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- PDB-5d7y: Crystal structure of Hepatitis B virus T=4 capsid in complex with... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5d7y
タイトルCrystal structure of Hepatitis B virus T=4 capsid in complex with the allosteric modulator HAP18
要素Capsid protein
キーワードVIRUS/INHIBITOR / capsid / core protein / hepadnavirus / icosahedral / assembly effector / assembly accelerator / allosteric modulator / HAP / VIRUS-INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


microtubule-dependent intracellular transport of viral material towards nucleus / T=4 icosahedral viral capsid / viral penetration into host nucleus / host cell / host cell cytoplasm / symbiont entry into host cell / structural molecule activity / DNA binding / RNA binding / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
Hepatitis B viral capsid (hbcag) fold / Viral capsid, core domain supefamily, Hepatitis B virus / Hepatitis core antigen / Viral capsid core domain supefamily, Hepatitis B virus / Hepatitis core antigen / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-58H / Capsid protein
類似検索 - 構成要素
生物種Hepatitis B virus genotype D subtype adw (ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.894 Å
データ登録者Venkatakrishnan, B. / Katen, S.P. / Zlotnick, A.
引用ジャーナル: J.Virol. / 年: 2016
タイトル: Hepatitis B Virus Capsids Have Diverse Structural Responses to Small-Molecule Ligands Bound to the Heteroaryldihydropyrimidine Pocket.
著者: Venkatakrishnan, B. / Katen, S.P. / Francis, S. / Chirapu, S. / Finn, M.G. / Zlotnick, A.
履歴
登録2015年8月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年2月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年4月13日Group: Database references
改定 1.22019年11月27日Group: Author supporting evidence / Database references / カテゴリ: citation / pdbx_audit_support / Item: _citation.journal_id_CSD
改定 1.32023年9月27日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_oper_list
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_oper_list.name / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _pdbx_struct_oper_list.type

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Capsid protein
B: Capsid protein
C: Capsid protein
D: Capsid protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)68,3356
ポリマ－67,2934
非ポリマー1,0422
水00
1
A: Capsid protein
B: Capsid protein
C: Capsid protein
D: Capsid protein
ヘテロ分子
x 60


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)4,100,078360
ポリマ－4,037,560240
非ポリマー62,518120
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation59
2


  • 登録構造と同一
  • icosahedral asymmetric unit
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
A: Capsid protein
B: Capsid protein
C: Capsid protein
D: Capsid protein
ヘテロ分子
x 5


  • icosahedral pentamer
  • 342 kDa, 20 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)341,67330
ポリマ－336,46320
非ポリマー5,21010
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation4
4
A: Capsid protein
B: Capsid protein
C: Capsid protein
D: Capsid protein
ヘテロ分子
x 6


  • icosahedral 23 hexamer
  • 410 kDa, 24 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)410,00836
ポリマ－403,75624
非ポリマー6,25212
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation5
5


  • 登録構造と同一（異なる座標系）
  • icosahedral asymmetric unit, std point frame
タイプ名称対称操作数
transform to point frame1
6
A: Capsid protein
B: Capsid protein
C: Capsid protein
D: Capsid protein
ヘテロ分子
x 60


