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- PDB-5d2n: Crystal structure of C25-NLV-HLA-A2 complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5d2n
タイトルCrystal structure of C25-NLV-HLA-A2 complex
要素
  • ASN-LEU-VAL-PRO-MET-VAL-ALA-THR-VAL
  • Beta-2-microglobulin
  • C25 alpha
  • C25 beta
  • HLA class I histocompatibility antigen, A-2 alpha chain
キーワードIMMUNE SYSTEM / TCR / NLV / HLA-A2
機能・相同性
機能・相同性情報


viral tegument / T cell mediated cytotoxicity directed against tumor cell target / positive regulation of memory T cell activation / TAP complex binding / positive regulation of CD8-positive, alpha-beta T cell activation / CD8-positive, alpha-beta T cell activation / Golgi medial cisterna / positive regulation of CD8-positive, alpha-beta T cell proliferation / CD8 receptor binding / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class I ...viral tegument / T cell mediated cytotoxicity directed against tumor cell target / positive regulation of memory T cell activation / TAP complex binding / positive regulation of CD8-positive, alpha-beta T cell activation / CD8-positive, alpha-beta T cell activation / Golgi medial cisterna / positive regulation of CD8-positive, alpha-beta T cell proliferation / CD8 receptor binding / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class I / endoplasmic reticulum exit site / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I via ER pathway, TAP-dependent / TAP binding / protection from natural killer cell mediated cytotoxicity / beta-2-microglobulin binding / T cell receptor binding / detection of bacterium / positive regulation of ferrous iron binding / positive regulation of transferrin receptor binding / positive regulation of receptor binding / early endosome lumen / Nef mediated downregulation of MHC class I complex cell surface expression / DAP12 interactions / negative regulation of receptor binding / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I via ER pathway, TAP-independent / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class Ib / lumenal side of endoplasmic reticulum membrane / cellular response to iron ion / Endosomal/Vacuolar pathway / Antigen Presentation: Folding, assembly and peptide loading of class I MHC / cellular response to iron(III) ion / antigen processing and presentation of exogenous protein antigen via MHC class Ib, TAP-dependent / negative regulation of forebrain neuron differentiation / regulation of erythrocyte differentiation / ER to Golgi transport vesicle membrane / peptide antigen assembly with MHC class I protein complex / regulation of iron ion transport / response to molecule of bacterial origin / MHC class I peptide loading complex / HFE-transferrin receptor complex / T cell mediated cytotoxicity / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I / positive regulation of T cell cytokine production / MHC class I protein complex / multicellular organismal-level iron ion homeostasis / negative regulation of neurogenesis / peptide antigen assembly with MHC class II protein complex / positive regulation of receptor-mediated endocytosis / MHC class II protein complex / cellular response to nicotine / positive regulation of T cell mediated cytotoxicity / specific granule lumen / recycling endosome membrane / phagocytic vesicle membrane / peptide antigen binding / positive regulation of cellular senescence / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class II / negative regulation of epithelial cell proliferation / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / Interferon gamma signaling / positive regulation of immune response / Modulation by Mtb of host immune system / Interferon alpha/beta signaling / positive regulation of type II interferon production / sensory perception of smell / positive regulation of T cell activation / positive regulation of protein binding / tertiary granule lumen / E3 ubiquitin ligases ubiquitinate target proteins / DAP12 signaling / negative regulation of neuron projection development / MHC class II protein complex binding / late endosome membrane / T cell receptor signaling pathway / iron ion transport / ER-Phagosome pathway / early endosome membrane / antibacterial humoral response / T cell differentiation in thymus / protein refolding / protein homotetramerization / intracellular iron ion homeostasis / amyloid fibril formation / host cell cytoplasm / structural constituent of virion / learning or memory / defense response to Gram-positive bacterium / immune response / Amyloid fiber formation / endoplasmic reticulum lumen / lysosomal membrane / external side of plasma membrane / Golgi membrane / innate immune response / focal adhesion / signaling receptor binding / host cell nucleus / Neutrophil degranulation / endoplasmic reticulum membrane / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses
