PDB-5dj9: Crystal structure of the ornithine aminotransferase from Toxoplas...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5dj9

タイトル

Crystal structure of the ornithine aminotransferase from Toxoplasma gondii ME49 in a complex with gabaculine

要素

Ornithine aminotransferase, mitochondrial

キーワード

TRANSFERASE / inhibitor / complex / parasite / PYRIDOXAL 5'-PHOSPHATE / Structural Genomics / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / CSGID

機能・相同性

機能・相同性情報

arginine catabolic process to proline via ornithine / ornithine aminotransferase activity / ornithine aminotransferase / arginine catabolic process to glutamate / L-proline biosynthetic process / pyridoxal phosphate binding / identical protein binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Toxoplasma gondii ME49 (トキソプラズマ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.55 Å

データ登録者

Filippova, E.V. / Minasov, G. / Flores, K. / Le, H.V. / Silverman, R.B. / McLeod, R.L. / Anderson, W.F. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of the ornithine aminotransferase from Toxoplasma gondii ME49 in a complex with gabaculine
著者: Filippova, E.V. / Minasov, G. / Flores, K. / Le, H.V. / Silverman, R.B. / McLeod, R.L. / Anderson, W.F. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)

履歴

登録	2015年9月1日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2016年10月5日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年11月22日	Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: pdbx_database_related / pdbx_struct_oper_list / Item: _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.2	2023年9月27日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5dj9.cif.gz	348.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5dj9.ent.gz	284 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5dj9.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	5dj9_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5dj9_full_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示
XML形式データ	5dj9_validation.xml.gz	39.1 KB	表示
CIF形式データ	5dj9_validation.cif.gz	59.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dj/5dj9 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dj/5dj9	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4nogS 4zlv 4zwm S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	5eav-d 4zwm-d 5e5i-d 4adb-1 4zlv-d 6v8c-2 6oia-1 2cin-1 5e3k-d 4e3r-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetTrack: CSGID-idp92102

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Ornithine aminotransferase, mitochondrial

B: Ornithine aminotransferase, mitochondrial

ヘテロ分子

98.7 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	56.258, 60.887, 63.499
Angle α, β, γ (deg.)	100.83, 92.38, 107.86
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質	Ornithine aminotransferase, mitochondrial 分子量: 48394.223 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Toxoplasma gondii ME49 (トキソプラズマ) 遺伝子: TGME49_269110 / プラスミド: pMCSG28 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)MAGIC / 参照: UniProt: S8EY38, ornithine aminotransferase

#1: タンパク質

Ornithine aminotransferase, mitochondrial

分子量: 48394.223 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Toxoplasma gondii ME49 (トキソプラズマ)
遺伝子: TGME49_269110 / プラスミド: pMCSG28 / 発現宿主:

ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)MAGIC / 参照: UniProt: S8EY38, ornithine aminotransferase

-
非ポリマー , 5種, 739分子

#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 化合物	ChemComp-BTB / 2-[BIS-(2-HYDROXY-ETHYL)-AMINO]-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / BIS-TRIS BUFFER / ビストリス分子量: 209.240 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₉NO₅ / コメント: pH緩衝剤*YM
#4: 化合物	ChemComp-PXG / 3-[O-PHOSPHONOPYRIDOXYL]--AMINO-BENZOIC ACID / 3-[[[2-メチル-3-ヒドロキシ-5-(ホスホノオキシメチル)-4-ピリジル]メチル]アミノ]安息香酸分子量: 368.278 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₅H₁₇N₂O₇P
#5: 化合物	ChemComp-TRS / 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / TRIS BUFFER / トリス(ヒドロキシメチル)メチルアンモニウム分子量: 122.143 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₂NO₃ / コメント: pH緩衝剤*YM
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 726 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.09 Å³/Da / 溶媒含有率: 41.12 %
結晶化	温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5 詳細: 0.2 M AmmSO4, 0.1 M Bis-Tris, 25% PEG3350, 5mM gabaculine and 2mM PLP

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.97872 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2015年4月6日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97872 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.55→30 Å / Num. obs: 109959 / % possible obs: 96.5 % / 冗長度: 3.8 % / B_iso Wilson estimate: 16.7 Å² / R_merge(I) obs: 0.06 / Net I/σ(I): 20.6
反射シェル	解像度: 1.55→1.58 Å / 冗長度: 3.8 % / R_merge(I) obs: 0.55 / Mean I/σ(I) obs: 3.2 / % possible all: 94.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
BLU-MAX		データ収集
HKL-3000		データ収集
HKL-3000		データスケーリング
PHENIX		位相決定
REFMAC	5.8.0124	精密化
Coot		モデル構築
HKL-3000		データ削減

