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- PDB-5d8c: Crystal structure of HiNmlR, a MerR family regulator lacking the ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5d8c
タイトルCrystal structure of HiNmlR, a MerR family regulator lacking the sensor domain, bound to promoter DNA
要素
  • DNA (5'-D(*CP*TP*TP*AP*GP*AP*GP*TP*GP*AP*AP*CP*TP*CP*TP*AP*AP*G)-3')
  • DNA (5'-D(*CP*TP*TP*AP*GP*AP*GP*TP*TP*CP*AP*CP*TP*CP*TP*AP*AP*G)-3')
  • MerR family regulator protein
キーワードtranscription/dna / Transcription factor / MerR / thiol-based genetic switch / DNA untwisting / transcription-dna complex
機能・相同性
機能・相同性情報


DNA-binding transcription factor activity / regulation of DNA-templated transcription / DNA binding
類似検索 - 分子機能
MerR family regulatory protein / Multidrug-efflux Transporter Regulator; Chain: A; Domain 2 - #10 / MerR-type HTH domain signature. / Multidrug-efflux Transporter Regulator; Chain: A; Domain 2 / : / MerR HTH family regulatory protein / helix_turn_helix, mercury resistance / MerR-type HTH domain profile. / MerR-type HTH domain / Putative DNA-binding domain superfamily ...MerR family regulatory protein / Multidrug-efflux Transporter Regulator; Chain: A; Domain 2 - #10 / MerR-type HTH domain signature. / Multidrug-efflux Transporter Regulator; Chain: A; Domain 2 / : / MerR HTH family regulatory protein / helix_turn_helix, mercury resistance / MerR-type HTH domain profile. / MerR-type HTH domain / Putative DNA-binding domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / Uncharacterized HTH-type transcriptional regulator HI_0186
類似検索 - 構成要素
生物種Haemophilus influenzae (インフルエンザ菌)
Haemophilus influenzae Rd KW20 (インフルエンザ菌)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.25 Å
データ登録者Counago, R.M. / Chang, C.W. / Chen, N.H. / Djoko, K.Y. / McEwan, A.G. / Kobe, B.
資金援助 オーストラリア, 3件
組織認可番号国
Australian Research Council (ARC)DP0986578 オーストラリア
National Health and Medical Research Council (NHMRC, Australia)565526 オーストラリア
National Health and Medical Research Council (NHMRC, Australia)1071659 オーストラリア
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2016
タイトル: Structural basis of thiol-based regulation of formaldehyde detoxification in H. influenzae by a MerR regulator with no sensor region.
著者: Counago, R.M. / Chen, N.H. / Chang, C.W. / Djoko, K.Y. / McEwan, A.G. / Kobe, B.
履歴
登録2015年8月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年6月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年8月31日Group: Database references
改定 1.22017年9月20日Group: Author supporting evidence / Database references / Derived calculations
カテゴリ: citation / pdbx_audit_support / pdbx_struct_oper_list
Item: _citation.journal_id_CSD / _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.32020年1月1日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.42023年9月27日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: MerR family regulator protein
B: MerR family regulator protein
C: DNA (5'-D(*CP*TP*TP*AP*GP*AP*GP*TP*TP*CP*AP*CP*TP*CP*TP*AP*AP*G)-3')
D: DNA (5'-D(*CP*TP*TP*AP*GP*AP*GP*TP*GP*AP*AP*CP*TP*CP*TP*AP*AP*G)-3')


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,4044
ポリマ－42,4044
非ポリマー00
水4,342241
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7700 Å2
ΔGint-67 kcal/mol
Surface area18730 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)56.030, 111.820, 103.170
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 102.10, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 MerR family regulator protein


分子量: 15687.036 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Haemophilus influenzae (strain ATCC 51907 / DSM 11121 / KW20 / Rd) (インフルエンザ菌)
株: ATCC 51907 / DSM 11121 / KW20 / Rd / 遺伝子: HI_0186 / プラスミド: pMCSG7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21De(3) / 参照: UniProt: P44558
#2: DNA鎖 DNA (5'-D(*CP*TP*TP*AP*GP*AP*GP*TP*TP*CP*AP*CP*TP*CP*TP*AP*AP*G)-3')


