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- PDB-5dhe: Crystal structure of ChBD3 from Thermococcus kodakarensis KOD1 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5dhe
タイトルCrystal structure of ChBD3 from Thermococcus kodakarensis KOD1
要素Chitinase
キーワードHYDROLASE / chitin / chitinase / chitin binding domain
機能・相同性
機能・相同性情報


polysaccharide binding / chitin binding / hydrolase activity, hydrolyzing O-glycosyl compounds / carbohydrate metabolic process / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Immunoglobulin-like - #290 / Chitin-binding domain type 3 / Cellulose binding domain / Carbohydrate-binding module family 5/12 / Carbohydrate-binding module superfamily 5/12 / Carbohydrate-binding type-2 domain / CBM2 (Carbohydrate-binding type-2) domain profile. / CBD_II / CBM2, carbohydrate-binding domain superfamily / CBM2/CBM3, carbohydrate-binding domain superfamily ...Immunoglobulin-like - #290 / Chitin-binding domain type 3 / Cellulose binding domain / Carbohydrate-binding module family 5/12 / Carbohydrate-binding module superfamily 5/12 / Carbohydrate-binding type-2 domain / CBM2 (Carbohydrate-binding type-2) domain profile. / CBD_II / CBM2, carbohydrate-binding domain superfamily / CBM2/CBM3, carbohydrate-binding domain superfamily / Glycosyl hydrolases family 18 (GH18) active site / Glycosyl hydrolases family 18 (GH18) active site signature. / Chitinase insertion domain superfamily / Chitinase II / Glyco_18 / Glycosyl hydrolases family 18 (GH18) domain profile. / Glycoside hydrolase family 18, catalytic domain / Glycosyl hydrolases family 18 / Glycoside hydrolase superfamily / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Thermococcus kodakarensis KOD1 (古細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.6 Å
データ登録者Niwa, S. / Hibi, M. / Takeda, K. / Miki, K.
資金援助 日本, 1件
組織認可番号国
CREST, JST 日本
引用ジャーナル: Febs Lett. / 年: 2016
タイトル: Crystal structures of chitin binding domains of chitinase from Thermococcus kodakarensis KOD1
著者: Hanazono, Y. / Takeda, K. / Niwa, S. / Hibi, M. / Takahashi, N. / Kanai, T. / Atomi, H. / Miki, K.
履歴
登録2015年8月30日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02016年2月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年2月19日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: citation / diffrn_source / pdbx_struct_oper_list
Item: _citation.journal_id_CSD / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.22024年3月20日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Chitinase
B: Chitinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,4777
ポリマ－22,0162
非ポリマー4605
水3,495194
1
A: Chitinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,2844
ポリマ－11,0081
非ポリマー2763
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area170 Å2
ΔGint-1 kcal/mol
Surface area5460 Å2
手法PISA
2
B: Chitinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,1923
ポリマ－11,0081
非ポリマー1842
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area5460 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)49.161, 44.669, 51.712
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 114.880, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Chitinase / Chitinase / containing dual catalytic domains


分子量: 11008.195 Da / 分子数: 2 / 断片: ChBD3 domain, UNP residues 764-863 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermococcus kodakarensis KOD1 (古細菌)
株: KOD1 / 遺伝子: Pk-chiA, TK1765 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9UWR7, chitinase
#2: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 194 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.34 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.43 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 / 詳細: sodium citrate, glycerol, MES, SDS

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL26B2 / 波長: 0.9 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2013年12月9日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9 Å / 相対比: 1
Reflection冗長度: 4 % / 数: 123739 / Rmerge(I) obs: 0.085 / Χ2: 1.6 / D res high: 2.4 Å / D res low: 50 Å / Num. obs: 31247 / % possible obs: 98.6
Diffraction reflection shell
最高解像度 (Å)最低解像度 (Å)IDRmerge(I) obsChi squaredRedundancy
6.515010.0341.4973.9
5.176.5110.0391.3964
4.525.1710.0361.4154
4.14.5210.041.4914
3.814.110.0491.5984
3.583.8110.0551.6114
3.413.5810.0651.7634
3.263.4110.0731.7634
3.133.2610.091.7264
3.023.1310.1161.7664
2.933.0210.1371.6394
2.852.9310.1571.6564
2.772.8510.1811.6534
2.72.7710.1711.6044
2.642.710.2061.6234
2.592.6410.2461.6014
2.532.5910.2611.5714
2.492.5310.2671.5883.9
2.442.4910.3131.5533.9
2.42.4410.2981.4713.9
反射解像度: 1.6→30 Å / Num. obs: 26632 / % possible obs: 98.9 % / 冗長度: 4 % / Rmerge(I) obs: 0.061 / Χ2: 1.869 / Net I/av σ(I): 28.806 / Net I/σ(I): 13.6 / Num. measured all: 107174
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2% possible all
1.6-1.632.90.37411781.56588.2
1.63-1.663.10.35912481.62792.9
1.66-1.693.60.35812941.66197.8
1.69-1.724.10.31813311.73199.9
1.72-1.764.10.25513451.73100
1.76-1.84.20.21613381.691100
1.8-1.854.10.18213401.868100
1.85-1.94.20.15613351.897100
1.9-1.954.20.13413491.895100
1.95-2.024.20.10913311.954100
2.02-2.094.20.09413341.897100
2.09-2.174.20.08913322.04100
2.17-2.274.20.07813592.24100
2.27-2.394.20.07613242.344100
2.39-2.544.20.06513522.103100
2.54-2.744.20.05113761.794100
2.74-3.014.20.0513462.083100
3.01-3.454.10.04213552.364100
3.45-4.344.20.02813591.46599.9
4.34-3040.02314061.16399.9

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位相決定

位相決定手法: 単波長異常分散
Phasing MADD res high: 3 Å / D res low: 15 Å / FOM : 0.39 / 反射: 7742
Phasing MAD set site
IDAtom type symbolB isoFract xFract yFract zOccupancy
1Os29.6490.999010.317
2Os23.3230.8690.7260.9990.298
3Os29.8650.5450.5230.3290.338
4Os31.040.4190.80.3260.321
Phasing MAD shell
解像度 (Å)FOM 反射
9.2-150.51445
6.36-9.20.51666
5.13-6.360.45820
4.42-5.130.44962
3.94-4.420.41086
3.58-3.940.371183
3.31-3.580.321250
3.09-3.310.261330

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1.3精密化
DENZOデータ収集
SCALEPACKデータスケーリング
SOLVE2.13位相決定
RESOLVE2.13位相決定
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.6→30 Å / FOM work R set: 0.8763 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2093 1339 5 %
Rwork0.1935 25280 -
obs-26619 98.5 %
溶媒の処理Bsol: 44.2818 Å2
原子変位パラメータBiso max: 51.52 Å2 / Biso mean: 14.7357 Å2 / Biso min: 1.95 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.175 Å20 Å2-0.954 Å2
2---1.504 Å20 Å2
3---0.328 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.6→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1562 0 30 194 1786
Biso mean--39.72 28.05 -
残基数----200
Xplor file
Refine-IDSerial noParam file
X-RAY DIFFRACTION1CNS_TOPPAR:protein_rep.param
X-RAY DIFFRACTION2CNS_TOPPAR:water_rep.param
X-RAY DIFFRACTION3gol.param

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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