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- PDB-5zz9: Crystal structure of Homer2 EVH1/Drebrin PPXXF complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5zz9
タイトルCrystal structure of Homer2 EVH1/Drebrin PPXXF complex
要素
  • Homer protein homolog 2
  • Peptide from Drebrin
キーワードPROTEIN BINDING / POLYPROLINE RECOGNITION / SIGNALING PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of receptor localization to synapse / G protein-coupled glutamate receptor binding / Neurexins and neuroligins / intracellular organelle / synaptic receptor adaptor activity / cell communication by chemical coupling / cell communication by electrical coupling / regulation of dendrite development / stereocilium tip / maintenance of protein location in cell ...positive regulation of receptor localization to synapse / G protein-coupled glutamate receptor binding / Neurexins and neuroligins / intracellular organelle / synaptic receptor adaptor activity / cell communication by chemical coupling / cell communication by electrical coupling / regulation of dendrite development / stereocilium tip / maintenance of protein location in cell / profilin binding / positive regulation of synaptic plasticity / positive regulation of dendritic spine morphogenesis / actomyosin / gap junction / regulation of G protein-coupled receptor signaling pathway / G protein-coupled glutamate receptor signaling pathway / RHOD GTPase cycle / neural precursor cell proliferation / RHOBTB1 GTPase cycle / negative regulation of calcineurin-NFAT signaling cascade / negative regulation of interleukin-2 production / generation of neurons / cortical cytoskeleton / behavioral response to cocaine / regulation of neuronal synaptic plasticity / RHOH GTPase cycle / postsynaptic cytosol / RHOBTB2 GTPase cycle / actin filament organization / sensory perception of sound / calcium-mediated signaling / apical part of cell / actin cytoskeleton / actin binding / growth cone / in utero embryonic development / postsynaptic membrane / cytoskeleton / postsynaptic density / cadherin binding / dendrite / glutamatergic synapse / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Homer, EVH1 domain / Homer family / WH1/EVH1 domain / WH1 domain / WH1 domain profile. / WASP homology region 1 / Actin-depolymerising factor homology domain / Cofilin/tropomyosin-type actin-binding protein / ADF-H domain profile. / Actin depolymerisation factor/cofilin -like domains ...Homer, EVH1 domain / Homer family / WH1/EVH1 domain / WH1 domain / WH1 domain profile. / WASP homology region 1 / Actin-depolymerising factor homology domain / Cofilin/tropomyosin-type actin-binding protein / ADF-H domain profile. / Actin depolymerisation factor/cofilin -like domains / ADF-H/Gelsolin-like domain superfamily / Pleckstrin-homology domain (PH domain)/Phosphotyrosine-binding domain (PTB) / PH-domain like / PH-like domain superfamily / Roll / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Drebrin / Homer protein homolog 2
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Li, Z. / Liu, H. / Li, J. / Liu, W. / Zhang, M.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
Minister of Science and Technology of China2014CB910204 中国
引用ジャーナル: Structure / 年: 2019
タイトル: Homer Tetramer Promotes Actin Bundling Activity of Drebrin.
著者: Li, Z. / Liu, H. / Li, J. / Yang, Q. / Feng, Z. / Li, Y. / Yang, H. / Yu, C. / Wan, J. / Liu, W. / Zhang, M.
履歴
登録2018年5月31日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02018年12月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年1月23日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.year
改定 1.22023年11月22日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Homer protein homolog 2
B: Homer protein homolog 2
C: Homer protein homolog 2
D: Peptide from Drebrin
E: Peptide from Drebrin
F: Peptide from Drebrin


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,9186
ポリマ－49,9186
非ポリマー00
水55831
1
A: Homer protein homolog 2
E: Peptide from Drebrin


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,6392
ポリマ－16,6392
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1190 Å2
ΔGint-12 kcal/mol
Surface area7590 Å2
手法PISA
2
B: Homer protein homolog 2
D: Peptide from Drebrin


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,6392
ポリマ－16,6392
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area950 Å2
ΔGint-8 kcal/mol
Surface area6980 Å2
手法PISA
3
C: Homer protein homolog 2
F: Peptide from Drebrin


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,6392
ポリマ－16,6392
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area850 Å2
ΔGint-7 kcal/mol
Surface area6770 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)45.337, 47.808, 50.415
Angle α, β, γ (deg.)70.440, 83.560, 90.390
Int Tables number1
Space group name H-MP1
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11(chain A and (resid 9 through 47 or (resid 48...
21(chain B and (resid 9 through 59 or (resid 60...
31(chain C and (resid 9 or (resid 10 and (name...

