[日本語] English
万見
- PDB-5d1i: Structure of Cyclic nucleotide-binding-like protein from Brucella... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5d1i
タイトルStructure of Cyclic nucleotide-binding-like protein from Brucella abortus bv. 1 str. 9-941
要素Cyclic nucleotide-binding protein
キーワードUNKNOWN FUNCTION / beta barrel
機能・相同性
機能・相同性情報


DNA-binding transcription factor activity / cytosol
類似検索 - 分子機能
: / Cyclic nucleotide-monophosphate binding domain / Cyclic nucleotide-binding domain / cAMP/cGMP binding motif profile. / Cyclic nucleotide-binding domain / Cyclic nucleotide-binding domain superfamily / Jelly Rolls / RmlC-like jelly roll fold / Jelly Rolls / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Cyclic nucleotide-binding protein
類似検索 - 構成要素
生物種Brucella abortus biovar 1 (ウシ流産菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2 Å
データ登録者He, Z. / Dong, J. / Li, X. / Gao, Y.
引用ジャーナル: Biochem.Biophys.Res.Commun. / 年: 2015
タイトル: Crystal structure of cyclic nucleotide-binding-like protein from Brucella abortus
著者: He, Z. / Gao, Y. / Dong, J. / Ke, Y. / Li, X. / Chen, Z. / Zhang, X.C.
履歴
登録2015年8月4日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02015年9月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年1月13日Group: Database references
改定 1.22024年10月16日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_struct_oper_list
Item: _citation.journal_id_CSD / _database_2.pdbx_DOI ..._citation.journal_id_CSD / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Cyclic nucleotide-binding protein
B: Cyclic nucleotide-binding protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,9102
ポリマ－28,9102
非ポリマー00
水3,081171
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1920 Å2
ΔGint-9 kcal/mol
Surface area11370 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)56.096, 82.911, 103.918
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number23
Space group name H-MI222
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-291-

HOH

21B-256-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 Cyclic nucleotide-binding protein


分子量: 14455.212 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 1-123 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Brucella abortus biovar 1 (ウシ流産菌)
株: 9-941 / 遺伝子: BruAb1_1980 / プラスミド: pGEX-6P-1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q57AQ0
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 171 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.09 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.14 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.4
詳細: Potassium sodium tartrate tetrahydrate,olyethylene glycol 3350, KCl

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 0.9762 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2015年3月27日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: double crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9762 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→50 Å / Num. obs: 16773 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 20 % / Biso Wilson estimate: 20.38 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.085 / Rpim(I) all: 0.016 / Rrim(I) all: 0.087 / Χ2: 1.091 / Net I/av σ(I): 45.157 / Net I/σ(I): 11.9 / Num. measured all: 478013
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
2-2.07150.38116370.9920.0720.3881.126100
2.07-2.1529.20.29916460.9950.0560.3041.091100
2.15-2.2529.20.24716460.9950.0460.2521.084100
2.25-2.3729.10.19316630.9970.0360.1961.046100
2.37-2.5229.20.15916540.9980.030.1621.03100
2.52-2.71290.13216640.9980.0250.1351.071100
2.71-2.9928.70.10616840.9990.020.1081.055100
2.99-3.4227.90.08516760.9990.0170.0871.059100
3.42-4.31270.06817190.9990.0130.071.123100
4.31-5026.70.05417840.9980.0110.0551.23399.9

-
位相決定

位相決定手法: 単波長異常分散
Phasing MADD res high: -0 Å / D res low: 0 Å / FOM : 0 / 反射: 0
Phasing dmFOM : 0.72 / FOM acentric: 0.72 / FOM centric: 0.73 / 反射: 16673 / Reflection acentric: 14856 / Reflection centric: 1817
Phasing dm shell
解像度 (Å)FOM FOM acentricFOM centric反射Reflection acentricReflection centric
5.7-500.930.950.9789569220
3.6-5.70.950.960.9122951938357
2.8-3.60.890.890.8428442511333
2.5-2.80.760.770.6828132536277
2.1-2.50.620.620.5849894569420
2-2.10.440.450.4229432733210

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DENZOデータ収集
HKL-2000データスケーリング
PHASES位相決定
RESOLVE2.15モデル構築
PHENIXdev_1819精密化
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2→24.682 Å / SU ML: 0.23 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0.93 / 位相誤差: 23.23 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2332 833 5 %Random selection
Rwork0.1853 15832 --
obs0.1877 16665 98.82 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 91.9 Å2 / Biso mean: 28.1482 Å2 / Biso min: 7.66 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2→24.682 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1798 0 0 171 1969
Biso mean---36.06 -
残基数----233
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0041818
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.7282456
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.025296
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004320
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.619678
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.9953-2.12030.29241310.21632496X-RAY DIFFRACTION95
2.1203-2.28390.27221370.21012593X-RAY DIFFRACTION99
2.2839-2.51350.26121380.21482628X-RAY DIFFRACTION99
2.5135-2.87670.24461400.20912657X-RAY DIFFRACTION100
2.8767-3.62260.24331410.18032676X-RAY DIFFRACTION100
3.6226-100.1821460.15312782X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 13.5412 Å / Origin y: 42.524 Å / Origin z: 26.3433 Å
111213212223313233
T0.1054 Å20.003 Å20.0213 Å2-0.0598 Å2-0.0103 Å2--0.1435 Å2
L2.4095 °20.382 °20.3612 °2-2.4567 °20.1667 °2--1.3259 °2
S-0.0043 Å °0.0446 Å °-0.0574 Å °-0.2268 Å °-0.0448 Å °-0.2214 Å °-0.0313 Å °-0.0526 Å °0.0386 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1allA2 - 118
2X-RAY DIFFRACTION1allB4 - 119
3X-RAY DIFFRACTION1allA201 - 298
4X-RAY DIFFRACTION1allB201 - 273

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る