PDB-5d0o: BamABCDE complex, outer membrane beta barrel assembly machinery e...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5d0o

タイトル

BamABCDE complex, outer membrane beta barrel assembly machinery entire complex

要素

Outer membrane protein assembly factor BamA
Outer membrane protein assembly factor BamB
Outer membrane protein assembly factor BamC
Outer membrane protein assembly factor BamD
Outer membrane protein assembly factor BamE

キーワード

PROTEIN TRANSPORT / E.coli / Bacterial outer membrane beta barrel assembly machinery / outer membrane biogenesis / protein transport.

機能・相同性

機能・相同性情報

Bam protein complex / protein insertion into membrane / Gram-negative-bacterium-type cell outer membrane assembly / cell outer membrane / protein-macromolecule adaptor activity / cell adhesion / response to antibiotic / cell surface / identical protein binding / membrane
類似検索 - 分子機能

Beta-lactamase Inhibitory Protein; Chain:B, domain 1 / Beta-lactamase Inhibitory Protein; Chain:B, domain 1 - #10 / membrane protein fhac: a member of the omp85/tpsb transporter family / membrane protein fhac / Glucose/ethanol/alcohol dehydrogenase, beta-propeller domain / Outer membrane protein assembly factor BamB / NlpB/DapX lipoprotein / Outer membrane protein assembly factor BamC / Outer membrane protein assembly factor BamC, C-terminal / NlpB/DapX lipoprotein ...
類似検索 - ドメイン・相同性

生物種

Escherichia coli (大腸菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 2.9 Å

データ登録者

Gu, Y. / Paterson, N. / Zeng, Y. / Dong, H. / Wang, W. / Dong, C.

引用

ジャーナル: Nature / 年: 2016
タイトル: Structural basis of outer membrane protein insertion by the BAM complex.
著者: Gu, Y. / Li, H. / Dong, H. / Zeng, Y. / Zhang, Z. / Paterson, N.G. / Stansfeld, P.J. / Wang, Z. / Zhang, Y. / Wang, W. / Dong, C.

履歴

登録	2015年8月3日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2016年3月9日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年10月23日	Group: Data collection / Database references / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5d0o.cif.gz	832.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5d0o.ent.gz	710.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5d0o.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	5d0o_validation.pdf.gz	470.4 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5d0o_full_validation.pdf.gz	486.2 KB	表示
XML形式データ	5d0o_validation.xml.gz	48.9 KB	表示
CIF形式データ	5d0o_validation.cif.gz	66 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/d0/5d0o ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/d0/5d0o	HTTPS FTP

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関連構造データ

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リンク

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「今月の分子」の関連する項目

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ペニシリン結合タンパク質 (Penicillin-binding Proteins)
類似性 (1)
#95 - 2007年11月
多剤耐性輸送体 (Multidrug Resistance Transporters)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Outer membrane protein assembly factor BamA

B: Outer membrane protein assembly factor BamB

C: Outer membrane protein assembly factor BamC

D: Outer membrane protein assembly factor BamD

E: Outer membrane protein assembly factor BamE

211 kDa, 5 ポリマー
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1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	116.689, 116.689, 435.192
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	92
Space group name H-M	P4₁2₁2

#1: タンパク質	Outer membrane protein assembly factor BamA / Omp85 分子量: 90643.383 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: bamA, yaeT, yzzN, yzzY, b0177, JW0172 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A940
#2: タンパク質	Outer membrane protein assembly factor BamB 分子量: 41918.945 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: bamB, yfgL, b2512, JW2496 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P77774
#3: タンパク質	Outer membrane protein assembly factor BamC 分子量: 36875.277 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: bamC, dapX, nlpB, b2477, JW2462 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A903
#4: タンパク質	Outer membrane protein assembly factor BamD 分子量: 27858.350 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K12 / 遺伝子: bamD, yfiO, b2595, JW2577 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0AC02
#5: タンパク質	Outer membrane protein assembly factor BamE 分子量: 13530.256 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K12 / 遺伝子: bamE, smpA, b2617, JW2598 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A937
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.51 Å³/Da / 溶媒含有率: 64.99 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: 0.1 M HEPES, pH7.5, 30% PEG600, CYMAL-4 / PH範囲: 7.2-7.8

