PDB-5d33: Directed evolutionary changes in Kemp Eliminase KE07 - Crystal 12...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5d33

タイトル

Directed evolutionary changes in Kemp Eliminase KE07 - Crystal 12 round 7

要素

de novo kemp eliminase KE07 round 7

キーワード

DE NOVO PROTEIN / LYASE / Kemp Eliminase / Directed Evolution / KE07

機能・相同性

Aldolase class I / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta

機能・相同性情報

生物種

synthetic construct (人工物)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.59 Å

データ登録者

Jackson, C.J. / Hong, N.-S. / Carr, P.D.

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Directed evolutionary changes in Kemp Eliminase KE07 - Crystal 12 round 7
著者: Hong, N.-S. / Jackson, C.J. / Carr, P.D.

履歴

登録	2015年8月6日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2016年9月7日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年9月27日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / diffrn_source / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_oper_list Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5d33.cif.gz	121.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5d33.ent.gz	94.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5d33.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5d33_validation.pdf.gz	433.7 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5d33_full_validation.pdf.gz	438 KB	表示
XML形式データ	5d33_validation.xml.gz	24 KB	表示
CIF形式データ	5d33_validation.cif.gz	35.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/d3/5d33 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/d3/5d33	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3iivS 4z08 5d2p PDB 未公開エントリ 5d2t 5d2v 5d2w 5d2x 5d2y 5d2z PDB 未公開エントリ 5d30 5d31 PDB 未公開エントリ 5d32 5d34 PDB 未公開エントリ 5d35 PDB 未公開エントリ 5d36 PDB 未公開エントリ 5d37 5d38 S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	6cai-d 4z7l-1 4kpn-4 5d37-d 7d2p-d 6n5v-d 1mkx-d 2fp9-d 5d32-d 1de7-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#70 - 2005年10月人工設計タンパク質 (Designer Proteins) 類似性 (1)

登録構造単位

A: de novo kemp eliminase KE07 round 7

B: de novo kemp eliminase KE07 round 7

58 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	38.984, 82.722, 176.972
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	de novo kemp eliminase KE07 round 7 分子量: 28980.986 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) synthetic construct (人工物) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 428 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.46 Å³/Da / 溶媒含有率: 50.03 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 11% (W/V) PEG 3350, 0.1M BIS-TRIS PROPANE, PH 8.5, 0.2M NAF

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX1 / 波長: 0.9537 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 210r / 検出器: CCD / 日付: 2014年3月18日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9537 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.59→44.24 Å / Num. obs: 76765 / % possible obs: 98.22 % / 冗長度: 7.2 % / R_merge(I) obs: 0.1134 / Net I/σ(I): 13.54

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.9_1692	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3IIV

3iiv

解像度: 1.59→38.071 Å / SU ML: 0.19 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0 / 位相誤差: 21.48 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2288	3853	5.02 %
R_work	0.1991	-	-
obs	0.2006	76760	98.22 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.59→38.071 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3997	0	0	428	4425

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	4164
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.034	5633
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.86	1547
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.042	642
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	729

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.59-1.6094	0.2517	140	0.2229	2542	X-RAY DIFFRACTION	97
1.6094-1.6298	0.2322	150	0.2142	2554	X-RAY DIFFRACTION	97
1.6298-1.6512	0.2433	111	0.208	2514	X-RAY DIFFRACTION	97
1.6512-1.6738	0.2574	132	0.2042	2528	X-RAY DIFFRACTION	97
1.6738-1.6978	0.255	132	0.2056	2611	X-RAY DIFFRACTION	97
1.6978-1.7231	0.244	130	0.1984	2505	X-RAY DIFFRACTION	97
1.7231-1.75	0.2342	127	0.2045	2558	X-RAY DIFFRACTION	98
1.75-1.7787	0.2152	130	0.2156	2596	X-RAY DIFFRACTION	98
1.7787-1.8094	0.272	123	0.2242	2541	X-RAY DIFFRACTION	98
1.8094-1.8423	0.2682	142	0.2204	2561	X-RAY DIFFRACTION	98
1.8423-1.8777	0.2577	137	0.2215	2575	X-RAY DIFFRACTION	98
1.8777-1.916	0.2711	126	0.2232	2565	X-RAY DIFFRACTION	98
1.916-1.9577	0.253	134	0.2378	2613	X-RAY DIFFRACTION	98
1.9577-2.0032	0.2904	143	0.2341	2542	X-RAY DIFFRACTION	98
2.0032-2.0533	0.2518	127	0.225	2640	X-RAY DIFFRACTION	98
2.0533-2.1089	0.2702	131	0.2219	2553	X-RAY DIFFRACTION	98
2.1089-2.1709	0.2464	160	0.2215	2627	X-RAY DIFFRACTION	99
2.1709-2.241	0.2184	133	0.2206	2566	X-RAY DIFFRACTION	99
2.241-2.321	0.2422	149	0.2122	2611	X-RAY DIFFRACTION	99
2.321-2.414	0.2368	149	0.2184	2614	X-RAY DIFFRACTION	99
2.414-2.5238	0.2717	134	0.2161	2618	X-RAY DIFFRACTION	98
2.5238-2.6568	0.2617	150	0.2138	2625	X-RAY DIFFRACTION	99
2.6568-2.8232	0.243	144	0.2168	2648	X-RAY DIFFRACTION	99
2.8232-3.0411	0.2557	133	0.2069	2657	X-RAY DIFFRACTION	99
3.0411-3.347	0.2274	142	0.1891	2662	X-RAY DIFFRACTION	99
3.347-3.831	0.1989	163	0.1701	2688	X-RAY DIFFRACTION	99
3.831-4.8251	0.1663	131	0.1494	2729	X-RAY DIFFRACTION	99
4.8251-38.0821	0.1794	150	0.1758	2864	X-RAY DIFFRACTION	99

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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