PDB-5dkv: Crystal Structure of an ABC transporter Solute Binding Protein fr...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5dkv

タイトル

Crystal Structure of an ABC transporter Solute Binding Protein from Agrobacterium vitis(Avis_5339, TARGET EFI-511225) bound with alpha-D-Tagatopyranose

要素

ABC transporter substrate binding protein (Ribose)

キーワード

SUGAR BINDING PROTEIN / Solute Binding Protein / ENZYME FUNCTION INITIATIVE / EFI / Structural Genomics

機能・相同性

Periplasmic binding protein / Periplasmic binding protein domain / Twin arginine translocation (Tat) signal profile. / Twin-arginine translocation pathway, signal sequence / Periplasmic binding protein-like I / carbohydrate binding / periplasmic space / alpha-D-tagatopyranose / ABC transporter substrate binding protein (Ribose)

機能・相同性情報

生物種

Agrobacterium vitis (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.68 Å

データ登録者

Yadava, U. / Al Obaidi, N.F. / Morisco, L.L. / Benach, J. / Koss, J. / Wasserman, S.R. / Attonito, J.D. / Scott Glenn, A. / Chamala, S. / Chowdhury, S. ...

引用

ジャーナル: To be published
タイトル: Crystal Structure of an ABC transporter Solute Binding Protein from Agrobacterium vitis(Avis_5339, TARGET EFI-511225) bound with alpha-D-Tagatopyranose
著者: Yadava, U. / Al Obaidi, N.F. / Morisco, L.L. / Benach, J. / Koss, J. / Wasserman, S.R. / Attonito, J.D. / Scott Glenn, A. / Chamala, S. / Chowdhury, S. / Lafleur, J. / Love, J. / Seidel, R.D. ...

履歴

登録	2015年9月4日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2015年9月30日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.0	2017年11月15日	Group: Advisory / Atomic model / Derived calculations カテゴリ: atom_site / pdbx_struct_oper_list / pdbx_validate_close_contact Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_1
改定 3.0	2020年7月29日	Group: Atomic model / Data collection / Derived calculations カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / pdbx_chem_comp_identifier / struct_site / struct_site_gen Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _chem_comp.type 解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 3.1	2023年9月27日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5dkv.cif.gz	663.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5dkv.ent.gz	555.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5dkv.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dk/5dkv ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dk/5dkv	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4rxtS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	5ub4-1 3cvg-1 4le7-2 2cft-d 2wa7-d 4otp-d 3ue6-3 4ry0-d 5ub4-2 3tcx-10 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetTrack: EFI_511225

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#220 - 2018年4月脱ハロゲン酵素 (Dehalogenases) 類似性 (2) #111 - 2009年3月ヒドロゲナーゼ (Hydrogenase) 類似性 (2)

登録構造単位

A: ABC transporter substrate binding protein (Ribose)

B: ABC transporter substrate binding protein (Ribose)

C: ABC transporter substrate binding protein (Ribose)

D: ABC transporter substrate binding protein (Ribose)

ヘテロ分子

137 kDa, 4 ポリマー
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1

A: ABC transporter substrate binding protein (Ribose)

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
34.2 kDa, 1 ポリマー
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2

B: ABC transporter substrate binding protein (Ribose)

ヘテロ分子

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3

C: ABC transporter substrate binding protein (Ribose)

ヘテロ分子

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4

D: ABC transporter substrate binding protein (Ribose)

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
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単位格子

Length a, b, c (Å)	56.181, 65.887, 79.660
Angle α, β, γ (deg.)	87.410, 90.260, 82.230
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1

#1: タンパク質

ABC transporter substrate binding protein (Ribose)

分子量: 33987.148 Da / 分子数: 4 / 断片: Solute Binding Protein / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Agrobacterium vitis (strain S4 / ATCC BAA-846) (バクテリア)
株: S4 / ATCC BAA-846 / 遺伝子: rbsB, Avi_5339 / プラスミド: pET / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: B9K0T2

#2: 糖

ChemComp-T6T / alpha-D-tagatopyranose / alpha-D-tagatose / D-tagatose / tagatose / α-D-タガトピラノ-ス

タイプ: D-saccharide, alpha linking / 分子量: 180.156 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C₆H₁₂O₆

#3: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 1770 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.15 Å³/Da / 溶媒含有率: 42.7 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: Protein (10mM D-tagatose, 10 mM HEPES, 5 mM DTT); Reservoir (0.1M Bis-Tris:HCl, 25%(w/v) PEG 3350); Cryoprotection (20% Diethylene glycol, 80% Reservoir)

