / Num. obs: 9252 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 10 % / Rsym value: 0.034 / Net I/σ(I): 61.6
反射 シェル解像度: 1.5→1.6 Å / 冗長度: 5.1 % / Rmerge(I) obs: 0.185 / Mean I/σ(I) obs: 7.7 / % possible all: 98.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX精密化
HKL-3000データスケーリング
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
HKL-3000データ削減
SHELXDE位相決定
Cootモデル構築
CrystalClearデータ収集
精密化構造決定の手法: 単一同系置換・異常分散 / 解像度: 1.53→29.597 Å / FOM work R set: 0.8524 / SU ML: 0.14 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.4 / 位相誤差: 21.73 / 立体化学のターゲット値: MLHL
Rfactor反射数%反射
Rfree0.22 438 4.78 %
Rwork0.1951 8729 -
obs0.1963 9167 99.36 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 50.74 Å2 / Biso mean: 16.47 Å2 / Biso min: 6.09 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.53→29.597 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数407 0 0 65 472
Biso mean---26.5 -
残基数----53
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.007416
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.193560
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.04959
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00772
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.205154
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 3

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.53-1.75140.22871630.204228573020100
1.7514-2.20650.24031320.20772882301499
2.2065-29.60270.20821430.1872990313399

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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