PDB-5dc5: Crystal structure of D176N HDAC8 in complex with M344

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5dc5

タイトル

Crystal structure of D176N HDAC8 in complex with M344

要素

Histone deacetylase 8

キーワード

Hydrolase/Hydrloase inhibitor / histone deacetylase 8 / arginase fold / deacetylase / enzyme-inhibitor complex / Hydrolase-Hydrloase inhibitor complex

機能・相同性

機能・相同性情報

histone decrotonylase activity / histone deacetylase / protein lysine deacetylase activity / regulation of telomere maintenance / 加水分解酵素; ペプチド以外のCN結合加水分解酵素; 鎖状アミドに作用 / mitotic sister chromatid cohesion / histone deacetylase activity / nuclear chromosome / Notch-HLH transcription pathway / histone deacetylase complex ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.94 Å

データ登録者

Decroos, C. / Lee, M.S. / Christianson, D.W.

資金援助

米国, 2件

組織	認可番号	国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)	GM49758	米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)	GM40602	米国

引用

ジャーナル: Biochemistry / 年: 2016
タイトル: General Base-General Acid Catalysis in Human Histone Deacetylase 8.
著者: Gantt, S.M. / Decroos, C. / Lee, M.S. / Gullett, L.E. / Bowman, C.M. / Christianson, D.W. / Fierke, C.A.

履歴

登録	2015年8月23日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2016年2月3日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2016年2月17日	Group: Database references
改定 1.2	2017年9月13日	Group: Author supporting evidence / Database references / Derived calculations カテゴリ: citation / pdbx_audit_support / pdbx_struct_oper_list Item: _citation.journal_id_CSD / _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.3	2019年12月25日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.4	2023年9月27日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5dc5.cif.gz	298.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5dc5.ent.gz	240.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5dc5.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5dc5_validation.pdf.gz	826.7 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5dc5_full_validation.pdf.gz	855.2 KB	表示
XML形式データ	5dc5_validation.xml.gz	28.7 KB	表示
CIF形式データ	5dc5_validation.cif.gz	40.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dc/5dc5 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dc/5dc5	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5dc6C 5dc7C 5dc8C 3ewfS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	5tht-2 5ths-1 4rn1-1 4rn0-1 5iwg-1 6xec-3 4qa5-1 5lsq-d 5d1c-1 4qa2-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#122 - 2010年2月エンハンセオソーム (Enhanceosome) 類似性 (1) #205 - 2017年1月核膜孔複合体 (Nuclear Pore Complex) 類似性 (1) #241 - 2020年1月 20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Histone deacetylase 8

B: Histone deacetylase 8

ヘテロ分子

87.3 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Histone deacetylase 8

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
43.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Histone deacetylase 8

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
43.6 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	51.487, 83.025, 94.402
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 97.14, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Histone deacetylase 8 / HD8 分子量: 43231.008 Da / 分子数: 2 / 変異: D176N / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: HDAC8, HDACL1, CDA07 / プラスミド: pHD2-Xa-His / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q9BY41, histone deacetylase
#2: 化合物	ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン分子量: 39.098 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#3: 化合物	ChemComp-B3N / 4-(dimethylamino)-N-[7-(hydroxyamino)-7-oxoheptyl]benzamide / M344 / M-344 分子量: 307.388 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₆H₂₅N₃O₃
#4: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 266 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.32 Å³/Da / 溶媒含有率: 46.88 %
結晶化	温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.3 詳細: 100 mM imidazole (pH 7.0), 15% (w/v) PEG 1500, and 4 mM TCEP

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X29A / 波長: 1.075 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2011年12月7日
放射	モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.075 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.94→43.5 Å / Num. obs: 58414 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 3.7 % / R_merge(I) obs: 0.098 / Net I/σ(I): 10.3
反射シェル	解像度: 1.94→2.01 Å / 冗長度: 3.6 % / R_merge(I) obs: 0.574 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / % possible all: 99.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	dev_1833	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3EWF

3ewf

解像度: 1.94→43.5 Å / SU ML: 0.22 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 22.77 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2103	2960	5.07 %
R_work	0.1819	-	-
obs	0.1833	58391	99.39 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.94→43.5 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5521	0	48	266	5835

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.006	5793
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.993	7882
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.156	2056
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.04	869
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	1009

