PDB-5d16: Structure of the C-terminal domain of TnsE double mutant - A453V/D523N

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5d16

タイトル

Structure of the C-terminal domain of TnsE double mutant - A453V/D523N

要素

Transposon Tn7 transposition protein TnsE

キーワード

DNA BINDING PROTEIN / transposition / Tn7 / conformational toggle

機能・相同性

Transposition, TnsE / TnsE, C-terminal / TnsE C-terminal domain / transposition / DNA recombination / DNA binding / Transposon Tn7 transposition protein TnsE

機能・相同性情報

生物種

Escherichia coli (大腸菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.76 Å

データ登録者

Guarne, A. / Caron, J.J.

資金援助

カナダ, 1件

引用

ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2015
タイトル: Conformational toggling controls target site choice for the heteromeric transposase element Tn7.
著者: Shi, Q. / Straus, M.R. / Caron, J.J. / Wang, H. / Chung, Y.S. / Guarne, A. / Peters, J.E.

履歴

登録	2015年8月3日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2015年9月30日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2015年12月23日	Group: Database references
改定 1.2	2020年1月8日	Group: Author supporting evidence / Database references / Derived calculations カテゴリ: citation / pdbx_audit_support / pdbx_struct_oper_list Item: _citation.journal_id_CSD / _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.3	2023年9月27日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5d16.cif.gz	144.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5d16.ent.gz	111.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5d16.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5d16_validation.pdf.gz	449.8 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5d16_full_validation.pdf.gz	452.1 KB	表示
XML形式データ	5d16_validation.xml.gz	15.7 KB	表示
CIF形式データ	5d16_validation.cif.gz	22.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/d1/5d16 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/d1/5d16	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5d17SC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5d17-3 5d17-5 3wzs-d 5d17-1 2fjy-2 6dof-d 5d17-9 3rof-d 6dpg-d 5teb-5 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Transposon Tn7 transposition protein TnsE

B: Transposon Tn7 transposition protein TnsE

ヘテロ分子

46.3 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Transposon Tn7 transposition protein TnsE

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
23.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Transposon Tn7 transposition protein TnsE

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
23.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	47.030, 71.250, 50.430
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 97.28, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Transposon Tn7 transposition protein TnsE / Protein D 分子量: 23118.994 Da / 分子数: 2 / 断片: C-terminal domain (UNP residues 342-538) / 変異: A453V, D523N / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: tnsE / プラスミド: pET22b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 Star (DE3) / 参照: UniProt: P05845
#2: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 202 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.81 Å³/Da / 溶媒含有率: 33 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5 / 詳細: PEG 3350, Bis-Tris / PH範囲: 5.5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: CLSI / ビームライン: 08B1-1 / 波長: 0.979 Å
検出器	タイプ: RAYONIX MX300HE / 検出器: CCD / 日付: 2015年6月6日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.76→32.49 Å / Num. all: 32735 / Num. obs: 32735 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 3.8 % / R_merge(I) obs: 0.03 / Net I/σ(I): 21
反射シェル	解像度: 1.76→1.82 Å / 冗長度: 3.8 % / R_merge(I) obs: 0.973 / Mean I/σ(I) obs: 1.4 / % possible all: 99.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.9_1692	精密化
XDS		データ削減
SCALA		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5D17

5d17

解像度: 1.76→29.301 Å / SU ML: 0.22 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 27.85 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.22	1637	5.01 %	Random selection
R_work	0.1977	-	-	-
obs	0.1988	32706	99.71 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.76→29.301 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2426	0	6	202	2634

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.004	2495
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.757	3381
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.023	893
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.029	384
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.003	438

