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- PDB-5dhf: Crystal Structure of hRio2 NES Peptide in complex with CRM1-Ran-RanBP1 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5dhf
タイトルCrystal Structure of hRio2 NES Peptide in complex with CRM1-Ran-RanBP1
要素
  • Exportin-1
  • GTP-binding nuclear protein Ran
  • Ran-specific GTPase-activating protein 1
  • Serine/threonine-protein kinase RIO2
キーワードTRANSPORT PROTEIN / Peptides / HEAT repeat / Nuclear Export signal / Exportin-1 / Nuclear Transport
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of ribosomal small subunit export from nucleus / tRNA re-export from nucleus / Transport of Mature mRNA derived from an Intron-Containing Transcript / pre-miRNA export from nucleus / RNA nuclear export complex / Transcriptional and post-translational regulation of MITF-M expression and activity / snRNA import into nucleus / Regulation of HSF1-mediated heat shock response / nuclear export signal receptor activity / manchette ...positive regulation of ribosomal small subunit export from nucleus / tRNA re-export from nucleus / Transport of Mature mRNA derived from an Intron-Containing Transcript / pre-miRNA export from nucleus / RNA nuclear export complex / Transcriptional and post-translational regulation of MITF-M expression and activity / snRNA import into nucleus / Regulation of HSF1-mediated heat shock response / nuclear export signal receptor activity / manchette / cellular response to mineralocorticoid stimulus / Regulation of cholesterol biosynthesis by SREBP (SREBF) / positive regulation of rRNA processing / tRNA export from nucleus / SUMOylation of SUMOylation proteins / importin-alpha family protein binding / protein localization to kinetochore / SUMOylation of RNA binding proteins / U4 snRNA binding / protein localization to nucleolus / spindle pole body / Rev-mediated nuclear export of HIV RNA / nuclear export / Nuclear import of Rev protein / NEP/NS2 Interacts with the Cellular Export Machinery / RNA export from nucleus / GTP metabolic process / tRNA processing in the nucleus / Postmitotic nuclear pore complex (NPC) reformation / SUMOylation of chromatin organization proteins / regulation of mitotic metaphase/anaphase transition / nuclear import signal receptor activity / MicroRNA (miRNA) biogenesis / preribosome, small subunit precursor / DNA metabolic process / MAPK6/MAPK4 signaling / dynein intermediate chain binding / mitotic sister chromatid segregation / ribosomal large subunit export from nucleus / spermatid development / U5 snRNA binding / viral process / U2 snRNA binding / U6 snRNA binding / positive regulation of protein binding / sperm flagellum / Major pathway of rRNA processing in the nucleolus and cytosol / nuclear pore / ribosomal subunit export from nucleus / mRNA export from nucleus / U1 snRNA binding / ribosomal small subunit export from nucleus / centriole / GTPase activator activity / protein export from nucleus / mitotic spindle organization / male germ cell nucleus / maturation of SSU-rRNA / hippocampus development / Transcriptional regulation by small RNAs / G1/S transition of mitotic cell cycle / recycling endosome / kinetochore / small GTPase binding / positive regulation of protein import into nucleus / protein import into nucleus / GDP binding / melanosome / nuclear envelope / mitotic cell cycle / G protein activity / protein autophosphorylation / ribosomal small subunit biogenesis / actin cytoskeleton organization / midbody / ubiquitin-dependent protein catabolic process / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; GTPに作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / non-specific serine/threonine protein kinase / protein kinase activity / cadherin binding / protein heterodimerization activity / protein domain specific binding / cell division / protein serine kinase activity / GTPase activity / protein serine/threonine kinase activity / chromatin binding / chromatin / GTP binding / protein-containing complex binding / nucleolus / perinuclear region of cytoplasm / magnesium ion binding / protein-containing complex / RNA binding / extracellular exosome / nucleoplasm / ATP binding / metal ion binding / nucleus
類似検索 - 分子機能
Serine/threonine-protein kinase Rio2 / RIO2 kinase winged helix domain, N-terminal / Rio2, N-terminal / RIO kinase, conserved site / RIO1/ZK632.3/MJ0444 family signature. / RIO kinase / RIO-like kinase / Ran-specific GTPase-activating protein 1, Ran-binding domain / : / RIO domain ...Serine/threonine-protein kinase Rio2 / RIO2 kinase winged helix domain, N-terminal / Rio2, N-terminal / RIO kinase, conserved site / RIO1/ZK632.3/MJ0444 family signature. / RIO kinase / RIO-like kinase / Ran-specific GTPase-activating protein 1, Ran-binding domain / : / RIO domain / Exportin-1, repeat 3 / Chromosome region maintenance repeat / Exportin-1, repeat 2 / Chromosome region maintenance or exportin repeat / CRM1 / Exportin repeat 2 / CRM1 / Exportin repeat 3 / CRM1 C terminal / Exportin-1, C-terminal / CRM1 C terminal / Exportin-1/5 / Exportin-1/Importin-beta-like / Exportin 1-like protein / Ran binding protein RanBP1-like / Ran binding domain / RanBP1 domain / Ran binding domain type 1 profile. / Ran-binding domain / Ran GTPase / Small GTPase Ran-type domain profile. / Importin-beta N-terminal domain / Importin-beta N-terminal domain / Importin-beta N-terminal domain profile. / Importin-beta, N-terminal domain / Pleckstrin-homology domain (PH domain)/Phosphotyrosine-binding domain (PTB) / PH-domain like / Ran (Ras-related nuclear proteins) /TC4 subfamily of small GTPases / Rho (Ras homology) subfamily of Ras-like small GTPases / Ras subfamily of RAS small GTPases / Small GTPase / Ras family / Rab subfamily of small GTPases / Armadillo-like helical / Small GTP-binding protein domain / PH-like domain superfamily / Armadillo-type fold / Roll / Winged helix DNA-binding domain superfamily / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / Protein kinase-like domain superfamily / Rossmann fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER / Exportin-1 / Ran-specific GTPase-activating protein 1 / GTP-binding nuclear protein Ran / Serine/threonine-protein kinase RIO2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.285 Å
データ登録者Fung, H.Y. / Chook, Y.M.
資金援助 香港, 米国, 6件
組織認可番号国
Croucher FoundationStudent Scholarship 香港
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM069909 米国
Cancer Prevention and Research Institute of Texas (CPRIT)RP120352 米国
University of Texas SouthwesternEndowed Scholars Program 米国
Welch FoundationI-1532 米国
Leukemia & Lymphoma SocietyScholar Award 米国
引用ジャーナル: Elife / 年: 2015
タイトル: Structural determinants of nuclear export signal orientation in binding to exportin CRM1.
著者: Fung, H.Y. / Fu, S.C. / Brautigam, C.A. / Chook, Y.M.
履歴
登録2015年8月30日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年9月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年10月21日Group: Other
改定 1.22017年9月20日Group: Author supporting evidence / Derived calculations / カテゴリ: pdbx_audit_support / pdbx_struct_oper_list
Item: _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.32017年9月27日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.42019年4月24日Group: Author supporting evidence / Data collection / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.52019年12月25日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.62023年9月27日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_conn_type
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn_type.id
改定 1.72023年11月15日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2
改定 1.82024年10月16日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: GTP-binding nuclear protein Ran
B: Ran-specific GTPase-activating protein 1
C: Exportin-1
D: Serine/threonine-protein kinase RIO2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)164,04713
ポリマ－162,9954
非ポリマー1,0519
水4,882271
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area11660 Å2
ΔGint-122 kcal/mol
Surface area57440 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)106.479, 106.479, 303.731
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number96
Space group name H-MP43212

