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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5das | ||||||||||||
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タイトル | Structure of Mycobacterium tuberculosis NadD in complex with NADP, P21212, form 2 | ||||||||||||
![]() | Nicotinate-nucleotide adenylyltransferase | ||||||||||||
![]() | TRANSFERASE / Rossman fold | ||||||||||||
機能・相同性 | ![]() nicotinamide-nucleotide adenylyltransferase activity / nicotinate-nucleotide adenylyltransferase / nicotinate-nucleotide adenylyltransferase activity / NAD biosynthetic process / ATP binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||
![]() | Korotkov, K.V. | ||||||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Structure of Mycobacterium tuberculosis NadD in complex with NADP, P21212 著者: Korotkov, K.V. | ||||||||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 165.6 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 130.4 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1.6 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1.6 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 30.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 43.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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3 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 22352.281 Da / 分子数: 4 / 断片: Residues 1-192 / 変異: C188R, C192T / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 株: ATCC 25618 / H37Rv / 遺伝子: nadD, Rv2421c, MTCY428.26 / プラスミド: pRSF-NT / 発現宿主: ![]() ![]() 参照: UniProt: P9WJJ5, nicotinate-nucleotide adenylyltransferase #2: 化合物 | ChemComp-NAP / #3: 水 | ChemComp-HOH / | 配列の詳細 | THE AUTHORS STATE THAT THE SEQUENCE IS MIS-ANNOTATED IN THE DATABASES. THE CORRECT START SEQUENCE ...THE AUTHORS STATE THAT THE SEQUENCE IS MIS-ANNOTATED IN THE DATABASES. THE CORRECT START SEQUENCE IS MHGRRLGVM WHICH WAS CONFIRMED EXPERIMENT | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.52 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.15 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.6 詳細: 0.1M sodium citrate pH 5.6, 20% isopropanol, 20% PEG4000 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: RAYONIX MX300-HS / 検出器: CCD / 日付: 2014年12月4日 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | モノクロメーター: SAGITALLY FOCUSED SI(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.97903 Å / 相対比: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 2.2→65.08 Å / Num. obs: 46782 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 6.5 % / Biso Wilson estimate: 29.1 Å2 / Rmerge F obs: 0.99 / Rmerge(I) obs: 0.209 / Rrim(I) all: 0.227 / Χ2: 0.955 / Net I/σ(I): 7.97 / Num. measured all: 304725 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1 / Rejects: _
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-位相決定
位相決定 | 手法: ![]() |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 4S1O 解像度: 2.2→65.08 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.938 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.908 / WRfactor Rfree: 0.2274 / WRfactor Rwork: 0.1839 / FOM work R set: 0.82 / SU B: 6.081 / SU ML: 0.15 / SU R Cruickshank DPI: 0.2438 / SU Rfree: 0.1996 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.244 / ESU R Free: 0.2 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 94.54 Å2 / Biso mean: 27.274 Å2 / Biso min: 6.74 Å2
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精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 2.2→65.08 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.2→2.257 Å / Total num. of bins used: 20
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