分子量: 5490.578 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
詳細: Promoter sequence for adhC-estD operon and nmlR gene.
由来: (合成) Haemophilus influenzae Rd KW20 (インフルエンザ菌)
#3: DNA鎖 DNA (5'-D(*CP*TP*TP*AP*GP*AP*GP*TP*GP*AP*AP*CP*TP*CP*TP*AP*AP*G)-3')


分子量: 5539.616 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
由来: (合成) Haemophilus influenzae Rd KW20 (インフルエンザ菌)
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 241 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.73 Å3/Da / 溶媒含有率: 66.99 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 20% w/v PEG 3,350; 0.4 M sodium nitrate; 0.1 M Bis-Tris propane; 2 mM TCEP

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-E+ SUPERBRIGHT / 波長: 1.54 Å
検出器タイプ: RIGAKU SATURN 944 / 検出器: CCD / 日付: 2013年2月13日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.25→37.45 Å / Num. obs: 22051 / Biso Wilson estimate: 61.58 Å2
反射 シェル解像度: 2.25→2.33 Å / 冗長度: 1.8 % / Rmerge(I) obs: 0.675 / Mean I/σ(I) obs: 1.1 / % possible all: 14.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.10.1精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASES位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3gpv

3gpv


解像度: 2.25→37.45 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9442 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9226 / SU R Cruickshank DPI: 0.282 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.307 / SU Rfree Blow DPI: 0.229 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.222
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2438 1147 5.2 %RANDOM
Rwork0.2076 ---
obs0.2095 22051 74.76 %-
原子変位パラメータBiso mean: 60.39 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.5977 Å20 Å2-2.3004 Å2
2--1.0718 Å20 Å2
3----0.4742 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.436 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.25→37.45 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2049 738 0 241 3028
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.012903HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.024056HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d1194SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes55HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes328HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it2903HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.99
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion3.74
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion380SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact3340SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 2.25→2.36 Å / Total num. of bins used: 11
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2994 27 4.29 %
Rwork0.2762 603 -
all0.2772 630 -
obs--74.76 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
1-0.25921.86990.2690.0012-1.57913.57640.00090.15830.036-0.1354-0.05360.2299-0.0141-0.05290.05270.0181-0.0893-0.08440.29130.0673-0.3394-7.6006-39.6119107.7793
