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- PDB-5dag: Crystal structure of PZP domain of human AF10 protein -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5dag
タイトルCrystal structure of PZP domain of human AF10 protein
要素Protein AF-10
キーワードPEPTIDE BINDING PROTEIN / PHD finger / histone tail reader / epigenetics / H3K27 recognition
機能・相同性
機能・相同性情報


nucleosome binding / histone binding / chromatin binding / regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / protein-containing complex / DNA binding / nucleoplasm / nucleus / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
: / : / : / : / PHD-finger / PHD-zinc-finger like domain / Extended PHD (ePHD) domain / Extended PHD (ePHD) domain profile. / Zinc finger, PHD-type, conserved site / Zinc finger PHD-type signature. ...: / : / : / : / PHD-finger / PHD-zinc-finger like domain / Extended PHD (ePHD) domain / Extended PHD (ePHD) domain profile. / Zinc finger, PHD-type, conserved site / Zinc finger PHD-type signature. / Zinc finger PHD-type profile. / Zinc finger, PHD-finger / Zinc finger, PHD-type / PHD zinc finger / Zinc finger, FYVE/PHD-type / Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 1.6 Å
データ登録者Chen, S. / Patel, D.J.
資金援助 米国, 8件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01 GM079641 米国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)CA66996 米国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)CA176745 米国
STARR FoundationI5-A554 米国
Leukemia & Lymphoma SocietyLLS-SCOR 7132-08 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM110174 米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)AI118891 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)T32 GM007276 米国
引用ジャーナル: Mol.Cell / 年: 2015
タイトル: The PZP Domain of AF10 Senses Unmodified H3K27 to Regulate DOT1L-Mediated Methylation of H3K79.
著者: Chen, S. / Yang, Z. / Wilkinson, A.W. / Deshpande, A.J. / Sidoli, S. / Krajewski, K. / Strahl, B.D. / Garcia, B.A. / Armstrong, S.A. / Patel, D.J. / Gozani, O.
履歴
登録2015年8月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年10月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年11月11日Group: Database references
改定 1.22017年9月20日Group: Author supporting evidence / Database references / Derived calculations
カテゴリ: citation / pdbx_audit_support / pdbx_struct_oper_list
Item: _citation.journal_id_CSD / _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.32017年9月27日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.42019年12月4日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.52024年3月6日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Protein AF-10
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,3476
ポリマ－23,0201
非ポリマー3275
水1,946108
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area10610 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)51.907, 51.907, 147.727
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number92
Space group name H-MP41212

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要素

#1: タンパク質 Protein AF-10 / ALL1-fused gene from chromosome 10 protein


分子量: 23020.219 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MLLT10, AF10 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P55197
#2: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 108 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.17 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.27 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: Crystals were grown from a solution containing 0.1 M Tris-HCl pH 8.5, 25% PEG3350 using the hanging drop vapor diffusion method
PH範囲: 8.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X29A / 波長: 1.283 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2013年4月4日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.283 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.6→50 Å / Num. obs: 22991 / % possible obs: 98.8 % / 冗長度: 7.9 % / Rmerge(I) obs: 0.075 / Net I/σ(I): 55

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.8.4_1496精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHENIX位相決定
Cootモデル構築
精密化解像度: 1.6→32.869 Å / SU ML: 0.17 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 20.45 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2143 3652 7.24 %
Rwork0.1903 --
obs0.192 -99.16 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.6→32.869 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1319 0 5 108 1432
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0071351
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0011825
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.997486
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.046190
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006238
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.6002-1.62130.30821400.28161784X-RAY DIFFRACTION96
1.6213-1.64350.26831350.26931756X-RAY DIFFRACTION99
1.6435-1.6670.23841430.2621847X-RAY DIFFRACTION100
1.667-1.69190.2651330.24951774X-RAY DIFFRACTION100
1.6919-1.71830.28471470.2441823X-RAY DIFFRACTION100
1.7183-1.74650.24931430.21351815X-RAY DIFFRACTION100
1.7465-1.77660.25131380.2081819X-RAY DIFFRACTION100
1.7766-1.80890.24171450.20411808X-RAY DIFFRACTION100
1.8089-1.84370.23851460.20191854X-RAY DIFFRACTION100
1.8437-1.88130.19381380.20431771X-RAY DIFFRACTION100
1.8813-1.92220.27191400.19681842X-RAY DIFFRACTION100
1.9222-1.96690.27661400.20641800X-RAY DIFFRACTION100
1.9669-2.01610.21341400.1971791X-RAY DIFFRACTION100
2.0161-2.07060.21521480.19611827X-RAY DIFFRACTION100
2.0706-2.13150.20421370.19081802X-RAY DIFFRACTION100
2.1315-2.20030.22811430.18671810X-RAY DIFFRACTION100
2.2003-2.27890.21661460.19521822X-RAY DIFFRACTION100
2.2789-2.37020.19851420.19321827X-RAY DIFFRACTION100
2.3702-2.4780.19641410.19731799X-RAY DIFFRACTION100
2.478-2.60860.25271360.20121811X-RAY DIFFRACTION99
2.6086-2.7720.20221430.2011776X-RAY DIFFRACTION99
2.772-2.98580.21291410.19851796X-RAY DIFFRACTION99
2.9858-3.28610.23911410.20841802X-RAY DIFFRACTION99
3.2861-3.7610.19521340.18331786X-RAY DIFFRACTION98
3.761-4.73620.17041390.15271772X-RAY DIFFRACTION97
4.7362-32.87630.20431330.1541692X-RAY DIFFRACTION94

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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