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- PDB-5d5m: Structure of human MR1-5-OP-RU in complex with human MAIT M33.64 TCR -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5d5m
タイトルStructure of human MR1-5-OP-RU in complex with human MAIT M33.64 TCR
要素
  • Beta-2-microglobulin
  • M33.64 TCR Alpha Chain
  • M33.64 TCR Beta Chain
  • Major histocompatibility complex class I-related gene protein
キーワードIMMUNE SYSTEM / Antigen
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of T cell mediated cytotoxicity directed against tumor cell target / antigen processing and presentation of exogenous antigen / MHC class I receptor activity / antigen processing and presentation of peptide antigen via MHC class I / beta-2-microglobulin binding / T cell receptor binding / positive regulation of ferrous iron binding / positive regulation of transferrin receptor binding / positive regulation of receptor binding / early endosome lumen ...positive regulation of T cell mediated cytotoxicity directed against tumor cell target / antigen processing and presentation of exogenous antigen / MHC class I receptor activity / antigen processing and presentation of peptide antigen via MHC class I / beta-2-microglobulin binding / T cell receptor binding / positive regulation of ferrous iron binding / positive regulation of transferrin receptor binding / positive regulation of receptor binding / early endosome lumen / Nef mediated downregulation of MHC class I complex cell surface expression / negative regulation of receptor binding / DAP12 interactions / cellular response to iron ion / Endosomal/Vacuolar pathway / Antigen Presentation: Folding, assembly and peptide loading of class I MHC / cellular response to iron(III) ion / antigen processing and presentation of exogenous protein antigen via MHC class Ib, TAP-dependent / negative regulation of forebrain neuron differentiation / regulation of erythrocyte differentiation / peptide antigen assembly with MHC class I protein complex / ER to Golgi transport vesicle membrane / regulation of iron ion transport / response to molecule of bacterial origin / MHC class I peptide loading complex / HFE-transferrin receptor complex / T cell mediated cytotoxicity / positive regulation of T cell cytokine production / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I / MHC class I protein complex / negative regulation of neurogenesis / positive regulation of receptor-mediated endocytosis / peptide antigen assembly with MHC class II protein complex / multicellular organismal-level iron ion homeostasis / MHC class II protein complex / cellular response to nicotine / specific granule lumen / positive regulation of cellular senescence / positive regulation of T cell mediated cytotoxicity / recycling endosome membrane / phagocytic vesicle membrane / peptide antigen binding / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class II / negative regulation of epithelial cell proliferation / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / positive regulation of immune response / Interferon gamma signaling / Modulation by Mtb of host immune system / positive regulation of T cell activation / sensory perception of smell / negative regulation of neuron projection development / positive regulation of protein binding / tertiary granule lumen / DAP12 signaling / MHC class II protein complex binding / late endosome membrane / iron ion transport / ER-Phagosome pathway / T cell differentiation in thymus / early endosome membrane / protein refolding / defense response to Gram-negative bacterium / protein homotetramerization / intracellular iron ion homeostasis / amyloid fibril formation / learning or memory / defense response to Gram-positive bacterium / immune response / Amyloid fiber formation / endoplasmic reticulum lumen / lysosomal membrane / Golgi membrane / external side of plasma membrane / innate immune response / focal adhesion / Neutrophil degranulation / endoplasmic reticulum membrane / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / structural molecule activity / Golgi apparatus / endoplasmic reticulum / protein homodimerization activity / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / identical protein binding / membrane / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
MHC class I-like antigen recognition-like / Murine Class I Major Histocompatibility Complex, H2-DB; Chain A, domain 1 / MHC class I alpha chain, alpha1 alpha2 domains / Class I Histocompatibility antigen, domains alpha 1 and 2 / Beta-2-Microglobulin / : / MHC class I-like antigen recognition-like / MHC class I-like antigen recognition-like superfamily / MHC classes I/II-like antigen recognition protein / : ...MHC class I-like antigen recognition-like / Murine Class I Major Histocompatibility Complex, H2-DB; Chain A, domain 1 / MHC class I alpha chain, alpha1 alpha2 domains / Class I Histocompatibility antigen, domains alpha 1 and 2 / Beta-2-Microglobulin / : / MHC class I-like antigen recognition-like / MHC class I-like antigen recognition-like superfamily / MHC classes I/II-like antigen recognition protein / : / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulin-like / Sandwich / 2-Layer Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-2LJ / ACETATE ION / Beta-2-microglobulin / Major histocompatibility complex class I-related gene protein
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Keller, A.N. / Birkinshaw, R.W. / Rossjohn, J.
引用ジャーナル: Immunity / 年: 2016
タイトル: Diversity of T Cells Restricted by the MHC Class I-Related Molecule MR1 Facilitates Differential Antigen Recognition.
著者: Gherardin, N.A. / Keller, A.N. / Woolley, R.E. / Le Nours, J. / Ritchie, D.S. / Neeson, P.J. / Birkinshaw, R.W. / Eckle, S.B. / Waddington, J.N. / Liu, L. / Fairlie, D.P. / Uldrich, A.P. / ...著者: Gherardin, N.A. / Keller, A.N. / Woolley, R.E. / Le Nours, J. / Ritchie, D.S. / Neeson, P.J. / Birkinshaw, R.W. / Eckle, S.B. / Waddington, J.N. / Liu, L. / Fairlie, D.P. / Uldrich, A.P. / Pellicci, D.G. / McCluskey, J. / Godfrey, D.I. / Rossjohn, J.
履歴
登録2015年8月11日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年1月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年2月3日Group: Database references
改定 2.02023年9月27日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Non-polymer description / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / database_2 / diffrn_radiation_wavelength / diffrn_source / entity / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_oper_list / struct_conn
Item: _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight ..._chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _chem_comp.name / _citation.journal_id_CSD / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Major histocompatibility complex class I-related gene protein
B: Beta-2-microglobulin
C: Major histocompatibility complex class I-related gene protein
D: Beta-2-microglobulin
E: M33.64 TCR Alpha Chain
F: M33.64 TCR Beta Chain
G: M33.64 TCR Alpha Chain
H: M33.64 TCR Beta Chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)188,23216
ポリマ－187,1138
非ポリマー1,1198
水13,601755
1
A: Major histocompatibility complex class I-related gene protein
B: Beta-2-microglobulin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,9073
ポリマ－43,5912
非ポリマー3161
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2560 Å2
ΔGint-9 kcal/mol
Surface area18980 Å2
手法PISA
2
C: Major histocompatibility complex class I-related gene protein
D: Beta-2-microglobulin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,0585
ポリマ－43,5912
非ポリマー4673
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2640 Å2
ΔGint-9 kcal/mol
Surface area19020 Å2
手法PISA
3
E: M33.64 TCR Alpha Chain
F: M33.64 TCR Beta Chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,0583
ポリマ－49,9662
非ポリマー921
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4230 Å2
ΔGint-28 kcal/mol
Surface area20520 Å2
手法PISA
4
G: M33.64 TCR Alpha Chain
H: M33.64 TCR Beta Chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,2095
ポリマ－49,9662
非ポリマー2433
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4640 Å2
ΔGint-30 kcal/mol
Surface area20540 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)216.197, 70.260, 142.379
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 104.150, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121

