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- PDB-5d6r: Acetolactate Synthase from Klebsiella pneumoniae in Complex with ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5d6r
タイトルAcetolactate Synthase from Klebsiella pneumoniae in Complex with Mechanism-Based Inhibitor
要素Acetolactate synthase, catabolic
キーワードTRANSFERASE / Inhibition Intermediate Synthase
機能・相同性
機能・相同性情報


butanediol metabolic process / acetolactate synthase complex / acetolactate synthase / acetolactate synthase activity / L-valine biosynthetic process / isoleucine biosynthetic process / thiamine pyrophosphate binding / flavin adenine dinucleotide binding / magnesium ion binding
類似検索 - 分子機能
Acetolactate synthase, catabolic / Thiamine pyrophosphate enzyme / TPP-binding enzyme, conserved site / Thiamine pyrophosphate enzymes signature. / Thiamine pyrophosphate enzyme, central domain / Thiamine pyrophosphate enzyme, central domain / Thiamine pyrophosphate enzyme, N-terminal TPP-binding domain / Thiamine pyrophosphate enzyme, N-terminal TPP binding domain / Thiamine pyrophosphate enzyme, C-terminal TPP-binding / Thiamine pyrophosphate enzyme, C-terminal TPP binding domain ...Acetolactate synthase, catabolic / Thiamine pyrophosphate enzyme / TPP-binding enzyme, conserved site / Thiamine pyrophosphate enzymes signature. / Thiamine pyrophosphate enzyme, central domain / Thiamine pyrophosphate enzyme, central domain / Thiamine pyrophosphate enzyme, N-terminal TPP-binding domain / Thiamine pyrophosphate enzyme, N-terminal TPP binding domain / Thiamine pyrophosphate enzyme, C-terminal TPP-binding / Thiamine pyrophosphate enzyme, C-terminal TPP binding domain / Thiamin diphosphate (ThDP)-binding fold, Pyr/PP domains / TPP-binding domain / Thiamin diphosphate-binding fold / DHS-like NAD/FAD-binding domain superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-EN0 / PHOSPHATE ION / Acetolactate synthase, catabolic
類似検索 - 構成要素
生物種Klebsiella pneumoniae (肺炎桿菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.276 Å
データ登録者Latta, A.J. / Andrews, F.H. / McLeish, M.J.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Science Foundation (NSF, United States) 米国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Acetolactate Synthase from Klebsiella pneumoniae in Complex with Mechanism-Based Inhibitor
著者: Latta, A.J. / Andrews, F.H. / McLeish, M.J.
履歴
登録2015年8月12日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年7月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年9月20日Group: Author supporting evidence / Derived calculations / カテゴリ: pdbx_audit_support / pdbx_struct_oper_list
Item: _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.22019年11月27日Group: Author supporting evidence / Database references / カテゴリ: pdbx_audit_support / struct_ref_seq_dif
Item: _pdbx_audit_support.funding_organization / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.32023年9月27日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: Acetolactate synthase, catabolic
M: Acetolactate synthase, catabolic
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)126,55211
ポリマ－125,1102
非ポリマー1,4429
水4,810267
1
B: Acetolactate synthase, catabolic
M: Acetolactate synthase, catabolic
ヘテロ分子

B: Acetolactate synthase, catabolic
M: Acetolactate synthase, catabolic
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)253,10522
ポリマ－250,2204
非ポリマー2,88418
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,y,-z1
Buried area20780 Å2
ΔGint-141 kcal/mol
Surface area68110 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)85.120, 133.350, 110.624
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 95.400, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MI121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11chain B
21chain M

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1

Dom-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1VALVALSERSERchain BBA7 - 55627 - 576
2HISHISHISHISchain MMB020

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要素

#1: タンパク質 Acetolactate synthase, catabolic / ALS


分子量: 62555.113 Da / 分子数: 2 / 変異: T407S / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Klebsiella pneumoniae (肺炎桿菌) / 遺伝子: budB, ilvK / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P27696, acetolactate synthase
#2: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#4: 化合物 ChemComp-EN0 / 3-[(4-amino-2-methylpyrimidin-5-yl)methyl]-2-[(Z)-2-fluoro-1-hydroxy-2-phosphonoethenyl]-5-(2-{[(S)-hydroxy(phosphonooxy)phosphoryl]oxy}ethyl)-4-methyl-1,3-thiazol-3-ium


