PDB-5di5: beta1 t801 loop variant in P3221

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5di5

タイトル

beta1 t801 loop variant in P3221

要素

beta1 t801 loop variant

キーワード

DE NOVO PROTEIN / synthetic protein / protein design

生物種

synthetic construct (人工物)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.28 Å

データ登録者

MacDonald, J.T. / Kabasakal, B.V. / Murray, J.W.

引用

ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2016
タイトル: Synthetic beta-solenoid proteins with the fragment-free computational design of a beta-hairpin extension.
著者: MacDonald, J.T. / Kabasakal, B.V. / Godding, D. / Kraatz, S. / Henderson, L. / Barber, J. / Freemont, P.S. / Murray, J.W.

履歴

登録	2015年8月31日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2016年8月31日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2016年10月12日	Group: Database references
改定 1.2	2024年5月1日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5di5.cif.gz	82.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5di5.ent.gz	62.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5di5.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5di5_validation.pdf.gz	417.7 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5di5_full_validation.pdf.gz	418.4 KB	表示
XML形式データ	5di5_validation.xml.gz	8.4 KB	表示
CIF形式データ	5di5_validation.cif.gz	10.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/di/5di5 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/di/5di5	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4yc5C 4ycqC 4ydtC 4yeiC 4yfoC 5dn0C 5dnsC 5dqaC 5draC 5dzbC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	2bm4-d 4tmp-d 6zt4-d 6urq-1 2bm5-d 4ycq-1 5ckq-d 2xt4-d 5j6p-d 2xt2-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細)

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#70 - 2005年10月人工設計タンパク質 (Designer Proteins) 類似性 (1)

登録構造単位

A: beta1 t801 loop variant

25.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: beta1 t801 loop variant

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
51 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	123.460, 123.460, 47.830
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	154
Space group name H-M	P3₂21

#1: タンパク質	beta1 t801 loop variant 分子量: 25479.969 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) synthetic construct (人工物) / プラスミド: pRSETA-thr / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): Gold
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 19 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 4.13 Å³/Da / 溶媒含有率: 70.22 %
結晶化	温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5 詳細: 10mg /ml protein solution mixed with equal volume of 0.2 M ammonium acetate, 0.1 M Bis Tris pH 5.5, 45% v/v MPD

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I02 / 波長: 0.97949 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年7月19日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97949 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.28→106.92 Å / Num. all: 19284 / Num. obs: 19284 / % possible obs: 99.5 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 11.1 % / R_merge(I) obs: 0.107 / Net I/σ(I): 15.3
反射シェル	解像度: 2.28→2.34 Å / 冗長度: 11.5 % / R_merge(I) obs: 1.449 / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / % possible all: 98.6

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.9_1692	精密化
XDS		データ削減
xia2		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: theoretical protein model

解像度: 2.28→53.46 Å / SU ML: 0.3 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 23.65 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.1875	919	4.77 %	random
R_work	0.178	-	-	-
obs	0.1784	19259	99.49 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.28→53.46 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1370	0	0	19	1389

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	1380
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.408	1878
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	15.876	480
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.059	223
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.009	261

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.2801-2.4003	0.3245	147	0.2658	2557	X-RAY DIFFRACTION	99
2.4003-2.5506	0.2605	136	0.2467	2562	X-RAY DIFFRACTION	99
2.5506-2.7476	0.239	106	0.2255	2609	X-RAY DIFFRACTION	99
2.7476-3.0241	0.2089	123	0.1953	2626	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0241-3.4616	0.234	136	0.1879	2610	X-RAY DIFFRACTION	100
3.4616-4.3609	0.1423	132	0.1436	2653	X-RAY DIFFRACTION	100
4.3609-53.4744	0.1614	139	0.1652	2723	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	8.0675	-1.5394	3.1851	4.4081	0.2759	1.8654	0.4421	0.8353	1.0558	-1.3245	0.2719	-0.0205	-0.0836	-0.3213	-0.7218	0.8266	-0.0688	0.0068	0.6634	0.1315	0.5875	62.6265	-18.9633	-26.9891
2	4.4879	0.9921	1.2782	4.5763	-1.6583	9.4241	-0.1837	0.2915	0.0156	-0.0166	0.2333	-0.1472	-0.621	0.1652	-0.0587	0.3612	-0.0669	0.0438	0.3737	0.0202	0.4046	61.8205	-19.8733	-17.5711
3	5.7807	-2.5202	4.7646	3.5673	-3.4813	4.6921	-0.0079	0.4853	-0.0287	-0.1499	-0.0453	0.0191	0.041	0.7332	0.0305	0.4577	-0.0009	0.0422	0.4642	0.031	0.4462	63.3961	-27.7322	-19.5309
4	3.9099	-0.3351	-0.0689	5.2135	0.9816	6.8005	0.0956	0.0561	0.1324	-0.3176	0.0256	0.0344	-0.4828	-0.0655	-0.0795	0.4152	0.0031	0.0135	0.3823	0.0094	0.402	56.6904	-24.094	-15.7784
5	2.5131	1.0538	0.1737	3.3014	0.904	5.7951	-0.074	-0.0298	0.3603	0.1031	-0.0152	0.1996	-0.3344	-0.031	0.1013	0.3786	0.0538	0.0129	0.4114	0.0154	0.4634	52.3134	-26.7038	-13.748
6	6.7365	-0.8893	1.9974	3.2981	-0.9205	7.1524	-0.0814	-0.1976	0.3354	0.034	-0.0154	0.3307	-0.5356	-0.3213	0.0154	0.3869	0.0362	0.0251	0.4248	0.0152	0.4472	46.1569	-27.5718	-14.1795
7	2.3661	0.1733	-0.8923	3.3575	1.9121	4.1665	-0.0388	0.1603	-0.051	0.0264	-0.0326	0.2137	-0.0201	-0.3579	0.0842	0.4118	0.0138	0.0147	0.5101	0.0446	0.4872	42.6513	-34.849	-12.1605
8	3.1879	-5.5109	1.8225	9.842	-1.6519	6.1316	0.3106	-0.5203	-0.2619	0.3315	0.1636	0.4553	-0.1314	-0.4067	-0.3071	0.4078	-0.1022	0.0386	0.5453	0.0446	0.468	39.7717	-35.376	-7.3857
9	2.3531	-0.1931	-0.1448	3.0921	0.191	3.0231	0.3638	-0.4103	-0.1136	-0.0751	-0.2258	0.2328	0.0378	-0.7029	-0.1022	0.3513	-0.0885	0.044	0.6026	0.0408	0.4578	35.4168	-40.5345	-10.5676
10	6.8934	-0.7609	-2.0844	4.8801	-0.4701	4.9739	0.2498	0.3294	0.1702	0.0025	-0.0969	-0.2136	-0.0868	-0.1999	0.0124	0.4574	-0.1428	-0.0387	0.6499	0.04	0.5232	31.229	-48.3706	-6.3234

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	(chain A and resseq 49:55)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	(chain A and resseq 56:73)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	(chain A and resseq 74:81)
4	X-RAY DIFFRACTION	4	(chain A and resseq 82:103)
5	X-RAY DIFFRACTION	5	(chain A and resseq 104:128)
6	X-RAY DIFFRACTION	6	(chain A and resseq 129:164)
7	X-RAY DIFFRACTION	7	(chain A and resseq 165:186)
8	X-RAY DIFFRACTION	8	(chain A and resseq 187:199)
9	X-RAY DIFFRACTION	9	(chain A and resseq 200:223)
10	X-RAY DIFFRACTION	10	(chain A and resseq 224:241)

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