PDB-5d7k: Structure of MR1-reactive MAV36 TCR

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5d7k

タイトル

Structure of MR1-reactive MAV36 TCR

要素

MAV36 TCR Alpha Chain
MAV36 TCR Beta Chain

キーワード

IMMUNE SYSTEM / Receptor / Antigen

機能・相同性

Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta

機能・相同性情報

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.9 Å

データ登録者

Keller, A.N. / Rossjohn, J.

引用

ジャーナル: Immunity / 年: 2016
タイトル: Diversity of T Cells Restricted by the MHC Class I-Related Molecule MR1 Facilitates Differential Antigen Recognition.
著者: Gherardin, N.A. / Keller, A.N. / Woolley, R.E. / Le Nours, J. / Ritchie, D.S. / Neeson, P.J. / Birkinshaw, R.W. / Eckle, S.B. / Waddington, J.N. / Liu, L. / Fairlie, D.P. / Uldrich, A.P. / ...

履歴

登録	2015年8月14日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2016年1月27日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2016年2月3日	Group: Database references
改定 1.2	2023年9月27日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / database_2 / diffrn_source / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_oper_list Item: _citation.journal_id_CSD / _database_2.pdbx_DOI ..._citation.journal_id_CSD / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5d7k.cif.gz	200.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5d7k.ent.gz	158.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5d7k.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5d7k_validation.pdf.gz	445.5 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5d7k_full_validation.pdf.gz	447.5 KB	表示
XML形式データ	5d7k_validation.xml.gz	23 KB	表示
CIF形式データ	5d7k_validation.cif.gz	34.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/d7/5d7k ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/d7/5d7k	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5d5mC 5d7iC 5d7jC 5d7lC 4dzbS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	4e42-1 3skn-2 3qh3-2 4grm-1 3skn-4 2ial-2 5d5m-3 4g8f-d 2q86-1 4elk-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

D: MAV36 TCR Alpha Chain

E: MAV36 TCR Beta Chain

ヘテロ分子

50.9 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	135.439, 135.439, 64.360
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	154
Space group name H-M	P3₂21

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	D-465- HOH

#1: タンパク質	MAV36 TCR Alpha Chain 分子量: 22708.426 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
#2: タンパク質	MAV36 TCR Beta Chain 分子量: 28046.457 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TRBV/TRBC / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
#3: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 514 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.37 Å³/Da / 溶媒含有率: 63.55 %
結晶化	温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 / 詳細: BTP, PEG 3350, NaAc

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

Australian Synchrotron

/ ビームライン: MX2 / 波長: 0.979 Å

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2015年3月22日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.979 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.9→67.72 Å / Num. obs: 53709 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 12.8 % / B_iso Wilson estimate: 20.85 Å² / CC_1/2: 0.998 / R_merge(I) obs: 0.147 / R_pim(I) all: 0.043 / Net I/σ(I): 13.8 / Num. measured all: 685664 / Scaling rejects: 31

反射シェル

Diffraction-ID: 1 / 冗長度: 12.2 % / Rejects: _

解像度 (Å)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured all	Num. unique all	CC_1/2	R_pim(I) all	% possible all
1.9-1.94	1.286	2.3	41669	3425	0.753	0.383	100
9.11-67.72	0.037	35.7	6640	546	0.999	0.011	99.8

-
位相決定

位相決定	手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(phenix.refine: 1.9_1692)	精密化
Aimless		データスケーリング
PHASER	2.5.6	位相決定
PDB_EXTRACT	3.15	データ抽出
iMOSFLM		データ削減

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4DZB

4dzb

解像度: 1.9→43.349 Å / SU ML: 0.19 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 19.15 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2019	2684	5 %
R_work	0.1657	50987	-
obs	0.1675	53671	99.98 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 92.72 Å² / B_iso mean: 28.3294 Å² / B_iso min: 9.34 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.9→43.349 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3406	0	10	514	3930
B_iso mean	-	-	37.13	38.61	-
残基数	-	-	-	-	437

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.008	3533
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.127	4808
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.052	538
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	624
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.281	1256

