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- PDB-5d3m: Folate ECF transporter: AMPPNP bound state -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5d3m
タイトルFolate ECF transporter: AMPPNP bound state
要素
  • Energy-coupling factor transporter ATP-binding protein EcfA1
  • Energy-coupling factor transporter ATP-binding protein EcfA2
  • Energy-coupling factor transporter transmembrane protein EcfT
  • S-component for folate
キーワードTRANSPORT PROTEIN / ECF transporter / folate / membrane protein / vitamin transport
機能・相同性
機能・相同性情報


トランスロカーゼ / transmembrane transporter activity / ATPase-coupled transmembrane transporter activity / ATP-binding cassette (ABC) transporter complex / ATP hydrolysis activity / ATP binding / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
ECF transporter S component, folate family / ECF transporter, substrate-specific component / ECF transporter transmembrane protein EcfT / ECF transporter, substrate-specific component / Arp2/3 complex 21 kDa subunit ARPC3 - #20 / Energy-coupling factor transporter ATP-binding protein EcfA2 / Energy-coupling factor transporter ATP-binding protein EcfA1 / ABC/ECF transporter, transmembrane component / Cobalt transport protein / Cobalt import ATP-binding protein cbiO. ...ECF transporter S component, folate family / ECF transporter, substrate-specific component / ECF transporter transmembrane protein EcfT / ECF transporter, substrate-specific component / Arp2/3 complex 21 kDa subunit ARPC3 - #20 / Energy-coupling factor transporter ATP-binding protein EcfA2 / Energy-coupling factor transporter ATP-binding protein EcfA1 / ABC/ECF transporter, transmembrane component / Cobalt transport protein / Cobalt import ATP-binding protein cbiO. / : / ABC transporter, CbiO/EcfA subunit / Arp2/3 complex 21 kDa subunit ARPC3 / ABC transporter-like, conserved site / ABC transporters family signature. / ABC transporter / ABC transporter-like, ATP-binding domain / ATP-binding cassette, ABC transporter-type domain profile. / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / ATPases associated with a variety of cellular activities / AAA+ ATPase domain / Rossmann fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER / Energy-coupling factor transporter transmembrane protein EcfT / Conserved hypothetical membrane protein / Energy-coupling factor transporter transmembrane protein EcfT / Energy-coupling factor transporter ATP-binding protein EcfA2 / Energy-coupling factor transporter ATP-binding protein EcfA1
類似検索 - 構成要素
生物種Lactobacillus delbrueckii (乳酸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.303 Å
データ登録者Guskov, A. / Swier, L.J.Y.M. / Slotboom, D.J.
資金援助1件
組織認可番号国
European Research Council282083
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2016
タイトル: Structural insight in the toppling mechanism of an energy-coupling factor transporter.
著者: Swier, L.J. / Guskov, A. / Slotboom, D.J.
履歴
登録2015年8月6日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02016年4月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年4月13日Group: Database references
改定 1.22024年1月10日Group: Author supporting evidence / Data collection ...Author supporting evidence / Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_audit_support / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_audit_support.funding_organization

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Energy-coupling factor transporter ATP-binding protein EcfA1
B: Energy-coupling factor transporter ATP-binding protein EcfA2
C: S-component for folate
D: Energy-coupling factor transporter transmembrane protein EcfT
E: Energy-coupling factor transporter ATP-binding protein EcfA1
F: Energy-coupling factor transporter ATP-binding protein EcfA2
G: S-component for folate
H: Energy-coupling factor transporter transmembrane protein EcfT
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)232,72912
ポリマ－230,7048
非ポリマー2,0254
水00
1
A: Energy-coupling factor transporter ATP-binding protein EcfA1
B: Energy-coupling factor transporter ATP-binding protein EcfA2
C: S-component for folate
D: Energy-coupling factor transporter transmembrane protein EcfT
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)116,3646
ポリマ－115,3524
非ポリマー1,0122
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area13720 Å2
ΔGint-105 kcal/mol
Surface area44970 Å2
手法PISA
2
E: Energy-coupling factor transporter ATP-binding protein EcfA1
F: Energy-coupling factor transporter ATP-binding protein EcfA2
G: S-component for folate
H: Energy-coupling factor transporter transmembrane protein EcfT
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)116,3646
ポリマ－115,3524
非ポリマー1,0122
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area13770 Å2
ΔGint-104 kcal/mol
Surface area44530 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)90.070, 97.260, 105.450
Angle α, β, γ (deg.)84.67, 64.78, 62.59
Int Tables number1
Space group name H-MP1

-
要素

#1: タンパク質 Energy-coupling factor transporter ATP-binding protein EcfA1 / ECF transporter A component EcfA1


