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- PDB-5d39: Transcription factor-DNA complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5d39
タイトルTranscription factor-DNA complex
要素
  • DNA (5'-D(P*AP*TP*GP*GP*AP*TP*TP*TP*CP*CP*TP*GP*GP*AP*AP*GP*AP*CP*AP*GP*A)-3')
  • DNA (5'-D(P*TP*CP*TP*GP*TP*CP*TP*TP*CP*CP*AP*GP*GP*AP*AP*AP*TP*CP*CP*AP*T)-3')
  • Signal transducer and activator of transcription 6
キーワードTRANSCRIPTION/DNA / regulation (規制) / DNA binding (デオキシリボ核酸) / innate immune / TRANSCRIPTION-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of mast cell proliferation / mammary gland morphogenesis / cellular response to reactive nitrogen species / negative regulation of type 2 immune response / positive regulation of isotype switching to IgE isotypes / T-helper 1 cell lineage commitment / STAT6-mediated induction of chemokines / isotype switching to IgE isotypes / interleukin-4-mediated signaling pathway / mammary gland epithelial cell proliferation ...regulation of mast cell proliferation / mammary gland morphogenesis / cellular response to reactive nitrogen species / negative regulation of type 2 immune response / positive regulation of isotype switching to IgE isotypes / T-helper 1 cell lineage commitment / STAT6-mediated induction of chemokines / isotype switching to IgE isotypes / interleukin-4-mediated signaling pathway / mammary gland epithelial cell proliferation / cell surface receptor signaling pathway via JAK-STAT / growth hormone receptor signaling pathway via JAK-STAT / Downstream signal transduction / RNA polymerase II transcription regulatory region sequence-specific DNA binding / response to peptide hormone / defense response / transcription coactivator binding / cytokine-mediated signaling pathway / cellular response to hydrogen peroxide / RNA polymerase II transcription regulator complex / positive regulation of cold-induced thermogenesis / regulation of cell population proliferation / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / protein phosphatase binding / Interleukin-4 and Interleukin-13 signaling / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity / クロマチン / regulation of transcription by RNA polymerase II / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / シグナル伝達 / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / 核質 / identical protein binding / 細胞核 / 細胞質基質
類似検索 - 分子機能
STAT6, C-terminal / STAT6, SH2 domain / STAT6 C-terminal / : / Signal transducer and activator of transcription, linker domain / STAT transcription factor, DNA-binding, N-terminal / STAT transcription factor, protein interaction / STAT transcription factor, all-alpha domain / STAT transcription factor, DNA-binding / STAT protein, all-alpha domain ...STAT6, C-terminal / STAT6, SH2 domain / STAT6 C-terminal / : / Signal transducer and activator of transcription, linker domain / STAT transcription factor, DNA-binding, N-terminal / STAT transcription factor, protein interaction / STAT transcription factor, all-alpha domain / STAT transcription factor, DNA-binding / STAT protein, all-alpha domain / STAT protein, DNA binding domain / STAT protein, protein interaction domain / STAT protein, protein interaction domain / STAT transcription factor, N-terminal domain superfamily / Transcription factor STAT / STAT transcription factor, coiled coil / p53-like transcription factor, DNA-binding / SH2ドメイン / Src homology 2 (SH2) domain profile. / Src homology 2 domains / SH2ドメイン / SH2 domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
デオキシリボ核酸 / DNA (> 10) / Signal transducer and activator of transcription 6
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.2 Å
データ登録者Li, J. / Niu, F. / Ouyang, S. / Liu, Z.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2016
タイトル: Structural basis for DNA recognition by STAT6
著者: Li, J. / Rodriguez, J.P. / Niu, F. / Pu, M. / Wang, J. / Hung, L.W. / Shao, Q. / Zhu, Y. / Ding, W. / Liu, Y. / Da, Y. / Yao, Z. / Yang, J. / Zhao, Y. / Wei, G.H. / Cheng, G. / Liu, Z.J. / Ouyang, S.
履歴
登録2015年8月6日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02016年8月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年11月2日Group: Database references
改定 1.22016年11月16日Group: Database references
改定 1.32016年11月30日Group: Database references
改定 1.42017年8月30日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / diffrn_detector / Item: _citation.journal_id_CSD / _diffrn_detector.detector
改定 1.52023年11月8日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.62023年11月15日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Signal transducer and activator of transcription 6
B: Signal transducer and activator of transcription 6
C: Signal transducer and activator of transcription 6
D: Signal transducer and activator of transcription 6
N: DNA (5'-D(P*TP*CP*TP*GP*TP*CP*TP*TP*CP*CP*AP*GP*GP*AP*AP*AP*TP*CP*CP*AP*T)-3')
M: DNA (5'-D(P*AP*TP*GP*GP*AP*TP*TP*TP*CP*CP*TP*GP*GP*AP*AP*GP*AP*CP*AP*GP*A)-3')
E: DNA (5'-D(P*AP*TP*GP*GP*AP*TP*TP*TP*CP*CP*TP*GP*GP*AP*AP*GP*AP*CP*AP*GP*A)-3')
F: DNA (5'-D(P*TP*CP*TP*GP*TP*CP*TP*TP*CP*CP*AP*GP*GP*AP*AP*AP*TP*CP*CP*AP*T)-3')


