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- PDB-5dhg: The crystal structure of nociceptin/orphanin FQ peptide receptor ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5dhg
タイトルThe crystal structure of nociceptin/orphanin FQ peptide receptor (NOP) in complex with C-35 (PSI Community Target)
要素Soluble cytochrome b562,Nociceptin receptor
キーワードSIGNALING PROTEIN / Nociceptin/orphanin FQ peptide receptor / NOP / ORL-1 / N/OFQ / opioid receptor / G protein-coupled receptor / GPCR / membrane protein / lipidic cubic phase / BRET / receptor-ligand conformational pair / Structural Genomics / PSI-Biology / GPCR Network / PSICNT-127
機能・相同性
機能・相同性情報


nociceptin receptor activity / regulation of locomotor rhythm / sensory perception / positive regulation of urine volume / conditioned place preference / negative regulation of adenylate cyclase-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / neuropeptide binding / negative regulation of cAMP-mediated signaling / eating behavior / estrous cycle ...nociceptin receptor activity / regulation of locomotor rhythm / sensory perception / positive regulation of urine volume / conditioned place preference / negative regulation of adenylate cyclase-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / neuropeptide binding / negative regulation of cAMP-mediated signaling / eating behavior / estrous cycle / neuropeptide signaling pathway / sensory perception of pain / negative regulation of blood pressure / adenylate cyclase-inhibiting G protein-coupled receptor signaling pathway / Peptide ligand-binding receptors / G protein-coupled receptor activity / calcium-mediated signaling / electron transport chain / response to estradiol / phospholipase C-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / G alpha (i) signalling events / cytoplasmic vesicle / periplasmic space / electron transfer activity / neuron projection / iron ion binding / heme binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
X opioid receptor / Opioid receptor / Rhopdopsin 7-helix transmembrane proteins / Rhodopsin 7-helix transmembrane proteins / Cytochrome b562 / Cytochrome b562 / Cytochrome c/b562 / Serpentine type 7TM GPCR chemoreceptor Srsx / G-protein coupled receptors family 1 signature. / G protein-coupled receptor, rhodopsin-like ...X opioid receptor / Opioid receptor / Rhopdopsin 7-helix transmembrane proteins / Rhodopsin 7-helix transmembrane proteins / Cytochrome b562 / Cytochrome b562 / Cytochrome c/b562 / Serpentine type 7TM GPCR chemoreceptor Srsx / G-protein coupled receptors family 1 signature. / G protein-coupled receptor, rhodopsin-like / GPCR, rhodopsin-like, 7TM / G-protein coupled receptors family 1 profile. / 7 transmembrane receptor (rhodopsin family) / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-DGV / OLEIC ACID / (2R)-2,3-dihydroxypropyl (9Z)-octadec-9-enoate / Soluble cytochrome b562 / Nociceptin receptor
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3 Å
データ登録者Miller, R.L. / Thompson, A.A. / Trapella, C. / Guerrini, R. / Malfacini, D. / Patel, N. / Han, G.W. / Cherezov, V. / Calo, G. / Katritch, V. ...Miller, R.L. / Thompson, A.A. / Trapella, C. / Guerrini, R. / Malfacini, D. / Patel, N. / Han, G.W. / Cherezov, V. / Calo, G. / Katritch, V. / Stevens, R.C. / GPCR Network (GPCR)
引用ジャーナル: Structure / 年: 2015
タイトル: The Importance of Ligand-Receptor Conformational Pairs in Stabilization: Spotlight on the N/OFQ G Protein-Coupled Receptor.
著者: Miller, R.L. / Thompson, A.A. / Trapella, C. / Guerrini, R. / Malfacini, D. / Patel, N. / Han, G.W. / Cherezov, V. / Calo, G. / Katritch, V. / Stevens, R.C.
履歴
登録2015年8月30日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年10月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年11月18日Group: Database references
改定 1.22015年12月16日Group: Database references
改定 1.32016年3月2日Group: Database references
改定 1.42017年5月31日Group: Source and taxonomy
改定 1.52017年7月5日Group: Database references / カテゴリ: struct_ref_seq / Item: _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_beg
改定 1.62023年9月27日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Soluble cytochrome b562,Nociceptin receptor
B: Soluble cytochrome b562,Nociceptin receptor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)96,11110
ポリマ－93,3932
非ポリマー2,7188
水00
1
A: Soluble cytochrome b562,Nociceptin receptor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,0185
ポリマ－46,6961
非ポリマー1,3224
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Soluble cytochrome b562,Nociceptin receptor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,0925
ポリマ－46,6961
非ポリマー1,3964
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
A: Soluble cytochrome b562,Nociceptin receptor
ヘテロ分子

