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- PDB-5dh4: PDE10 complexed with 5-chloro-N-[(2,4-dimethylthiazol-5-yl)methyl... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5dh4
タイトルPDE10 complexed with 5-chloro-N-[(2,4-dimethylthiazol-5-yl)methyl]pyrazolo[1,5-a]pyrimidin-7-amine
要素cAMP and cAMP-inhibited cGMP 3',5'-cyclic phosphodiesterase 10A
キーワードHYDROLASE/HYDROLASE INHIBITOR / HYDROLASE-HYDROLASE INHIBITOR COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


3',5'-cGMP-stimulated cyclic-nucleotide phosphodiesterase activity / 3',5'-cyclic-nucleotide phosphodiesterase / negative regulation of cGMP-mediated signaling / cGMP catabolic process / cGMP effects / cAMP catabolic process / 3',5'-cyclic-nucleotide phosphodiesterase activity / cGMP binding / 3',5'-cyclic-GMP phosphodiesterase activity / 3',5'-cyclic-AMP phosphodiesterase activity ...3',5'-cGMP-stimulated cyclic-nucleotide phosphodiesterase activity / 3',5'-cyclic-nucleotide phosphodiesterase / negative regulation of cGMP-mediated signaling / cGMP catabolic process / cGMP effects / cAMP catabolic process / 3',5'-cyclic-nucleotide phosphodiesterase activity / cGMP binding / 3',5'-cyclic-GMP phosphodiesterase activity / 3',5'-cyclic-AMP phosphodiesterase activity / cAMP binding / cAMP-mediated signaling / G alpha (s) signalling events / metal ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Catalytic domain of cyclic nucleotide phosphodiesterase 4b2b / 3'5'-cyclic nucleotide phosphodiesterase, catalytic domain / 3'5'-cyclic nucleotide phosphodiesterase / 3'5'-cyclic nucleotide phosphodiesterase, catalytic domain / 3'5'-cyclic nucleotide phosphodiesterase, conserved site / 3'5'-cyclic nucleotide phosphodiesterase, catalytic domain superfamily / 3'5'-cyclic nucleotide phosphodiesterase / 3'5'-cyclic nucleotide phosphodiesterase domain signature. / 3'5'-cyclic nucleotide phosphodiesterase domain profile. / GAF domain ...Catalytic domain of cyclic nucleotide phosphodiesterase 4b2b / 3'5'-cyclic nucleotide phosphodiesterase, catalytic domain / 3'5'-cyclic nucleotide phosphodiesterase / 3'5'-cyclic nucleotide phosphodiesterase, catalytic domain / 3'5'-cyclic nucleotide phosphodiesterase, conserved site / 3'5'-cyclic nucleotide phosphodiesterase, catalytic domain superfamily / 3'5'-cyclic nucleotide phosphodiesterase / 3'5'-cyclic nucleotide phosphodiesterase domain signature. / 3'5'-cyclic nucleotide phosphodiesterase domain profile. / GAF domain / Domain present in phytochromes and cGMP-specific phosphodiesterases. / GAF domain / GAF-like domain superfamily / Metal dependent phosphohydrolases with conserved 'HD' motif. / HD/PDEase domain / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-4PX / Chem-5AV / cAMP and cAMP-inhibited cGMP 3',5'-cyclic phosphodiesterase 10A
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Yan, Y.
引用ジャーナル: Bioorg.Med.Chem.Lett. / 年: 2016
タイトル: Discovery of pyrazolopyrimidine phosphodiesterase 10A inhibitors for the treatment of schizophrenia.
著者: Raheem, I.T. / Schreier, J.D. / Fuerst, J. / Gantert, L. / Hostetler, E.D. / Huszar, S. / Joshi, A. / Kandebo, M. / Kim, S.H. / Li, J. / Ma, B. / McGaughey, G. / Sharma, S. / Shipe, W.D. / ...著者: Raheem, I.T. / Schreier, J.D. / Fuerst, J. / Gantert, L. / Hostetler, E.D. / Huszar, S. / Joshi, A. / Kandebo, M. / Kim, S.H. / Li, J. / Ma, B. / McGaughey, G. / Sharma, S. / Shipe, W.D. / Uslaner, J. / Vandeveer, G.H. / Yan, Y. / Renger, J.J. / Smith, S.M. / Coleman, P.J. / Cox, C.D.
履歴
登録2015年8月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年1月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年10月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_struct_oper_list / struct_conn
Item: _citation.journal_id_CSD / _database_2.pdbx_DOI ..._citation.journal_id_CSD / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: cAMP and cAMP-inhibited cGMP 3',5'-cyclic phosphodiesterase 10A
B: cAMP and cAMP-inhibited cGMP 3',5'-cyclic phosphodiesterase 10A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)80,3309
ポリマ－79,2132
非ポリマー1,1177
水1,49583
1
A: cAMP and cAMP-inhibited cGMP 3',5'-cyclic phosphodiesterase 10A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,3405
ポリマ－39,6061
非ポリマー7344
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: cAMP and cAMP-inhibited cGMP 3',5'-cyclic phosphodiesterase 10A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,9904
ポリマ－39,6061
非ポリマー3833
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)49.600, 81.200, 155.820
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 cAMP and cAMP-inhibited cGMP 3',5'-cyclic phosphodiesterase 10A