分子量: 32906.039 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: 10His-tag with TEV cleavage site at N-terminus
由来: (組換発現) Lactobacillus delbrueckii (乳酸菌)
遺伝子: ecfA1, cbiO1, Ldb0424 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q1GBJ0, 加水分解酵素; 酸無水物に作用; 酸無水物に作用・物質の膜輸送を触媒する
#2: タンパク質 Energy-coupling factor transporter ATP-binding protein EcfA2 / ECF transporter A component EcfA2


分子量: 31672.156 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Lactobacillus delbrueckii (乳酸菌)
遺伝子: ecfA2, cbiO2, Ldb0425 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q1GBI9, 加水分解酵素; 酸無水物に作用; 酸無水物に作用・物質の膜輸送を触媒する
#3: タンパク質 S-component for folate


分子量: 20483.604 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: STREPII-tag at C-terminus
由来: (組換発現) Lactobacillus delbrueckii (乳酸菌)
遺伝子: Ldb1625 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q1G929
#4: タンパク質 Energy-coupling factor transporter transmembrane protein EcfT / ECF transporter T component EcfT


分子量: 30290.283 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Lactobacillus delbrueckii (乳酸菌)
遺伝子: cbiQ, ecfT, LBVIB27_01965, LBVIB44_01960, SB57_06620
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A061BSU4, UniProt: Q1GBI8*PLUS
#5: 化合物
ChemComp-ANP / PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER / AMP-PNP


分子量: 506.196 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H17N6O12P3
コメント: AMP-PNP, エネルギー貯蔵分子類似体*YM

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.36 Å3/Da / 溶媒含有率: 63.34 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 50mM TRIS, 17% PEG 350 MME, 2% NG, 10mM spermidine, 10mM MgCl2, 10mM AMP-PNP

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 0.972423 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年1月28日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.972423 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.3→44 Å / Num. obs: 40590 / % possible obs: 94.4 % / 冗長度: 1.8 % / Rmerge(I) obs: 0.026 / Net I/σ(I): 12
反射 シェル解像度: 3.3→3.4 Å / 冗長度: 1.7 % / Rmerge(I) obs: 0.867 / Mean I/σ(I) obs: 0.5 / % possible all: 94.4

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1692精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4HZU

