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- PDB-5de5: Crystal structure of the complex between human FMRP RGG motif and... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5de5
タイトルCrystal structure of the complex between human FMRP RGG motif and G-quadruplex RNA.
要素
  • Fragile X mental retardation protein 1
  • sc1
キーワードRNA binding protein/RNA / Fragile X syndrome / RNA structure / RGG box / FMRP / G-quadruplex / RNA binding protein-RNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of intracellular transport of viral material / regulation of translation at presynapse, modulating synaptic transmission / dendritic filopodium / negative regulation of voltage-gated calcium channel activity / host-mediated perturbation of viral RNA genome replication / positive regulation of miRNA-mediated gene silencing / poly(G) binding / negative regulation of miRNA-mediated gene silencing / neuronal ribonucleoprotein granule / regulation of neuronal action potential ...positive regulation of intracellular transport of viral material / regulation of translation at presynapse, modulating synaptic transmission / dendritic filopodium / negative regulation of voltage-gated calcium channel activity / host-mediated perturbation of viral RNA genome replication / positive regulation of miRNA-mediated gene silencing / poly(G) binding / negative regulation of miRNA-mediated gene silencing / neuronal ribonucleoprotein granule / regulation of neuronal action potential / intracellular membraneless organelle / negative regulation of long-term synaptic depression / histone H3 reader activity / animal organ development / RNA strand annealing activity / regulation of dendritic spine development / chromocenter / positive regulation of long-term neuronal synaptic plasticity / filopodium tip / regulation of filopodium assembly / regulation of neurotransmitter secretion / negative regulation of synaptic vesicle exocytosis / N6-methyladenosine-containing RNA reader activity / poly(A) binding / siRNA binding / membraneless organelle assembly / growth cone filopodium / sequence-specific mRNA binding / regulatory ncRNA-mediated gene silencing / positive regulation of proteasomal protein catabolic process / positive regulation of filopodium assembly / miRNA binding / poly(U) RNA binding / glutamate receptor signaling pathway / regulation of alternative mRNA splicing, via spliceosome / positive regulation of dendritic spine development / dynein complex binding / positive regulation of receptor internalization / chromosome, centromeric region / mRNA transport / glial cell projection / Cajal body / mRNA export from nucleus / negative regulation of cytoplasmic translation / cell projection / translation regulator activity / translation initiation factor binding / regulation of mRNA stability / translation repressor activity / negative regulation of translational initiation / signaling adaptor activity / RNA splicing / axon terminus / stress granule assembly / positive regulation of translation / mRNA 3'-UTR binding / molecular condensate scaffold activity / cellular response to virus / RNA stem-loop binding / mRNA 5'-UTR binding / mRNA processing / cytoplasmic stress granule / cytoplasmic ribonucleoprotein granule / nervous system development / chromosome / growth cone / presynapse / ribosome binding / presynaptic membrane / microtubule binding / G-quadruplex RNA binding / dendritic spine / perikaryon / transmembrane transporter binding / postsynaptic membrane / neuron projection / negative regulation of translation / postsynaptic density / postsynapse / ribonucleoprotein complex / protein heterodimerization activity / axon / DNA repair / mRNA binding / chromatin binding / synapse / dendrite / nucleolus / perinuclear region of cytoplasm / protein homodimerization activity / RNA binding / nucleoplasm / membrane / identical protein binding / nucleus / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Fragile X messenger ribonucleoprotein 1, C-terminal region 2 / : / : / : / : / Fragile X messenger ribonucleoprotein 1, C-terminal region 2 / Fragile X messenger ribonucleoprotein 1, C-terminal core / Fragile X messenger ribonucleoprotein 1 / Synaptic functional regulator FMRP, KH0 domain / FMR1, tudor domain ...Fragile X messenger ribonucleoprotein 1, C-terminal region 2 / : / : / : / : / Fragile X messenger ribonucleoprotein 1, C-terminal region 2 / Fragile X messenger ribonucleoprotein 1, C-terminal core / Fragile X messenger ribonucleoprotein 1 / Synaptic functional regulator FMRP, KH0 domain / FMR1, tudor domain / Fragile X-related 1 protein core C terminal / FMRP KH0 domain / Fragile X messenger ribonucleoprotein 1, Tudor domain / Agenet-like domain profile. / Agenet-like domain / Agenet domain / KH domain / K Homology domain, type 1 / Type-1 KH domain profile. / K Homology domain, type 1 superfamily / K Homology domain / K homology RNA-binding domain
類似検索 - ドメイン・相同性
: / RNA / RNA (> 10) / Fragile X messenger ribonucleoprotein 1
類似検索 - 構成要素
生物種synthetic construct (人工物)
Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.0011 Å
データ登録者Vasilyev, N. / Polonskaia, A. / Darnell, J.C. / Darnell, R.B. / Patel, D.J. / Serganov, A.
資金援助 米国, 6件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)P41 GM103403 米国
National Institutes of Health/National Institute of Mental Health (NIH/NIMH)R21MH103655 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)TR01 GM104962 米国
Whitehead Institute for Biomedical Research 米国
Edward Mallinckrodt, Jr. Foundation 米国
New York University 米国
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2015
タイトル: Crystal structure reveals specific recognition of a G-quadruplex RNA by a beta-turn in the RGG motif of FMRP.
著者: Vasilyev, N. / Polonskaia, A. / Darnell, J.C. / Darnell, R.B. / Patel, D.J. / Serganov, A.
履歴
登録2015年8月25日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年9月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年9月30日Group: Database references
改定 1.22015年10月14日Group: Database references
改定 1.32017年9月6日Group: Author supporting evidence / Database references / Derived calculations
カテゴリ: citation / pdbx_audit_support / pdbx_struct_oper_list
Item: _citation.journal_id_CSD / _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.42019年11月27日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.52024年3月6日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: sc1
B: Fragile X mental retardation protein 1
C: sc1
D: Fragile X mental retardation protein 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,77111
ポリマ－26,4984
非ポリマー2747
水724
1
A: sc1
B: Fragile X mental retardation protein 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,3665
ポリマ－13,2492
非ポリマー1173
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1830 Å2
ΔGint-7 kcal/mol
Surface area6470 Å2
手法PISA
2
C: sc1
D: Fragile X mental retardation protein 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,4056
ポリマ－13,2492
非ポリマー1564
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2010 Å2
ΔGint-8 kcal/mol
Surface area6220 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)57.060, 130.010, 36.750
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212