類似検索 - 分子機能
Herpesvirus UL82/UL83 / Betaherpesvirus UL82/83 protein N terminus / dUTPase-like superfamily / MHC class I, alpha chain, C-terminal / MHC_I C-terminus / MHC class I-like antigen recognition-like / Murine Class I Major Histocompatibility Complex, H2-DB; Chain A, domain 1 / MHC class I alpha chain, alpha1 alpha2 domains / Class I Histocompatibility antigen, domains alpha 1 and 2 / Beta-2-Microglobulin ...Herpesvirus UL82/UL83 / Betaherpesvirus UL82/83 protein N terminus / dUTPase-like superfamily / MHC class I, alpha chain, C-terminal / MHC_I C-terminus / MHC class I-like antigen recognition-like / Murine Class I Major Histocompatibility Complex, H2-DB; Chain A, domain 1 / MHC class I alpha chain, alpha1 alpha2 domains / Class I Histocompatibility antigen, domains alpha 1 and 2 / Beta-2-Microglobulin / MHC class I-like antigen recognition-like / MHC class I-like antigen recognition-like superfamily / MHC classes I/II-like antigen recognition protein / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulin-like / Sandwich / 2-Layer Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
IMIDAZOLE / HLA class I histocompatibility antigen, A alpha chain / HLA class I histocompatibility antigen, A alpha chain / 65 kDa phosphoprotein / Beta-2-microglobulin
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Cytomegalovirus (ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.099 Å
データ登録者Mariuzza, R.A. / Yang, X.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)AI036900 米国
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2015
タイトル: Structural Basis for Clonal Diversity of the Public T Cell Response to a Dominant Human Cytomegalovirus Epitope.
著者: Yang, X. / Gao, M. / Chen, G. / Pierce, B.G. / Lu, J. / Weng, N.P. / Mariuzza, R.A.
履歴
登録2015年8月5日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年10月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年9月27日Group: Author supporting evidence / Database references / Derived calculations
カテゴリ: citation / pdbx_audit_support / pdbx_struct_oper_list
Item: _citation.journal_id_CSD / _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.22019年5月8日Group: Data collection / Derived calculations
カテゴリ: pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_assembly_prop
Item: _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_assembly_prop.value
改定 1.32019年11月13日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.42019年12月11日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.52023年9月27日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
C: C25 alpha
F: C25 beta
H: HLA class I histocompatibility antigen, A-2 alpha chain
L: Beta-2-microglobulin
D: C25 alpha
E: C25 beta
A: HLA class I histocompatibility antigen, A-2 alpha chain
B: Beta-2-microglobulin
G: ASN-LEU-VAL-PRO-MET-VAL-ALA-THR-VAL
I: ASN-LEU-VAL-PRO-MET-VAL-ALA-THR-VAL
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)190,86313
ポリマ－190,65610
非ポリマー2073
水13,799766
1
C: C25 alpha
F: C25 beta
H: HLA class I histocompatibility antigen, A-2 alpha chain
L: Beta-2-microglobulin
G: ASN-LEU-VAL-PRO-MET-VAL-ALA-THR-VAL
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)95,3976
ポリマ－95,3285
非ポリマー691
水905
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area10700 Å2
ΔGint-50 kcal/mol
Surface area38140 Å2
手法PISA
2
D: C25 alpha
E: C25 beta
A: HLA class I histocompatibility antigen, A-2 alpha chain
B: Beta-2-microglobulin
I: ASN-LEU-VAL-PRO-MET-VAL-ALA-THR-VAL
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)95,4667
ポリマ－95,3285
非ポリマー1382
水905
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area10560 Å2
ΔGint-49 kcal/mol
Surface area38140 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)84.307, 124.874, 193.843
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