-
要素

-
タンパク質 , 4種, 8分子 ACBDEGFH

#1: タンパク質 Major histocompatibility complex class I-related gene protein / MHC class I-related gene protein / Class I histocompatibility antigen-like protein


分子量: 31711.670 Da / 分子数: 2 / 断片: Extracellular domain residues 23-291 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MR1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q95460
#2: タンパク質 Beta-2-microglobulin


分子量: 11879.356 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: B2M, CDABP0092, HDCMA22P / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P61769
#3: タンパク質 M33.64 TCR Alpha Chain


分子量: 22783.283 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
#4: タンパク質 M33.64 TCR Beta Chain


分子量: 27182.260 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)

-
非ポリマー , 4種, 763分子

#5: 化合物 ChemComp-2LJ / 1-deoxy-1-({2,6-dioxo-5-[(E)-propylideneamino]-1,2,3,6-tetrahydropyrimidin-4-yl}amino)-D-ribitol / 5-(2-oxopropylideneamino)-6-D-ribitylaminouracil


分子量: 316.310 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C12H20N4O6
#6: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#7: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 755 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.84 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.73 %
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 / 詳細: BTP, PEG 3350, NaAc

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.953 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2015年3月22日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.953 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→75.11 Å / Num. obs: 105471 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 3.7 % / Biso Wilson estimate: 34.25 Å2 / CC1/2: 0.991 / Rmerge(I) obs: 0.111 / Rpim(I) all: 0.068 / Net I/σ(I): 7.4 / Num. measured all: 387238 / Scaling rejects: 16
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique allCC1/2Rpim(I) all% possible all
2.2-2.243.70.66321915051510.7650.39899.9
12.05-75.113.50.06915.424347020.9870.04399.1

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX精密化
Aimless0.5.7データスケーリング
PHASER位相決定
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
iMOSFLMデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4L4T

4l4t


解像度: 2.2→47.739 Å / SU ML: 0.27 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 23.59 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2221 5253 4.98 %Random selection
Rwork0.1706 100169 --
obs0.1731 105422 99.89 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 146.95 Å2 / Biso mean: 47.8493 Å2 / Biso min: 16.14 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.2→47.739 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数12918 0 83 755 13756
Biso mean--38.04 43.69 -
残基数----1607
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00813396
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.09918176
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0451921
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0052380
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.2124861
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 30