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11GLUGLUTHRTHR(chain A and (resid 9 through 47 or (resid 48...AA9 - 4711 - 49
12ARGARGARGARG(chain A and (resid 9 through 47 or (resid 48...AA4850
13GLYGLYASPASP(chain A and (resid 9 through 47 or (resid 48...AA8 - 12110 - 123
14GLYGLYASPASP(chain A and (resid 9 through 47 or (resid 48...AA8 - 12110 - 123
15GLYGLYASPASP(chain A and (resid 9 through 47 or (resid 48...AA8 - 12110 - 123
16GLYGLYASPASP(chain A and (resid 9 through 47 or (resid 48...AA8 - 12110 - 123
21GLUGLUALAALA(chain B and (resid 9 through 59 or (resid 60...BB9 - 5911 - 61
22LYSLYSLYSLYS(chain B and (resid 9 through 59 or (resid 60...BB6062
23GLYGLYASPASP(chain B and (resid 9 through 59 or (resid 60...BB8 - 12110 - 123
24GLYGLYASPASP(chain B and (resid 9 through 59 or (resid 60...BB8 - 12110 - 123
25GLYGLYASPASP(chain B and (resid 9 through 59 or (resid 60...BB8 - 12110 - 123
26GLYGLYASPASP(chain B and (resid 9 through 59 or (resid 60...BB8 - 12110 - 123
31GLUGLUGLUGLU(chain C and (resid 9 or (resid 10 and (name...CC911
32GLNGLNGLNGLN(chain C and (resid 9 or (resid 10 and (name...CC1012
33GLUGLUASPASP(chain C and (resid 9 or (resid 10 and (name...CC9 - 12111 - 123
34GLUGLUASPASP(chain C and (resid 9 or (resid 10 and (name...CC9 - 12111 - 123
35GLUGLUASPASP(chain C and (resid 9 or (resid 10 and (name...CC9 - 12111 - 123
36GLUGLUASPASP(chain C and (resid 9 or (resid 10 and (name...CC9 - 12111 - 123

-
要素

#1: タンパク質 Homer protein homolog 2 / Homer-2 / Cupidin / VASP/Ena-related gene up-regulated during seizure and LTP 2 / Vesl-2


分子量: 13549.175 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Homer2, Vesl2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9QWW1
#2: タンパク質・ペプチド Peptide from Drebrin / Developmentally-regulated brain protein


分子量: 3090.282 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: DBN1, D0S117E / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q16643
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 31 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.05 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.92 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 7.5
詳細: 50mM Ammonium fluoride, 8% w/v Polyethylene glycol 3350

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.9776 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年7月16日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9776 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→50 Å / Num. obs: 17008 / % possible obs: 96.6 % / 冗長度: 3.5 % / Biso Wilson estimate: 42.5 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.064 / Rpim(I) all: 0.04 / Rrim(I) all: 0.076 / Χ2: 0.54 / Net I/σ(I): 5.3
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
2.3-2.343.60.4747970.8240.290.5570.46994.5
2.34-2.383.70.4318760.8530.2590.5040.4595
2.38-2.433.60.4198150.8650.2550.4920.47194.2
2.43-2.483.60.378320.8750.2260.4350.43296.3
2.48-2.533.60.2938830.9280.1810.3450.47496.6
2.53-2.593.50.2648270.9330.1620.3110.50297.1
2.59-2.663.50.2278890.9550.1410.2680.46596.2
2.66-2.733.30.1818210.9480.1190.2180.4996.8
2.73-2.813.40.1538600.9670.0970.1820.48996.6
2.81-2.93.30.1328290.9780.0860.1580.51496.6
2.9-33.70.1238940.9840.0740.1440.597.2
3-3.123.70.0978370.9890.0580.1130.56296.4
3.12-3.263.70.0828430.9910.0490.0960.59197.3
3.26-3.443.60.0718640.9930.0430.0830.65297
3.44-3.653.60.0578630.9940.0350.0680.64997
3.65-3.933.30.058440.9950.0330.060.62297.1
3.93-4.333.30.0458540.9960.0290.0530.68997.3
4.33-4.953.70.0418520.9980.0240.0470.64896.2
4.95-6.243.70.0398580.9980.0240.0460.54396.9
6.24-503.50.0358700.9970.0220.0410.58598.9

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHENIX(1.12_2829: ???)精密化
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1DDV

1ddv


解像度: 2.3→47.153 Å / SU ML: 0.26 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.15 / 位相誤差: 25.54
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2281 821 4.83 %
Rwork0.1916 --
obs0.1934 16992 96.24 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 160.06 Å2 / Biso mean: 50.3153 Å2 / Biso min: 26.69 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.3→47.153 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2932 0 0 31 2963
Biso mean---45.45 -
残基数----387
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0043013
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.7824124
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.052477
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004538
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d11.1491835
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A1454X-RAY DIFFRACTION13.686TORSIONAL
12B1454X-RAY DIFFRACTION13.686TORSIONAL
13C1454X-RAY DIFFRACTION13.686TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 6

