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万見
- PDB-4ny6: Neutron structure of leucine and valine methyl protonated type II... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4ny6
タイトルNeutron structure of leucine and valine methyl protonated type III antifreeze
要素Type-3 ice-structuring protein HPLC 12
キーワードANTIFREEZE PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


extracellular region
類似検索 - 分子機能
Antifreeze, type III / Type Iii Antifreeze Protein Isoform Hplc 12 / Antifreeze-like/N-acetylneuraminic acid synthase C-terminal domain / Antifreeze-like/N-acetylneuraminic acid synthase C-terminal / Antifreeze protein-like domain profile. / Antifreeze-like/N-acetylneuraminic acid synthase C-terminal domain superfamily / Alpha-Beta Complex / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DEUTERATED WATER / Type-3 ice-structuring protein HPLC 12
類似検索 - 構成要素
生物種Zoarces americanus (魚類)
手法中性子回折 / X線回折 / シンクロトロン / NUCLEAR REACTOR / 解像度: 1.05 Å
データ登録者Fisher, S.J. / Blakeley, M.P. / Howard, E.I. / Petite-Haertlein, I. / Haertlein, M. / Mitschler, A. / Cousido-Siah, A. / Salvaya, A.G. / Popov, A. / Muller-Dieckmann, C. ...Fisher, S.J. / Blakeley, M.P. / Howard, E.I. / Petite-Haertlein, I. / Haertlein, M. / Mitschler, A. / Cousido-Siah, A. / Salvaya, A.G. / Popov, A. / Muller-Dieckmann, C. / Petrova, T. / Podjarny, A.D.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2014
タイトル: Perdeuteration: improved visualization of solvent structure in neutron macromolecular crystallography.
著者: Fisher, S.J. / Blakeley, M.P. / Howard, E.I. / Petit-Haertlein, I. / Haertlein, M. / Mitschler, A. / Cousido-Siah, A. / Salvay, A.G. / Popov, A. / Muller-Dieckmann, C. / Petrova, T. / Podjarny, A.
履歴
登録2013年12月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年12月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年11月22日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.22018年6月13日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: diffrn / diffrn_detector ...diffrn / diffrn_detector / diffrn_radiation / diffrn_radiation_wavelength / diffrn_source / refine / refine_ls_shell / reflns / reflns_shell
Item: _diffrn.ambient_temp / _diffrn_detector.detector ..._diffrn.ambient_temp / _diffrn_detector.detector / _diffrn_detector.pdbx_collection_date / _diffrn_detector.type / _diffrn_radiation.monochromator / _diffrn_radiation.pdbx_diffrn_protocol / _diffrn_radiation.pdbx_monochromatic_or_laue_m_l / _diffrn_radiation.pdbx_scattering_type / _diffrn_radiation_wavelength.wavelength / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_beamline / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _diffrn_source.pdbx_wavelength / _diffrn_source.pdbx_wavelength_list / _diffrn_source.source / _diffrn_source.type / _refine.B_iso_mean / _refine.ls_R_factor_R_free / _refine.ls_R_factor_R_work / _refine.ls_R_factor_obs / _refine.ls_d_res_high / _refine.ls_d_res_low / _refine.ls_number_reflns_R_free / _refine.ls_number_reflns_obs / _refine.ls_percent_reflns_R_free / _refine.ls_percent_reflns_obs / _refine.occupancy_max / _refine.occupancy_min / _refine.overall_SU_ML / _refine.pdbx_ls_sigma_F / _refine.pdbx_overall_phase_error / _refine.pdbx_refine_id / _refine_ls_shell.R_factor_R_free / _refine_ls_shell.R_factor_R_work / _refine_ls_shell.d_res_high / _refine_ls_shell.d_res_low / _refine_ls_shell.number_reflns_R_free / _refine_ls_shell.number_reflns_R_work / _refine_ls_shell.pdbx_refine_id / _refine_ls_shell.percent_reflns_obs / _reflns.d_resolution_high / _reflns.d_resolution_low / _reflns.number_all / _reflns.number_obs / _reflns.pdbx_Rmerge_I_obs / _reflns.pdbx_netI_over_sigmaI / _reflns.pdbx_redundancy / _reflns.percent_possible_obs / _reflns_shell.Rmerge_I_obs / _reflns_shell.d_res_high / _reflns_shell.d_res_low / _reflns_shell.meanI_over_sigI_obs / _reflns_shell.pdbx_redundancy / _reflns_shell.percent_possible_all
改定 1.32024年2月28日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / refine_hist / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _refine_hist.d_res_high / _refine_hist.d_res_low / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Type-3 ice-structuring protein HPLC 12