-
データ収集

回折	平均測定温度: 196 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 1.8233 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年3月12日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.8233 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.9→49.65 Å / Num. obs: 67553 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 1.5 / 冗長度: 26.4 % / R_merge(I) obs: 0.18 / R_sym value: 0.02 / Net I/av σ(I): 1.5 / Net I/σ(I): 15
反射シェル	解像度: 2.9→2.97 Å / 冗長度: 15 % / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.9_1692	精密化
XDS		データ削減
SCALA		データスケーリング
SHELXDE		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 2.9→49.653 Å / SU ML: 0.48 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 39.42 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.3041	3224	4.77 %	0.05
R_work	0.2762	-	-	-
obs	0.2776	67553	99.51 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.9→49.653 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	11614	0	0	0	11614

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.003	11867
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.809	16128
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	15.282	4296
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.032	1760
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.003	2125

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.9-2.9433	0.457	134	0.4655	2750	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9433-2.9893	0.532	136	0.4667	2747	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9893-3.0383	0.4839	138	0.4356	2719	X-RAY DIFFRACTION	99
3.0383-3.0907	0.4069	126	0.4253	2741	X-RAY DIFFRACTION	99
3.0907-3.1469	0.4152	141	0.3947	2748	X-RAY DIFFRACTION	99
3.1469-3.2074	0.4244	127	0.3614	2726	X-RAY DIFFRACTION	99
3.2074-3.2729	0.3668	126	0.3575	2766	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2729-3.344	0.4424	141	0.3468	2775	X-RAY DIFFRACTION	99
3.344-3.4218	0.3387	109	0.321	2764	X-RAY DIFFRACTION	99
3.4218-3.5073	0.3475	157	0.3088	2723	X-RAY DIFFRACTION	99
3.5073-3.6021	0.3145	162	0.3056	2738	X-RAY DIFFRACTION	99
3.6021-3.7081	0.2941	138	0.2921	2746	X-RAY DIFFRACTION	100
3.7081-3.8277	0.301	133	0.2821	2797	X-RAY DIFFRACTION	99
3.8277-3.9645	0.2964	127	0.2755	2791	X-RAY DIFFRACTION	100
3.9645-4.1231	0.3201	145	0.2698	2794	X-RAY DIFFRACTION	100
4.1231-4.3107	0.2653	146	0.2507	2782	X-RAY DIFFRACTION	100
4.3107-4.5378	0.2883	139	0.2318	2798	X-RAY DIFFRACTION	100
4.5378-4.8219	0.274	151	0.2228	2822	X-RAY DIFFRACTION	100
4.8219-5.1938	0.2572	145	0.2231	2839	X-RAY DIFFRACTION	100
5.1938-5.7158	0.2806	157	0.2452	2834	X-RAY DIFFRACTION	100
5.7158-6.5413	0.3112	161	0.2557	2871	X-RAY DIFFRACTION	100
6.5413-8.2353	0.2784	122	0.2614	2957	X-RAY DIFFRACTION	100