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.2-2.2250.29291670.243933403507100
2.225-2.25120.29481810.24632713452100
2.2512-2.27860.26931570.238833393496100
2.2786-2.30750.27951950.229832913486100
2.3075-2.33780.2941890.230833323521100
2.3378-2.36990.29621810.230133283509100
2.3699-2.40370.2861700.224933163486100
2.4037-2.43960.30061910.221632703461100
2.4396-2.47770.29231670.215333713538100
2.4777-2.51830.25291650.211533133478100
2.5183-2.56180.26421590.199433143473100
2.5618-2.60830.281520.200633613513100
2.6083-2.65850.29181790.208233033482100
2.6585-2.71280.3021660.204333693535100
2.7128-2.77170.31091700.204833213491100
2.7717-2.83620.261780.200333263504100
2.8362-2.90710.24941790.188533403519100
2.9071-2.98570.25871620.186533143476100
2.9857-3.07360.24441640.186633703534100
3.0736-3.17280.24421860.185333253511100
3.1728-3.28610.22961880.184132923480100
3.2861-3.41770.23191820.16833403522100
3.4177-3.57320.22172000.161733253525100
3.5732-3.76150.18721630.15333653528100
3.7615-3.9970.19081720.15333483520100
3.997-4.30550.18131660.131133753541100
4.3055-4.73840.14561940.114233473541100
4.7384-5.42320.16171920.124333713563100
5.4232-6.82950.20891660.15633993565100
6.8295-47.75030.18461720.15323493366599
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.50120.0283-0.28983.0569-0.17311.98940.05860.21030.044-0.1243-0.05420.26620.0287-0.03510.01960.1957-0.0085-0.01620.1861-0.00740.2108-3.577365.122159.0408
22.0023-0.102-0.1692.0577-0.23681.32860.0392-0.0913-0.09460.1624-0.1008-0.02410.02530.0650.07110.2606-0.0430.00150.1823-0.00980.17493.992957.7895169.7157
31.7424-0.4250.20412.43070.87061.87540.3563-0.36080.28970.1514-0.10910.5329-0.2306-0.2286-0.22980.35950.02730.00220.27880.0010.3725-20.779677.9001186.3828
43.75090.2180.16663.33190.42964.68080.0082-0.5284-0.35420.1593-0.15390.14210.541-0.23960.14090.3447-0.01060.0620.25440.00660.3418-18.493673.492191.1413
54.0666-0.80170.46144.6049-0.7162.8534-0.1087-0.09390.22450.3246-0.08070.4255-0.3147-0.2930.21160.2524-0.00230.01430.2705-0.02850.3283-26.25270.1409174.921
62.6407-2.4621-1.17156.15062.24041.91670.04980.29060.4674-0.2782-0.2810.0031-0.3715-0.3220.18110.37350.0442-0.05830.2959-0.0530.4058-24.20971.259171.3014
79.166-6.1672-0.75056.89450.40782.76850.21340.8143-0.2578-0.7403-0.33350.7572-0.2701-0.61070.09970.40640.0018-0.12710.4541-0.08660.5054-29.158765.7548163.2853
86.755-0.10112.98642.0252-1.12218.71450.15271.22060.5204-0.73110.10940.1841-0.5042-0.3528-0.20980.78380.0925-0.17790.738-0.01640.6342-26.244975.3256160.09
96.2114-4.43531.23524.3775-3.07774.283-0.16450.01670.1174-0.04690.12060.23920.01690.12360.0670.3226-0.05010.01620.2717-0.05970.2858-11.202962.7663168.7277
103.0996-4.9216-0.05467.86980.42074.6814-0.19810.61810.4525-0.30220.08610.1669-0.8177-0.47380.09220.38920.0234-0.04970.3731-0.0090.4391-23.753472.9138167.8004
116.55891.4101-0.48594.18481.80473.21990.207-0.1829-0.12170.6403-0.1820.59290.2693-0.6305-0.06940.59590.1891-0.1360.7494-0.0971.0332-41.646977.0485173.3914
124.0567-2.2794-0.67845.3311.39253.11050.07790.7055-0.8332-0.6292-0.32271.44980.1452-0.16870.26860.3207-0.0199-0.06180.3467-0.1150.5335-29.950959.6996166.1601
138.6633-1.0117-0.48965.68711.54725.8012-0.1492-0.65780.59750.3827-0.17360.6143-0.3229-0.73840.3640.3258-0.01840.08330.5946-0.08930.5043-34.111168.5367175.344
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253.30424.3906-0.54026.62960.10992.2283-0.6398-0.08330.3141-0.42150.42160.1630.3036-0.40050.02930.52640.2062-0.29170.69870.00151.1349-73.25759.8821174.2716
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273.2283-0.1898-0.6142.7192-0.3765.9536-0.04240.134-0.230.4002-0.0371-0.04860.5231-0.11380.090.44090.07230.02340.2486-0.03870.30640.925811.5916216.259
289.29242.50851.13385.98651.30426.8699-0.06710.2776-0.83880.69240.088-0.03631.3170.30150.02360.63110.15150.03250.3937-0.10480.44566.73952.877211.7559
291.5384-0.09640.39622.1491-1.37722.4848-0.0493-0.5980.12150.30940.07810.1152-0.3144-0.6151-0.03050.32690.1127-0.01790.7093-0.09220.2895-31.10734.1707211.9601
