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- PDB-5d55: Crystal structure of the E. coli Hda pilus minor tip subunit, HdaB -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5d55
タイトルCrystal structure of the E. coli Hda pilus minor tip subunit, HdaB
要素HdaB,HdaA (Adhesin), HUS-associated diffuse adherence
キーワードCELL ADHESION / Biofilm / chaperone-usher / Hda / pilus
機能・相同性
機能・相同性情報


Enterobacteria AfaD invasin / Enterobacteria AfaD invasin protein / Dr adhesin / Dr-adhesin superfamily / Adhesion domain superfamily / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
CITRATE ANION / IODIDE ION / HdaB / HdaA (Adhesin), HUS-associated diffuse adherence
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Lee, W.-C. / Garnett, J.A. / Matthews, S.J.
引用ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2016
タイトル: Crystal structure and analysis of HdaB: The enteroaggregative Escherichia coli AAF/IV pilus tip protein.
著者: Lee, W.C. / Matthews, S. / Garnett, J.A.
履歴
登録2015年8月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02016年8月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年9月28日Group: Database references
改定 1.22024年1月10日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.32024年11月20日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: HdaB,HdaA (Adhesin), HUS-associated diffuse adherence
B: HdaB,HdaA (Adhesin), HUS-associated diffuse adherence
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,6726
ポリマ－34,9772
非ポリマー6944
水4,125229
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5030 Å2
ΔGint-28 kcal/mol
Surface area15620 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)112.294, 112.294, 61.652
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number96
Space group name H-MP43212

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要素

#1: タンパク質 HdaB,HdaA (Adhesin), HUS-associated diffuse adherence


分子量: 17488.668 Da / 分子数: 2
断片: UNP residues 24-142,UNP residues 18-34,UNP residues 24-142,UNP residues 18-34
由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: hdaB, hdaA / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: B3V224, UniProt: Q08JP6
#2: 化合物 ChemComp-FLC / CITRATE ANION


分子量: 189.100 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H5O7
#3: 化合物 ChemComp-IOD / IODIDE ION


分子量: 126.904 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: I
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 229 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.8 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.15 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5 / 詳細: 0.2M Ammonium Citrate, 20% PEG 3350

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I24 / 波長: 1.6531 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年8月8日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.6531 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→79.4 Å / Num. obs: 26601 / % possible obs: 98.1 % / 冗長度: 3.6 % / Biso Wilson estimate: 31.636 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.08 / Net I/σ(I): 9.3
反射 シェル解像度: 2→2.11 Å / 冗長度: 3.1 % / Rmerge(I) obs: 0.371 / Mean I/σ(I) obs: 2.7 / % possible all: 95.1

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.6.0062精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4OR1

4or1


解像度: 2→79.4 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.952 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.927 / SU B: 7.378 / SU ML: 0.108 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.181 / ESU R Free: 0.169 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.24831 2654 10 %RANDOM
Rwork0.20267 ---
obs0.20735 23905 97.63 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 34.393 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.17 Å20 Å20 Å2
2--0.17 Å20 Å2
3----0.35 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2→79.4 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2187 0 40 229 2456
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.0212336
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.1841.9363184
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.1425314
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.7824.08693
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.51915363
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg11.792158
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0770.2352
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.021785
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2→2.052 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.397 164 -
Rwork0.325 1628 -
obs--90.37 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.55040.8033-0.39611.3457-0.38290.6949-0.0912-0.1678-0.074-0.07980.0444-0.07590.0543-0.03750.04690.0747-0.01770.02510.0276-0.00140.046536.37517.380.254
21.0321.6374-1.8225.3176-5.00786.0827-0.07590.2240.1342-0.20950.31830.1261-0.102-0.3909-0.24250.0855-0.0080.00930.05760.04340.084516.769-3.27922.493
30.93320.6883-0.48633.3197-0.75971.5033-0.06390.06840.0086-0.16380.08540.0772-0.0416-0.1356-0.02140.01780.00210.00520.09550.0420.061114.555-2.87829.833
43.28341.81-3.42842.6192-1.83684.6466-0.03450.0860.0380.13890.10910.0181-0.0265-0.3454-0.07460.02460.0184-0.01080.07330.03070.074337.17215.3517.399
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A-1 - 119
2X-RAY DIFFRACTION2A120 - 146
3X-RAY DIFFRACTION3B0 - 119
4X-RAY DIFFRACTION4B120 - 146

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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