4hzu


解像度: 3.303→43.862 Å / SU ML: 0.55 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.94 / 位相誤差: 37.29 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2892 1708 5.07 %Random selection
Rwork0.2504 ---
obs0.2523 33718 78.83 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.303→43.862 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数15430 0 124 0 15554
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00615888
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.40421558
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d18.0735792
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0522492
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0052680
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.3028-3.39990.3837140.4219301X-RAY DIFFRACTION9
3.3999-3.50960.4453460.388923X-RAY DIFFRACTION27
3.5096-3.6350.38441220.35062185X-RAY DIFFRACTION65
3.635-3.78050.35921790.32093153X-RAY DIFFRACTION93
3.7805-3.95240.34591650.30583235X-RAY DIFFRACTION96
3.9524-4.16060.35281750.28743256X-RAY DIFFRACTION96
4.1606-4.42110.26291530.25713258X-RAY DIFFRACTION94
4.4211-4.76210.2751890.23543105X-RAY DIFFRACTION94
4.7621-5.24060.27671700.2393204X-RAY DIFFRACTION94
5.2406-5.99730.3171600.27493179X-RAY DIFFRACTION94
5.9973-7.54970.32491750.2773160X-RAY DIFFRACTION93
7.5497-43.86590.2331600.2023051X-RAY DIFFRACTION91
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.38520.340.01220.2960.04160.4890.30440.38570.544-0.7097-0.9513-0.0225-0.5027-0.7302-0.00081.22130.35-0.35961.67-0.42511.325717.62761.8518-42.1674
23.16012.3251-0.33952.5746-0.94415.34930.3878-0.4203-0.19280.3791-0.0305-0.16381.04030.8171-0.00691.02540.3953-0.04061.2595-0.06321.130123.03149.9958-24.5357
30.15470.341-0.07741.9676-0.88580.4869-0.35530.5871-1.67311.2683-1.1322-0.0160.5364-1.5201-0.11621.4231-0.30080.70521.3499-0.29122.32466.493256.78317.6236
40.93770.61570.4870.80590.1510.3176-0.1096-0.3396-1.44020.4257-0.74110.21770.6089-1.11850.00051.0419-0.19030.07831.450.2091.35881.336862.10533.0535
52.43811.214-1.18522.87451.44862.370.1597-0.1493-0.2684-0.113-0.2867-0.93020.05310.2379-0.00010.6776-0.0714-0.02730.7887-0.12320.94479.303573.8783-9.4527
66.5505-1.0371-2.36832.62063.11486.5321-0.3658-1.1851-1.66281.17190.2542-0.84610.835-0.5201-2.10290.64970.6642-0.1932.65140.7361.711826.978553.33373.4871
72.91070.3367-0.71930.69880.26580.3599-0.0095-1.2363-1.45460.05940.1446-0.23310.36520.0836-0.24291.0632-0.6711-0.72873.23921.143.400441.495165.31962.3508
82.5023-0.61590.25291.04890.00340.02860.7570.3267-0.2994-0.69270.3520.37421.6518-2.04020.54411.627-0.4123-0.33591.2027-0.07170.8966-16.805356.6221-26.4798
91.85831.45580.79261.75251.66882.13040.76690.1646-1.15240.4666-0.1308-0.18061.2357-0.12482.9711.4914-0.7327-0.93661.7125-0.50121.7594-26.624650.3304-34.0943
101.36650.1189-1.68661.301-0.29822.10110.3256-0.05950.02560.0250.31690.2135-0.45970.10740.41452.2103-0.2895-0.27632.69480.56070.751-33.234465.4885-46.5774
110.44070.13430.17460.05250.12420.4690.3396-0.0373-0.55210.2050.22690.0622-0.18150.4520.15282.0833-0.0081-0.78841.9425-0.15810.5582-27.545554.7838-48.2225
121.71681.03610.78690.62850.66222.54650.8435-0.2079-0.60431.3372-0.7966-0.65560.837-0.0086-0.45073.62920.5329-1.05651.1615-0.27120.7083-14.3142.8371-29.1411
130.4861-0.3309-0.03390.26560.30360.7-1.04030.7516-0.0627-0.56030.14551.2979-1.03140.7442-0.00131.69370.0831-0.53771.2221-0.01911.6021-18.459277.2499-45.0003
140.07360.02370.05310.1250.04320.0463-0.11070.06550.93240.03740.03110.619-0.4512-0.5445-0.00041.6689-0.074-0.65683.40950.47832.3478-38.537865.2256-64.9049
151.5688-0.2001-0.45740.87291.03382.4127-1.6623-0.7663-0.9373-0.2131-0.45020.8165-0.763-3.289-0.50481.1920.2551-0.02781.9902-0.07561.1017-21.149375.0905-36.4646
160.9268-0.1148-0.63411.02840.43970.5757-0.0969-1.12981.03070.3433-0.51230.2472-0.44-1.015-1.00091.3120.34270.98110.9901-1.01771.394-2.418359.6834-25.2449
172.9328-0.2595-0.81060.0127-0.11341.17240.05990.4460.0388-0.7386-0.50520.00390.0409-0.9344-0.0391.59450.0726-0.21871.05920.03750.6852-11.520168.3239-25.9956
180.459-0.1260.0761.4503-1.11270.8611-0.2406-0.277-0.46980.4024-0.8912-0.68511.81530.1734-0.15991.7896-0.5050.15471.0966-0.06691.414317.819934.9547-58.0937
193.1021-1.9467-1.15692.496-0.52515.4950.2191-0.14420.3234-0.53880.1424-0.3379-0.69820.7285-0.00060.9395-0.34740.10711.14770.03481.188223.106346.9397-75.6147
204.375-1.5432-0.54371.7986-0.1310.2457-0.5242-1.31442.2976-0.3311-1.56680.3111-0.9614-0.5926-0.9191.26050.5287-0.53241.5009-0.66743.44362.748240.6563-108.7051
210.535-0.6046-0.49910.70460.62630.6394-0.02980.83021.1461-1.8415-0.69650.0485-1.3147-0.7342-0.04912.0869-0.0485-0.21860.8142-0.04542.0849.943139.3998-106.9605
221.16650.0991-0.66161.14410.70690.9375-0.25970.45622.5136-0.941-0.93410.6087-0.1657-1.4017-0.04471.34940.0995-0.21311.59250.21241.49281.514834.6715-103.2697
232.31-1.6121.23651.9284-0.19752.593-0.1276-0.00280.27540.3044-0.2872-0.6517-0.16640.37460.00010.83740.1079-0.04150.808-0.06171.02789.551622.9468-90.6805
