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万見
- PDB-5d8f: crystal structure of SSB and ssDNA complex from homo sapiens -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5d8f
タイトルcrystal structure of SSB and ssDNA complex from homo sapiens
要素
  • DNA (5'-D(P*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*T)-3')
  • SOSS complex subunit B1
キーワードDNA BINDING PROTEIN/DNA / single-strand DNA binding / DNA BINDING PROTEIN-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


SOSS complex / establishment of protein localization to telomere / G-rich strand telomeric DNA binding / mitotic G2/M transition checkpoint / response to ionizing radiation / positive regulation of telomere capping / RNA polymerase II transcribes snRNA genes / DNA polymerase binding / double-strand break repair via homologous recombination / site of double-strand break ...SOSS complex / establishment of protein localization to telomere / G-rich strand telomeric DNA binding / mitotic G2/M transition checkpoint / response to ionizing radiation / positive regulation of telomere capping / RNA polymerase II transcribes snRNA genes / DNA polymerase binding / double-strand break repair via homologous recombination / site of double-strand break / single-stranded DNA binding / chromosome, telomeric region / DNA repair / DNA damage response / DNA binding / nucleoplasm / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能
: / Single-stranded DNA binding protein Ssb-like, OB fold / OB-fold nucleic acid binding domain / Nucleic acid-binding, OB-fold
類似検索 - ドメイン・相同性
DI(HYDROXYETHYL)ETHER / DNA / SOSS complex subunit B1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.35 Å
データ登録者Li, Y.H. / Gao, Z.Q. / Dong, Y.H.
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: crystal structure of SSB and ssDNA complex from homo sapiens
著者: Li, Y.H. / Gao, Z.Q. / Dong, Y.H.
履歴
登録2015年8月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02016年8月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_oper_list
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: SOSS complex subunit B1
B: SOSS complex subunit B1
C: DNA (5'-D(P*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*T)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,9315
ポリマ－28,7193
非ポリマー2122
水25214
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3340 Å2
ΔGint-19 kcal/mol
Surface area13390 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)83.821, 83.821, 159.315
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number181
Space group name H-MP6422

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要素

#1: タンパク質 SOSS complex subunit B1 / Nucleic acid-binding protein 2 / Oligonucleotide/oligosaccharide-binding fold-containing protein 2B ...Nucleic acid-binding protein 2 / Oligonucleotide/oligosaccharide-binding fold-containing protein 2B / Sensor of single-strand DNA complex subunit B1 / Sensor of ssDNA subunit B1 / SOSS-B1 / Single-stranded DNA-binding protein 1 / hSSB1


分子量: 12860.797 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 1-109 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: NABP2, OBFC2B, SSB1, LP3587 / プラスミド: pET21a / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q9BQ15
#2: DNA鎖 DNA (5'-D(P*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*T)-3')


分子量: 2996.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#3: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 14 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.93 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.96 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6 / 詳細: 0.1M MES pH 6.0, 16% Jeffamine M-600

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 0.9792 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2012年11月5日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.35→50 Å / Num. all: 14419 / Num. obs: 14419 / % possible obs: 99.3 % / 冗長度: 19.9 % / Rmerge(I) obs: 0.063 / Net I/σ(I): 73
反射 シェル解像度: 2.35→2.39 Å / 冗長度: 21.5 % / Rmerge(I) obs: 0.507 / Mean I/σ(I) obs: 9.16 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1692精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5D8E

5d8e


解像度: 2.35→41.91 Å / SU ML: 0.3 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 30.81 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2818 723 5.04 %random selection
Rwork0.2385 ---
obs0.2407 14342 99.1 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.35→41.91 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1686 60 14 14 1774
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0031794
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.8242425
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.456660
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.029279
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.003295
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.3501-2.53150.36521590.29192661X-RAY DIFFRACTION100
2.5315-2.78630.38151450.30652676X-RAY DIFFRACTION100
2.7863-3.18930.34331430.27742685X-RAY DIFFRACTION100
3.1893-4.01770.33281290.24622685X-RAY DIFFRACTION97
4.0177-41.91710.21091470.20342912X-RAY DIFFRACTION99

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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