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)266,9018
ポリマ－266,9018
非ポリマー00
水3,711206
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area13800 Å2
ΔGint-105 kcal/mol
Surface area109370 Å2
2
A: Signal transducer and activator of transcription 6
C: Signal transducer and activator of transcription 6
N: DNA (5'-D(P*TP*CP*TP*GP*TP*CP*TP*TP*CP*CP*AP*GP*GP*AP*AP*AP*TP*CP*CP*AP*T)-3')
M: DNA (5'-D(P*AP*TP*GP*GP*AP*TP*TP*TP*CP*CP*TP*GP*GP*AP*AP*GP*AP*CP*AP*GP*A)-3')


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)133,4504
ポリマ－133,4504
非ポリマー00
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6410 Å2
ΔGint-53 kcal/mol
Surface area54770 Å2
手法PISA
3
B: Signal transducer and activator of transcription 6
D: Signal transducer and activator of transcription 6
E: DNA (5'-D(P*AP*TP*GP*GP*AP*TP*TP*TP*CP*CP*TP*GP*GP*AP*AP*GP*AP*CP*AP*GP*A)-3')
F: DNA (5'-D(P*TP*CP*TP*GP*TP*CP*TP*TP*CP*CP*AP*GP*GP*AP*AP*AP*TP*CP*CP*AP*T)-3')


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)133,4504
ポリマ－133,4504
非ポリマー00
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6290 Å2
ΔGint-52 kcal/mol
Surface area55700 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)68.395, 94.697, 145.642
Angle α, β, γ (deg.)79.62, 78.31, 89.58
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

#1: タンパク質
Signal transducer and activator of transcription 6 / IL-4 Stat


分子量: 60283.043 Da / 分子数: 4 / 断片: UNP residues 123-658 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: STAT6 / プラスミド: pMCSG7 / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: P42226
#2: DNA鎖 DNA (5'-D(P*TP*CP*TP*GP*TP*CP*TP*TP*CP*CP*AP*GP*GP*AP*AP*AP*TP*CP*CP*AP*T)-3')


分子量: 6373.134 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト)
#3: DNA鎖 DNA (5'-D(P*AP*TP*GP*GP*AP*TP*TP*TP*CP*CP*TP*GP*GP*AP*AP*GP*AP*CP*AP*GP*A)-3')


分子量: 6511.235 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト)
#4: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 206 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.69 Å3/Da / 溶媒含有率: 66.7 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 0.1 M citrate (pH 5.6), 0.1 M NaCl, 20% isopropyl alcohol and 8% PEG4000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-D / 波長: 0.98 Å
検出器タイプ: MAR scanner 300 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2015年6月22日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.2→44.12 Å / Num. obs: 57110 / % possible obs: 99 % / 冗長度: 3.4 % / Rmerge(I) obs: 0.082 / Rsym value: 0.082 / Net I/σ(I): 16.7
反射 シェル解像度: 3.2→3.26 Å / 冗長度: 3.1 % / Rmerge(I) obs: 0.695 / Rsym value: 0.695 / % possible all: 98.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1692精密化
Cootモデル構築
HKL-2000data processing
REFMAC精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4Y5U

4y5u


解像度: 3.2→44.12 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.96 / 位相誤差: 27.77 / 立体化学のターゲット値: TWIN_LSQ_F
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2361 3118 2.76 %
Rwork0.2103 --
obs0.2111 57110 97.11 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.2→44.12 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数15469 1722 0 206 17397
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00617677
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.32124207
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d21.3526821
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0542726
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0072814
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.2004-3.25560.37021460.33475592X-RAY DIFFRACTION94
3.2556-3.31480.3251450.30945358X-RAY DIFFRACTION94
3.3148-3.37850.29551490.3045493X-RAY DIFFRACTION94
3.3785-3.44750.3031600.28465499X-RAY DIFFRACTION94
3.4475-3.52240.27981280.27585427X-RAY DIFFRACTION94
3.5224-3.60430.31381480.26415498X-RAY DIFFRACTION94
3.6043-3.69440.28111550.26375402X-RAY DIFFRACTION94
3.6944-3.79420.25851580.245631X-RAY DIFFRACTION95
3.7942-3.90580.2931380.23925415X-RAY DIFFRACTION95
3.9058-4.03180.27761580.23065520X-RAY DIFFRACTION94
4.0318-4.17580.25281400.20725474X-RAY DIFFRACTION95
4.1758-4.34280.20281630.20455526X-RAY DIFFRACTION95
4.3428-4.54030.23071470.1935570X-RAY DIFFRACTION96
4.5403-4.77940.17731490.18085461X-RAY DIFFRACTION96
4.7794-5.07840.2381530.19165582X-RAY DIFFRACTION95
5.0784-5.46990.22741530.21535474X-RAY DIFFRACTION95
5.4699-6.01910.2341400.21035518X-RAY DIFFRACTION95
6.0191-6.88730.25771510.22395554X-RAY DIFFRACTION95
6.8873-8.66640.17921490.17825457X-RAY DIFFRACTION94
8.6664-44.12470.20671410.15765347X-RAY DIFFRACTION92

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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