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- PDB-5di1: MAP4K4 in complex with an inhibitor -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5di1
タイトルMAP4K4 in complex with an inhibitor
要素Mitogen-activated protein kinase kinase kinase kinase 4
キーワードTRANSFERASE/INHIBITOR / kinase / inhibitor / complex / medicinal chemistry / TRANSFERASE-INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of ARF protein signal transduction / positive regulation of hippo signaling / MAP kinase kinase kinase kinase activity / creatine kinase activity / positive regulation of keratinocyte migration / positive regulation of focal adhesion disassembly / negative regulation of cell-matrix adhesion / positive regulation of focal adhesion assembly / regulation of MAPK cascade / regulation of JNK cascade ...positive regulation of ARF protein signal transduction / positive regulation of hippo signaling / MAP kinase kinase kinase kinase activity / creatine kinase activity / positive regulation of keratinocyte migration / positive regulation of focal adhesion disassembly / negative regulation of cell-matrix adhesion / positive regulation of focal adhesion assembly / regulation of MAPK cascade / regulation of JNK cascade / neuron projection morphogenesis / positive regulation of GTPase activity / MAPK cascade / microtubule binding / Oxidative Stress Induced Senescence / non-specific serine/threonine protein kinase / intracellular signal transduction / positive regulation of cell migration / protein phosphorylation / protein serine kinase activity / focal adhesion / protein serine/threonine kinase activity / negative regulation of apoptotic process / ATP binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / Domain found in NIK1-like kinases, mouse citron and yeast ROM1, ROM2 / CNH domain / Citron homology (CNH) domain / Citron homology (CNH) domain profile. / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Serine/threonine-protein kinase, active site ...: / Domain found in NIK1-like kinases, mouse citron and yeast ROM1, ROM2 / CNH domain / Citron homology (CNH) domain / Citron homology (CNH) domain profile. / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-5DF / Mitogen-activated protein kinase kinase kinase kinase 4
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.9 Å
データ登録者Liu, S.
引用ジャーナル: Acs Med.Chem.Lett. / 年: 2015
タイトル: Discovery of an in Vivo Tool to Establish Proof-of-Concept for MAP4K4-Based Antidiabetic Treatment.
著者: Ammirati, M. / Bagley, S.W. / Bhattacharya, S.K. / Buckbinder, L. / Carlo, A.A. / Conrad, R. / Cortes, C. / Dow, R.L. / Dowling, M.S. / El-Kattan, A. / Ford, K. / Guimaraes, C.R. / Hepworth, ...著者: Ammirati, M. / Bagley, S.W. / Bhattacharya, S.K. / Buckbinder, L. / Carlo, A.A. / Conrad, R. / Cortes, C. / Dow, R.L. / Dowling, M.S. / El-Kattan, A. / Ford, K. / Guimaraes, C.R. / Hepworth, D. / Jiao, W. / LaPerle, J. / Liu, S. / Londregan, A. / Loria, P.M. / Mathiowetz, A.M. / Munchhof, M. / Orr, S.T. / Petersen, D.N. / Price, D.A. / Skoura, A. / Smith, A.C. / Wang, J.
履歴
登録2015年8月31日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年1月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年9月27日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_oper_list
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Mitogen-activated protein kinase kinase kinase kinase 4
B: Mitogen-activated protein kinase kinase kinase kinase 4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)71,2383
ポリマ－70,8972
非ポリマー3401
水63135
1
A: Mitogen-activated protein kinase kinase kinase kinase 4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,7892
ポリマ－35,4491
非ポリマー3401
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Mitogen-activated protein kinase kinase kinase kinase 4


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,4491
ポリマ－35,4491
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2680 Å2
ΔGint-13 kcal/mol
Surface area27430 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)80.600, 91.740, 96.620
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Mitogen-activated protein kinase kinase kinase kinase 4 / HPK/GCK-like kinase HGK / MAPK/ERK kinase kinase kinase 4 / MEKKK 4 / Nck-interacting kinase


分子量: 35448.703 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 1-310 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MAP4K4, HGK, KIAA0687, NIK
発現宿主: Insect cell expression vector pTIE1 (その他)
参照: UniProt: O95819, non-specific serine/threonine protein kinase
#2: 化合物 ChemComp-5DF / 4-{6-amino-5-[4-(methylsulfonyl)phenyl]pyridin-3-yl}phenol


分子量: 340.396 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C18H16N2O3S
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 35 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.52 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.18 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: 20 mM HEPES pH7.0, 0.3 M NaCl, 30% PEG NNE 2000m 0.1 M KSCN

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 17-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2010年7月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.9→100 Å / Num. obs: 15489 / % possible obs: 93.8 % / 冗長度: 6.4 % / Biso Wilson estimate: 74.49 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.109 / Net I/σ(I): 29.9
反射 シェル解像度: 2.9→2.95 Å / 冗長度: 2.7 % / Rmerge(I) obs: 0.366 / Mean I/σ(I) obs: 2.7 / % possible all: 45

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.9.5精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1F3M

1f3m


解像度: 2.9→41.44 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9278 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.8787 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU Rfree Blow DPI: 0.404
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2492 756 4.9 %RANDOM
Rwork0.1979 ---
obs0.2004 15427 93.92 %-
原子変位パラメータBiso mean: 65.48 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-3.3314 Å20 Å20 Å2
2--2.9082 Å20 Å2
3----6.2396 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.434 Å
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.9→41.44 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4714 0 24 35 4773
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.014869HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.266600HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d1706SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes121HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes693HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it4869HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.91
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion21.25
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion623SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact5502SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 2.9→3.1 Å / Total num. of bins used: 8
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3556 92 4.71 %
Rwork0.263 1860 -
all0.2673 1952 -
obs--93.92 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.73010.76420.58523.86261.92172.30080.0060.03370.14410.053-0.03160.2799-0.2654-0.02760.0256-0.1510.00440.1097-0.07320.01390.002973.459246.226811.1642
23.3809-0.6744-0.79551.3050.15052.72030.0391-0.20570.40730.28370.072-0.197-0.42010.4634-0.111-0.113-0.0956-0.0546-0.1063-0.0639-0.0359101.40732.845922.1955
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|14 - A|173 A|186 - A|309 }
2X-RAY DIFFRACTION2{ B|10 - B|309 }

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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