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.94-1.9686	0.3247	104	0.2852	2401	X-RAY DIFFRACTION	89
1.9686-2.0026	0.2564	145	0.2473	2627	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0026-2.039	0.2796	138	0.2263	2649	X-RAY DIFFRACTION	100
2.039-2.0782	0.2813	140	0.2123	2652	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0782-2.1206	0.2398	133	0.2032	2650	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1206-2.1667	0.244	160	0.2002	2614	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1667-2.2171	0.2683	129	0.2	2663	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2171-2.2726	0.2364	157	0.1941	2608	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2726-2.334	0.2202	165	0.1808	2634	X-RAY DIFFRACTION	100
2.334-2.4027	0.1904	117	0.1713	2638	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4027-2.4802	0.227	114	0.1855	2689	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4802-2.5689	0.2526	136	0.1831	2667	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5689-2.6717	0.2099	143	0.1769	2638	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6717-2.7933	0.2094	142	0.1887	2654	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7933-2.9405	0.2342	142	0.2	2646	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9405-3.1247	0.2542	153	0.1982	2646	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1247-3.3659	0.2064	150	0.1964	2668	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3659-3.7045	0.2168	160	0.1814	2641	X-RAY DIFFRACTION	100
3.7045-4.2401	0.1677	135	0.1584	2683	X-RAY DIFFRACTION	100
4.2401-5.3406	0.18	154	0.157	2644	X-RAY DIFFRACTION	100
5.3406-43.5216	0.1803	143	0.1692	2719	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.412	0.0363	-0.1497	0.0034	0.0018	0.5151	-0.1337	0.1058	0.0151	-0.3419	0.1713	0.3013	0.3285	-0.4193	0.0182	0.3776	-0.0977	-0.0563	0.2982	0.0046	0.3247	-28.3839	-4.2821	-25.7628
2	1.5587	0.3558	0.1644	0.3345	0.0143	0.5893	0.0949	-0.5947	0.7446	0.2963	-0.031	0.3265	-0.1676	-0.3705	0.0399	0.2981	0.0165	0.0375	0.4375	-0.0099	0.5284	-35.2422	9.3742	-6.6599
3	0.6315	-0.0202	-0.5456	0.8582	0.0011	0.6268	0.1912	0.2848	0.2971	-0.2206	-0.2107	0.0977	0.0845	-0.2863	-0.0092	0.2134	-0.034	-0	0.3688	0.0763	0.3419	-31.0247	5.1648	-12.7239
4	1.2315	0.2755	-0.1522	1.0987	-0.4701	1.1871	-0.0059	-0.1248	-0.1184	-0.084	-0.111	-0.0613	0.1569	0.0373	0	0.2222	-0.0013	-0.0068	0.2197	0.0283	0.233	-14.5448	-1.9005	-13.7934
5	0.1703	0.1071	-0.1751	0.4425	-0.1641	0.1858	-0.063	-0.1393	-0.0688	-0.442	-0.1408	-0.2993	0.0035	0.0551	-0.0009	0.4566	-0.0241	0.0317	0.3961	0.0328	0.3266	-8.2886	3.8384	-32.4319
6	0.2249	-0.2298	0.2166	1.1978	0.2241	0.6278	-0.0048	-0.0317	0.1999	0.3107	0.302	-0.261	0.0863	0.1467	0.6158	0.276	-0.0373	-0.09	0.4684	0.14	0.3967	2.4177	-1.8663	-3.3726
7	0.4021	-0.1972	-0.1606	0.218	-0.0648	0.2288	0.0236	0.0223	0.0076	0.135	0.0086	0.2089	-0.1864	-0.4095	-0.0016	0.372	0.083	0.0071	0.3085	-0.0062	0.2952	-26.0227	37.729	-23.1234
8	0.0653	-0.1608	-0.0664	0.395	0.1419	0.284	0.1339	0.1961	-0.0113	-0.3397	-0.1328	0.2701	-0.3332	-0.6949	-0.0095	0.3715	0.0233	-0.0527	0.4864	0.0561	0.3328	-28.7762	26.3147	-44.8473
9	0.9095	-0.2697	0.0692	0.1196	-0.1232	0.6094	-0.0698	-0.1571	-0.4662	-0.2195	-0.0537	0.1794	0.1553	-0.4688	-0.0064	0.4507	0.0337	0.0377	0.4771	0.0475	0.4286	-26.4689	28.3221	-36.5576
10	0.394	0.0661	0.1908	0.0986	-0.1247	0.368	0.1349	0.1697	0.0877	-0.4116	-0.0419	-0.1283	-0.187	-0.1506	-0.0002	0.4257	0.0595	0.0315	0.2949	0.0527	0.2625	-19.1305	33.4131	-36.5995
11	0.5621	-0.3627	0.0227	1.1622	0.2686	0.7276	0.0801	0.0441	0.1061	-0.2671	-0.1065	-0.3497	-0.1918	0.3169	-0.0001	0.3047	-0.0232	0.0571	0.3056	0.0405	0.3413	-5.2119	31.9053	-32.0204
12	0.3414	-0.5314	0.0288	0.8665	0.0844	0.4544	0.0275	-0.2382	0.1486	0.1108	-0.0303	-0.3602	-0.3718	0.4018	-0.0105	0.2956	-0.0374	-0.0119	0.399	-0.0142	0.3709	-7.2906	32.0651	-18.9622

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 14 through 57 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 58 through 95 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 96 through 127 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 128 through 336 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 337 through 358 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 359 through 379 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 14 through 63 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 64 through 84 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 85 through 127 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 128 through 167 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 168 through 307 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 308 through 377 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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万見 (Yorodumi)