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)6,8941
ポリマ－6,8941
非ポリマー00
水75742
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)32.730, 39.120, 46.540
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Type-3 ice-structuring protein HPLC 12 / Antifreeze protein QAE(HPLC 12) / ISP type III HPLC 12


分子量: 6894.129 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Zoarces americanus (魚類) / プラスミド: pET-28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P19614
#2: 化合物 ChemComp-DOD / water / 重水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 42 / 由来タイプ: 天然 / 式: D2O

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実験情報

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実験

実験
手法使用した結晶の数
中性子回折1
X線回折1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.16 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.08 %
結晶化温度: 285 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.2
詳細: 10mg/ml protein in 50 mM sodium acetate pD 5.2. Drops containing 20 ml protein solution and 30 ml precipitant buffer (2.1 M ammonium sulfate, 9% d8-glycerol) were equilibrated against 1 ml ...詳細: 10mg/ml protein in 50 mM sodium acetate pD 5.2. Drops containing 20 ml protein solution and 30 ml precipitant buffer (2.1 M ammonium sulfate, 9% d8-glycerol) were equilibrated against 1 ml precipitant buffer in the reservoir, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 285K

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
22981
放射光源
由来サイトビームラインタイプID波長 (Å)
シンクロトロンESRF ID23-110.6525
NUCLEAR REACTOROTHER23.18-4.22
検出器
タイプID検出器日付
DECTRIS PILATUS 6M1PIXEL
Image Plate2LADI-III2008年5月28日
放射
IDプロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-IDモノクロメーター
1SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2LAUELneutron1NiTi Multilayer Filter
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.65251
23.181
34.221
反射

Entry-ID: 4NY6

解像度 (Å)Num. allNum. obs% possible obs (%)冗長度 (%)Rmerge(I) obsDiffraction-IDNet I/σ(I)
1.05-502853499.76.10.048132.5
1.8-46.525916519489.311.10.136214
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsDiffraction-ID% possible all
1.05-1.090.6382.66199.9
1.8-1.93.50.1696.6271.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
QLDデータ収集
PHENIXモデル構築
PHENIX(phenix.refine: 1.8_1069)精密化
LAUEGENデータ削減
LSCALEデータスケーリング
SCALAデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 立体化学のターゲット値: Joint X-ray/neutron ML / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

解像度 (Å)Refine-IDBiso mean (Å2)Rfactor RfreeRfactor RworkRfactor obsNum. reflection RfreeNum. reflection obs% reflection Rfree (%)% reflection obs (%)Occupancy maxOccupancy minSU MLDiffraction-IDσ(F)位相誤差
1.05-18.965X-RAY DIFFRACTION16.96090.18810.17030.1712142628511599.82100.0911.3418.06
1.85-26.772NEUTRON DIFFRACTION0.22450.17570.178224648975.0289.940.16218.78
Refine funct minimized
Refine-IDタイプ
NEUTRON DIFFRACTIONJoint X-ray/neutron ML
X-RAY DIFFRACTIONJoint X-ray/neutron ML
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.05→18.965 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数479 0 0 42 521
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
NEUTRON DIFFRACTIONf_bond_d0.0131232
NEUTRON DIFFRACTIONf_angle_d1.3022179
NEUTRON DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.259323
NEUTRON DIFFRACTIONf_chiral_restr0.08103
NEUTRON DIFFRACTIONf_plane_restr0.006189
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.05-1.08750.27451410.23282676X-RAY DIFFRACTION100
1.0875-1.13110.17031390.16912654X-RAY DIFFRACTION100
1.1311-1.18250.15471410.15082659X-RAY DIFFRACTION100
1.1825-1.24490.18981400.16192677X-RAY DIFFRACTION100
1.2449-1.32290.17841430.15792694X-RAY DIFFRACTION100
1.3229-1.4250.15821400.15022686X-RAY DIFFRACTION100
1.425-1.56830.18971430.16442709X-RAY DIFFRACTION100
1.5683-1.79510.19841430.16912727X-RAY DIFFRACTION100
1.7951-2.2610.16631450.16462743X-RAY DIFFRACTION100
2.261-18.96840.20111510.17712860X-RAY DIFFRACTION99
1.8502-2.33090.21421150.16692186NEUTRON DIFFRACTION87
2.3309-26.77510.23151310.18122465NEUTRON DIFFRACTION93

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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