分子量: 39606.430 Da / 分子数: 2 / 断片: catalytic domain residues 439-779 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PDE10A / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q9Y233, 3',5'-cyclic-nucleotide phosphodiesterase, 3',5'-cyclic-GMP phosphodiesterase

-
非ポリマー , 5種, 90分子

#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物 ChemComp-5AV / 5-chloro-N-[(2,4-dimethyl-1,3-thiazol-5-yl)methyl]pyrazolo[1,5-a]pyrimidin-7-amine


分子量: 293.775 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C12H12ClN5S
#5: 化合物 ChemComp-4PX / 3-(1-hydroxy-2-methylpropan-2-yl)-5-phenyl-3,5-dihydro-1H-imidazo[4,5-c][1,8]naphthyridine-2,4-dione


分子量: 350.371 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C19H18N4O3
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 83 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.98 Å3/Da / 溶媒含有率: 37.9 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 100mM HEPES pH 7.0, 20% PEG3350, 200mM MgCl2, and 10mM 2-Mercaptoethanol

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.2 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2009年10月17日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
Reflection冗長度: 6.2 % / 数: 192423 / Rmerge(I) obs: 0.06 / Χ2: 1.03 / D res high: 2.2 Å / D res low: 50 Å / Num. obs: 30865 / % possible obs: 94.3
Diffraction reflection shell
最高解像度 (Å)最低解像度 (Å)IDRmerge(I) obsChi squaredRedundancy
4.745010.0350.8566.6
3.764.7410.0470.8576.5
3.293.7610.0561.0266.2
2.993.2910.0751.3066.1
2.772.9910.111.2546.1
2.612.7710.1621.1086.1
2.482.6110.221.0116.1
2.372.4810.3340.986.2
2.282.3710.4320.9616.3
2.22.2810.5550.9546.1
反射解像度: 2.2→50 Å / Num. obs: 30865 / % possible obs: 94.3 % / 冗長度: 6.2 % / Biso Wilson estimate: 44.43 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.06 / Χ2: 1.029 / Net I/av σ(I): 24.398 / Net I/σ(I): 17.1 / Num. measured all: 192423
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2% possible all
2.2-2.286.10.55526560.95482.9
2.28-2.376.30.43228220.96187
2.37-2.486.20.33429130.9890.9
2.48-2.616.10.2230661.01194.8
2.61-2.776.10.16231021.10896.1
2.77-2.996.10.1131491.25497.1
2.99-3.296.10.07532181.30698
3.29-3.766.20.05632331.02698.8
3.76-4.746.50.04732700.85798.3
4.74-506.60.03534360.85697.9

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SCALEPACKデータスケーリング
BUSTER-TNT2.11.5精密化
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
HKL-2000データ削減
BUSTER位相決定
精密化構造決定の手法: フーリエ合成 / 解像度: 2.2→43.75 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9277 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9173 / SU R Cruickshank DPI: 0.336 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.338 / SU Rfree Blow DPI: 0.219 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.221
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2325 1554 5.04 %RANDOM
Rwork0.2032 ---
obs0.2102 30808 93.92 %-
原子変位パラメータBiso max: 137.98 Å2 / Biso mean: 57.67 Å2 / Biso min: 23.13 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--15.2409 Å20 Å20 Å2
2--15.9213 Å20 Å2
3----0.6804 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.329 Å
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.2→43.75 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5041 0 68 83 5192
Biso mean--42.06 44 -
残基数----629
拘束条件
Refine-IDタイプ数Restraint functionWeightDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d1792SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes123HARMONIC8
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes772HARMONIC8
X-RAY DIFFRACTIONt_it5244HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd1SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion680SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact6446SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d5244HARMONIC20.01
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg7123HARMONIC21.1
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion1.91
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion18.47
LS精密化 シェル解像度: 2.2→2.28 Å / Total num. of bins used: 15
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2585 127 5.07 %
Rwork0.2423 2378 -
all0.2432 2505 -
obs--93.92 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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