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要素

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タンパク質 , 3種, 3分子 ABC

#1: タンパク質 GTP-binding nuclear protein Ran / Androgen receptor-associated protein 24 / GTPase Ran / Ras-like protein TC4 / Ras-related nuclear protein


分子量: 26758.564 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: RAN, ARA24, OK/SW-cl.81 / プラスミド: pET15 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P62826
#2: タンパク質 Ran-specific GTPase-activating protein 1 / Chromosome stability protein 20 / Perinuclear array-localized protein / Ran-binding protein 1 / RANBP1


分子量: 16521.867 Da / 分子数: 1 / Fragment: RanDB1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: YRB1, CST20, HTN1, SFO1, YDR002W, YD8119.08 / プラスミド: pGex4T3 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P41920
#3: タンパク質 Exportin-1 / Chromosome region maintenance protein 1 / Karyopherin-124


分子量: 117458.781 Da / 分子数: 1 / Mutation: V441D,D536G,T539C,V540E,K541Q,Y1022C / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: CRM1, KAP124, XPO1, YGR218W, G8514 / プラスミド: pGex4T3 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P30822

-
タンパク質・ペプチド , 1種, 1分子 D

#4: タンパク質・ペプチド Serine/threonine-protein kinase RIO2


分子量: 2256.264 Da / 分子数: 1 / Fragment: Nuclear Export Signal / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: RIOK2 / プラスミド: pMal / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q9BVS4*PLUS

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非ポリマー , 6種, 280分子

#5: 化合物 ChemComp-GNP / PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER / Gpp(NH)p


分子量: 522.196 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H17N6O13P3
コメント: GppNHp, GMPPNP, エネルギー貯蔵分子類似体*YM
#6: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#7: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#8: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#9: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#10: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 271 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.68 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.17 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.4
詳細: 17% PEG3350, 100mM Bis-Tris pH6.4, 200mM NH4NO3, 10mM Spermine HCl