243.01041.5672-0.96153.24031.88613.56430.14931.10181.3556-0.8571-0.1636-0.3596-0.6031-0.1226-1.3880.6347-0.82090.11772.36560.59870.947422.118443.6344-106.8807
252.57912.13731.89584.3936-0.58263.17220.2571-0.40362.0815-0.0524-0.34720.219-1.22341.3481-1.8240.8705-0.46340.8082.16710.31612.845535.093443.4253-98.5796
260.6849-0.16370.20720.2358-0.3290.4779-0.8718-0.020.79340.50860.7172-0.2049-0.0605-0.4343-0.03421.29420.43280.72462.88290.38232.016141.694931.6598-102.4605
273.1042-0.5236-0.07071.21280.1390.01540.5809-0.1557-0.32210.59120.12270.6317-1.4552-2.48890.37981.68950.26340.20461.2671-0.08970.7882-16.67340.1174-73.7233
280.4881-0.3433-0.12680.46050.44950.63910.6561-0.17081.1318-0.4593-0.4003-0.1241-0.5279-0.4519-0.42261.79240.76691.29672.32420.10952.1184-26.744345.1739-65.4538
292.16081.4291-0.05673.6358-1.34670.6374-0.59560.01160.01610.2831-0.1751-0.1392-0.9362-0.3549-0.42165.46810.4941.29922.80420.67182.4245-33.841232.3892-52.6532
300.64240.29890.44860.28120.42150.63690.1554-0.09010.3423-0.13490.0958-0.01750.11530.03220.81871.6524-0.05410.94661.99720.28211.128-27.390642.2061-51.8027
310.3709-0.0751-0.25310.2769-0.10220.67650.2232-0.1390.3342-0.7647-0.0915-0.2977-0.0226-0.04380.96652.5816-0.79211.09311.031-1.12891.4645-17.422653.8088-63.4094
320.12360.1586-0.09620.2534-0.22910.30980.1703-0.10870.05680.0773-0.2944-0.174-0.12760.3397-1.68373.35280.21581.00262.56471.58522.0538-9.285353.9312-82.5582
330.41880.2127-0.1630.54880.53061.1968-1.2701-0.4119-0.13680.1395-0.12680.89890.45430.1051-0.09391.3787-0.24630.44891.04630.01991.4167-18.25219.4092-55.2001
340.0462-0.00770.03520.1294-0.06950.056-0.167-0.3598-0.13290.4466-0.0029-0.01140.3301-1.0298-0.00072.0541-0.37640.67563.1789-0.03812.4216-38.283531.5384-35.1884
350.23680.401-0.28951.4119-0.18350.7577-2.2296-0.33730.6654-0.49270.15130.71250.3348-3.1061-0.50591.1681-0.1834-0.13312.40480.05711.3178-20.932121.643-63.7089
360.45970.61140.13230.98430.47720.3897-0.26521.0636-1.0034-0.25790.056-0.4250.8282-0.46040.50551.7123-0.1976-0.84140.8951-0.64011.4719-2.296537.0927-74.927
372.2338-0.529-0.15260.1302-0.23772.34130.156-0.0304-0.03570.5008-0.550.0826-0.1368-0.1675-0.00031.3705-0.06880.19840.8128-0.13490.8101-11.344728.4325-74.1658
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 2 through 21 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 22 through 280 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'B' and (resid 2 through 39 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'B' and (resid 40 through 96 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 97 through 211 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 212 through 257 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 258 through 280 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'C' and (resid 8 through 106 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'C' and (resid 107 through 130 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'C' and (resid 131 through 138 )
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'C' and (resid 139 through 146 )
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'C' and (resid 147 through 175 )
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'D' and (resid 6 through 84 )
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'D' and (resid 85 through 102 )
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'D' and (resid 103 through 152 )
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'D' and (resid 153 through 184 )
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'D' and (resid 185 through 264 )
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'E' and (resid 2 through 21 )
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'E' and (resid 22 through 280 )
20X-RAY DIFFRACTION20chain 'F' and (resid 2 through 16 )
21X-RAY DIFFRACTION21chain 'F' and (resid 17 through 39 )
22X-RAY DIFFRACTION22chain 'F' and (resid 40 through 96 )
23X-RAY DIFFRACTION23chain 'F' and (resid 97 through 211 )
24X-RAY DIFFRACTION24chain 'F' and (resid 212 through 240 )
25X-RAY DIFFRACTION25chain 'F' and (resid 241 through 257 )
26X-RAY DIFFRACTION26chain 'F' and (resid 258 through 280 )
27X-RAY DIFFRACTION27chain 'G' and (resid 8 through 106 )
28X-RAY DIFFRACTION28chain 'G' and (resid 107 through 132 )
29X-RAY DIFFRACTION29chain 'G' and (resid 133 through 138 )
30X-RAY DIFFRACTION30chain 'G' and (resid 139 through 146 )
31X-RAY DIFFRACTION31chain 'G' and (resid 147 through 163 )
32X-RAY DIFFRACTION32chain 'G' and (resid 164 through 175 )
33X-RAY DIFFRACTION33chain 'H' and (resid 6 through 84 )
34X-RAY DIFFRACTION34chain 'H' and (resid 85 through 102 )
35X-RAY DIFFRACTION35chain 'H' and (resid 103 through 152 )
36X-RAY DIFFRACTION36chain 'H' and (resid 153 through 184 )
37X-RAY DIFFRACTION37chain 'H' and (resid 185 through 264 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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