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 31-ID / 波長: 0.9793 Å

検出器

タイプ: RAYONIX MX225HE / 検出器: CCD / 日付: 2015年8月12日 / 詳細: MIRRORS

放射

モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9793 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.68→50 Å / Num. obs: 125026 / % possible obs: 97.2 % / 冗長度: 4 % / B_iso Wilson estimate: 13.09 Å² / R_merge(I) obs: 0.097 / R_pim(I) all: 0.057 / R_rim(I) all: 0.113 / Χ²: 0.961 / Net I/av σ(I): 13.053 / Net I/σ(I): 9.3 / Num. measured all: 496260

反射シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique all	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Χ²	% possible all
1.68-1.71	3.7	0.285	6111	0.908	0.175	0.336	0.842	95.1
1.71-1.74	4	0.266	6196	0.932	0.154	0.307	0.855	96
1.74-1.77	4	0.247	6147	0.941	0.143	0.285	0.878	95.9
1.77-1.81	4	0.227	6183	0.952	0.131	0.262	0.919	96.1
1.81-1.85	4	0.199	6126	0.961	0.115	0.23	0.911	96.1
1.85-1.89	4	0.183	6220	0.968	0.106	0.211	0.949	96.5
1.89-1.94	4	0.164	6274	0.972	0.095	0.189	0.983	96.5
1.94-1.99	4	0.149	6186	0.971	0.086	0.172	0.968	96.8
1.99-2.05	4	0.138	6199	0.977	0.08	0.159	1.017	97
2.05-2.12	4	0.127	6247	0.978	0.073	0.146	1	97
2.12-2.19	4	0.117	6261	0.981	0.068	0.135	1.015	97.3
2.19-2.28	4	0.112	6262	0.982	0.065	0.129	1.056	97.4
2.28-2.38	4	0.107	6269	0.982	0.062	0.123	1.027	97.7
2.38-2.51	4	0.102	6310	0.984	0.059	0.117	1.008	97.9
2.51-2.67	4	0.098	6314	0.984	0.056	0.113	1.003	98.1
2.67-2.87	4	0.096	6339	0.982	0.055	0.111	1.005	98.3
2.87-3.16	4	0.094	6314	0.985	0.054	0.108	1.05	98.5
3.16-3.62	4	0.086	6367	0.986	0.05	0.1	1.025	98.9
3.62-4.56	4	0.079	6365	0.987	0.046	0.091	0.916	99.2
4.56-50	3.9	0.069	6336	0.99	0.041	0.081	0.771	98.4

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
HKL-2000		データスケーリング
PHENIX		精密化
PDB_EXTRACT	3.15	データ抽出
HKL-3000		データ削減
BALBES		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4RXT

4rxt

解像度: 1.68→29.96 Å / SU ML: 0.15 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.99 / 位相誤差: 16.07 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1713	6243	5 %
R_work	0.1329	118673	-
obs	0.1348	124916	97 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 79.11 Å² / B_iso mean: 18.1038 Å² / B_iso min: 5.8 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.68→29.96 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	8785	0	96	1776	10657
B_iso mean	-	-	9.78	30.82	-
残基数	-	-	-	-	1199

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.01	9063
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.266	12355
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.053	1445
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.007	1629
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.448	3201

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 30

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
1.6804-1.6995	0.2483	206	0.1782	3636	3842	90
1.6995-1.7195	0.2123	181	0.1635	3899	4080	95
1.7195-1.7405	0.1947	212	0.1525	3971	4183	96
1.7405-1.7625	0.2194	216	0.1505	3868	4084	96
1.7625-1.7857	0.1769	226	0.1495	3836	4062	96
1.7857-1.8102	0.2176	198	0.1483	3982	4180	96
1.8102-1.836	0.1962	203	0.1488	3899	4102	96
1.836-1.8634	0.198	192	0.1446	3946	4138	96
1.8634-1.8925	0.168	198	0.1377	3936	4134	96
1.8925-1.9235	0.1925	234	0.1373	3930	4164	97
1.9235-1.9567	0.1819	202	0.1394	3906	4108	96
1.9567-1.9923	0.1726	218	0.1293	3972	4190	97
1.9923-2.0306	0.1676	234	0.1315	3904	4138	97
2.0306-2.072	0.1612	192	0.1306	3958	4150	97
2.072-2.1171	0.1796	217	0.1294	3971	4188	97
2.1171-2.1663	0.1868	188	0.1249	3979	4167	97
2.1663-2.2205	0.1526	218	0.1184	3961	4179	97
2.2205-2.2805	0.1496	189	0.1208	4000	4189	97
2.2805-2.3476	0.1693	202	0.1188	4011	4213	98
2.3476-2.4233	0.1546	216	0.1226	3983	4199	98
2.4233-2.5099	0.1694	206	0.1219	3966	4172	98
2.5099-2.6103	0.1666	224	0.1216	3993	4217	98
2.6103-2.729	0.1694	201	0.1259	4012	4213	98
2.729-2.8728	0.174	193	0.1362	4045	4238	98
2.8728-3.0526	0.1777	213	0.1421	3982	4195	98
3.0526-3.2881	0.1667	209	0.1467	4039	4248	99
3.2881-3.6184	0.188	211	0.1379	4049	4260	99
3.6184-4.1409	0.1506	218	0.1258	4015	4233	99
4.1409-5.2126	0.1366	199	0.1143	4066	4265	99
5.2126-29.9651	0.1697	227	0.1461	3958	4185	97

