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- PDB-5d71: Crystal structure of MOR04302, a neutralizing anti-human GM-CSF a... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5d71
タイトルCrystal structure of MOR04302, a neutralizing anti-human GM-CSF antibody Fab fragment in complex with human GM-CSF
要素
  • (Immunglobulin G1 Fab fragment, ...) x 2
  • Granulocyte-macrophage colony-stimulating factor
キーワードIMMUNE SYSTEM / GM-CSF / affinity maturation / phage display / cytokine / antibody / PROTEROS BIOSTRUCTURES GMBH
機能・相同性
機能・相同性情報


granulocyte macrophage colony-stimulating factor receptor binding / histamine secretion / neutrophil differentiation / response to silicon dioxide / epithelial fluid transport / positive regulation of interleukin-23 production / regulation of circadian sleep/wake cycle, sleep / dendritic cell differentiation / response to fluid shear stress / positive regulation of macrophage derived foam cell differentiation ...granulocyte macrophage colony-stimulating factor receptor binding / histamine secretion / neutrophil differentiation / response to silicon dioxide / epithelial fluid transport / positive regulation of interleukin-23 production / regulation of circadian sleep/wake cycle, sleep / dendritic cell differentiation / response to fluid shear stress / positive regulation of macrophage derived foam cell differentiation / myeloid dendritic cell differentiation / granulocyte macrophage colony-stimulating factor receptor complex / granulocyte-macrophage colony-stimulating factor signaling pathway / myeloid cell differentiation / positive regulation of leukocyte proliferation / cellular response to granulocyte macrophage colony-stimulating factor stimulus / RUNX1 regulates transcription of genes involved in differentiation of myeloid cells / positive regulation of podosome assembly / Interleukin-10 signaling / cell surface receptor signaling pathway via JAK-STAT / monocyte differentiation / macrophage differentiation / Interleukin-3, Interleukin-5 and GM-CSF signaling / negative regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway in absence of ligand / embryonic placenta development / Interleukin receptor SHC signaling / positive regulation of tyrosine phosphorylation of STAT protein / cytokine activity / growth factor activity / RAF/MAP kinase cascade / cellular response to lipopolysaccharide / cell population proliferation / positive regulation of cell migration / immune response / intracellular membrane-bounded organelle / negative regulation of DNA-templated transcription / positive regulation of cell population proliferation / positive regulation of gene expression / extracellular space / extracellular region / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Granulocyte-macrophage colony-stimulating factor / Granulocyte-macrophage colony-stimulating factor / Granulocyte-macrophage colony-stimulating factor signature. / Granulocyte-macrophage colony-simulating factor (GM-CSF) / Growth Hormone; Chain: A; - #10 / Four-helical cytokine-like, core / Growth Hormone; Chain: A; / Immunoglobulins / Up-down Bundle / Immunoglobulin-like ...Granulocyte-macrophage colony-stimulating factor / Granulocyte-macrophage colony-stimulating factor / Granulocyte-macrophage colony-stimulating factor signature. / Granulocyte-macrophage colony-simulating factor (GM-CSF) / Growth Hormone; Chain: A; - #10 / Four-helical cytokine-like, core / Growth Hormone; Chain: A; / Immunoglobulins / Up-down Bundle / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
DI(HYDROXYETHYL)ETHER / Granulocyte-macrophage colony-stimulating factor
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.25 Å
データ登録者Eylenstein, R. / Weinfurtner, D. / Steidl, S. / Boettcher, J. / Augustin, M.
引用ジャーナル: Mabs / 年: 2016
タイトル: Molecular basis of in vitro affinity maturation and functional evolution of a neutralizing anti-human GM-CSF antibody.
著者: Eylenstein, R. / Weinfurtner, D. / Hartle, S. / Strohner, R. / Bottcher, J. / Augustin, M. / Ostendorp, R. / Steidl, S.
履歴
登録2015年8月13日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02015年10月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年10月28日Group: Database references
改定 1.22016年1月13日Group: Database references
改定 1.32024年1月10日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / diffrn_radiation_wavelength / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Granulocyte-macrophage colony-stimulating factor
H: Immunglobulin G1 Fab fragment, heavy chain
L: Immunglobulin G1 Fab fragment, light chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)64,1596
ポリマ－63,8603
非ポリマー2983
水3,567198
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5440 Å2
ΔGint-59 kcal/mol
Surface area24570 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)158.680, 158.680, 158.680
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number199
Space group name H-MI213