分子量: 565.321 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H21FN4O11P3S
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 267 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.63 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.27 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 100 mM Sodium HEPES, 5-10% PEG 8000, 3-12% Ethylene glycol

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-B / 波長: 1.0332 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2014年4月18日
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.0332 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.276→55.07 Å / Num. obs: 56232 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 3.5 % / Biso Wilson estimate: 38.12 Å2 / CC1/2: 0.995 / Rmerge(I) obs: 0.111 / Rpim(I) all: 0.07 / Net I/σ(I): 8.5 / Num. measured all: 196557 / Scaling rejects: 1
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / 冗長度: 3.4 % / Rejects: _

解像度 (Å)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique allCC1/2Rpim(I) all% possible all
2.276-2.340.9761.41565146230.3450.62699.8
9.66-55.070.0212926117590.9990.01398.6

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX精密化
Aimless0.2.7データスケーリング
PHASER2.5.6位相決定
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
MOSFLMデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1OZF

1ozf


解像度: 2.276→55.066 Å / SU ML: 0.34 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 27.34 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2357 1999 3.56 %
Rwork0.2005 54173 -
obs0.2018 56172 99.85 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 153.72 Å2 / Biso mean: 53.996 Å2 / Biso min: 20 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.276→55.066 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8188 0 83 267 8538
Biso mean--53.74 43.96 -
残基数----1101
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0038425
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.68211493
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0271313
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0031508
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d11.8982989
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11B5921X-RAY DIFFRACTION6.19TORSIONAL
12M5921X-RAY DIFFRACTION6.19TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 14

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.276-2.33290.3661420.35243835397799
2.3329-2.3960.38121430.342938614004100
2.396-2.46650.34261430.316438974040100
2.4665-2.54610.34441420.285938163958100
2.5461-2.63710.28611430.272438624005100
2.6371-2.74270.30151420.258338674009100
2.7427-2.86750.2891420.238138483990100
2.8675-3.01870.24711420.228638584000100
3.0187-3.20780.30071430.22838654008100
3.2078-3.45550.24461440.204138864030100
3.4555-3.80310.19861420.176938754017100
3.8031-4.35330.18221430.148738714014100
4.3533-5.48390.17831440.14339084052100
5.4839-55.08250.18921440.15333924406899
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.1137-0.4367-0.29332.04960.41492.08320.1411-0.40940.32210.15080.2427-0.36260.05260.5539-0.2670.29120.001-0.03290.4057-0.13040.375215.317225.031.0303
21.1407-0.0155-1.02861.3494-0.55642.28910.17390.29810.3612-0.32740.30750.190.0437-0.1672-0.23410.3852-0.0177-0.0180.4130.15640.4617.839530.2183-27.8074
30.27990.0726-0.68870.5862-0.32991.83920.66480.39320.705-0.32120.18440.1592-0.9018-0.6898-0.17290.71580.12080.38060.41960.35170.9619-4.765147.52-15.3679
41.9975-0.1651-0.11761.62370.09621.2775-0.141-0.23140.09520.2130.1314-0.0878-0.01710.0709-0.01620.36210.0697-0.05940.3882-0.00030.28473.3541-4.716216.5292
53.38331.537-0.17061.68780.26131.2604-0.11290.48570.6090.06760.20860.56410.1177-0.2935-0.01630.3594-0.06790.00530.49420.10170.5086-29.0855-2.163214.9467
62.69050.3942-0.70941.53430.37241.31730.03080.01140.2908-0.0335-0.00670.48660.0959-0.36390.00420.3803-0.1456-0.06410.63950.14170.4706-32.7224-10.225410.8288
72.12820.07450.74511.02540.06411.5162-0.0268-0.2748-0.30010.02190.09890.11150.4324-0.402-0.07830.4071-0.12010.00830.40430.05950.3471-14.9338-25.16163.2003
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'B' and (resid 7 through 173 )B0
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'B' and (resid 174 through 463 )B0
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'B' and (resid 464 through 556 )B0
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'M' and (resid -4 through 173 )M0
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'M' and (resid 174 through 304 )M0
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'M' and (resid 305 through 383 )M0
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'M' and (resid 384 through 554 )M0

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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