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314.6804-0.7384-3.33850.75351.15694.5420.19360.29870.1577-0.1099-0.08520.025-0.3181-0.3547-0.12590.45550.1106-0.01910.3239-0.01340.2869-6.019823.5754224.0882
323.51580.0617-1.39651.2010.04283.3828-0.0184-0.0673-0.05860.0736-0.0561-0.16460.17120.38470.08550.264-0.0107-0.03110.20710.04660.246930.699363.2719158.7787
334.0657-0.6777-2.3711.15880.51362.60250.0635-0.01690.0912-0.2771-0.0475-0.33970.13270.65490.0180.42340.05870.03540.52690.0850.380346.334163.0405141.6192
345.12460.2253-0.26183.20120.5145.3308-0.1378-0.21010.32950.0040.1247-0.3691-0.28721.03350.05090.41320.02520.06360.61990.01930.549556.248365.8765138.4282
352.32320.1776-0.69131.0774-0.51144.0204-0.06160.18-0.0848-0.21860.0186-0.02080.2085-0.32110.06390.3219-0.0208-0.0050.2095-0.02990.263915.659562.8529139.8123
364.0017-2.1306-5.1281.8532.71816.6990.2938-0.1170.7498-0.32150.0629-0.1328-0.19950.151-0.23820.4645-0.03190.03670.2540.0350.355629.355868.7527123.4973
371.3259-0.25930.63922.3812-0.81743.2115-0.1041-0.0272-0.27890.06980.1111-0.09780.54590.6462-0.04180.55260.15630.12150.38580.03820.410148.201956.3414130.2918
386.1281-1.76471.03214.7115-1.18034.45110.30070.5389-0.0739-0.7146-0.07140.23520.26750.1356-0.20080.63750.0270.12620.3064-0.0740.307535.964158.6723117.999
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 1 through 83 )A0
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 84 through 171 )A0
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 172 through 195 )A0
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 196 through 269 )A0
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 1 through 19 )B0
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 20 through 30 )B0
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 31 through 46 )B0
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 47 through 51 )B0
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 52 through 61 )B0
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 62 through 71 )B0
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resid 72 through 77 )B0
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'B' and (resid 78 through 90 )B0
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'B' and (resid 91 through 98 )B0
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'C' and (resid 1 through 84 )C0
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'C' and (resid 85 through 171 )C0
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'C' and (resid 172 through 269 )C0
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'D' and (resid 0 through 11 )D0
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'D' and (resid 12 through 19 )D0
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'D' and (resid 20 through 41 )D0
20X-RAY DIFFRACTION20chain 'D' and (resid 42 through 51 )D0
21X-RAY DIFFRACTION21chain 'D' and (resid 52 through 61 )D0
22X-RAY DIFFRACTION22chain 'D' and (resid 62 through 71 )D0
23X-RAY DIFFRACTION23chain 'D' and (resid 72 through 77 )D0
24X-RAY DIFFRACTION24chain 'D' and (resid 78 through 90 )D0
25X-RAY DIFFRACTION25chain 'D' and (resid 91 through 97 )D0
26X-RAY DIFFRACTION26chain 'E' and (resid 1 through 120 )E0
27X-RAY DIFFRACTION27chain 'E' and (resid 121 through 185 )E0
28X-RAY DIFFRACTION28chain 'E' and (resid 186 through 200 )E0
29X-RAY DIFFRACTION29chain 'F' and (resid 3 through 94 )F0
30X-RAY DIFFRACTION30chain 'F' and (resid 95 through 139 )F0
31X-RAY DIFFRACTION31chain 'F' and (resid 140 through 242 )F0
32X-RAY DIFFRACTION32chain 'G' and (resid 1 through 91 )G0
33X-RAY DIFFRACTION33chain 'G' and (resid 92 through 135 )G0
34X-RAY DIFFRACTION34chain 'G' and (resid 136 through 198 )G0
35X-RAY DIFFRACTION35chain 'H' and (resid 3 through 108 )H0
36X-RAY DIFFRACTION36chain 'H' and (resid 109 through 123 )H0
37X-RAY DIFFRACTION37chain 'H' and (resid 124 through 214 )H0
38X-RAY DIFFRACTION38chain 'H' and (resid 215 through 243 )H0

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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