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- PDB-5d6a: 2.7 Angstrom Crystal Structure of ABC transporter ATPase from Vib... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5d6a
タイトル2.7 Angstrom Crystal Structure of ABC transporter ATPase from Vibrio vulnificus in Complex with Adenylyl-imidodiphosphate (AMP-PNP)
要素Predicted ATPase of the ABC class
キーワードHYDROLASE / ABC transporter ATPase / AMP-PNP / Structural Genomics / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / CSGID
機能・相同性ABC transporter, ATPase, putative / P-loop domain / nucleotide binding / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER / Predicted ATPase of the ABC class
機能・相同性情報
生物種Vibrio vulnificus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Minasov, G. / Wawrzak, Z. / Shuvalova, L. / Dubrovska, I. / Flores, K. / Grimshaw, S. / Kwon, K. / Anderson, W.F. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: 2.7 Angstrom Crystal Structure of ABC transporter ATPase from Vibrio vulnificus in Complex with Adenylyl-imidodiphosphate (AMP-PNP)
著者: Minasov, G. / Wawrzak, Z. / Shuvalova, L. / Dubrovska, I. / Flores, K. / Grimshaw, S. / Kwon, K. / Anderson, W.F. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)
履歴
登録2015年8月11日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年8月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年11月22日Group: Derived calculations / Refinement description / カテゴリ: pdbx_struct_oper_list / software
Item: _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _software.classification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

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集合体

登録構造単位
A: Predicted ATPase of the ABC class
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)65,4453
ポリマ－64,9161
非ポリマー5292
水1,51384
1
A: Predicted ATPase of the ABC class
ヘテロ分子

A: Predicted ATPase of the ABC class
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)130,8906
ポリマ－129,8322
非ポリマー1,0584
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation6_555-x,-x+y,-z+1/31
Buried area7820 Å2
ΔGint-65 kcal/mol
Surface area41990 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)104.957, 104.957, 85.354
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number152
Space group name H-MP3121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-764-

HOH

21A-771-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Predicted ATPase of the ABC class


分子量: 64915.957 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Vibrio vulnificus (バクテリア) / 株: YJ016 / 遺伝子: VVA0769 / プラスミド: pMCSG7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)-Magic / 参照: UniProt: Q7MEA1
#2: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#3: 化合物 ChemComp-ANP / PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER / AMP-PNP


分子量: 506.196 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H17N6O12P3
コメント: AMP-PNP, エネルギー貯蔵分子類似体*YM
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 84 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細The sequence has not yet been deposited to UniProt. See WP_011081233.1 database reference

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.17 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.5 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5
詳細: Protein: 5.9 mg/ml, 0.5M Sodium chloride, 0.01M Tris-HCL (pH 8.3), 1mM AMPPNP; Screen: PACT (C2), 0.1M PCB buffer (pH 5.0), 25% (w/v) PEG 1500

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-G / 波長: 0.97856 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2014年11月17日
放射モノクロメーター: C(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97856 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.7→30 Å / Num. all: 15243 / Num. obs: 15243 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 11 % / Biso Wilson estimate: 57.9 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.117 / Rsym value: 0.117 / Net I/σ(I): 32.5
反射 シェル解像度: 2.7→2.75 Å / 冗長度: 11.2 % / Rmerge(I) obs: 0.621 / Mean I/σ(I) obs: 5 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0073精密化
BLU-MAXデータ収集
HKL-3000位相決定
HKL-3000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.7→28.55 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.944 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.908 / SU B: 28.361 / SU ML: 0.283 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.407 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.25555 1535 10.1 %RANDOM
Rwork0.1941 ---
obs0.19991 13687 99.8 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 55.709 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.15 Å2-0.08 Å20 Å2
2---0.15 Å20 Å2
3---0.5 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.7→28.55 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4297 0 32 84 4413
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0040.0194433
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.024210
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.0511.976006
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.6739672
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg1.7715550
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg22.50124.46213
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg7.76415722
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg7.9351530
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0620.2666
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0190.025068
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0150.021033
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.1563.472200
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.1553.4682199
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.0495.2032750
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other2.0495.2062751
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.1473.5962233
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other1.1473.5972234
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other1.9285.3463257
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined4.12527.5635039
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other4.08627.5475030
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.702→2.771 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.324 111 -
Rwork0.25 987 -
obs--99.64 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.5783-1.5642-1.09564.20540.96792.79040.0148-0.0410.3827-0.09140.25290.4665-0.3949-0.2305-0.26770.1247-0.04570.00030.16860.08130.2233-46.140554.7025-5.0982
22.3798-1.4882-0.17783.71250.08890.89670.05980.32830.0838-0.2401-0.030.0949-0.17550.1254-0.02980.1472-0.140.04170.2004-0.03140.0342-31.848143.0456-11.2409
31.20550.3312-0.63791.3653-0.15292.4073-0.07090.034-0.36060.01930.0763-0.1990.10340.146-0.00540.0313-0.03470.03390.0837-0.06710.1844-26.20924.06535.2704
40.4514-0.63771.5330.91-2.10216.9826-0.0232-0.0841-0.07990.07030.13550.12-0.08140.0727-0.11220.2317-0.0048-0.00860.15190.00670.2154-14.20813.207322.2978
53.7237-1.1578-0.87682.52470.41711.8896-0.201-0.257-0.60230.04060.1777-0.29680.33460.2730.02330.09330.00020.01850.12510.00520.2271-25.199819.09987.8665
63.22460.79120.25424.4933-1.0843.4592-0.20830.032-0.2107-0.01510.17360.169-0.0019-0.2610.03470.0217-0.01950.02930.06-0.030.0507-42.312133.495210.8465
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A-2 - 125
2X-RAY DIFFRACTION2A126 - 216
3X-RAY DIFFRACTION3A217 - 340
4X-RAY DIFFRACTION4A341 - 360
5X-RAY DIFFRACTION5A361 - 462
6X-RAY DIFFRACTION6A463 - 551

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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