-
タンパク質 , 3種, 6分子 FEHALB

#2: タンパク質 C25 beta


分子量: 27790.836 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: pET26 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
#3: タンパク質 HLA class I histocompatibility antigen, A-2 alpha chain / MHC class I antigen A*2


分子量: 31985.398 Da / 分子数: 2 / Fragment: UNP residues 25-299 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: HLA-A, HLAA / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P01892, UniProt: P04439*PLUS
#4: タンパク質 Beta-2-microglobulin


分子量: 11879.356 Da / 分子数: 2 / Fragment: UNP residues 21-119 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: B2M, CDABP0092, HDCMA22P / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P61769

-
抗体 / タンパク質・ペプチド , 2種, 4分子 CDGI

#1: 抗体 C25 alpha


分子量: 22729.090 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: pET26 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
#5: タンパク質・ペプチド ASN-LEU-VAL-PRO-MET-VAL-ALA-THR-VAL


分子量: 943.161 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Cytomegalovirus (ウイルス) / 参照: UniProt: P18139*PLUS

-
非ポリマー , 2種, 769分子

#6: 化合物 ChemComp-IMD / IMIDAZOLE / 1H-イミダゾ-ル-3-カチオン


分子量: 69.085 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H5N2
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 766 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.71 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.6 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 / 詳細: PEG3000, Imidazole, Calcium Acetate

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX300HS / 検出器: CCD / 日付: 2015年2月19日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
Reflection冗長度: 7 % / 数: 837368 / Rmerge(I) obs: 0.106 / Χ2: 1 / D res high: 2.1 Å / D res low: 50 Å / Num. obs: 119186 / % possible obs: 99.3
Diffraction reflection shell
最高解像度 (Å)最低解像度 (Å)IDRmerge(I) obsChi squaredRedundancy
5.75010.0380.8887.2
4.525.710.0581.4227.4
3.954.5210.0772.2087.2
3.593.9510.0841.8447.3
3.333.5910.0851.3067.3
3.143.3310.0961.0147.2
2.983.1410.1180.9237.2
2.852.9810.1510.8727.2
2.742.8510.1940.8277.1
2.652.7410.2360.8147
2.562.6510.2960.7877
2.492.5610.350.7777
2.422.4910.420.7726.9
2.372.4210.4990.7556.9
2.312.3710.5660.7596.9
2.262.3110.6370.7516.9
2.222.2610.7160.7396.8
2.182.2210.8280.7426.8
2.142.1810.9610.7336.7
2.12.1410.7256.4
反射解像度: 2.099→50 Å / Num. obs: 119186 / % possible obs: 99.3 % / 冗長度: 7 % / Biso Wilson estimate: 37.02 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.106 / Rpim(I) all: 0.044 / Rrim(I) all: 0.111 / Χ2: 0.997 / Net I/av σ(I): 19.156 / Net I/σ(I): 5.7 / Num. measured all: 837368
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)冗長度 (%)Num. unique allCC1/2Rpim(I) allΧ2% possible allRmerge(I) obsRrim(I) all
2.1-2.146.458100.5670.4660.72598.6
2.14-2.186.758610.6740.3930.73398.90.961
2.18-2.226.858720.7260.3380.74298.70.8280.895
2.22-2.266.858280.7960.2910.73998.50.7160.774
2.26-2.316.958690.8240.2590.75198.50.6370.689
2.31-2.376.958440.8610.2290.75998.60.5660.612
2.37-2.426.958990.8920.2020.75598.70.4990.539
2.42-2.496.958490.920.1690.77298.60.420.453
2.49-2.56759100.940.1410.777990.350.377
2.56-2.65759240.9550.1190.78799.30.2960.319
2.65-2.74759390.9730.0950.81499.50.2360.254
2.74-2.857.159610.980.0780.82799.70.1940.209
2.85-2.987.259590.9880.060.87299.80.1510.162
2.98-3.147.260090.9920.0470.9231000.1180.127
3.14-3.337.259650.9950.0381.0141000.0960.104
3.33-3.597.360410.9950.0341.3061000.0850.091
3.59-3.957.360420.9950.0331.8441000.0840.091
3.95-4.527.260730.9960.0312.2081000.0770.083
4.52-5.77.461540.9970.0231.4221000.0580.063
5.7-507.263770.9990.0150.88899.80.0380.041

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1692精密化
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER2.5.6位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1MI5,3GSO

1mi5

3gso


解像度: 2.099→40.697 Å / SU ML: 0.26 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 25.8 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2527 2000 1.68 %
Rwork0.2038 117088 -
obs0.2046 119088 99.16 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 91.2 Å2 / Biso mean: 41.3493 Å2 / Biso min: 21.33 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.099→40.697 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数13271 0 15 766 14052
Biso mean--49.94 42.96 -
残基数----1651
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.01413646
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.26418510
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0611947
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0052440
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.3894982
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 14

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.0986-2.1510.28161380.2658036817496
2.151-2.20920.30981400.25778234837499
2.2092-2.27420.28791410.25088240838198
2.2742-2.34760.30241400.24598224836499
2.3476-2.43150.27491410.24128264840599
2.4315-2.52880.32351410.24418236837799
2.5288-2.64390.30691420.24198338848099
2.6439-2.78330.30361420.239883308472100
2.7833-2.95760.25481440.232684118555100
2.9576-3.18590.29951430.224784068549100
3.1859-3.50630.25651450.20984748619100
3.5063-4.01330.23661450.185884848629100
4.0133-5.05490.19611470.155985618708100
5.0549-40.70460.21791510.173888509001100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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