20.87891.1157-1.60130-0.655-0.40030.00540.0715-0.015-0.14770.01040.1734-0.0282-0.0056-0.01590.18650.05810.03730.26970.1378-0.2947-7.1313-32.9493112.7562
3-0.76323.2311.59430-1.52721.73220.01010.19560.0156-0.1696-0.13510.04380.1471-0.12190.1250.1687-0.15220.09430.2521-0.015-0.24772.7831-35.2984114.6864
41.24330.2935-2.88910.0278-2.8426-0.09950.00960.1109-0.087-0.0320.1363-0.13840.10630.0813-0.14590.0883-0.12780.0870.0502-0.0666-0.24093.6266-40.6468119.9931
52.05690.3775-0.09730.1230.68941.5013-0.0165-0.0472-0.0875-0.0770.0022-0.00420.26980.08180.01430.1672-0.1581-0.0287-0.14160.0124-0.1824-2.3001-45.9884118.8248
60.787-0.1910.69210.78481.17510.65710.01540.0429-0.0424-0.0364-0.03960.01410.0292-0.03380.02420.327-0.11910.00980.298-0.1693-0.32880.6523-49.1065104.2693
7-0.2631-0.0820.4950-1.13711.15130.01890.0642-0.0483-0.0866-0.05810.1014-0.0053-0.010.03920.1457-0.1182-0.05760.211-0.1736-0.3326-2.6552-44.1742108.7444
80.35480.325-0.82560.49141.14890.23360.02240.12240.0058-0.02190.00350.0286-0.1059-0.0731-0.02590.039-0.1692-0.09730.14340.0667-0.2132-10.8075-44.0797115.3073
91.31561.4138-3.34670.02411.70352.59680.06810.0797-0.0257-0.1035-0.04310.022-0.0781-0.1343-0.02490.0303-0.17980.05340.11590.1135-0.1542-8.8344-38.9491122.5109
100.06482.2304-0.180102.84520.35320.11060.1370.10180.08510.19180.0892-0.3647-0.0019-0.30240.0499-0.16970.0588-0.00540.0663-0.0805-4.5947-33.6607129.3823
111.2645-0.59441.14360.00012.84720.90090.10070.0267-0.1201-0.1493-0.05240.0459-0.09340.1193-0.0483-0.0023-0.15850.03320.20980.0223-0.11911.146-42.1492130.8871
120.1303-1.938-0.291.31261.2642-0.13030.02340.0501-0.33110.0236-0.0069-0.0385-0.0039-0.1372-0.01660.2287-0.12530.1336-0.09340.0097-0.061-3.2533-49.5118128.4641
131.70990.7855-0.90142.02590.0275-0.3779-0.0095-0.1555-0.09250.0052-0.0214-0.01560.1446-0.04530.03090.2031-0.18030.1122-0.24920.11680.127-7.9994-53.5453135.3093
14-0.00122.1997-0.17651.09791.95841.6732-0.0477-0.1103-0.086-0.0047-0.05450.09950.0255-0.27970.10220.0295-0.17470.02290.06410.0972-0.1014-9.2158-44.5883136.5949
151.27481.0027-2.05431.70033.11322.0036-0.0475-0.07590.08840.01160.14650.03230.0643-0.1441-0.099-0.051-0.1604-0.05630.15680.0233-0.05-10.5961-34.6388138.8834
161.05920.3389-2.44642.34382.9327-0.1869-0.09650.06980.09970.1720.00050.01690.18510.22620.096-0.1123-0.0885-0.02340.14790.042-0.1481-12.4595-26.2686139.4289
171.1932.3678-2.654602.8396-1.193-0.0305-0.0618-0.03210.0601-0.04130.0044-0.11470.02950.0718-0.0534-0.0234-0.03950.1573-0.0105-0.0543-12.5773-15.9274139.1398
181.34390.2517-0.02470.59090.5719-0.07230.06090.0752-0.08940.0458-0.04040.1509-0.15340.085-0.0205-0.2434-0.0345-0.10620.14570.0717-0.123-13.4486-5.7091137.108
192.1489-1.0375-1.3461.04010.1082-0.67590.0509-0.08930.0411-0.0481-0.00040.0879-0.24320.1319-0.05050.09080.0441-0.1519-0.12860.05080.2208-12.78911.9722133.8621
201.3233-1.2933-1.27121.93220.2264-0.59710.03430.09960.1174-0.0659-0.06330.0048-0.1373-0.07430.0290.1294-0.1793-0.1884-0.30360.11110.2262-9.3247.7569137.6139
