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- PDB-5dko: The structure of Escherichia coli ZapD -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5dko
タイトルThe structure of Escherichia coli ZapD
要素Cell division protein ZapD
キーワードREPLICATION / cell division / FtsZ ring
機能・相同性
機能・相同性情報


division septum assembly / FtsZ-dependent cytokinesis / cell division site / protein homodimerization activity / identical protein binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
YacF-like / YacF-like / YacF-like / YacF-like domains / Cell division protein ZapD / Z ring-associated protein D, C-terminal / ZapD domain superfamily / Cell division protein / Sandwich / Orthogonal Bundle ...YacF-like / YacF-like / YacF-like / YacF-like domains / Cell division protein ZapD / Z ring-associated protein D, C-terminal / ZapD domain superfamily / Cell division protein / Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Beta / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Cell division protein ZapD
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Wroblewski, C. / Kimber, M.S.
資金援助 カナダ, 1件
組織認可番号国
Natural Sciences and Engineering Research Council (NSERC, Canada) カナダ
引用ジャーナル: J.Bacteriol. / 年: 2016
タイトル: Structure and Mutational Analyses of Escherichia coli ZapD Reveal Charged Residues Involved in FtsZ Filament Bundling.
著者: Roach, E.J. / Wroblewski, C. / Seidel, L. / Berezuk, A.M. / Brewer, D. / Kimber, M.S. / Khursigara, C.M.
履歴
登録2015年9月3日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年4月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年6月1日Group: Database references
改定 1.22017年9月6日Group: Author supporting evidence / Database references / Derived calculations
カテゴリ: citation / pdbx_audit_support / pdbx_struct_oper_list
Item: _citation.journal_id_CSD / _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.32020年1月8日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.42023年9月27日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cell division protein ZapD
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,2904
ポリマ－30,0011
非ポリマー2883
水18010
1
A: Cell division protein ZapD
ヘテロ分子

A: Cell division protein ZapD
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)60,5798
ポリマ－60,0032
非ポリマー5766
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation11_555-x+y,y,-z1
Buried area4650 Å2
ΔGint-80 kcal/mol
Surface area24700 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)108.900, 108.900, 106.970
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number181
Space group name H-MP6422
対称性点対称性: (シェーンフリース記号: C2 (2回回転対称))
らせん対称: (回転対称性: 2 )
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-303-

SO4

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要素

#1: タンパク質 Cell division protein ZapD / Z ring-associated protein D


分子量: 30001.416 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K12 / 遺伝子: zapD, yacF, b0102, JW0099 / プラスミド: pBAD24 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): (DE3) pLysS / 参照: UniProt: P36680
#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.05 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.69 % / 解説: hexagonal prisms
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 15 mg/ml ZapD with 1.2 M ammonium sulfate, 100 mM HEPES, pH 7.5, 10 % PEG 600

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CLSI / ビームライン: 08ID-1 / 波長: 0.97888 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX-300 / 検出器: CCD / 日付: 2014年12月12日
放射モノクロメーター: Accel/Bruker double crystal monochromator
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97888 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→50 Å / Num. all: 26464 / Num. obs: 26464 / % possible obs: 95.2 % / 冗長度: 7.9 % / Biso Wilson estimate: 54.8 Å2 / Rsym value: 0.078 / Net I/σ(I): 13.7
反射 シェル解像度: 2.4→2.46 Å / Rmerge(I) obs: 0.76 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / % possible all: 96.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(phenix.refine: 1.9_1692)精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 2OEZ

2oez


解像度: 2.4→48.525 Å / SU ML: 0.33 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 38.62 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2881 2628 9.93 %random
Rwork0.2468 ---
obs0.2511 26453 95.22 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 74.3 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-43.69 Å20 Å20 Å2
2--43.69 Å20 Å2
3---100.27 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.4→48.525 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1976 0 15 10 2001
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0032031
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.6652744
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.094763
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.025310
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004358
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.4-2.44380.40611400.35141264X-RAY DIFFRACTION96
2.4438-2.49080.37181350.32781256X-RAY DIFFRACTION94
2.4908-2.54160.43521430.34511262X-RAY DIFFRACTION96
2.5416-2.59690.37451370.33061208X-RAY DIFFRACTION93
2.5969-2.65730.4461370.35911246X-RAY DIFFRACTION94
2.6573-2.72370.39281340.33891231X-RAY DIFFRACTION93
2.7237-2.79740.43271300.36831197X-RAY DIFFRACTION92
2.7974-2.87970.42031320.34481237X-RAY DIFFRACTION93
2.8797-2.97260.36491330.34121215X-RAY DIFFRACTION93
2.9726-3.07880.38641350.32851231X-RAY DIFFRACTION94
3.0788-3.20210.29581390.33741259X-RAY DIFFRACTION94
3.2021-3.34780.41191350.31111220X-RAY DIFFRACTION94
3.3478-3.52420.30671370.26781240X-RAY DIFFRACTION95
3.5242-3.7450.28661370.2521265X-RAY DIFFRACTION95
3.745-4.0340.20191440.22761262X-RAY DIFFRACTION96
4.034-4.43970.27031440.2061280X-RAY DIFFRACTION98
4.4397-5.08150.25981450.17651307X-RAY DIFFRACTION99
5.0815-6.39990.23861460.21961326X-RAY DIFFRACTION100
6.3999-48.53510.20471450.1751319X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.5293-0.75741.96124.75691.49872.5054-0.05010.85040.6043-0.24320.07850.0014-0.24160.49580.01040.4248-0.01240.09560.79530.23140.769624.5361-36.452216.5144
20.4621-0.01881.10330.2445-0.14432.9547-0.1198-0.06130.07060.071-0.14420.06550.1297-0.25330.22150.4626-0.00340.17820.6653-0.06410.719-4.3286-34.754616.1257
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1( CHAIN A AND ( RESID 3:12 OR RESID 179:247 ) )A3 - 12
2X-RAY DIFFRACTION1( CHAIN A AND ( RESID 3:12 OR RESID 179:247 ) )A179 - 247
3X-RAY DIFFRACTION2( CHAIN A AND RESID 13:178 )A13 - 178

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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