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- PDB-5dk6: CRYSTAL STRUCTURE OF A 5'-METHYLTHIOADENOSINE/S-ADENOSYLHOMOCYSTE... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5dk6
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF A 5'-METHYLTHIOADENOSINE/S-ADENOSYLHOMOCYSTEINE (MTA/SAH) NUCLEOSIDASE (MTAN) FROM COLWELLIA PSYCHRERYTHRAEA 34H (CPS_4743, TARGET PSI-029300) IN COMPLEX WITH ADENINE AT 2.27 A RESOLUTION
要素5'-methylthioadenosine/S-adenosylhomocysteine nucleosidase
キーワードHYDROLASE / MTA/SAH NUCLEOSIDASE FAMILY / MTAN / GAMMAPROTEOBACTERIA / Vibrio psychroerythus / ADENINE / PROTEIN-LIGAND COMPLEX / PROTEIN STRUCTURE INITIATIVE / PSI-Biology / Structural Genomics / New York Structural Genomics Research Consortium / NYSGRC
機能・相同性
機能・相同性情報


adenosylhomocysteine nucleosidase / adenosylhomocysteine nucleosidase activity / methylthioadenosine nucleosidase activity / L-methionine salvage from S-adenosylmethionine / nucleoside catabolic process / L-methionine salvage from methylthioadenosine / cytosol
類似検索 - 分子機能
MTA/SAH nucleosidase / Nucleoside phosphorylase domain / Nucleoside phosphorylase domain / Phosphorylase superfamily / Nucleoside phosphorylase superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENINE / GLYCINE / 5'-methylthioadenosine/S-adenosylhomocysteine nucleosidase
類似検索 - 構成要素
生物種Colwellia psychrerythraea (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.27 Å
データ登録者Himmel, D.M. / Bhosle, R. / Toro, R. / Ahmed, M. / Hillerich, B. / Gizzi, A. / Garforth, S. / Kar, A. / Chan, M.K. / Lafluer, J. ...Himmel, D.M. / Bhosle, R. / Toro, R. / Ahmed, M. / Hillerich, B. / Gizzi, A. / Garforth, S. / Kar, A. / Chan, M.K. / Lafluer, J. / Patel, H. / Matikainen, B. / Chamala, S. / Lim, S. / Celikgil, A. / Villegas, G. / Evans, B. / Love, J. / Fiser, A. / Seidel, R.D. / Bonanno, J.B. / Almo, S.C. / New York Structural Genomics Research Consortium (NYSGRC)
引用
ジャーナル: To be published
タイトル: CRYSTAL STRUCTURE OF A 5'-METHYLTHIOADENOSINE/S-ADENOSYLHOMOCYSTEINE (MTA/SAH)NUCLEOSIDASE (MTAN) FROM COLWELLIA PSYCHRERYTHRAEA 34H (CPS_4743, TARGET PSI-029300) IN COMPLEX WITH ...タイトル: CRYSTAL STRUCTURE OF A 5'-METHYLTHIOADENOSINE/S-ADENOSYLHOMOCYSTEINE (MTA/SAH)NUCLEOSIDASE (MTAN) FROM COLWELLIA PSYCHRERYTHRAEA 34H (CPS_4743, TARGET PSI-029300) IN COMPLEX WITH ADENINE AT 2.27 A RESOLUTION
著者: Himmel, D.M. / Bhosle, R. / Toro, R. / Ahmed, M. / Hillerich, B. / Gizzi, A. / Garforth, S. / Kar, A. / Chan, M.K. / Lafluer, J. / Patel, H. / Matikainen, B. / Chamala, S. / Lim, S. / ...著者: Himmel, D.M. / Bhosle, R. / Toro, R. / Ahmed, M. / Hillerich, B. / Gizzi, A. / Garforth, S. / Kar, A. / Chan, M.K. / Lafluer, J. / Patel, H. / Matikainen, B. / Chamala, S. / Lim, S. / Celikgil, A. / Villegas, G. / Evans, B. / Love, J. / Fiser, A. / Seidel, R.D. / Bonanno, J.B. / Almo, S.C. / New York Structural Genomics Research Consortium (NYSGRC)
#1: ジャーナル: Biochemistry / 年: 2015
タイトル: Active site and remote contributions to catalysis in methylthioadenosine nucleosidases.
著者: Thomas, K. / Cameron, S.A. / Almo, S.C. / Burgos, E.S. / Gulab, S.A. / Schramm, V.L.
#2: ジャーナル: Nat. Chem. Biol. / 年: 2009
タイトル: Transition state analogs of 5'-methylthioadenosine nucleosidase disrupt quorum sensing.
著者: Gutierrez, J.A. / Crowder, T. / Rinaldo-Matthis, A. / Ho, M.C. / Almo, S.C. / Schramm, V.L.
履歴
登録2015年9月3日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年11月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年10月23日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_prerelease_seq / pdbx_struct_oper_list
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 5'-methylthioadenosine/S-adenosylhomocysteine nucleosidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,6963
ポリマ－28,4861
非ポリマー2102
水1,820101
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
A: 5'-methylthioadenosine/S-adenosylhomocysteine nucleosidase
ヘテロ分子