212.10573.3247-2.74095.223-2.01391.0217-0.0325-0.11020.11160.0614-0.0154-0.0159-0.1048-0.07640.0479-0.053-0.0282-0.11380.1327-0.10960.07486.4149-8.1025154.536
221.0383.231.19890-2.26592.1543-0.091-0.0581-0.00280.01370.13150.12940.07440.0472-0.0406-0.11980.0483-0.00220.1047-0.0012-0.02585.2925-16.5376150.8805
230.4991-1.6475-0.12350.46821.63438.6217-0.0724-0.27890.1723-0.367-0.1061-0.0448-0.02560.15110.1785-0.0798-0.0507-0.06160.1169-0.02330.041611.1595-17.4333142.3518
24-0.6844-0.56442.15611.6979-2.96480.95590.06510.033-0.2207-0.11050.0853-0.0532-0.3840.114-0.1504-0.017-0.1522-0.0570.1403-0.0153-0.00710.3359-11.0209136.5933
251.2639-1.2339-2.98530.80150.10750.3494-0.0172-0.15650.12770.0804-0.0535-0.0191-0.269-0.03840.0707-0.0431-0.1332-0.0285-0.08560.016-0.019810.0794-4.1037143.2749
260.04011.33160.88980.5966-0.60950.3798-0.0236-0.1640.13060.0560.0519-0.1305-0.04650.1169-0.0283-0.11620.0046-0.13040.1344-0.05220.060719.397-4.4553152.6422
270.46081.6408-1.05080.02641.6816-0.22380.0077-0.06160.08890.0984-0.01870.054-0.1290.09810.011-0.1374-0.1071-0.0858-0.1322-0.01920.038210.2079-7.4076149.4163
280.67872.4289-1.41702.40480.082-0.1183-0.23760.1752-0.14140.18890.25960.0951-0.086-0.0706-0.0133-0.0015-0.0140.0560.06560.03450.2782-7.7438144.6131
29-0.94230.64371.58751.8306-0.96775.6920.0489-0.0392-0.2114-0.134-0.06580.0133-0.0357-0.2930.01690.0013-0.1533-0.0460.09490.08730.1401-1.747-15.1601137.4086
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31-0.11151.60170.2480.00681.72950.1115-0.00120.12970.2538-0.36280.0178-0.1836-0.0063-0.0794-0.01660.0978-0.1229-0.07350.06520.0728-0.03042.5207-7.6149130.065
32-1.192.7382.64060.0171-2.19431.25840.0288-0.05150.1861-0.2224-0.0516-0.1078-0.2883-0.15430.02280.004-0.1605-0.1103-0.13880.1210.04481.49511.9691132.5922
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35-0.19761.36532.12940.1238-2.4670.92210.04170.0053-0.026-0.05630.0101-0.0334-0.2088-0.0594-0.0519-0.1154-0.1547-0.11020.11970.035-0.1276-11.7292-13.8315128.7272
362.59720.7883-0.4621.78633.1455-0.3175-0.1247-0.0107-0.0382-0.23170.04750.16210.205-0.16330.0772-0.05-0.1682-0.12840.22130.0594-0.0881-15.559-23.2038130.3076
37-1.18791.30992.64540.6844-0.90331.1888-0.02760.12820.2231-0.01670.01630.04960.0374-0.02560.0113-0.0679-0.1618-0.03270.0340.02970.0008-16.1552-33.507129.7297
382.00122.7768-2.48140.55050.7264-1.15590.07140.0628-0.1708-0.0809-0.04530.11130.0024-0.0838-0.026-0.1239-0.1724-0.04230.02350.07940.1346-17.7948-41.6874132.7113
391.10843.4407-2.46630.4004-2.2086-1.1084-0.0122-0.0886-0.01370.00010.05470.14950.12730.3444-0.04250.0363-0.1776-0.0189-0.06480.1036-0.0049-16.5449-49.7777135.1085
406.91513.1796-1.30651.0483-0.9471-0.84180.054-0.1728-0.1704-0.0348-0.1404-0.05010.0424-0.0950.08640.0491-0.1805-0.0215-0.09980.11670.1146-16.7931-55.5718130.1555
