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- PDB-5dc9: CRYSTAL STRUCTURE OF MONOBODY AS25/ABL1 SH2 DOMAIN COMPLEX, CRYSTAL B -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5dc9
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF MONOBODY AS25/ABL1 SH2 DOMAIN COMPLEX, CRYSTAL B
要素
  • AS25 monobody
  • Tyrosine-protein kinase ABL1
キーワードPROTEIN BINDING / ENGINEERED BINDING PROTEIN / ANTIBODY MIMIC / PROTEIN-PROTEIN COMPLEX / SH2 DOMAIN / TYROSINE-PROTEIN KINASE
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of monocyte activation / positive regulation of actin filament binding / calcium-independent cell-matrix adhesion / phospholipase C-inhibiting G protein-coupled receptor signaling pathway / negative regulation of transforming growth factor beta production / positive regulation of oxidoreductase activity / Fibronectin matrix formation / protein localization to cytoplasmic microtubule plus-end / DN4 thymocyte differentiation / Extracellular matrix organization ...negative regulation of monocyte activation / positive regulation of actin filament binding / calcium-independent cell-matrix adhesion / phospholipase C-inhibiting G protein-coupled receptor signaling pathway / negative regulation of transforming growth factor beta production / positive regulation of oxidoreductase activity / Fibronectin matrix formation / protein localization to cytoplasmic microtubule plus-end / DN4 thymocyte differentiation / Extracellular matrix organization / response to epinephrine / positive regulation of substrate-dependent cell migration, cell attachment to substrate / podocyte apoptotic process / transitional one stage B cell differentiation / Role of ABL in ROBO-SLIT signaling / activation of protein kinase C activity / neural crest cell migration involved in autonomic nervous system development / nicotinate-nucleotide adenylyltransferase activity / regulation of modification of synaptic structure / positive regulation of microtubule binding / delta-catenin binding / DNA conformation change / peptidase activator activity / microspike assembly / fibrinogen complex / neuroepithelial cell differentiation / B cell proliferation involved in immune response / positive regulation of Wnt signaling pathway, planar cell polarity pathway / positive regulation of extracellular matrix organization / cerebellum morphogenesis / positive regulation of blood vessel branching / B-1 B cell homeostasis / peptide cross-linking / negative regulation of ubiquitin-protein transferase activity / neuropilin signaling pathway / neuropilin binding / mitochondrial depolarization / bubble DNA binding / negative regulation of protein serine/threonine kinase activity / integrin activation / ALK mutants bind TKIs / activated T cell proliferation / cellular response to dopamine / regulation of hematopoietic stem cell differentiation / cell-substrate junction assembly / regulation of cell motility / regulation of Cdc42 protein signal transduction / proline-rich region binding / mitogen-activated protein kinase binding / positive regulation of dendrite development / myoblast proliferation / syntaxin binding / biological process involved in interaction with symbiont / proteoglycan binding / Molecules associated with elastic fibres / alpha-beta T cell differentiation / extracellular matrix structural constituent / regulation of T cell differentiation / cardiac muscle cell proliferation / regulation of axon extension / MET activates PTK2 signaling / Fc-gamma receptor signaling pathway involved in phagocytosis / HDR through Single Strand Annealing (SSA) / Syndecan interactions / positive regulation of cell migration involved in sprouting angiogenesis / p130Cas linkage to MAPK signaling for integrins / negative regulation of cell-cell adhesion / Myogenesis / endodermal cell differentiation / positive regulation of osteoblast proliferation / regulation of microtubule polymerization / RUNX2 regulates osteoblast differentiation / platelet-derived growth factor receptor-beta signaling pathway / negative regulation of cellular senescence / positive regulation of focal adhesion assembly / associative learning / GRB2:SOS provides linkage to MAPK signaling for Integrins / endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment / Bergmann glial cell differentiation / regulation of endocytosis / neuromuscular process controlling balance / negative regulation of mitotic cell cycle / Non-integrin membrane-ECM interactions / actin monomer binding / basement membrane / negative regulation of long-term synaptic potentiation / negative regulation of BMP signaling pathway / negative regulation of double-strand break repair via homologous recombination / endothelial cell migration / ECM proteoglycans / signal transduction in response to DNA damage / RHO GTPases Activate WASPs and WAVEs / positive regulation of T cell migration / Integrin cell surface interactions / mismatch repair / positive regulation of axon extension / regulation of cell adhesion / BMP signaling pathway / negative regulation of endothelial cell apoptotic process / canonical NF-kappaB signal transduction
類似検索 - 分子機能
Fibronectin type I domain / : / Fibronectin, type I / Fibronectin type-I domain signature. / Fibronectin type-I domain profile. / Fibronectin type 1 domain / F-actin binding / F-actin binding / F-actin binding domain (FABD) / Tyrosine-protein kinase ABL, SH2 domain ...Fibronectin type I domain / : / Fibronectin, type I / Fibronectin type-I domain signature. / Fibronectin type-I domain profile. / Fibronectin type 1 domain / F-actin binding / F-actin binding / F-actin binding domain (FABD) / Tyrosine-protein kinase ABL, SH2 domain / Fibronectin type II domain / Fibronectin type II domain superfamily / Fibronectin type II domain / Fibronectin type-II collagen-binding domain signature. / Fibronectin type-II collagen-binding domain profile. / Fibronectin type 2 domain / SH2 domain / SHC Adaptor Protein / : / Kringle-like fold / EGF-like domain signature 1. / Fibronectin type III domain / SH3 domain / Fibronectin type 3 domain / SH2 domain / Fibronectin type-III domain profile. / Fibronectin type III / Fibronectin type III superfamily / Src homology 2 (SH2) domain profile. / Src homology 2 domains / SH2 domain / Src homology 3 domains / SH2 domain superfamily / SH3-like domain superfamily / Src homology 3 (SH3) domain profile. / SH3 domain / Tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Tyrosine kinase, catalytic domain / Tyrosine protein kinases specific active-site signature. / Tyrosine-protein kinase, active site / Serine-threonine/tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Protein tyrosine and serine/threonine kinase / Immunoglobulins / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Immunoglobulin-like fold / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / Immunoglobulin-like / Sandwich / 2-Layer Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
IMIDAZOLE / Tyrosine-protein kinase ABL1 / Fibronectin
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 1.56 Å
データ登録者Wojcik, J.B. / Koide, A. / Koide, S.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2016
タイトル: Allosteric Inhibition of Bcr-Abl Kinase by High Affinity Monobody Inhibitors Directed to the Src Homology 2 (SH2)-Kinase Interface.
著者: Wojcik, J. / Lamontanara, A.J. / Grabe, G. / Koide, A. / Akin, L. / Gerig, B. / Hantschel, O. / Koide, S.
履歴
登録2015年8月23日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年3月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年3月9日Group: Data collection
改定 1.22016年5月11日Group: Database references
改定 1.32024年3月6日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / database_2 / pdbx_struct_oper_list
Item: _citation.journal_id_CSD / _database_2.pdbx_DOI ..._citation.journal_id_CSD / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Tyrosine-protein kinase ABL1
B: AS25 monobody
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,5959
ポリマ－23,9962
非ポリマー5997
水4,179232
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2850 Å2
ΔGint-8 kcal/mol
Surface area10080 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)66.391, 66.391, 112.797
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number92
Space group name H-MP41212