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.76-1.8118	0.3469	137	0.3695	2593	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8118-1.8703	0.3581	135	0.3354	2577	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8703-1.9371	0.2913	137	0.2826	2579	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9371-2.0146	0.2929	135	0.2487	2558	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0146-2.1063	0.2697	135	0.2342	2566	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1063-2.2173	0.2316	136	0.2254	2585	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2173-2.3562	0.2703	137	0.2218	2597	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3562-2.538	0.2489	135	0.2132	2578	X-RAY DIFFRACTION	100
2.538-2.7932	0.267	136	0.2181	2586	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7932-3.197	0.2106	138	0.2023	2608	X-RAY DIFFRACTION	100
3.197-4.0262	0.1995	137	0.1758	2603	X-RAY DIFFRACTION	100
4.0262-29.3055	0.1708	139	0.1542	2639	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.76	-0.7469	0.6089	1.496	0.435	1.4699	-0.0114	0.4882	0.0277	-0.2062	-0.0588	-0.0058	-0.1135	-0.0973	-0.0029	0.3921	-0.0492	-0.0499	0.3344	0.1037	0.3838	-15.6186	-6.1028	-12.7682
2	1.6056	0.939	0.1374	1.3333	0.6266	2.1991	-0.0772	-0.0668	0.0668	0.167	0.0568	-0.0089	-0.1952	-0.0972	0.0002	0.3296	-0.0316	0.0148	0.2715	0.0922	0.2725	-17.5793	-6.8518	-5.7349
3	0.532	-0.0692	-0.1255	0.0964	0.214	0.6284	-0.1559	-0.4744	-0.6518	0.6637	0.6067	1.0664	0.0387	-0.4447	0.1785	0.4341	0.052	0.1381	0.3993	0.2282	0.5426	-23.8042	-9.6342	0.6612
4	1.8747	0.7251	-1.5873	3.515	3.325	7.3633	-0.0291	-0.6113	-0.221	0.752	0.3194	-0.1843	0.0023	0.4021	0.9015	0.7902	0.0762	0.1052	0.4141	0.3066	0.3676	-15.1755	-16.0862	6.8565
5	0.4171	0.0049	-0.5051	1.0785	0.3951	1.3378	-0.0912	-0.071	0.9329	0.1356	0.0181	-0.4091	-0.4163	-0.0859	-0.0191	0.535	-0.0195	-0.0937	0.3765	0.1645	0.7898	-7.4441	3.1768	-3.2737
6	0.6007	-0.1992	-0.1051	0.7929	0.6365	0.4843	-0.0616	-0.4204	0.4363	0.4866	-0.1684	-0.3675	-0.2001	0.2221	-0.0118	0.4361	-0.0607	-0.1067	0.3974	0.0078	0.6828	-1.5803	-3.8692	-0.7424
7	0.5075	0.0314	0.5798	1.9064	-0.6952	0.9544	-0.1039	0.1716	-0.4606	-0.4732	-0.0496	0.0974	0.0938	0.7653	0.0058	0.3882	-0.0398	0.0426	0.7934	-0.113	0.4599	-4.1939	-36.2597	-23.4892
8	1.6761	0.4124	-1.1539	2.3129	1.6107	2.7601	-0.0833	0.4057	-0.4142	-0.1933	-0.1708	0.0918	-0.1823	0.4479	-0.0002	0.3285	-0.086	-0.0271	0.4321	-0.0008	0.3645	-7.4148	-33.2274	-16.3454
9	0.5216	-0.483	-0.8272	1.0926	0.667	1.2116	-0.2828	0.0362	-0.108	0.0899	0.0391	0.2116	-0.5549	0.5333	0.0004	0.3994	-0.0892	-0.0285	0.3336	0.0865	0.3423	-9.1483	-27.8883	-7.6906
10	0.0218	-0.1096	-0.0379	1.7699	-0.3328	0.6084	0.4986	0.9499	0.7097	-0.9591	-0.0528	-0.4227	-0.3985	0.1976	0.1149	0.7706	-0.2671	0.122	1.382	0.3486	0.2555	1.7432	-21.3039	-23.7002
11	0.406	-0.2882	-0.2747	0.6799	0.513	0.396	0.0049	0.0817	0.5404	-0.3351	0.3128	-0.2976	-0.2096	-0.0158	0.1695	0.4526	-0.5684	0.1559	1.6637	-0.0119	0.5047	8.6227	-25.5416	-20.6369

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain A and resid 377:420
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain A and resid 421:474
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain A and resid 475:496
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain A and resid 497:503
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain A and resid 504:522
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain A and resid 523:537
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain B and resid 377:420
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain B and resid 421:481
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain B and resid 482:505
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain B and resid 506:520
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain B and resid 521:533

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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