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データ収集

回折平均測定温度: 93 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2015年2月20日
放射モノクロメーター: Rosenbaum-Rock high-resolution double-crystal monochromator
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.28→50 Å / Num. obs: 79060 / % possible obs: 98.6 % / 冗長度: 7 % / Biso Wilson estimate: 28.29 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.073 / Rpim(I) all: 0.028 / Rrim(I) all: 0.078 / Χ2: 0.889 / Net I/av σ(I): 24.316 / Net I/σ(I): 9 / Num. measured all: 552057
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
2.28-2.325.90.8939290.7010.3760.9720.88399.8
2.32-2.366.50.79439490.7430.320.8610.87899.7
2.36-2.417.10.73639170.8150.2820.7930.906100
2.41-2.467.10.61539310.8470.2340.6620.91499.7
2.46-2.517.10.51539230.880.1960.5540.93699.6
2.51-2.577.10.44339320.9050.1690.4770.92799.6
2.57-2.637.10.36439290.9340.1390.3920.92899.6
2.63-2.77.10.30439510.9510.1160.3270.91599.5
2.7-2.787.10.25239390.960.0950.2710.90599.4
2.78-2.877.10.19139460.9750.0720.2050.89298.8
2.87-2.987.10.15339380.9820.0580.1640.8899.3
2.98-3.097.10.11939370.9860.0450.1290.85999.2
3.09-3.247.20.09239490.9890.0350.0990.86398.5
3.24-3.417.10.06839440.9910.0260.0730.82999
3.41-3.627.10.05539610.9940.020.0590.82398.3
3.62-3.97.10.04639550.9940.0170.050.87698
3.9-4.297.10.04539380.9940.0170.0480.98497.3
4.29-4.917.10.04739670.9940.0170.0511.26397.2
4.91-6.196.90.03840070.9950.0140.0410.7996.2
6.19-506.60.02541180.9970.010.0270.5293.4

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX精密化
SCALEPACKデータスケーリング
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
Cootモデル構築
HKL-3000データ収集
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4HB2

4hb2


解像度: 2.285→45.718 Å / SU ML: 0.24 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 23.32 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2185 2991 2.58 %
Rwork0.1781 113142 -
obs0.1791 116133 76.83 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 137.67 Å2 / Biso mean: 42.3238 Å2 / Biso min: 13.21 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.285→45.718 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10817 0 60 271 11148
Biso mean--44.07 33.4 -
残基数----1339
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00311231
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.61715204
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0261729
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0021933
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.5564202
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 21

