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- PDB-5dm3: Crystal Structure of Glutamine Synthetase from Chromohalobacter s... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5dm3
タイトルCrystal Structure of Glutamine Synthetase from Chromohalobacter salexigens DSM 3043(Csal_0679, TARGET EFI-550015) with bound ADP
要素L-glutamine synthetase
キーワードLIGASE / ENZYME FUNCTION INITIATIVE / EFI / Structural Genomics
機能・相同性
機能・相同性情報


glutamine synthetase / glutamine biosynthetic process / glutamine synthetase activity / nucleotide binding
類似検索 - 分子機能
Glutamine synthetase, N-terminal domain superfamily / Glutamine synthetase, catalytic domain / Glutamine synthetase, catalytic domain / Glutamine synthetase, catalytic domain / Glutamine synthetase/guanido kinase, catalytic domain
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / L-glutamine synthetase
類似検索 - 構成要素
生物種Chromohalobacter salexigens (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Yadava, U. / Vetting, M.W. / Al Obaidi, N.F. / Toro, R. / Morisco, L.L. / Benach, J. / Koss, J. / Wasserman, S.R. / Attonito, J.D. / Scott Glenn, A. ...Yadava, U. / Vetting, M.W. / Al Obaidi, N.F. / Toro, R. / Morisco, L.L. / Benach, J. / Koss, J. / Wasserman, S.R. / Attonito, J.D. / Scott Glenn, A. / Chamala, S. / Chowdhury, S. / Lafleur, J. / Love, J. / Seidel, R.D. / Whalen, K.L. / Gerlt, J.A. / Almo, S.C. / Enzyme Function Initiative (EFI)
引用ジャーナル: To be published
タイトル: Crystal Structure of Glutamine Synthetase from Chromohalobacter salexigens DSM 3043(Csal_0679, TARGET EFI-550015) with bound ADP
著者: Yadava, U. / Vetting, M.W. / Al Obaidi, N.F. / Toro, R. / Morisco, L.L. / Benach, J. / Koss, J. / Wasserman, S.R. / Attonito, J.D. / Scott Glenn, A. / Chamala, S. / Chowdhury, S. / Lafleur, J. ...著者: Yadava, U. / Vetting, M.W. / Al Obaidi, N.F. / Toro, R. / Morisco, L.L. / Benach, J. / Koss, J. / Wasserman, S.R. / Attonito, J.D. / Scott Glenn, A. / Chamala, S. / Chowdhury, S. / Lafleur, J. / Love, J. / Seidel, R.D. / Whalen, K.L. / Gerlt, J.A. / Almo, S.C. / Enzyme Function Initiative (EFI)
履歴
登録2015年9月7日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年9月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年9月27日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_prerelease_seq / pdbx_struct_oper_list
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: L-glutamine synthetase
B: L-glutamine synthetase
C: L-glutamine synthetase
D: L-glutamine synthetase
E: L-glutamine synthetase
F: L-glutamine synthetase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)322,55712
ポリマ－319,9946
非ポリマー2,5636
水1,06359
1
A: L-glutamine synthetase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)53,7602
ポリマ－53,3321
非ポリマー4271
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: L-glutamine synthetase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)53,7602
ポリマ－53,3321
非ポリマー4271
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: L-glutamine synthetase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)53,7602
ポリマ－53,3321
非ポリマー4271
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
4
D: L-glutamine synthetase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)53,7602
ポリマ－53,3321
非ポリマー4271
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
5
E: L-glutamine synthetase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)53,7602
ポリマ－53,3321
非ポリマー4271
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
6
F: L-glutamine synthetase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)53,7602
ポリマ－53,3321
非ポリマー4271
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
7
A: L-glutamine synthetase
B: L-glutamine synthetase
C: L-glutamine synthetase
D: L-glutamine synthetase
E: L-glutamine synthetase
F: L-glutamine synthetase
ヘテロ分子

A: L-glutamine synthetase
B: L-glutamine synthetase
C: L-glutamine synthetase
D: L-glutamine synthetase
E: L-glutamine synthetase
F: L-glutamine synthetase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)645,11524
ポリマ－639,98912
非ポリマー5,12612
水21612
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_555-x,y,-z+1/21
Buried area47790 Å2
ΔGint-98 kcal/mol
Surface area166760 Å2
手法PISA
8
A: L-glutamine synthetase
ヘテロ分子

