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- PDB-5d3a: KIF21A regulatory coiled coil -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5d3a
タイトルKIF21A regulatory coiled coil
要素Kinesin-like protein KIF21A
キーワードMOTOR PROTEIN / antiparallel / coiled coil / kinesin / autoinhibition
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of microtubule depolymerization / regulation of axon guidance / cortical microtubule organization / ankyrin repeat binding / anterograde axonal transport / plus-end-directed microtubule motor activity / Kinesins / kinesin complex / microtubule motor activity / COPI-dependent Golgi-to-ER retrograde traffic ...regulation of microtubule depolymerization / regulation of axon guidance / cortical microtubule organization / ankyrin repeat binding / anterograde axonal transport / plus-end-directed microtubule motor activity / Kinesins / kinesin complex / microtubule motor activity / COPI-dependent Golgi-to-ER retrograde traffic / microtubule-based movement / regulation of microtubule polymerization / axonal growth cone / axon cytoplasm / presynapse / cell cortex / microtubule binding / microtubule / dendrite / ATP hydrolysis activity / ATP binding / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / : / KIF21A-like domain / KIF21A-like domain / Kinesin-like protein / Kinesin motor domain signature. / Kinesin motor domain, conserved site / Kinesin motor domain / Kinesin motor domain profile. / Kinesin motor, catalytic domain. ATPase. ...: / : / KIF21A-like domain / KIF21A-like domain / Kinesin-like protein / Kinesin motor domain signature. / Kinesin motor domain, conserved site / Kinesin motor domain / Kinesin motor domain profile. / Kinesin motor, catalytic domain. ATPase. / Kinesin motor domain / Kinesin motor domain superfamily / WD domain, G-beta repeat / WD40 repeat, conserved site / Trp-Asp (WD) repeats signature. / Trp-Asp (WD) repeats profile. / Trp-Asp (WD) repeats circular profile. / WD40 repeats / WD40 repeat / WD40-repeat-containing domain superfamily / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
Kinesin-like protein KIF21A
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.495 Å
データ登録者Bianchi, S. / Kraatz, S. / Steinmetz, M.O. / Kammerer, A.R.
資金援助 スイス, 1件
組織認可番号国
スイス
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structure of KIF21A regulatory coiled coil
著者: Bianchi, S. / Kraatz, S. / Steinmetz, M.O. / Kammerer, A.R.
履歴
登録2015年8月6日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02016年9月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年5月8日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Kinesin-like protein KIF21A
B: Kinesin-like protein KIF21A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,1704
ポリマ－18,9852
非ポリマー1842
水1267
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4140 Å2
ΔGint-42 kcal/mol
Surface area12250 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)82.020, 82.020, 70.570
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number152
Space group name H-MP3121

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要素

#1: タンパク質 Kinesin-like protein KIF21A / Kinesin-like protein KIF2 / Renal carcinoma antigen NY-REN-62


分子量: 9492.697 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: KIF21A, KIAA1708, KIF2 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q7Z4S6
#2: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.61 Å3/Da / 溶媒含有率: 65.92 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4 / 詳細: 0.1 M citric acid, 10 % w/v PEG 6000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 2.06641 Å
検出器タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年7月8日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 2.06641 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.495→71.03 Å / Num. obs: 9871 / % possible obs: 99.95 % / 冗長度: 17.7 % / Rmerge(I) obs: 0.1762 / Net I/σ(I): 15.84
反射 シェル解像度: 2.495→2.584 Å / Rmerge(I) obs: 1.785

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIXdev_1965精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.495→71.03 Å / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 21.02 / 立体化学のターゲット値: TWIN_LSQ_F
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2023 921 4.98 %
Rwork0.1753 --
obs0.1785 18494 99.92 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.495→71.03 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1312 0 12 7 1331
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0021322
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.4651752
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.307552
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.03192
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.001236
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.4969-2.62840.33641300.25812521X-RAY DIFFRACTION95
2.6284-2.79280.30221310.24572487X-RAY DIFFRACTION95
2.7928-3.0080.28631340.20352515X-RAY DIFFRACTION95
3.008-3.30980.21831300.19482506X-RAY DIFFRACTION95
3.3098-3.78680.17691300.15112502X-RAY DIFFRACTION95
3.7868-4.76340.15831350.14672483X-RAY DIFFRACTION95
4.7634-22.44830.18711300.17172518X-RAY DIFFRACTION95

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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