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.297-2.44090.29971130.26022623273693
2.4409-2.62940.2851360.24942713284997
2.6294-2.8940.28211470.23472677282497
2.894-3.31260.26461190.22772764288397
3.3126-4.17320.22031520.18022697284997
4.1732-47.16270.18491540.14812697285197
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.6372-1.72970.72537.4229-4.23944.95030.17410.1499-0.7129-0.6804-0.08170.09630.87990.4791-0.03820.44510.0281-0.03430.2957-0.0810.36932.488127.3194-14.1092
22.0489-0.4540.99582.0516-1.20425.30570.0653-0.0323-0.01160.0370.0080.10770.11730.0157-0.03040.2768-0.00760.03330.1752-0.03260.2163-4.225434.5165-15.3795
36.33251.55511.88466.67823.03396.4324-0.0492-0.40430.12430.6617-0.04490.20550.1164-0.17760.09270.2624-0.0650.04220.23620.01280.2629-13.204657.4203-25.9491
43.21911.83980.57255.1701-0.12312.7562-0.01270.01060.11430.02770.03590.17840.0142-0.0493-0.00790.23320.01840.00590.2010.01670.176-19.259853.1947-32.4102
52.92221.3184-2.52642.7472-0.24962.68040.2011-0.273-0.19080.10040.2019-0.4257-0.12251.1391-0.51490.29750.0161-0.0390.55560.01360.412917.498530.8609-40.3003
68.66962.4439-5.00447.9659-1.21622.8936-0.5812.07430.7182-1.24450.84240.3928-0.55440.3736-0.29070.7746-0.08750.07140.81210.03060.47816.590534.2031-56.0332
77.53522.6208-5.17196.2063-0.04526.13770.33360.07340.68850.5120.267-0.1343-0.4740.2589-0.60380.3797-0.00820.05070.386-0.02130.260311.976535.1039-34.666
80.93420.3279-1.81325.95652.71035.3914-0.21510.19170.031-0.16290.08030.2849-0.0099-0.00450.1540.3038-0.0416-0.05810.36370.04550.296510.690329.8186-44.3216
98.62350.6813-4.28854.72110.06696.854-0.0573-0.0682-0.2673-0.05980.0008-0.05180.23580.19160.02030.2816-0.0151-0.01760.252-0.03190.23949.20526.3331-41.4769
100.4227-0.6726-0.6368.7683.85582.8259-1.6191.25110.84620.16190.0031.651-0.1237-1.89991.48590.5052-0.014-0.01140.83340.08550.7412-18.691869.1699-27.9444
119.50795.5332-2.96598.8882.06573.4609-0.15190.83820.10710.35450.65660.046-0.2664-0.9683-0.40580.4231-0.03120.02340.40210.05860.5101-8.172971.8259-33.7695
122.57823.6404-2.1048.27290.22775.8114-0.33040.4297-0.63810.52280.29740.38880.723-0.8796-0.08510.643-0.10490.04480.60330.03890.4642-7.020821.5313-3.7338
132.61190.7913-4.17342.2533-1.61296.7732-0.1794-1.3061-0.12241.3064-0.0630.17860.5272.50880.39060.76860.103-0.15230.8542-0.0390.50976.844727.05163.3537
146.112-6.0423-3.76948.32232.16736.33080.5921.32620.211-0.2454-0.9468-0.0198-1.0081-1.36410.41590.51060.17130.07170.64380.17140.52914.39924.6757-57.2638
158.67875.4214-5.07718.0209-7.7827.5584-0.4184-0.3017-0.6245-1.74080.458-0.89720.41781.0839-0.02130.5847-0.08370.12330.6569-0.23120.675421.502118.7688-55.4404
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 8 through 37 )A8 - 37
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 38 through 121 )A38 - 121
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'B' and (resid 8 through 37 )B8 - 37
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'B' and (resid 38 through 121 )B38 - 121
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'C' and (resid 9 through 22 )C9 - 22
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'C' and (resid 23 through 37 )C23 - 37
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'C' and (resid 38 through 57 )C38 - 57
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'C' and (resid 58 through 79 )C58 - 79
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'C' and (resid 80 through 121 )C80 - 121
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'D' and (resid 997 through 1003 )D997 - 1003
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'D' and (resid 1004 through 1011 )D1004 - 1011
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'E' and (resid 993 through 1003 )E993 - 1003
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'E' and (resid 1004 through 1011 )E1004 - 1011
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'F' and (resid 999 through 1003 )F999 - 1003
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'F' and (resid 1004 through 1010 )F1004 - 1010

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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