E: L-glutamine synthetase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)107,5194
ポリマ－106,6652
非ポリマー8542
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_555-x,y,-z+1/21
Buried area3810 Å2
ΔGint-20 kcal/mol
Surface area31210 Å2
手法PISA
9
B: L-glutamine synthetase
ヘテロ分子

B: L-glutamine synthetase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)107,5194
ポリマ－106,6652
非ポリマー8542
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_555-x,y,-z+1/21
Buried area3630 Å2
ΔGint-18 kcal/mol
Surface area32870 Å2
手法PISA
10
C: L-glutamine synthetase
ヘテロ分子

F: L-glutamine synthetase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)107,5194
ポリマ－106,6652
非ポリマー8542
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_555-x,y,-z+1/21
Buried area3680 Å2
ΔGint-24 kcal/mol
Surface area32280 Å2
手法PISA
11
D: L-glutamine synthetase
ヘテロ分子

D: L-glutamine synthetase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)107,5194
ポリマ－106,6652
非ポリマー8542
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_555-x,y,-z+1/21
Buried area3520 Å2
ΔGint-25 kcal/mol
Surface area32560 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)132.983, 221.339, 199.353
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11D-613-

HOH

-
要素

#1: タンパク質
L-glutamine synthetase


分子量: 53332.375 Da / 分子数: 6 / 断片: Glutamine Synthatase / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Chromohalobacter salexigens (strain DSM 3043 / ATCC BAA-138 / NCIMB 13768) (バクテリア)
株: DSM 3043 / ATCC BAA-138 / NCIMB 13768 / 遺伝子: Csal_0679 / プラスミド: pET / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q1QZR8, glutamine synthetase
#2: 化合物
ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP


分子量: 427.201 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O10P2 / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 59 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.29 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.34 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: Protein (5mM MgCl2, 5mM ATP, 10 mM HEPES pH 7.5, 5 mM DTT); Reservoir (.1 M Sodium Citrate:HCl pH 5.6, 10% (w/v) PEG 4000, 10% (v/v) 2-Propanol); Cryoprotection (20% Ethylene glycol, 80% Reservoir)

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 31-ID / 波長: 0.9793 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX225HE / 検出器: CCD / 日付: 2015年8月13日 / 詳細: MIRRORS
放射モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9793 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.6→199.35 Å / Num. obs: 90297 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 7.2 % / Biso Wilson estimate: 58.52 Å2 / CC1/2: 0.994 / Rmerge(I) obs: 0.171 / Rpim(I) all: 0.068 / Net I/σ(I): 7.1 / Num. measured all: 654205 / Scaling rejects: 214
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique allCC1/2Rpim(I) all% possible all
2.6-2.645.11.7110.82255443870.3070.80998.9
14.24-199.3560.07814.637126230.990.03399

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DIALS0.5.12データスケーリング
PHASER位相決定
PHENIX精密化
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
DIALSデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4LNI

4lni


解像度: 2.6→74.064 Å / SU ML: 0.46 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 29.23 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2741 4511 5 %
Rwork0.2007 85650 -
obs0.2043 90161 99.82 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 194.19 Å2 / Biso mean: 60.585 Å2 / Biso min: 21.65 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.6→74.064 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数17602 0 162 60 17824
Biso mean--95.11 53.24 -
残基数----2305
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00918156
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.22924647
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0452775
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0063140
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.8916447
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 30

