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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5da4 | |||||||||
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タイトル | Structure of a nanobody recognizing the fumarate transporter SLC26Dg | |||||||||
要素 | Nanobody recognizing the membrane protein SLC26Dg | |||||||||
キーワード | IMMUNE SYSTEM / Membrane transport protein / nanobody complex | |||||||||
機能・相同性 | Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta 機能・相同性情報 | |||||||||
生物種 | Lama glama (ラマ) | |||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å | |||||||||
データ登録者 | Dutzler, R. / Geertsma, E.R. / Chang, Y. / Shaik, F.R. | |||||||||
引用 | ジャーナル: Nat.Struct.Mol.Biol. / 年: 2015 タイトル: Structure of a prokaryotic fumarate transporter reveals the architecture of the SLC26 family. 著者: Geertsma, E.R. / Chang, Y.N. / Shaik, F.R. / Neldner, Y. / Pardon, E. / Steyaert, J. / Dutzler, R. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 5da4.cif.gz | 86.4 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb5da4.ent.gz | 66.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 5da4.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 5da4_validation.pdf.gz | 430.6 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 5da4_full_validation.pdf.gz | 431.2 KB | 表示 | |
XML形式データ | 5da4_validation.xml.gz | 17.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 5da4_validation.cif.gz | 25.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/da/5da4 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/da/5da4 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
#1: 抗体 | 分子量: 13304.595 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Lama glama (ラマ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) #2: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 |
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-試料調製
結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: 0.1M Hepes pH 7.5, 200 mM CaCl2, 28% PEG400 |
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 1 Å |
検出器 | タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年2月22日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.4→50 Å / Num. obs: 76545 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 14.9 % / Rmerge(I) obs: 0.1 / Net I/σ(I): 23.5 |
反射 シェル | 解像度: 2.4→2.5 Å / 冗長度: 14.7 % / Rmerge(I) obs: 1.357 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / % possible all: 99.7 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 4WGV 4wgv 解像度: 2.4→19.996 Å / SU ML: 0.27 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 25.44 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.4→19.996 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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