A: 5'-methylthioadenosine/S-adenosylhomocysteine nucleosidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)57,3926
ポリマ－56,9722
非ポリマー4204
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation10_666-y+1,-x+1,-z+7/61
Buried area3770 Å2
ΔGint-11 kcal/mol
Surface area19060 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)145.427, 145.427, 70.341
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number179
Space group name H-MP6522
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-407-

HOH

21A-474-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 5'-methylthioadenosine/S-adenosylhomocysteine nucleosidase / MTAN / 5'-methylthioadenosine nucleosidase / MTA nucleosidase / S-adenosylhomocysteine nucleosidase ...MTAN / 5'-methylthioadenosine nucleosidase / MTA nucleosidase / S-adenosylhomocysteine nucleosidase / SRH nucleosidase


分子量: 28485.967 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Colwellia psychrerythraea (バクテリア)
株: 34H / ATCC BAA-681 / 遺伝子: mtnN, CPS_4743 / プラスミド: pET / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q47UY5, adenosylhomocysteine nucleosidase
#2: 化合物 ChemComp-GLY / GLYCINE / グリシン


タイプ: peptide linking / 分子量: 75.067 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H5NO2
#3: 化合物 ChemComp-ADE / ADENINE / アデニン


分子量: 135.127 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: C5H5N5
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 101 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.84 Å3/Da / 溶媒含有率: 68 %
結晶化温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8
詳細: Protein (37.95 mg/ml, 20 mM HEPES pH 7.5, 150 mM Sodium Chloride, 5% v/v Glycerol, 5 mM DTT) were combined with an equal volume of Reservoir (100 mM Bicine pH 8.0, 1.98 M Ammonium Sulfate, ...詳細: Protein (37.95 mg/ml, 20 mM HEPES pH 7.5, 150 mM Sodium Chloride, 5% v/v Glycerol, 5 mM DTT) were combined with an equal volume of Reservoir (100 mM Bicine pH 8.0, 1.98 M Ammonium Sulfate, 135 mM Sodium Succinate, 4 mM Glycine, 15 mM CYMAL-7); Cryoprotection (75 mM Bicine pH 8.0, 1.49 M Ammonium Sulfate, 101 mM Sodium Succinate, 3 mM Glycine, 11 mM CYMAL-7)

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 31-ID / 波長: 0.97931 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX225HE / 検出器: CCD / 日付: 2013年10月17日 / 詳細: MIRRORS
放射モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97931 Å / 相対比: 1
Reflection冗長度: 3.9 % / 数: 143135 / Rmerge(I) obs: 0.1 / Χ2: 1 / D res high: 2.28 Å / D res low: 26 Å / Num. obs: 37023 / % possible obs: 96.4
Diffraction reflection shell
最高解像度 (Å)最低解像度 (Å)IDRmerge(I) obsChi squaredRedundancy
4.92610.0691.0245.3
3.94.910.10.985.2
3.43.910.0721.0054.9
3.093.410.1061.0094.4
2.873.0910.1610.9983.9
2.72.8710.2141.0053.6
2.572.710.2670.9863.3
2.462.5710.3141.0053.1
2.362.4610.350.9852.6
2.282.3610.3371.0062
反射解像度: 2.268→26 Å / Num. obs: 37023 / % possible obs: 96.4 % / Observed criterion σ(I): -0.3 / 冗長度: 3.9 % / Biso Wilson estimate: 33.16 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.1 / Net I/σ(I): 11.5
反射 シェル解像度: 2.27→2.36 Å / 冗長度: 2 % / Rmerge(I) obs: 0.337 / Mean I/σ(I) obs: 2.148 / % possible all: 82.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1692精密化
HKL-2000データ収集
SCALEPACK1.99.2データスケーリング
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
PHENIX1.9-1692位相決定
HKL-2000データ削減
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.27→25.28 Å / SU ML: 0.23 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.45 / 位相誤差: 22.27 / 立体化学のターゲット値: MLHL
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2371 1002 4.9 %Random
Rwork0.2082 ---
obs0.21 20433 98.2 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 31.6 Å2 / ksol: 0.34 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 43.6 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.27→25.28 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1802 0 14 101 1917
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.011843
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.2012493
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d18.474657
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.043295
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005321
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.2676-2.3870.32451250.29872506X-RAY DIFFRACTION91
2.387-2.53650.29281240.27682768X-RAY DIFFRACTION99
2.5365-2.73210.27381450.24392766X-RAY DIFFRACTION100
2.7321-3.00660.25571250.22862795X-RAY DIFFRACTION99
3.0066-3.44080.24161640.20612783X-RAY DIFFRACTION99
3.4408-4.33150.21041490.17962835X-RAY DIFFRACTION100
4.3315-25.27980.20641700.1792978X-RAY DIFFRACTION99

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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