417.95262.09441.05955.47753.42511.618-0.01740.30310.0435-0.38660.25410.09410.07620.1039-0.2367-0.0918-0.1402-0.04460.2364-0.0709-0.143520.8994-13.3521143.8948
423.88282.23571.64563.84043.45589.20770.0912-0.2254-0.4728-0.45250.2141-0.48550.250.491-0.3053-0.1161-0.10150.00640.297-0.17720.023517.6705-25.3097132.0876
435.99911.9344-0.25222.0271-2.33352.07510.11670.23690.1068-0.59790.15790.1927-0.38770.0415-0.27460.0839-0.14960.1020.0401-0.027-0.2786.7085-29.7641118.8916
440.59153.2904-2.10760.3859-1.52186.7930.13170.46470.1621-0.15420.0649-0.58970.07270.4046-0.19660.2594-0.12010.16440.304-0.165-0.259414.4932-35.3444105.3002
457.95652.965-2.96976.7885-0.53487.05860.0478-0.0066-0.2646-0.1704-0.0004-0.1151-0.1544-0.1417-0.04740.3397-0.1169-0.01460.3-0.0842-0.33698.2917-40.344108.6234
464.28312.19071.13571.33862.8876.64720.11220.42810.1531-0.0866-0.121-0.5550.07870.59960.0088-0.0532-0.11670.11610.2827-0.1805-0.177315.5746-30.9035117.1975
473.2894-2.2696-0.73613.8795-3.29741.5892-0.03570.5746-0.4368-0.56140.20640.1712-0.1171-0.084-0.1707-0.0963-0.14-0.0653-0.0731-0.072-0.229310.338-21.8664130.6578
486.5923-2.72344.28018.3155-1.18091.5322-0.0344-0.3099-0.533-0.14470.1253-0.56060.41170.4902-0.0908-0.2912-0.0406-0.04120.304-0.1641-0.170525.3079-20.3001143.092
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1{A|1 - 9}
2X-RAY DIFFRACTION2{A|10 - 15}
3X-RAY DIFFRACTION3{A|16 - 21}
4X-RAY DIFFRACTION4{A|22 - 26}
5X-RAY DIFFRACTION5{A|27 - 32}
6X-RAY DIFFRACTION6{A|33 - 37}
7X-RAY DIFFRACTION7{A|38 - 41}
8X-RAY DIFFRACTION8{A|42 - 46}
9X-RAY DIFFRACTION9{A|47 - 53}
10X-RAY DIFFRACTION10{A|54 - 62}
11X-RAY DIFFRACTION11{A|63 - 67}
12X-RAY DIFFRACTION12{A|68 - 75}
13X-RAY DIFFRACTION13{A|76 - 80}
14X-RAY DIFFRACTION14{A|81 - 87}
15X-RAY DIFFRACTION15{A|88 - 93}
16X-RAY DIFFRACTION16{A|94 - 99}
17X-RAY DIFFRACTION17{A|100 - 107}
18X-RAY DIFFRACTION18{A|108 - 112}
19X-RAY DIFFRACTION19{A|113 - 119}
20X-RAY DIFFRACTION20{A|120 - 126}
21X-RAY DIFFRACTION21{B|-1 - 5}
22X-RAY DIFFRACTION22{B|6 - 13}
23X-RAY DIFFRACTION23{B|14 - 21}
24X-RAY DIFFRACTION24{B|22 - 27}
25X-RAY DIFFRACTION25{B|28 - 33}
26X-RAY DIFFRACTION26{B|34 - 38}
27X-RAY DIFFRACTION27{B|39 - 42}
28X-RAY DIFFRACTION28{B|43 - 51}
29X-RAY DIFFRACTION29{B|52 - 56}
30X-RAY DIFFRACTION30{B|57 - 62}
31X-RAY DIFFRACTION31{B|63 - 69}
32X-RAY DIFFRACTION32{B|70 - 76}
33X-RAY DIFFRACTION33{B|77 - 81}
34X-RAY DIFFRACTION34{B|82 - 87}
35X-RAY DIFFRACTION35{B|88 - 93}
36X-RAY DIFFRACTION36{B|94 - 101}
37X-RAY DIFFRACTION37{B|102 - 107}
38X-RAY DIFFRACTION38{B|108 - 112}
39X-RAY DIFFRACTION39{B|113 - 119}
40X-RAY DIFFRACTION40{B|120 - 126}
41X-RAY DIFFRACTION41{C|1 - 4}
42X-RAY DIFFRACTION42{C|5 - 10}
43X-RAY DIFFRACTION43{C|11 - 14}
44X-RAY DIFFRACTION44{C|15 - 18}
45X-RAY DIFFRACTION45{D|1 - 4}
46X-RAY DIFFRACTION46{D|5 - 8}
47X-RAY DIFFRACTION47{D|9 - 13}
48X-RAY DIFFRACTION48{D|14 - 18}

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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