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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5dk6 | ||||||
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タイトル | CRYSTAL STRUCTURE OF A 5'-METHYLTHIOADENOSINE/S-ADENOSYLHOMOCYSTEINE (MTA/SAH) NUCLEOSIDASE (MTAN) FROM COLWELLIA PSYCHRERYTHRAEA 34H (CPS_4743, TARGET PSI-029300) IN COMPLEX WITH ADENINE AT 2.27 A RESOLUTION | ||||||
要素 | 5'-methylthioadenosine/S-adenosylhomocysteine nucleosidase | ||||||
キーワード | HYDROLASE / MTA/SAH NUCLEOSIDASE FAMILY / MTAN / GAMMAPROTEOBACTERIA / Vibrio psychroerythus / ADENINE / PROTEIN-LIGAND COMPLEX / PROTEIN STRUCTURE INITIATIVE / PSI-Biology / Structural Genomics / New York Structural Genomics Research Consortium / NYSGRC | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 adenosylhomocysteine nucleosidase / adenosylhomocysteine nucleosidase activity / methylthioadenosine nucleosidase activity / nucleoside catabolic process / L-methionine salvage from S-adenosylmethionine / L-methionine salvage from methylthioadenosine 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Colwellia psychrerythraea (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.27 Å | ||||||
データ登録者 | Himmel, D.M. / Bhosle, R. / Toro, R. / Ahmed, M. / Hillerich, B. / Gizzi, A. / Garforth, S. / Kar, A. / Chan, M.K. / Lafluer, J. ...Himmel, D.M. / Bhosle, R. / Toro, R. / Ahmed, M. / Hillerich, B. / Gizzi, A. / Garforth, S. / Kar, A. / Chan, M.K. / Lafluer, J. / Patel, H. / Matikainen, B. / Chamala, S. / Lim, S. / Celikgil, A. / Villegas, G. / Evans, B. / Love, J. / Fiser, A. / Seidel, R.D. / Bonanno, J.B. / Almo, S.C. / New York Structural Genomics Research Consortium (NYSGRC) | ||||||
引用 | ジャーナル: To be published タイトル: CRYSTAL STRUCTURE OF A 5'-METHYLTHIOADENOSINE/S-ADENOSYLHOMOCYSTEINE (MTA/SAH)NUCLEOSIDASE (MTAN) FROM COLWELLIA PSYCHRERYTHRAEA 34H (CPS_4743, TARGET PSI-029300) IN COMPLEX WITH ...タイトル: CRYSTAL STRUCTURE OF A 5'-METHYLTHIOADENOSINE/S-ADENOSYLHOMOCYSTEINE (MTA/SAH)NUCLEOSIDASE (MTAN) FROM COLWELLIA PSYCHRERYTHRAEA 34H (CPS_4743, TARGET PSI-029300) IN COMPLEX WITH ADENINE AT 2.27 A RESOLUTION 著者: Himmel, D.M. / Bhosle, R. / Toro, R. / Ahmed, M. / Hillerich, B. / Gizzi, A. / Garforth, S. / Kar, A. / Chan, M.K. / Lafluer, J. / Patel, H. / Matikainen, B. / Chamala, S. / Lim, S. / ...著者: Himmel, D.M. / Bhosle, R. / Toro, R. / Ahmed, M. / Hillerich, B. / Gizzi, A. / Garforth, S. / Kar, A. / Chan, M.K. / Lafluer, J. / Patel, H. / Matikainen, B. / Chamala, S. / Lim, S. / Celikgil, A. / Villegas, G. / Evans, B. / Love, J. / Fiser, A. / Seidel, R.D. / Bonanno, J.B. / Almo, S.C. / New York Structural Genomics Research Consortium (NYSGRC) #1: ジャーナル: Biochemistry / 年: 2015 タイトル: Active site and remote contributions to catalysis in methylthioadenosine nucleosidases. 著者: Thomas, K. / Cameron, S.A. / Almo, S.C. / Burgos, E.S. / Gulab, S.A. / Schramm, V.L. #2: ジャーナル: Nat. Chem. Biol. / 年: 2009 タイトル: Transition state analogs of 5'-methylthioadenosine nucleosidase disrupt quorum sensing. 著者: Gutierrez, J.A. / Crowder, T. / Rinaldo-Matthis, A. / Ho, M.C. / Almo, S.C. / Schramm, V.L. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 5dk6.cif.gz | 59.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb5dk6.ent.gz | 46.2 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 5dk6.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 5dk6_validation.pdf.gz | 461.5 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 5dk6_full_validation.pdf.gz | 464.6 KB | 表示 | |
XML形式データ | 5dk6_validation.xml.gz | 12.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 5dk6_validation.cif.gz | 16.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dk/5dk6 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dk/5dk6 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | |
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類似構造データ | |
その他のデータベース |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 28485.967 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Colwellia psychrerythraea (バクテリア) 株: 34H / ATCC BAA-681 / 遺伝子: mtnN, CPS_4743 / プラスミド: pET / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q47UY5, adenosylhomocysteine nucleosidase |
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#2: 化合物 | ChemComp-GLY / |
#3: 化合物 | ChemComp-ADE / |
#4: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.84 Å3/Da / 溶媒含有率: 68 % |
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結晶化 | 温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8 詳細: Protein (37.95 mg/ml, 20 mM HEPES pH 7.5, 150 mM Sodium Chloride, 5% v/v Glycerol, 5 mM DTT) were combined with an equal volume of Reservoir (100 mM Bicine pH 8.0, 1.98 M Ammonium Sulfate, ...詳細: Protein (37.95 mg/ml, 20 mM HEPES pH 7.5, 150 mM Sodium Chloride, 5% v/v Glycerol, 5 mM DTT) were combined with an equal volume of Reservoir (100 mM Bicine pH 8.0, 1.98 M Ammonium Sulfate, 135 mM Sodium Succinate, 4 mM Glycine, 15 mM CYMAL-7); Cryoprotection (75 mM Bicine pH 8.0, 1.49 M Ammonium Sulfate, 101 mM Sodium Succinate, 3 mM Glycine, 11 mM CYMAL-7) |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 31-ID / 波長: 0.97931 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: RAYONIX MX225HE / 検出器: CCD / 日付: 2013年10月17日 / 詳細: MIRRORS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.97931 Å / 相対比: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | 冗長度: 3.9 % / 数: 143135 / Rmerge(I) obs: 0.1 / Χ2: 1 / D res high: 2.28 Å / D res low: 26 Å / Num. obs: 37023 / % possible obs: 96.4 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Diffraction reflection shell |
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反射 | 解像度: 2.268→26 Å / Num. obs: 37023 / % possible obs: 96.4 % / Observed criterion σ(I): -0.3 / 冗長度: 3.9 % / Biso Wilson estimate: 33.16 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.1 / Net I/σ(I): 11.5 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | 解像度: 2.27→2.36 Å / 冗長度: 2 % / Rmerge(I) obs: 0.337 / Mean I/σ(I) obs: 2.148 / % possible all: 82.8 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.27→25.28 Å / SU ML: 0.23 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.45 / 位相誤差: 22.27 / 立体化学のターゲット値: MLHL
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 31.6 Å2 / ksol: 0.34 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 43.6 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.27→25.28 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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