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- PDB-5da4: Structure of a nanobody recognizing the fumarate transporter SLC26Dg -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5da4
タイトルStructure of a nanobody recognizing the fumarate transporter SLC26Dg
要素Nanobody recognizing the membrane protein SLC26Dg
キーワードIMMUNE SYSTEM / Membrane transport protein / nanobody complex
機能・相同性Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
機能・相同性情報
生物種Lama glama (ラマ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Dutzler, R. / Geertsma, E.R. / Chang, Y. / Shaik, F.R.
引用ジャーナル: Nat.Struct.Mol.Biol. / 年: 2015
タイトル: Structure of a prokaryotic fumarate transporter reveals the architecture of the SLC26 family.
著者: Geertsma, E.R. / Chang, Y.N. / Shaik, F.R. / Neldner, Y. / Pardon, E. / Steyaert, J. / Dutzler, R.
履歴
登録2015年8月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02015年9月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年9月23日Group: Database references
改定 1.22015年10月14日Group: Database references
改定 2.02024年1月10日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: atom_site / chem_comp_atom ...atom_site / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _atom_site.occupancy / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 2.12024年11月20日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Nanobody recognizing the membrane protein SLC26Dg
B: Nanobody recognizing the membrane protein SLC26Dg
C: Nanobody recognizing the membrane protein SLC26Dg


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,9143
ポリマ－39,9143
非ポリマー00
水5,134285
1
A: Nanobody recognizing the membrane protein SLC26Dg


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,3051
ポリマ－13,3051
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Nanobody recognizing the membrane protein SLC26Dg


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,3051
ポリマ－13,3051
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Nanobody recognizing the membrane protein SLC26Dg


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,3051
ポリマ－13,3051
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)139.511, 139.511, 196.863
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number95
Space group name H-MP4322
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-295-

HOH

21A-298-

HOH

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要素

#1: 抗体 Nanobody recognizing the membrane protein SLC26Dg


分子量: 13304.595 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Lama glama (ラマ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 285 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: 0.1M Hepes pH 7.5, 200 mM CaCl2, 28% PEG400

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 1 Å
検出器タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年2月22日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→50 Å / Num. obs: 76545 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 14.9 % / Rmerge(I) obs: 0.1 / Net I/σ(I): 23.5
反射 シェル解像度: 2.4→2.5 Å / 冗長度: 14.7 % / Rmerge(I) obs: 1.357 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / % possible all: 99.7

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1692精密化
XDSデータ削減
PHENIX位相決定
XSCALEデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4WGV

4wgv
PDB 未公開エントリ


解像度: 2.4→19.996 Å / SU ML: 0.27 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 25.44 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2417 1992 2.61 %
Rwork0.233 --
obs0.2333 76232 99.99 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.4→19.996 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2772 0 0 285 3057
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0022826
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.5773816
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.145993
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.024405
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.003501
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.4-2.45990.3241410.30665223X-RAY DIFFRACTION100
2.4599-2.52630.31841400.30165223X-RAY DIFFRACTION100
2.5263-2.60050.32171400.29275213X-RAY DIFFRACTION100
2.6005-2.68430.26391410.2825251X-RAY DIFFRACTION100
2.6843-2.780.32251400.28215233X-RAY DIFFRACTION100
2.78-2.89090.26041420.27715254X-RAY DIFFRACTION100
2.8909-3.02210.27731400.26875265X-RAY DIFFRACTION100
3.0221-3.18080.26311420.26365281X-RAY DIFFRACTION100
3.1808-3.37920.26711420.24335258X-RAY DIFFRACTION100
3.3792-3.63870.1951410.22515296X-RAY DIFFRACTION100
3.6387-4.00220.21961430.21025330X-RAY DIFFRACTION100
4.0022-4.57530.20221440.18385356X-RAY DIFFRACTION100
4.5753-5.74170.21081460.20035412X-RAY DIFFRACTION100
5.7417-19.99640.26341500.24295645X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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