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要素

#1: RNA鎖 sc1


分子量: 11459.821 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#2: タンパク質・ペプチド Fragile X mental retardation protein 1 / Protein FMR-1


分子量: 1788.939 Da / 分子数: 2 / Mutation: R527A / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q06787
#3: 化合物
ChemComp-K / POTASSIUM ION


分子量: 39.098 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.67 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.88 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.6
詳細: 0.1 M Na-citrate pH 5.6, 0.2 M ammonium acetate, 18% PEG 4000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-E / 波長: 1.1053 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 1 / 検出器: CCD / 日付: 2008年1月23日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.1053 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3→20 Å / Num. obs: 10504 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 7.4 % / Rmerge(I) obs: 0.011 / Net I/σ(I): 12.9
反射 シェル解像度: 3→3.08 Å / 冗長度: 7.3 % / Rmerge(I) obs: 0.665 / Mean I/σ(I) obs: 3.3 / Num. unique all: 783 / % possible all: 98.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1692精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 3.0011→19.218 Å / SU ML: 0.35 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 23.08 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.221 265 4.54 %
Rwork0.1945 --
obs0.1958 5841 99.66 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.0011→19.218 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数164 1518 7 4 1693
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0031862
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.8462861
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.944893
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.04360
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004103
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.0011-3.77640.28371350.23362706X-RAY DIFFRACTION99
3.7764-19.21830.18351300.17062870X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.37580.4753-0.03372.06330.3740.45790.2673-0.2110.06410.293-0.3151-0.00720.19460.10560.11930.1981-0.01820.0150.32530.01580.2955-16.812118.585-5.29
24.8454-0.1653-0.13134.119-0.80262.80410.0037-0.3260.2805-0.3583-0.19190.2831-0.3960.09350.14440.1913-0.0588-0.01290.2415-0.05260.2931-17.54332.0175-9.2364
30.53490.8826-0.12071.4597-0.2180.1330.0566-0.136-0.35750.2733-0.1447-0.48520.44140.2640.09850.42350.04120.12150.30350.06660.588-12.858613.9185-7.3421
45.14740.03470.71332.715-1.02323.37880.1610.2033-0.2334-0.1579-0.10890.2318-0.055-0.00210.0160.1779-0.00060.00660.20560.03820.3289-19.59816.3502-11.7177
50.2974-0.47410.27811.1384-0.02220.77470.21270.09550.0656-0.0951-0.3258-0.37850.50580.0516-0.56560.4994-0.03180.090.18090.09050.2384-14.812-16.5534-23.1406
65.2428-0.2345-2.23120.12580.34621.47660.2045-0.8629-0.41521.0579-0.0414-0.52530.71910.3529-0.31730.9653-0.0014-0.37080.3933-0.03030.5291-6.591-19.079-13.495
70.3998-0.1174-0.39440.08190.22630.6540.13590.11880.0894-0.0104-0.1487-0.1524-0.1871-0.0106-0.0560.43930.0366-0.0090.23180.13350.713-15.7432-3.1187-22.5857
82.63930.4698-0.77092.9071-0.98020.47670.0208-0.33620.26940.69860.0162-0.2248-0.1420.0557-0.00630.43120.0511-0.00040.34750.02530.2146-15.8479-7.7343-15.0129
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 1 through 9 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 10 through 28 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 29 through 35 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'B' and (resid 5 through 18 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'C' and (resid 1 through 21 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'C' and (resid 22 through 28 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'C' and (resid 29 through 35 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'D' and (resid 6 through 18 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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