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.6-2.62950.41311410.32462764290597
2.6295-2.66050.38381550.31628252980100
2.6605-2.69290.38661640.299228102974100
2.6929-2.7270.38511560.292428112967100
2.727-2.76290.38451620.292728372999100
2.7629-2.80070.35441590.270328222981100
2.8007-2.84080.30421770.247627812958100
2.8408-2.88320.32721860.251228423028100
2.8832-2.92820.33781510.246528172968100
2.9282-2.97620.34181600.237928212981100
2.9762-3.02750.35241480.250828382986100
3.0275-3.08260.34061370.242328673004100
3.0826-3.14190.3261500.239928252975100
3.1419-3.2060.31381380.22828482986100
3.206-3.27570.32821350.218528582993100
3.2757-3.35190.31031330.222228652998100
3.3519-3.43580.27071340.20128492983100
3.4358-3.52870.31171480.201928583006100
3.5287-3.63250.28721450.200128693014100
3.6325-3.74970.25111300.197328612991100
3.7497-3.88370.25891520.192928783030100
3.8837-4.03920.2251920.168128153007100
4.0392-4.2230.2321420.168828783020100
4.223-4.44570.24831460.164228903036100
4.4457-4.72420.21691230.163728752998100
4.7242-5.08880.22871200.165929123032100
5.0888-5.60080.27481580.178429043062100
5.6008-6.41080.26461370.229163053100
6.4108-8.07540.25381660.197929263092100
8.0754-74.09440.23161660.18242988315498
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.4865-0.46470.81932.3907-0.71521.06180.0690.15180.2561-0.5066-0.0631-0.3253-0.20560.4307-0.06420.4996-0.02880.03350.4987-0.04410.405725.6037-43.02036.069
21.1010.0181-1.14411.6266-0.07771.42750.0077-0.0125-0.1408-0.1616-0.1084-0.03020.1930.15820.04120.46130.0110.0040.463-0.01540.365523.544-58.266814.5404
30.9366-0.1196-0.21351.95380.07461.08360.17790.147-0.44670.1221-0.187-0.21680.51660.06460.00290.54960.0984-0.03810.4886-0.05030.571633.4396-71.646120.9532
42.0671-0.5108-2.86810.40011.50095.22040.0941-0.0632-0.2804-0.1796-0.19020.1476-0.64850.21940.19790.35270.11-0.00860.5722-0.0110.542640.8294-56.598132.8725
52.10150.92090.19181.64180.05571.5704-0.08060.20930.204-0.24650.26030.139-0.1452-0.1549-0.13930.43770.05630.03190.440.11520.4175-20.4279-3.263217.3363
61.15791.62920.55484.1-0.25280.79740.1820.07290.3481-0.6386-0.0921-0.013-0.4388-0.2870.02310.63570.04810.15110.39450.08880.5643-15.452913.010920.9686
72.3548-0.07660.01681.79471.01361.88950.1653-0.05070.03840.052-0.1323-0.09610.15260.4128-0.07950.5075-0.00420.09350.37880.04090.34512.9828-4.846521.046
80.7031-0.52820.27231.8655-0.04962.13730.0393-0.11740.12680.02780.0881-0.0137-0.40720.1081-0.12440.5211-0.01040.11060.4015-0.0090.44762.31578.615225.1999
91.43630.0914-0.18055.4199-2.51086.05950.1077-0.29980.03830.5674-0.5214-0.9945-0.4210.68380.33050.6064-0.20390.00760.7748-0.12060.613313.93913.958830.157
100.61820.3310.34310.4712-0.66281.76780.1183-0.06060.06120.0986-0.1129-0.1476-0.6230.3787-0.01030.7278-0.1220.07630.4904-0.02570.55414.455117.649324.9067
111.5859-1.2560.44233.5079-2.28463.3097-0.2374-0.30360.2955-0.1650.4292-0.0838-0.4292-0.7365-0.05430.62070.03640.09150.4321-0.10030.4926-6.461312.139343.6778
123.2373-0.44550.17731.4746-0.7721.183-0.05420.12230.18230.010.046-0.0743-0.2254-0.12510.02340.45090.01010.03570.36120.03580.353516.6858-6.765411.2564
131.61770.29430.51151.86820.40761.8875-0.04350.06650.0298-0.15050.0379-0.11090.268-0.19180.00770.36210.00310.03190.4352-0.02180.3526.1041-23.940516.3615
141.53370.21530.34061.3202-0.31241.80830.05110.2541-0.16-0.06090.025-0.32070.2740.4428-0.08010.41510.0642-0.03890.5835-0.0390.526244.0175-20.712219.1756
151.54360.223-1.35391.6913-1.62352.66880.07790.01350.37280.34060.16260.1043-0.5753-0.1503-0.0520.5318-0.2024-0.05340.53-0.11230.511236.0429-8.699734.2063
161.98071.1973-0.88962.5517-0.00981.8882-0.22810.15070.1281-0.26880.1508-0.09380.19430.24230.04680.44620.0214-0.01770.4642-0.05540.39544.0827-71.304112.4642