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要素

#1: タンパク質 Tyrosine-protein kinase ABL1 / Abelson murine leukemia viral oncogene homolog 1 / Abelson tyrosine-protein kinase 1 / Proto- ...Abelson murine leukemia viral oncogene homolog 1 / Abelson tyrosine-protein kinase 1 / Proto-oncogene c-Abl / p150


分子量: 13715.132 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ABL1, ABL, JTK7 / プラスミド: pHFT2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: P00519, non-specific protein-tyrosine kinase
#2: タンパク質 AS25 monobody


分子量: 10281.354 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: pHFT2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P02751*PLUS
#3: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 化合物 ChemComp-IMD / IMIDAZOLE / 1H-イミダゾ-ル-3-カチオン


分子量: 69.085 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H5N2
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 232 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.91 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.71 %
結晶化温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5 / 詳細: 0.1M Imidazole pH 8.5 and 3.4M NaCl

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.97872 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2012年3月10日
放射モノクロメーター: SI 111 SIDE BOUNCE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97872 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.56→57.22 Å / Num. obs: 36108 / % possible obs: 98.2 % / 冗長度: 8.5 % / Rsym value: 0.055 / Net I/σ(I): 34.4
反射 シェル解像度: 1.56→1.6 Å / 冗長度: 8.3 % / Rmerge(I) obs: 0.46 / Mean I/σ(I) obs: 4.3 / % possible all: 94.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.6.0117精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER位相決定
HKL-2000データ収集
精密化解像度: 1.56→57.22 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.971 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.963 / SU B: 1.911 / SU ML: 0.032 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.07 / ESU R Free: 0.063 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1706 1803 5 %RANDOM
Rwork0.13652 ---
obs0.13823 34131 97.95 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 18.977 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.21 Å2-0 Å20 Å2
2--0.21 Å2-0 Å2
3----0.42 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.56→57.22 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1518 0 40 232 1790
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.021641
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d00.021099
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3761.9652238
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.81832670
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.7425205
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg25.04922.568
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg10.29815242
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.1341510
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0940.2250
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.0211816
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02358
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr17.43932740
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free22.432578
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded15.04352850
LS精密化 シェル解像度: 1.56→1.6 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.27 114 -
Rwork0.205 2198 -
obs--93.11 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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