PDB-5d38: Directed evolutionary changes in Kemp Eliminase KE07 - Crystal 17...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5d38

タイトル

Directed evolutionary changes in Kemp Eliminase KE07 - Crystal 17 round 7-2

要素

De novo kemp eliminase KE07 round 7-2

キーワード

DE NOVO PROTEIN / LYASE / Kemp Eliminase / Directed Evolution / KE07

機能・相同性

Aldolase class I / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta

機能・相同性情報

生物種

synthetic construct (人工物)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.427 Å

データ登録者

Jackson, C.J. / Hong, N.-S. / Carr, P.D.

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Directed evolutionary changes in Kemp Eliminase KE07 - Crystal 17 round 7-2
著者: Hong, N.-S. / Jackson, C.J. / Carr, P.D.

履歴

登録	2015年8月6日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2016年9月7日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年9月27日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / diffrn_source / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_oper_list Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5d38.cif.gz	132.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5d38.ent.gz	101.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5d38.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5d38_validation.pdf.gz	440.6 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5d38_full_validation.pdf.gz	444.9 KB	表示
XML形式データ	5d38_validation.xml.gz	28.3 KB	表示
CIF形式データ	5d38_validation.cif.gz	44.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/d3/5d38 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/d3/5d38	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3iivS 4z08 5d2p PDB 未公開エントリ 5d2t 5d2v 5d2w 5d2x 5d2y 5d2z PDB 未公開エントリ 5d30 5d31 PDB 未公開エントリ 5d32 5d33 5d34 PDB 未公開エントリ 5d35 PDB 未公開エントリ 5d36 PDB 未公開エントリ 5d37 S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	6c8b-d 3tgv-d 1r3q-1 3fjp-d 7ajk-d 3oom-1 1r3w-1 2eay-d 1r3s-1 2qty-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#70 - 2005年10月人工設計タンパク質 (Designer Proteins) 類似性 (1)

登録構造単位

A: De novo kemp eliminase KE07 round 7-2

B: De novo kemp eliminase KE07 round 7-2

58.5 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	38.996, 81.290, 168.667
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	De novo kemp eliminase KE07 round 7-2 分子量: 29240.377 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) synthetic construct (人工物) / プラスミド: pET29b (+) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) 参照: 付加脱離酵素（リアーゼ）; C-Cリアーゼ; オキソ酸の付加脱離
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 742 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.29 Å³/Da / 溶媒含有率: 46.32 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: 21% (W/V) PEG 3350, 0.1M BIS-TRIS PROPANE, PH 8.5, 0.2M NAF

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX1 / 波長: 0.9537 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 210r / 検出器: CCD / 日付: 2014年3月18日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9537 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.427→23.41 Å / Num. obs: 100612 / % possible obs: 99.76 % / 冗長度: 6.8 % / R_merge(I) obs: 0.11 / Net I/σ(I): 11.22

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.9_1692	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3IIV

3iiv

解像度: 1.427→23.406 Å / SU ML: 0.14 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0.16 / 位相誤差: 20.15 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2261	5020	4.99 %
R_work	0.1938	-	-
obs	0.1955	100608	99.76 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.427→23.406 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4100	0	0	742	4842

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.006	4238
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.088	5726
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.043	1564
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.068	647
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.008	744

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.4266-1.4428	0.2388	148	0.2087	3042	X-RAY DIFFRACTION	96
1.4428-1.4598	0.237	156	0.2106	3115	X-RAY DIFFRACTION	100
1.4598-1.4776	0.252	146	0.208	3191	X-RAY DIFFRACTION	100
1.4776-1.4963	0.2355	156	0.2041	3184	X-RAY DIFFRACTION	100
1.4963-1.516	0.2059	166	0.192	3121	X-RAY DIFFRACTION	100
1.516-1.5367	0.227	186	0.1994	3128	X-RAY DIFFRACTION	100
1.5367-1.5587	0.2163	153	0.1993	3202	X-RAY DIFFRACTION	100
1.5587-1.5819	0.2458	176	0.1942	3133	X-RAY DIFFRACTION	100
1.5819-1.6067	0.2341	163	0.1922	3153	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6067-1.633	0.22	171	0.1914	3169	X-RAY DIFFRACTION	100
1.633-1.6611	0.2238	158	0.1975	3153	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6611-1.6913	0.2179	172	0.1954	3180	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6913-1.7239	0.1959	172	0.1959	3143	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7239-1.759	0.2191	160	0.1996	3184	X-RAY DIFFRACTION	100
1.759-1.7973	0.2438	150	0.2014	3162	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7973-1.8391	0.2391	187	0.2032	3189	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8391-1.885	0.2235	157	0.209	3168	X-RAY DIFFRACTION	100
1.885-1.936	0.2585	178	0.2158	3180	X-RAY DIFFRACTION	100
1.936-1.9929	0.2451	170	0.2121	3162	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9929-2.0572	0.2512	145	0.2144	3238	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0572-2.1307	0.2466	170	0.197	3162	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1307-2.2159	0.202	171	0.2036	3181	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2159-2.3167	0.2407	170	0.2005	3221	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3167-2.4387	0.2483	165	0.2081	3225	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4387-2.5913	0.223	183	0.2043	3186	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5913-2.7911	0.2234	179	0.1982	3228	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7911-3.0715	0.2517	169	0.2	3207	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0715-3.5146	0.2296	165	0.1795	3287	X-RAY DIFFRACTION	100
3.5146-4.4232	0.1977	188	0.1594	3277	X-RAY DIFFRACTION	100
4.4232-23.4092	0.2033	190	0.1781	3417	X-RAY DIFFRACTION	99

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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