171.59170.33660.14611.1478-0.26011.3520.0077-0.0339-0.0797-0.0236-0.00910.13680.1787-0.1983-0.01070.37380.0034-0.08210.3337-0.01680.3424-11.579-77.013524.1456
180.46570.49490.61391.5051.37632.57570.0514-0.2017-0.18780.36110.0565-0.05250.4308-0.0914-0.10510.52450.0079-0.08610.38130.06420.4807-9.1089-88.941536.0772
193.3403-0.8123-1.14761.6604-0.83981.56520.02920.2909-0.2461-0.2349-0.0740.13210.2385-0.2260.04220.4004-0.0461-0.12630.4161-0.02490.4233-32.2242-66.227421.8338
201.6170.1020.6561.7521-0.00982.16340.10860.0041-0.00590.0942-0.09840.3614-0.2023-0.2382-0.00430.2895-0.015-0.08320.42030.01180.4521-40.8422-49.618230.5132
212.01970.35510.28671.5987-0.98092.05570.22970.4052-0.11930.072-0.02920.1206-0.0416-0.2908-0.15550.41550.0677-0.02360.4827-0.02020.4578-42.6238-50.508133.8754
221.6592-0.5897-0.08080.3036-0.03041.55520.0899-0.0303-0.02230.0960.11630.3204-0.1772-0.4546-0.17390.3437-0.00840.05590.55440.12290.6204-54.5349-53.482243.0688
233.15542.98222.99873.59042.49263.44160.15550.1879-0.43890.5950.42580.25760.493-0.2209-0.39230.565-0.06720.02910.53550.18310.5486-40.1126-65.163252.3784
241.44560.059-0.70363.42121.15351.2985-0.03910.11820.0185-0.2296-0.09620.3252-0.0445-0.32470.10960.36280.0428-0.09880.4890.09390.467-42.8084-31.290423.2684
250.95520.5848-0.32891.70590.11861.71210.01850.12130.1973-0.1830.03470.0523-0.114-0.0422-0.05590.40950.0812-0.01680.41740.09370.4501-34.7889-15.763430.7211
261.40980.15590.14531.72780.32931.56-0.05520.18090.34610.24940.02910.0663-0.5964-0.1068-0.03610.47010.11510.06290.42550.14030.5706-44.8495-0.128837.1531
272.77640.06860.72580.7471-0.45561.44850.1795-0.21290.0875-0.08040.13150.2721-0.0373-0.4257-0.23080.45180.09850.08890.50020.04860.4621-45.5123-16.755852.3019
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 4 through 99 )A0
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 100 through 242 )A0
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 243 through 409 )A0
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 410 through 451 )A0
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 3 through 99 )B0
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 100 through 134 )B0
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 135 through 220 )B0
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 221 through 315 )B0
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 316 through 340 )B0
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 341 through 400 )B0
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resid 401 through 451 )B0
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'C' and (resid 6 through 119 )C0
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'C' and (resid 120 through 242 )C0
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'C' and (resid 243 through 409 )C0
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'C' and (resid 410 through 451 )C0
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'D' and (resid 4 through 99 )D0
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'D' and (resid 100 through 285 )D0
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'D' and (resid 286 through 451 )D0
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'E' and (resid 4 through 119 )E0
20X-RAY DIFFRACTION20chain 'E' and (resid 120 through 220 )E0
21X-RAY DIFFRACTION21chain 'E' and (resid 221 through 285 )E0
22X-RAY DIFFRACTION22chain 'E' and (resid 286 through 400 )E0
23X-RAY DIFFRACTION23chain 'E' and (resid 401 through 451 )E0
24X-RAY DIFFRACTION24chain 'F' and (resid 5 through 99 )F0
25X-RAY DIFFRACTION25chain 'F' and (resid 100 through 260 )F0
26X-RAY DIFFRACTION26chain 'F' and (resid 261 through 400 )F0
27X-RAY DIFFRACTION27chain 'F' and (resid 401 through 450 )F0

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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