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.8958	0.4212	0.2586	0.7702	-0.2889	0.3671	0.0393	-0.1814	0.1611	0.3052	-0.0895	0.0144	0.0232	-0.0473	0.0212	0.1828	-0.0157	0.0238	0.1242	-0.0005	0.1243	53.8446	19.9567	56.5865
2	1.5525	-1.3965	-1.9144	2.6428	2.4667	3.9873	-0.1025	-0.1424	-0.0077	0.129	0.011	-0.0617	-0.033	0.1716	0.0589	0.0935	-0.0019	-0.0076	0.0933	0.0122	0.0819	61.4156	20.7291	52.3371
3	0.4854	0.1053	-0.0242	1.0061	0.1763	0.2008	-0.0247	-0.0487	-0.0921	0.0239	0.0247	0.0629	0.0156	0.0124	-0.0023	0.132	0.004	0.0197	0.0879	0.0159	0.1081	52.7231	8.627	50.6227
4	1.7277	-0.1871	-0.2186	1.4277	1.0618	3.0894	0.0392	-0.0084	-0.213	-0.1143	-0.0629	0.4273	0.1705	-0.275	0.0361	0.1267	-0.0165	-0.0198	0.0713	0.0178	0.1605	45.5275	12.3795	45.0519
5	1.7549	-0.3792	-0.0238	1.2859	0.4016	1.4175	0.0782	0.0348	-0.0903	-0.1294	-0.0707	0.2606	0.1135	-0.1437	-0.014	0.0998	-0.0146	-0.02	0.0995	0.0072	0.1321	47.7862	18.7892	41.5419
6	3.3801	0.2141	-0.759	0.7012	-0.5008	0.868	0.0968	0.1943	-0.1409	-0.1944	-0.0039	0.2213	0.0034	-0.2081	-0.0575	0.1155	0.0153	-0.0483	0.1245	0.0118	0.1595	46.1424	22.0321	38.6833
7	1.4393	-0.2117	-0.3524	1.2963	0.1849	1.0586	0.0692	0.0841	0.0477	-0.1338	-0.0196	-0.023	-0.0985	-0.0166	-0.0345	0.112	0.0183	-0.0087	0.1009	-0.0092	0.1009	69.2508	18.2034	25.5076
8	0.7467	-0.3463	-0.2284	0.5454	0.0961	0.5065	0.0279	0.1382	-0.0753	-0.0883	-0.0496	0.0369	-0.0183	-0.0373	0.0249	0.1343	0.014	-0.0039	0.1194	-0.0169	0.1099	68.2594	11.3397	25.1192
9	0.4145	-0.0781	-0.1248	0.4925	0.2233	0.5724	0.0144	-0.0578	0.0329	-0.0093	0.057	-0.0864	-0.0126	0.1277	-0.0599	0.0772	-0.0053	0.0016	0.0848	-0.0008	0.0976	71.7433	17.4514	37.1632
10	2.4052	-0.1458	-0.6702	0.178	0.2605	0.6246	0.1585	-0.2585	0.1798	-0.0786	0.0293	-0.1225	-0.1662	0.2344	-0.075	0.1021	-0.0465	0.0246	0.118	-0.0309	0.1413	67.7615	26.89	42.6312
11	1.0774	-0.1555	0.282	1.1216	-0.4094	0.8548	-0.0287	-0.1151	-0.0178	0.1057	0.0028	0.0028	-0.067	-0.0078	0.0297	0.1043	-0.0019	-0.0096	0.0935	-0.0178	0.0745	43.9579	33.9294	92.7056
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13	1.212	0.107	-0.0497	1.1958	-0.0729	1.5796	0.0193	0.1194	0.0423	-0.0958	0.0138	-0.2889	-0.1562	0.1669	-0.0251	0.1061	-0.0135	0.0235	0.1109	-0.0086	0.1241	55.1516	37.4416	82.5575
14	3.0285	-0.1841	0.7265	1.1001	0.5944	1.4951	-0.0049	0.1879	0.0318	-0.2881	0.0816	-0.2957	-0.1695	0.1297	-0.0548	0.114	-0.009	0.0452	0.1099	-0.0227	0.1467	55.951	30.0464	78.3267
15	2.1801	0.0803	0.9354	1.0781	0.0614	1.4381	-0.0288	0.2022	-0.0543	-0.0942	0.0401	0.0369	0.0252	0.0819	-0.0094	0.1104	-0.0055	0.0199	0.1171	-0.0023	0.0749	33.313	32.4484	64.7798
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20	0.9119	-0.071	0.1397	0.8517	-0.1863	1.164	0.0065	0.0679	0.0663	0.0528	-0.0137	-0.2639	-0.0266	0.165	0.012	0.0875	-0.0072	-0.0184	0.0966	0.0005	0.1494	61.8993	48.9569	42.1691
21	0.5903	-0.1569	0.323	0.4852	-0.1393	0.44	0.008	0.0552	0.0001	-0.0434	-0.0138	0.0093	-0.007	-0.0018	0.0083	0.0928	0.007	0.0102	0.0909	-0.0073	0.0856	41.3883	49.29	28.1209
22	0.9624	-0.2382	0.4016	0.5054	-0.1948	0.5324	0.0228	-0.0444	-0.0674	0.0313	0.0181	0.0422	0.0169	-0.0509	-0.043	0.0928	-0.0089	0.0084	0.0828	-0.0034	0.0924	41.9361	41.5545	40.8528
23	3.9473	1.9342	1.0496	2.3824	0.4009	2.6406	0.1308	-0.1801	0.0522	0.0794	0.0079	0.1805	0.0649	-0.2084	-0.1169	0.0923	-0.0109	0.0056	0.0993	0.0067	0.1207	31.734	38.6628	44.1717
24	0.6907	0.2639	0.1364	1.2546	0.1141	0.2353	-0.0004	-0.1471	-0.0935	0.2543	-0.0385	0.0406	0.0955	0.0152	0.0374	0.1388	-0.0034	0.0051	0.1245	0.0268	0.094	49.2588	-1.4305	13.657
25	1.9336	-0.1814	-0.579	1.4659	1.122	2.3825	-0.0664	0.0262	-0.2105	0.0613	0.0034	0.3092	0.101	-0.1294	0.0492	0.1123	-0.0054	0.0065	0.108	0.0265	0.1613	39.8709	-3.1728	5.9586
26	0.4287	-0.2545	-0.2003	0.622	-0.0317	0.9175	0.035	0.0065	0.0107	-0.0703	-0.0261	-0.0277	0.1278	0.0813	-0.003	0.096	0.0072	-0.0065	0.0803	0.0046	0.0842	59.4912	1.2709	-4.5748
27	3.9886	1.4302	-1.1231	1.807	0.1194	2.4941	0.1017	-0.1743	-0.0153	0.0542	-0.0318	-0.2255	-0.0858	0.2552	-0.0559	0.0799	0.0016	-0.0064	0.1411	0.0076	0.1563	70.5739	10.384	5.9926