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4NOG

4nog

解像度: 1.55→30 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.974 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.963 / SU B: 3.061 / SU ML: 0.056 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.079 / ESU R Free: 0.081 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.19031	5425	4.9 %	RANDOM
R_work	0.15805	-	-	-
obs	0.15963	104533	95.68 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 23.099 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.69 Å²	-1.88 Å²	-0.07 Å²
2-	-	1.01 Å²	0.15 Å²
3-	-	-	0.55 Å²

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 1.55→30 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6524	0	117	726	7367

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.014	0.019	6818
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.02	6528
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.691	1.987	9251
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.024	3	15010
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.953	5	854
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	34.51	23.487	304
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.519	15	1147
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	18.879	15	60
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.109	0.2	1028
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.009	0.021	7706
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.003	0.02	1526
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.664	1.201	3403
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.661	1.198	3400
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.052	1.795	4260
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	1.052	1.796	4261
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.18	1.46	3415
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	1.18	1.46	3411
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	1.831	2.122	4986
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	5.513	11.736	8468
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	5.359	10.722	8050
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.545→1.585 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.226	375	-
R_work	0.217	6813	-
obs	-	-	84.33 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.7211	-1.9146	-1.1964	4.058	2.9685	3.6049	0.1688	0.24	0.1045	-0.2817	-0.104	-0.2003	-0.3056	0.1201	-0.0648	0.0777	0.0122	0.0393	0.1156	0.0416	0.0844	51.809	21.8624	48.2984
2	0.739	0.2276	0.0519	0.4192	-0.23	0.7056	-0.0571	0.1953	0.0185	-0.1284	0.0357	0.0194	0.0278	0.0222	0.0214	0.0834	0.0128	-0.0014	0.0912	-0.0025	0.0438	36.9023	14.513	46.2997
3	0.5622	0.262	0.0655	0.5901	0.0349	0.3645	-0.0097	0.0072	-0.0172	-0.0047	0.0141	0.0912	0.0134	-0.0577	-0.0045	0.0374	0.0402	0.0025	0.0741	-0.0096	0.1159	20.8304	1.6342	64.5571
4	0.9082	0.1111	-0.0407	1.1332	0.0489	1.0385	-0.1556	0.261	-0.1072	-0.3478	0.1483	0.0917	0.1412	-0.0198	0.0072	0.1664	-0.0515	-0.0235	0.1276	-0.035	0.0291	24.3578	0.8573	38.3141
5	2.1873	-3.4203	-0.9602	6.8321	1.2454	2.2667	-0.0178	0.3103	-0.0666	-0.3997	-0.0586	0.0743	0.1355	0.0475	0.0764	0.2177	-0.0817	-0.0179	0.2174	-0.0231	0.0123	27.5346	2.4672	28.6029
6	1.2126	0.1574	-2.3442	0.6612	0.7881	6.4029	0.1325	-0.0097	0.2211	0.0101	-0.0153	0.201	-0.2426	0.0161	-0.1172	0.0868	0.0665	0.0124	0.0679	0.0091	0.2079	15.2922	29.4325	64.9591
7	0.4386	0.368	0.0981	0.8139	0.1004	0.4717	0.0361	-0.0317	0.1506	0.0916	-0.0384	0.1256	-0.1161	0.016	0.0022	0.1091	0.0471	0.0184	0.0576	-0.0235	0.1274	30.4882	26.666	71.1116
8	0.415	0.0595	0.1427	0.4714	-0.1451	0.5388	0.0022	0.0101	-0.028	0.0196	-0.0084	-0.0575	0.0051	0.0577	0.0062	0.0492	0.0482	-0.0003	0.0768	-0.0107	0.1046	46.5503	4.6221	70.5392
9	0.7622	0.1274	-0.361	1.0091	-0.1718	1.2448	0.0181	-0.1174	0.0523	0.3206	-0.027	0.0174	-0.2182	0.1394	0.0088	0.1896	0.0043	0.0039	0.0515	-0.0352	0.0626	42.076	26.2426	87.8969
10	3.7553	2.2444	-1.5106	9.5811	1.2922	1.1959	0.4409	-0.2732	0.1123	0.3567	-0.3844	-0.0202	-0.1536	0.0343	-0.0565	0.186	-0.0031	0.0491	0.1102	-0.0542	0.0569	33.1105	29.1766	104.3419

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	19 - 32
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	33 - 101
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	102 - 333
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	334 - 418
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	419 - 439
6	X-RAY DIFFRACTION	6	B	20 - 32
7	X-RAY DIFFRACTION	7	B	33 - 102
8	X-RAY DIFFRACTION	8	B	103 - 334
9	X-RAY DIFFRACTION	9	B	335 - 435
10	X-RAY DIFFRACTION	10	B	436 - 440

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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