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.2849-2.32240.2734750.25812833290840
2.3224-2.36240.2598860.25413231331746
2.3624-2.40540.3076930.24733464355750
2.4054-2.45160.2675950.24453575367051
2.4516-2.50170.2801970.22973716381353
2.5017-2.55610.2614990.2333803390254
2.5561-2.61550.24741090.21394106421559
2.6155-2.68090.21121270.2224680480767
2.6809-2.75340.24621380.22285249538775
2.7534-2.83440.28021550.22775805596083
2.8344-2.92590.29131650.22146273643890
2.9259-3.03040.25651750.21386515669093
3.0304-3.15170.26581730.21036656682995
3.1517-3.29510.21911800.20276753693396
3.2951-3.46880.21861820.19246723690596
3.4688-3.6860.24441780.17346721689996
3.686-3.97050.21291780.15636704688296
3.9705-4.36980.16241720.13976635680795
4.3698-5.00140.1861690.1186648681795
5.0014-6.29860.15731740.15186587676194
6.2986-45.72730.18521710.14186465663692
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.02640.00990.00550.0283-0.00690.0275-0.02520.0761-0.032-0.11090.0792-0.1793-0.05230.08740.0140.2054-0.05220.08230.3035-0.10870.33477.380745.789229.5403
20.0113-0.02440.00370.0609-0.02650.07250.06610.0363-0.04170.05610.0061-0.0216-0.070.09580.05370.1707-0.10010.04110.2528-0.11090.423411.663953.073837.9582
30.00120.00030.00120.0065-0.0050.0142-0.0180.0251-0.053-0.0083-0.0277-0.02320.01420.0104-0.03480.09870.0535-0.05470.3379-0.12850.553211.127232.548734.9079
40.10420.08460.01830.07680.04770.1449-0.0011-0.0150.05780.06320.0204-0.09230.00740.00170.10240.07650.0063-0.0630.1413-0.0970.26934.502342.656639.5989
50.03770.0352-0.04340.0356-0.04150.0503-0.04230.0339-0.0905-0.01710.003-0.13150.0755-0.008-0.02150.1220.0212-0.05120.1706-0.0620.3146-1.651434.199638.646
60.0080.00520.0040.003-0.00050.007-0.0108-0.0031-0.03440.0259-0.0098-0.01560.01130.003700.15590.0382-0.02950.1819-0.06320.2751.437643.502243.8832
70.0198-0.0093-0.01820.01880.01760.01940.06170.00010.0296-0.07560.03250.0114-0.0232-0.152900.16520.0052-0.01950.2349-0.02030.1997-8.271245.483534.4448
80.0123-0.04040.04820.159-0.14140.19720.00040.0795-0.00030.02760.13310.0419-0.18550.15370.04620.2872-0.08420.01870.2663-0.05060.20497.698862.829536.2836
90.00160.0017-0.00020.0013-0.00050.00310.0363-0.00730.0153-0.02450.0258-0.02570.0338-0.013900.5554-0.13420.12610.7396-0.150.516117.007961.68714.1962
100.0024-0.00110.00150.0010.00050.0022-0.0010.01420.00320.00660.0190.01780.01530.021400.3482-0.07410.11580.3854-0.10940.5541-1.678656.291511.9372
110.0050.007-0.00220.00730.00060.0061-0.01920.0151-0.00750.02850.02740.0227-0.01330.002-00.9076-0.160.07090.8855-0.03640.88163.347580.941546.2921
120.022-0.00010.02350.0005-0.00030.02520.06260.0464-0.0480.08720.03040.0165-0.02810.14140.00070.3971-0.11270.12930.3778-0.01290.46586.715863.215617.2505
130.01940.00090.00420.1075-0.03190.0135-0.1177-0.0066-0.06010.05-0.03110.0583-0.14640.1234-0.11290.6497-0.23220.18170.3558-0.01130.4696.407373.232924.8851
140.02580.05260.02640.18260.09680.0487-0.0732-0.0605-0.0832-0.0404-0.01590.0688-0.14450.2204-0.02470.4082-0.26410.09810.4879-0.03710.42059.775467.063214.1309
150.0282-0.019-0.01930.04150.0430.04550.00580.0385-0.0067-0.0563-0.05940.0709-0.10990.04370.00720.7571-0.2541-0.05460.35050.02340.46943.870577.999210.9198
160.0331-0.01220.03610.15970.05270.08890.0565-0.02390.00270.19930.1987-0.55150.11150.35991.36970.09170.2147-0.37610.3601-0.11130.797217.457624.893948.9624
170.0958-0.0485-0.00310.05170.030.0266-0.0543-0.13260.01620.4310.0398-0.17510.1471-0.0189-0.00010.40550.0441-0.07920.2472-0.02720.2608-7.432926.658660.9596
180.4160.0383-0.0790.68910.22890.47810.04390.05120.00610.06820.0206-0.0141-0.185-0.32380.06990.1720.04720.0170.2867-0.02540.111-26.54354.470248.5137
190.11440.0516-0.05240.39670.0920.30710.0476-0.04620.0693-0.12180.1145-0.0233-0.431-0.24340.60870.50870.26960.08670.46760.12660.1273-33.618562.73989.8308
200.2381-0.28590.10610.337-0.0680.1535-0.00670.1027-0.0376-0.07150.17540.0192-0.13040.01320.03240.20210.02740.02980.3046-0.03860.1974-15.938339.68120.8001
210.0537-0.07250.0570.096-0.06570.140.14-0.0007-0.3022-0.12370.04090.22360.2013-0.00660.00190.22990.0089-0.05010.2558-0.05790.3643-7.071410.470820.5151
220.00090.0015-0.00070.0017-0.00140.00060.01170.01630.0038-0.03710.0263-0.0133-0.01330.001700.88760.2898-0.02620.7951-0.02250.7342-39.75376.096928.1492
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 9 through 44 )A0
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 45 through 66 )A0
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 67 through 80 )A0
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 81 through 91 )A0
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 92 through 111 )A0
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 112 through 122 )A0
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 123 through 158 )A0
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'A' and (resid 159 through 193 )A0
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'A' and (resid 194 through 206 )A0
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'A' and (resid 207 through 216 )A0
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resid 65 through 82 )B0
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'B' and (resid 83 through 106 )B0
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'B' and (resid 107 through 133 )B0
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'B' and (resid 134 through 180 )B0
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'B' and (resid 181 through 200 )B0
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'C' and (resid 0 through 167 )C0
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'C' and (resid 168 through 268 )C0
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'C' and (resid 269 through 569 )C0
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'C' and (resid 570 through 692 )C0
20X-RAY DIFFRACTION20chain 'C' and (resid 693 through 897 )C0
21X-RAY DIFFRACTION21chain 'C' and (resid 898 through 1052 )C0
22X-RAY DIFFRACTION22chain 'D' and (resid 391 through 403 )D0

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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