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万見
- PDB-5dil: Crystal structure of the effector domain of the NS1 protein from ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5dil
タイトルCrystal structure of the effector domain of the NS1 protein from influenza virus B
要素Non-structural protein 1
キーワードRNA-binding Protein / Viral Protein / effector domain / RNA binding
機能・相同性
機能・相同性情報


symbiont-mediated suppression of host PKR/eIFalpha signaling / symbiont-mediated suppression of host ISG15-protein conjugation / host cell cytoplasm / symbiont-mediated suppression of host type I interferon-mediated signaling pathway / host cell nucleus / RNA binding
類似検索 - 分子機能
Influenza B non-structural protein (NS1) / Influenza non-structural protein (NS1) / S15/NS1, RNA-binding
類似検索 - ドメイン・相同性
IODIDE ION / Non-structural protein 1
類似検索 - 構成要素
生物種Influenza B virus (B型インフルエンザウイルス)
手法X線回折 / 単波長異常分散 / 解像度: 2.01 Å
データ登録者Guan, R. / Hamilton, K. / Ma, L. / Montelione, G.T.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS) 米国
引用ジャーナル: Structure / 年: 2016
タイトル: A Second RNA-Binding Site in the NS1 Protein of Influenza B Virus.
著者: Ma, L.C. / Guan, R. / Hamilton, K. / Aramini, J.M. / Mao, L. / Wang, S. / Krug, R.M. / Montelione, G.T.
履歴
登録2015年9月1日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年8月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年10月5日Group: Database references
改定 1.22017年9月27日Group: Author supporting evidence / Database references / Derived calculations
カテゴリ: citation / pdbx_audit_support / pdbx_struct_oper_list
Item: _citation.journal_id_CSD / _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.32019年12月25日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Non-structural protein 1
B: Non-structural protein 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,67115
ポリマ－32,0222
非ポリマー1,65013
水3,603200
1
A: Non-structural protein 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,0269
ポリマ－16,0111
非ポリマー1,0158
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Non-structural protein 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,6456
ポリマ－16,0111
非ポリマー6355
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)34.689, 41.666, 49.681
Angle α, β, γ (deg.)68.72, 82.83, 78.12
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

#1: タンパク質 Non-structural protein 1 / NS1 / NS1B


分子量: 16010.823 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 141-281 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Influenza B virus (B/Singapore/DSO_090134/2004) (B型インフルエンザウイルス)
株: B/Singapore/DSO_090134/2004 / 遺伝子: NS1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: X2C382
#2: 化合物
ChemComp-IOD / IODIDE ION / ヨ-ジド


分子量: 126.904 Da / 分子数: 13 / 由来タイプ: 合成 / 式: I
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 200 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.05 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.93 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5 / 詳細: 0.2M KI 20% PEG3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2013年4月30日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.01→46.22 Å / Num. obs: 16041 / % possible obs: 95 % / 冗長度: 3.9 % / Rmerge(I) obs: 0.084 / Net I/σ(I): 12.22

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.8.2_1309精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.01→28.079 Å / SU ML: 0.25 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.98 / 位相誤差: 26.3 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2425 1579 10.04 %
Rwork0.1936 --
obs0.1986 14131 94.42 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.01→28.079 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2177 0 13 200 2390
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0032216
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.7752982
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.234858
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.051336
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.002396
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.0088-2.03870.30491240.23961206X-RAY DIFFRACTION87
2.0387-2.07060.29771480.22561178X-RAY DIFFRACTION92
2.0706-2.10450.30131260.20681233X-RAY DIFFRACTION93
2.1045-2.14080.2761370.21221195X-RAY DIFFRACTION93
2.1408-2.17970.29741460.22131259X-RAY DIFFRACTION92
2.1797-2.22160.2421190.21881209X-RAY DIFFRACTION93
2.2216-2.26690.29151460.19921243X-RAY DIFFRACTION93
2.2669-2.31620.26551530.20171251X-RAY DIFFRACTION95
2.3162-2.37010.28781190.20441249X-RAY DIFFRACTION94
2.3701-2.42930.26061420.20751252X-RAY DIFFRACTION95
2.4293-2.49490.32371600.21351189X-RAY DIFFRACTION94
2.4949-2.56830.24621500.19831244X-RAY DIFFRACTION95
2.5683-2.65110.26891220.19791288X-RAY DIFFRACTION95
2.6511-2.74580.31261370.19681248X-RAY DIFFRACTION94
2.7458-2.85570.25691330.22021290X-RAY DIFFRACTION96
2.8557-2.98550.3011540.20611227X-RAY DIFFRACTION95
2.9855-3.14270.22441360.2061285X-RAY DIFFRACTION96
3.1427-3.33930.20991490.18921249X-RAY DIFFRACTION96
3.3393-3.59660.18361400.15971251X-RAY DIFFRACTION96
3.5966-3.95770.20771470.16581277X-RAY DIFFRACTION96
3.9577-4.52830.19111340.1631306X-RAY DIFFRACTION98
4.5283-5.69740.20621410.19791289X-RAY DIFFRACTION97
5.6974-28.08120.24871410.20211291X-RAY DIFFRACTION97

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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