  • crystal asymmetric unit, crystal frame
  • 4.1 MDa, 240 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)4,100,078360
ポリマ－4,037,560240
非ポリマー62,518120
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z2
point symmetry operation59
単位格子
Length a, b, c (Å)529.375, 367.411, 542.002
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 104.79, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
対称性点対称性: (シェーンフリース記号: I (正20面体型対称))
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(1), (1), (1)
2generate(0.5618, 0.4229, 0.711), (-0.8101, 0.4557, 0.369), (-0.1679, -0.7833, 0.5986)-50.5602, 30.3973, 69.0632
3generate(-0.1469, -0.1253, 0.9812), (-0.887, -0.4224, -0.1867), (0.4378, -0.8977, -0.0491)-16.8126, 110.9406, 94.9327
4generate(-0.1482, -0.8875, 0.4362), (-0.1261, -0.4205, -0.8985), (0.9809, -0.1882, -0.0496)55.0199, 130.3288, 41.9527
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18generate(0.674, -0.2893, 0.6797), (0.506, -0.4897, -0.7101), (0.5383, 0.8225, -0.1837)-57.6149, 43.443, 102.7885
19generate(0.455, 0.0511, -0.889), (-0.5723, 0.7816, -0.2479), (0.6822, 0.6216, 0.3849)169.7069, 88.5546, 14.3044
20generate(0.5643, 0.681, 0.4667), (0.6825, -0.7029, 0.2002), (0.4644, 0.2056, -0.8614)-18.4543, -93.3955, 198.5856
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22generate(0.9759, 0.2132, -0.0469), (-0.1146, 0.318, -0.9411), (-0.1857, 0.9238, 0.3347)8.2003, 133.9511, 105.4657
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36generate(-0.4252, -0.488, -0.7623), (-0.877, 0.4305, 0.2136), (0.2239, 0.7593, -0.611)238.6207, 56.8254, 189.7265
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39generate(-0.3565, -0.6735, -0.6475), (-0.1651, 0.7276, -0.6659), (0.9196, -0.1304, -0.3706)217.5714, 102.7768, 89.824
40generate(0.3831, 0.7638, -0.5194), (0.7133, 0.1126, 0.6917), (0.5868, -0.6355, -0.5017)128.2908, -161.2467, 139.4057
41generate(-0.9471, -0.2542, 0.1961), (-0.2551, 0.2249, -0.9404), (0.1949, -0.9406, -0.2778)165.0689, 148.2459, 148.59
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43generate(-0.6162, 0.2914, -0.7317), (0.733, 0.552, -0.3974), (0.2881, -0.7813, -0.5538)253.8497, -20.5913, 175.8507
44generate(0.9355, 0.0234, -0.3526), (0.2293, -0.7995, 0.5552), (-0.269, -0.6002, -0.7533)52.0809, -95.2189, 256.6542
45generate(-0.2206, -0.9468, 0.2342), (-0.9464, 0.1497, -0.2863), (0.236, -0.2848, -0.9291)88.5207, 130.1689, 230.2781
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47generate(-0.6183, 0.7298, 0.2916), (0.2908, 0.5572, -0.7778), (-0.7301, -0.3962, -0.5567)119.8735, 72.8217, 276.0987
48generate(0.1097, 0.0636, -0.9919), (0.0545, -0.9968, -0.0579), (-0.9925, -0.0477, -0.1129)216.6985, 1.5276, 243.3374
49generate(0.1824, 0.851, -0.4924), (0.8477, -0.3899, -0.3598), (-0.4982, -0.3517, -0.7925)144.3237, -36.68, 283.7294
50generate(0.434, -0.7509, -0.4978), (-0.7529, -0.6058, 0.2573), (-0.4948, 0.2631, -0.8282)120.7226, 39.5648, 288.0778
51generate(-0.9878, -0.1559, 0.0036), (-0.1559, 0.9861, -0.0576), (0.0054, -0.0575, -0.9983)194.1253, 21.885, 261.3914
52generate(0.1699, 0.9411, -0.2924), (-0.1513, -0.2683, -0.9514), (-0.9738, 0.2059, 0.0968)119.4274, 139.7738, 214.4747
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54generate(-0.4629, 0.0274, 0.886), (0.4445, 0.872, 0.2052), (-0.7669, 0.4888, -0.4158)26.617, -70.693, 261.3437
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57generate(-0.7408, 0.3644, -0.5643), (0.3673, -0.4837, -0.7944), (-0.5625, -0.7958, 0.2245)244.4662, 68.3411, 157.4399
58generate(0.2805, -0.8774, -0.3891), (0.183, -0.3491, 0.9191), (-0.9422, -0.329, 0.0626)120.9694, -138.7172, 216.058
59generate(-0.3604, -0.1689, 0.9174), (-0.6697, 0.7314, -0.1285), (-0.6493, -0.6607, -0.3768)12.3573, 82.5276, 244.8252
60generate(-0.6584, -0.5643, -0.4981), (0.5599, -0.8094, 0.177), (-0.5031, -0.1624, 0.8489)228.4808, -78.3131, 68.7481

-
要素

#1: タンパク質
Capsid protein / Core antigen / Core protein / HBcAg / p21.5


分子量: 16823.168 Da / 分子数: 4 / 断片: UNP residues 1-149 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Hepatitis B virus genotype D subtype adw (isolate United Kingdom/adyw/1979) (ウイルス)
株: isolate United Kingdom/adyw/1979 / 遺伝子: C / Variant: Cp150 / プラスミド: pET11C / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P03147
#2: 化合物 ChemComp-58H / methyl (4R)-4-(2-chloro-4-fluorophenyl)-6-{[4-(3-hydroxypenta-1,4-diyn-3-yl)piperidin-1-yl]methyl}-2-(pyridin-2-yl)-1,4-dihydropyrimidine-5-carboxylate


分子量: 520.982 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C28H26ClFN4O3

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 6.31 Å3/Da / 溶媒含有率: 80.51 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 9
詳細: 5% PEG5000 MME, 5% PEG8000, 14% 2,3-butanediol, 100 mM Tris, pH 9.0, 150 mM sodium chloride, 300 mM potassium chloride

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データ収集

回折平均測定温度: 70 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 14-BM-C / 波長: 0.9 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2009年8月12日
放射モノクロメーター: bent Ge(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.894→35.682 Å / Num. all: 1368744 / Num. obs: 826742 / % possible obs: 93.7 % / 冗長度: 3.1 % / Rmerge(I) obs: 0.133 / Net I/σ(I): 12.71
反射 シェル解像度: 3.89→3.95 Å / 冗長度: 2.8 % / Rmerge(I) obs: 0.606 / Mean I/σ(I) obs: 1.48 / % possible all: 77.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.8.2_1309精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 1QGT

1qgt


解像度: 3.894→35.682 Å / SU ML: 0.74 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 36.9 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2732 1964 0.24 %
Rwork0.2626 --
obs0.2626 810969 89.11 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.894→35.682 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4536 0 74 0 4610
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.004285360
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.964391440
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.893103320
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0743920
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00649200
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.8935-3.99080.4053890.426437609X-RAY DIFFRACTION58
3.9908-4.09850.43911270.41451670X-RAY DIFFRACTION80
4.0985-4.2190.39561270.401752274X-RAY DIFFRACTION81
4.219-4.35490.39531280.390152748X-RAY DIFFRACTION81
4.3549-4.51030.39511310.374453433X-RAY DIFFRACTION83
4.5103-4.69050.37751340.349355282X-RAY DIFFRACTION85
4.6905-4.90340.32721400.322457789X-RAY DIFFRACTION89
4.9034-5.16120.31621500.299161867X-RAY DIFFRACTION96
5.1612-5.48350.28851560.299464206X-RAY DIFFRACTION99
5.4835-5.90510.35091560.289564484X-RAY DIFFRACTION99
5.9051-6.49620.26151570.273664596X-RAY DIFFRACTION100
6.4962-7.42880.28541570.248864836X-RAY DIFFRACTION100
7.4288-9.33170.19641580.195664904X-RAY DIFFRACTION100
9.3317-35.68380.19931540.188663307X-RAY DIFFRACTION97

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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