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- PDB-5dcn: Crystal structure of LC3 in complex with TECPR2 LIR -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5dcn
タイトルCrystal structure of LC3 in complex with TECPR2 LIR
要素Microtubule-associated proteins 1A/1B light chain 3B
キーワードCELL CYCLE / LC3 / Autophagy
機能・相同性
機能・相同性情報


SARS-CoV-2 modulates autophagy / ceramide binding / cellular response to nitrogen starvation / phosphatidylethanolamine binding / Translation of Replicase and Assembly of the Replication Transcription Complex / TBC/RABGAPs / Macroautophagy / Receptor Mediated Mitophagy / axoneme / organelle membrane ...SARS-CoV-2 modulates autophagy / ceramide binding / cellular response to nitrogen starvation / phosphatidylethanolamine binding / Translation of Replicase and Assembly of the Replication Transcription Complex / TBC/RABGAPs / Macroautophagy / Receptor Mediated Mitophagy / axoneme / organelle membrane / autophagosome membrane / mitophagy / autophagosome maturation / autophagosome assembly / autophagosome / endomembrane system / PINK1-PRKN Mediated Mitophagy / Pexophagy / cellular response to starvation / mitochondrial membrane / macroautophagy / autophagy / KEAP1-NFE2L2 pathway / Translation of Replicase and Assembly of the Replication Transcription Complex / cytoplasmic vesicle / microtubule binding / microtubule / intracellular membrane-bounded organelle / ubiquitin protein ligase binding / mitochondrion / cytosol
類似検索 - 分子機能
Autophagy protein Atg8 ubiquitin-like / Autophagy protein Atg8 ubiquitin like / Phosphatidylinositol 3-kinase Catalytic Subunit; Chain A, domain 1 / Ubiquitin-like (UB roll) / Ubiquitin-like domain superfamily / Roll / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Microtubule-associated proteins 1A/1B light chain 3B
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2 Å
データ登録者Stadel, D. / Huber, J. / Dotsch, V. / Rogov, V.V. / Behrends, C. / Akutsu, M.
引用ジャーナル: Mol.Cell / 年: 2015
タイトル: TECPR2 Cooperates with LC3C to Regulate COPII-Dependent ER Export.
著者: Stadel, D. / Millarte, V. / Tillmann, K.D. / Huber, J. / Tamin-Yecheskel, B.C. / Akutsu, M. / Demishtein, A. / Ben-Zeev, B. / Anikster, Y. / Perez, F. / Dotsch, V. / Elazar, Z. / Rogov, V.V. ...著者: Stadel, D. / Millarte, V. / Tillmann, K.D. / Huber, J. / Tamin-Yecheskel, B.C. / Akutsu, M. / Demishtein, A. / Ben-Zeev, B. / Anikster, Y. / Perez, F. / Dotsch, V. / Elazar, Z. / Rogov, V.V. / Farhan, H. / Behrends, C.
履歴
登録2015年8月24日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02016年3月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年5月8日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Microtubule-associated proteins 1A/1B light chain 3B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,2325
ポリマ－14,8481
非ポリマー3844
水1,04558
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area600 Å2
ΔGint-42 kcal/mol
Surface area8650 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)60.705, 60.705, 99.946
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number154
Space group name H-MP3221

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要素

#1: タンパク質 Microtubule-associated proteins 1A/1B light chain 3B / Autophagy-related protein LC3 B / Autophagy-related ubiquitin-like modifier LC3 B / MAP1 light ...Autophagy-related protein LC3 B / Autophagy-related ubiquitin-like modifier LC3 B / MAP1 light chain 3-like protein 2 / MAP1A/MAP1B light chain 3 B / MAP1A/MAP1B LC3 B / Microtubule-associated protein 1 light chain 3 beta


分子量: 14847.955 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 2-119 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MAP1LC3B, MAP1ALC3 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9GZQ8
#2: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 58 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.58 Å3/Da / 溶媒含有率: 65.65 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 1.8M Lithium sulphate, 0.01M Magnesium chloride, 0.05M MES monohydrate, pH5.6

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データ収集

回折平均測定温度: 80 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 0.99987 Å
検出器タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年5月9日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.99987 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→19.87 Å / Num. obs: 14950 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 19.4 % / Net I/σ(I): 24.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XSCALEデータスケーリング
PHENIX精密化
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
XDSデータ削減
MOLREP位相決定
精密化解像度: 2→19.489 Å / FOM work R set: 0.7508 / SU ML: 0.19 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 30 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2473 1498 10.08 %
Rwork0.2091 13358 -
obs0.2131 14856 99.48 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 138.37 Å2 / Biso mean: 47.53 Å2 / Biso min: 22.29 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2→19.489 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1042 0 20 58 1120
Biso mean--84.05 50.96 -
残基数----126
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0031103
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.6481491
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.048160
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.002191
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.897426
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 11

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2-2.06450.33941390.27411177131699
2.0645-2.13820.32691250.25761190131599
2.1382-2.22370.29191390.23031195133499
2.2237-2.32480.30961330.2391186131999
2.3248-2.44710.26141260.223812021328100
2.4471-2.60010.28211330.22621206133999
2.6001-2.80030.27311470.22611951342100
2.8003-3.08120.28031450.217412091354100
3.0812-3.52470.28811170.207512521369100
3.5247-4.43210.19461490.181212291378100
4.4321-19.48970.21991450.20313171462100
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -30.1801 Å / Origin y: 21.7686 Å / Origin z: 14.54 Å
111213212223313233
T0.2892 Å20.068 Å2-0.0053 Å2-0.2533 Å2-0.0247 Å2--0.1519 Å2
L4.6003 °21.0935 °2-0.5471 °2-1.4424 °2-0.0551 °2--1.5083 °2
S-0.0656 Å °-0.0281 Å °0.0154 Å °0.0516 Å °-0.0245 Å °-0.0155 Å °0.0114 Å °0.004 Å °0.0842 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1allA-6 - 119
2X-RAY DIFFRACTION1allB1 - 4
3X-RAY DIFFRACTION1allS1 - 58

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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