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Granulocyte-macrophage colony-stimulating factor / GM-CSF / Colony-stimulating factor / CSF / Molgramostin / Sargramostim


分子量: 16309.723 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CSF2, GMCSF / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P04141

-
抗体 , 2種, 2分子 HL

#2: 抗体 Immunglobulin G1 Fab fragment, heavy chain


分子量: 25321.033 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#3: 抗体 Immunglobulin G1 Fab fragment, light chain


分子量: 22229.715 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)

-
非ポリマー , 3種, 201分子

#4: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#5: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 198 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.57 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.2 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.2
詳細: 100 mM sodium acetate, pH 4.0-4.3, 39-42 % (w/v) PEG 400, 35 mg/mL protein

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2011年1月11日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.25→112.2 Å / Num. obs: 31568 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 24.9 % / Rmerge(I) obs: 0.074 / Net I/σ(I): 30.33
反射 シェル解像度: 2.25→2.39 Å / 冗長度: 24.3 % / Rmerge(I) obs: 0.66 / % possible all: 99.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
REFMAC5.2.0005精密化
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2GMF

2gmf


解像度: 2.25→112.2 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.962 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.945 / SU B: 10.026 / SU ML: 0.131 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.222 / ESU R Free: 0.184 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.21898 1393 4.4 %RANDOM
Rwork0.17957 ---
obs0.18132 30163 99.96 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 51.358 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.25→112.2 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3969 0 17 198 4184
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.0223962
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.023443
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3141.955416
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.93437997
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.7275522
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.29424.161137
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.31515564
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg14.8151512
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0760.2615
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.024461
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.02776
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1730.2549
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.1570.22967
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1620.21845
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0760.22132
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1090.2183
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.0770.24
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.190.228
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1440.212
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.06223320
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.49221066
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.68934196
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.91341622
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it5.00761220
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.251→2.31 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.328 95 -
Rwork0.233 2216 -
obs--99.74 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.4699-1.0334-0.36562.0584-0.44256.5508-0.012-0.2952-0.31290.41970.02070.0893-0.0250.059-0.00880.02160.0965-0.0204-0.0425-0.00630.055591.187108.97734.661
20.8378-1.64380.18296.07671.85222.3853-0.1806-0.23520.03810.17410.1760.12050.0853-0.16850.0045-0.19060.03360.0159-0.06610.0133-0.12599.16992.13812.929
32.91130.7815-1.10951.9932-1.58996.0907-0.10680.1265-0.0097-0.12040.0877-0.04240.2459-0.1660.019-0.1603-0.0597-0.034-0.1064-0.0094-0.1575112.60287.005-14.466
41.5295-0.852-0.66573.00860.35362.7998-0.14120.05790.0237-0.30160.09560.2669-0.1341-0.17490.0457-0.11660.0431-0.0864-0.1059-0.0148-0.049187.512108.6172.606
54.8494-2.48410.39654.4550.1733.83180.22270.3366-0.7012-0.1139-0.0896-0.0130.3240.3074-0.1331-0.1127-0.0674-0.0863-0.0679-0.0291-0.018599.97685.497-24.063
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A9 - 122
2X-RAY DIFFRACTION2L1 - 105
3X-RAY DIFFRACTION3L108 - 209
4X-RAY DIFFRACTION4H1 - 105
5X-RAY DIFFRACTION5H108 - 213

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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