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 27 through 44 )	A
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 45 through 61 )	A
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 62 through 88 )	A
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 89 through 112 )	A
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 113 through 129 )	A
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 130 through 146 )	A
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 147 through 177 )	A
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 178 through 222 )	A
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'A' and (resid 223 through 297 )	A
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'A' and (resid 298 through 329 )	A
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 30 through 61 )	B
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 62 through 88 )	B
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'B' and (resid 89 through 129 )	B
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'B' and (resid 130 through 146 )	B
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'B' and (resid 147 through 177 )	B
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'B' and (resid 178 through 246 )	B
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'B' and (resid 247 through 312 )	B
18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain 'B' and (resid 313 through 329 )	B
19	X-RAY DIFFRACTION	19	chain 'C' and (resid 32 through 88 )	C
20	X-RAY DIFFRACTION	20	chain 'C' and (resid 89 through 129 )	C
21	X-RAY DIFFRACTION	21	chain 'C' and (resid 130 through 246 )	C
22	X-RAY DIFFRACTION	22	chain 'C' and (resid 247 through 312 )	C
23	X-RAY DIFFRACTION	23	chain 'C' and (resid 313 through 329 )	C
24	X-RAY DIFFRACTION	24	chain 'D' and (resid 32 through 88 )	D
25	X-RAY DIFFRACTION	25	chain 'D' and (resid 89 through 112 )	D
26	X-RAY DIFFRACTION	26	chain 'D' and (resid 113 through 312 )	D
27	X-RAY DIFFRACTION	27	chain 'D' and (resid 313 through 329 )	D

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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