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Yorodumi- PDB-5dgg: Central domain of uncharacterized Lpg1148 protein from Legionella... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 5dgg | |||||||||
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Title | Central domain of uncharacterized Lpg1148 protein from Legionella pneumophila | |||||||||
Components | Uncharacterized protein | |||||||||
Keywords | UNKNOWN FUNCTION / Legionella pneumophila / structural genomics / APC105518 / Midwest Center for Structural Genomics / MCSG / PSI-Biology | |||||||||
Function / homology | Legionella ubiquitin-specific protease A domain / Legionella ubiquitin-specific protease A domain / membrane / Legionella ubiquitin-specific protease A domain-containing protein Function and homology information | |||||||||
Biological species | Legionella pneumophila subsp. pneumophila (bacteria) | |||||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / SAD / Resolution: 1.93 Å | |||||||||
Authors | Osipiuk, J. / Evdokimova, E. / Yim, V. / Joachimiak, A. / Ensminger, A. / Savchenko, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG) | |||||||||
Funding support | Canada, United States, 2items
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Citation | Journal: Mol. Syst. Biol. / Year: 2016 Title: Diverse mechanisms of metaeffector activity in an intracellular bacterial pathogen, Legionella pneumophila. Authors: Urbanus, M.L. / Quaile, A.T. / Stogios, P.J. / Morar, M. / Rao, C. / Di Leo, R. / Evdokimova, E. / Lam, M. / Oatway, C. / Cuff, M.E. / Osipiuk, J. / Michalska, K. / Nocek, B.P. / Taipale, M. ...Authors: Urbanus, M.L. / Quaile, A.T. / Stogios, P.J. / Morar, M. / Rao, C. / Di Leo, R. / Evdokimova, E. / Lam, M. / Oatway, C. / Cuff, M.E. / Osipiuk, J. / Michalska, K. / Nocek, B.P. / Taipale, M. / Savchenko, A. / Ensminger, A.W. | |||||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 5dgg.cif.gz | 156.8 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb5dgg.ent.gz | 123 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 5dgg.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 5dgg_validation.pdf.gz | 431 KB | Display | wwPDB validaton report |
---|---|---|---|---|
Full document | 5dgg_full_validation.pdf.gz | 433.9 KB | Display | |
Data in XML | 5dgg_validation.xml.gz | 16.3 KB | Display | |
Data in CIF | 5dgg_validation.cif.gz | 22.8 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dg/5dgg ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dg/5dgg | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 4hfvC 4rxiC 4rxvC 4xa9C C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data | |
Other databases |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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2 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 21222.781 Da / Num. of mol.: 2 / Fragment: UNP residues 212-310 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Legionella pneumophila subsp. pneumophila (bacteria) Strain: Philadelphia 1 / ATCC 33152 / DSM 7513 / Gene: lpg1148 / Plasmid: pET15b / Details (production host): modified / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): BL21(DE3) / References: UniProt: Q5ZWD7 #2: Chemical | #3: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 1.99 Å3/Da / Density % sol: 38.34 % |
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Crystal grow | Temperature: 294 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 7.4 Details: 2 M ammonium sulfate, 4% sucrose, 0.01 M magnesium chloride |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 19-ID / Wavelength: 0.9792 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: ADSC QUANTUM 315r / Detector: CCD / Date: Feb 9, 2015 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Monochromator: double crystal monochromator / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9792 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 1.93→50 Å / Num. all: 26237 / Num. obs: 26237 / % possible obs: 99.9 % / Redundancy: 5.6 % / Rmerge(I) obs: 0.078 / Rpim(I) all: 0.036 / Rrim(I) all: 0.086 / Χ2: 1.018 / Net I/av σ(I): 25.23 / Net I/σ(I): 8.3 / Num. measured all: 145864 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1 / Rejects: _
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: SAD / Resolution: 1.93→38.3 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.966 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.947 / SU B: 7.775 / SU ML: 0.11 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.166 / ESU R Free: 0.149 / Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOOD Details: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.2 Å / Solvent model: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 102.54 Å2 / Biso mean: 38.57 Å2 / Biso min: 18.29 Å2
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Refinement step | Cycle: final / Resolution: 1.93→38.3 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Resolution: 1.929→1.979 Å / Total num. of bins used: 20
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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