B: Soluble cytochrome b562,Nociceptin receptor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)96,11110
ポリマ－93,3932
非ポリマー2,7188
水0
タイプ名称対称操作数
crystal symmetry operation1_655x+1,y,z1
crystal symmetry operation1_656x+1,y,z+11
Buried area2780 Å2
ΔGint-11 kcal/mol
Surface area32700 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)42.079, 171.696, 66.491
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 103.25, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Soluble cytochrome b562,Nociceptin receptor / Cytochrome b-562 / Kappa-type 3 opioid receptor / KOR-3 / Orphanin FQ receptor


分子量: 46696.371 Da / 分子数: 2 / 変異: M1007W, H1102I, R1106L / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌), (組換発現) Homo sapiens (ヒト)
株: O26:H11 / 遺伝子: cybC, OPRL1, OOR, ORL1 / プラスミド: pFASTBAC / 細胞株 (発現宿主): sf9
発現宿主: spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
株 (発現宿主): sf9 / 参照: UniProt: P0ABE7, UniProt: P41146
#2: 化合物 ChemComp-DGV / 1-benzyl-N-{3-[4-(2,6-dichlorophenyl)piperidin-1-yl]propyl}-D-prolinamide


分子量: 474.466 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C26H33Cl2N3O
#3: 化合物
ChemComp-OLA / OLEIC ACID / オレイン酸


分子量: 282.461 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C18H34O2
#4: 化合物 ChemComp-OLC / (2R)-2,3-dihydroxypropyl (9Z)-octadec-9-enoate / 1-Oleoyl-R-glycerol / L-グリセロ-ル3-オレア-ト


分子量: 356.540 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H40O4

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.55 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.74 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 脂質キュービック相法 / pH: 7.5
詳細: 25-35% (V/V) PEG400, 130-200 MM POTASSIM SODIUM TARTRATE TETRAHYDRATE, 100 MM BIS-TRIS PROPANE, PH 6.4, LIPIDIC CUBIC PHASE, TEMPERATURE 293K

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21001
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンAPS 23-ID-D11.033
シンクロトロンAPS 23-ID-B21.033
検出器
タイプID検出器日付
MARMOSAIC 300 mm CCD1CCD2013年12月8日
MARMOSAIC 300 mm CCD2CCD2013年11月16日
放射
IDモノクロメータープロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1mirrorsSINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2mirrorsSINGLE WAVELENGTHMx-ray2
放射波長
ID波長 (Å)相対比
11.0331
21
反射解像度: 3→30 Å / Num. obs: 16902 / % possible obs: 90.8 % / 冗長度: 3.3 % / Rsym value: 0.192 / Net I/σ(I): 7.77
反射 シェル解像度: 3→3 Å / 冗長度: 3 % / % possible all: 90.6

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.10_2142: ???)精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4EA3

4ea3


解像度: 3→29.633 Å / SU ML: 0.51 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 29.22 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2751 835 5.01 %Random selection
Rwork0.2354 ---
obs0.2373 16668 90.85 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3→29.633 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4952 0 119 0 5071
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0045175
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.7477062
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.5593007
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.044873
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005864
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3-3.18780.36471380.31242622X-RAY DIFFRACTION91
3.1878-3.43360.34511390.28572637X-RAY DIFFRACTION92
3.4336-3.77850.30371420.26882675X-RAY DIFFRACTION92
3.7785-4.32380.26981390.21372658X-RAY DIFFRACTION92
4.3238-5.4420.27011390.21862646X-RAY DIFFRACTION91
5.442-29.63430.23381380.22232595X-RAY DIFFRACTION89
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.087-0.10170.18280.11770.2290.4736-0.0510.0370.0681-0.04850.02770.02670.00180.0418-00.4755-0.01390.00410.47760.03520.4904-8.708843.02650.0502
20.35790.60810.71780.3276-0.62841.0515-0.0385-0.02320.1170.06120.06910.0332-0.0107-0.127300.1024-0.00150.02180.18270.01760.1752-14.338834.7899-40.2993
30.1395-0.05460.01170.09540.08590.08410.24380.0461-0.13440.18-0.30030.20480.08020.063300.960.0434-0.0270.68-0.1380.8163-30.58879.5832-25.7701
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 47 through 333)
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'B' and (resid 44 through 333)
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'B' and (resid 1003 through 1106)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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