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 19 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all
1.9-1.9346	0.3122	138	0.2604	2663	2801
1.9346-1.9718	0.238	109	0.2226	2685	2794
1.9718-2.012	0.248	174	0.2095	2641	2815
2.012-2.0558	0.2346	147	0.1951	2648	2795
2.0558-2.1036	0.2149	153	0.1824	2631	2784
2.1036-2.1562	0.1805	154	0.1756	2659	2813
2.1562-2.2145	0.2041	156	0.17	2644	2800
2.2145-2.2796	0.2247	117	0.1677	2675	2792
2.2796-2.3532	0.1845	135	0.1692	2671	2806
2.3532-2.4373	0.2115	142	0.1707	2689	2831
2.4373-2.5349	0.2415	113	0.1782	2700	2813
2.5349-2.6502	0.228	145	0.1845	2663	2808
2.6502-2.7899	0.2244	127	0.178	2709	2836
2.7899-2.9647	0.208	160	0.1683	2653	2813
2.9647-3.1935	0.1906	138	0.1618	2714	2852
3.1935-3.5148	0.1734	149	0.1488	2669	2818
3.5148-4.0231	0.1636	123	0.1388	2731	2854
4.0231-5.0674	0.1547	126	0.1312	2754	2880
5.0674-43.3603	0.2276	178	0.1712	2788	2966

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.5135	-0.0065	0.0072	1.8613	-0.6267	3.7894	0.0429	-0.1773	-0.0925	0.1947	0.016	-0.0862	0.0017	0.3402	-0.053	0.1113	-0.0482	0.0032	0.178	-0.0039	0.1385	30.4559	-69.3718	0.7725
2	3.9617	-2.3092	4.2139	2.7644	-3.4131	5.9451	0.3274	0.3537	-0.0629	-0.3871	-0.2399	0.0234	0.3474	0.3115	-0.1009	0.1095	-0.0203	0.0463	0.2131	-0.0105	0.1505	23.9874	-60.1422	-20.0398
3	3.0949	0.6501	-0.7057	3.8826	0.0837	2.8159	0.0675	0.1691	0.3633	-0.036	0.0515	-0.0581	-0.2949	0.1698	-0.0896	0.1033	-0.0476	-0.0033	0.2444	0.0187	0.171	13.9683	-48.3916	-23.5012
4	5.5014	-0.1276	0.1451	9.948	-0.7953	4.2933	-0.0011	-0.118	-0.8091	-0.1427	-0.0662	0.2324	0.6961	-0.1092	0.0597	0.3366	0.0395	-0.0475	0.2886	0.0161	0.2716	6.4014	-57.5631	7.6186
5	1.8086	-0.7373	0.1596	3.4969	0.6307	3.0054	-0.1584	-0.2153	-0.2847	0.0902	-0.0629	0.1719	0.0635	-0.1459	0.1715	0.1392	-0.0104	0.0586	0.1656	0.034	0.16	14.5544	-62.3566	16.1318
6	2.448	0.2577	1.686	2.2177	1.0909	3.2888	-0.441	-0.2129	0.4629	0.4355	0.1483	-0.1406	-0.7793	-0.2789	0.2402	0.2898	0.051	-0.0222	0.1756	-0.0273	0.1607	5.1954	-43.5303	5.4384
7	0.8422	-0.2446	-0.2604	1.6691	1.1288	3.2724	-0.0516	0.0907	0.0511	0.0977	0.0774	-0.0081	0.0018	0.1125	-0.0385	0.0673	-0.0322	-0.0111	0.1634	0.0171	0.1211	4.1465	-53.5493	-15.705
8	2.509	0.3498	1.1183	2.9453	1.5666	5.053	-0.1404	-0.3829	0.3278	0.45	-0.1927	0.3405	-0.1042	-0.5931	0.3081	0.1391	0.0224	0.0391	0.2481	-0.0319	0.2078	-4.9851	-47.528	-2.1332

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'D' and (resid 1 through 102 )	D
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'D' and (resid 103 through 116 )	D
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'D' and (resid 117 through 200 )	D
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'E' and (resid 2 through 14 )	E
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'E' and (resid 15 through 107 )	E
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'E' and (resid 108 through 122 )	E
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'E' and (resid 123 through 213 )	E
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'E' and (resid 214 through 242 )	E

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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