8.2353-49.6606	0.2829	163	0.275	3101	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.4525	0.0147	0.1909	0.6485	0.1535	0.4424	0.2136	-0.1235	0.2543	0.3092	-0.4866	0.5857	-0.7055	-0.3488	-0.0001	1.7512	0.0053	0.263	1.0066	0.0573	1.3423	2.858	39.316	54.8501
2	0.6404	0.2081	-0.1428	0.9433	-0.0522	0.0089	0.1358	-1.1501	-0.5847	0.3333	-0.1961	-0.5466	0.5788	1.187	-0.0004	1.8265	-0.0312	0.0644	1.3607	-0.021	1.3833	22.9973	43.9042	30.975
3	0.659	0.1585	-0.1773	0.5867	0.0601	0.619	0.0238	0.1421	-0.0333	0.278	-0.0464	-0.0731	0.088	0.198	-0	1.4007	0.1917	-0.0475	1.0501	0.0327	1.1728	61.1333	25.2276	20.5594
4	0.3039	0.2774	0.3609	0.6605	0.15	0.4861	-0.4763	0.4944	-0.328	-0.2178	-0.0528	-0.1262	-0.5445	0.1526	0.0002	1.1903	0.1066	0.0101	1.1944	-0.0072	1.3184	72.3183	32.9424	3.7294
5	0.1915	0.3109	0.054	0.3373	0.0514	-0.0043	0.1374	1.6744	0.7389	-0.6828	-0.1144	0.1919	-1.0753	-0.1696	0	1.6786	0.2637	-0.2588	1.2979	0.2275	1.3036	40.9589	82.2183	12.7437
6	1.5913	0.5253	0.1888	0.9521	0.2338	0.6585	-0.0217	0.5016	0.0429	-0.1335	0.3869	-0.3616	-0.4556	0.3498	-0.0001	1.785	0.0748	0.1302	1.0322	0.0961	1.2655	63.5323	76.1265	24.604
7	1.2995	-0.5324	0.3295	1.9452	0.7955	2.1207	0.2264	-0.0076	0.086	-0.1864	-0.302	0.2073	0.1508	-0.3565	-0	1.4045	0.084	0.123	1.0037	0.0014	1.2185	46.0051	76.717	35.0659
8	0.0201	-0.0138	0.0074	0.0091	-0.0021	0.0033	-0.0628	0.8094	0.8197	-0.2937	-0.0985	-0.7817	-0.1304	0.2778	-0.0003	2.2772	0.4639	0.4092	1.4058	-0.0873	1.702	24.0874	16.1593	21.9586
9	0.7307	-0.0645	0.0399	0.3488	-0.0467	-0.0168	0.1416	0.2023	-0.1445	0.3575	-0.4239	0.4294	0.3237	0.7819	0	1.3441	0.037	0.0595	0.9435	-0.135	1.4203	17.6021	2.4893	41.4071
10	0.0053	0.021	0.0123	0.0149	0.0012	0.0238	0.0804	0.2918	-0.0678	0.249	-0.1339	1.4675	-0.2297	-0.3806	-0.0002	2.8116	0.2074	-0.3401	1.2653	0.3391	1.4462	-1.4053	32.5782	18.8712
11	0.0125	0.0099	-0.0089	0.006	-0.0095	0.0269	0.2756	0.4236	-0.2825	-0.0292	-0.0604	0.7951	0.0585	0.1554	0.0001	2.2872	-0.527	-0.4758	1.4588	0.255	1.4002	3.2783	20.3914	17.276
12	0.0417	0.0415	0.007	0.0571	-0.0407	0.0682	-0.2726	0.9056	0.2375	-0.3118	0.4509	-1.2686	-0.4799	0.6474	0.0004	2.0212	0.3525	-0.1226	1.4575	-0.1055	1.3435	7.8614	29.9658	21.6784
13	0.9776	0.1435	-0.0769	0.0955	0.269	1.4212	0.1623	-0.15	-0.0773	-0.3849	-0.0433	0.2126	0.1179	-0.0209	-0.0001	1.7123	-0.0141	0.1379	0.663	-0.0703	1.2541	22.4264	12.104	39.3045
14	0.1056	0.0931	-0.0999	0.1324	-0.1011	0.0885	-0.1959	0.729	-0.481	-0.2016	-0.1597	0.0357	0.9862	-0.0154	0.0015	2.0229	0.164	0.156	0.6799	0.1487	1.2872	37.3052	-10.2261	51.1254
15	0.0601	0.0597	-0.0507	0.0313	-0.0452	0.0369	1.1052	0.1662	-0.741	0.0983	0.1653	-0.8358	0.0097	0.4367	0.0038	1.6995	-0.0063	0.199	0.8834	0.1923	1.3295	55.9152	9.8495	51.149
16	0.2113	0.0598	0.0612	0.0166	0.0165	0.0173	0.0597	-0.0208	-0.0047	0.0391	-0.0986	-0.1014	-0.1029	0.0323	-0.0679	1.5968	-0.6008	0.3537	0.8462	0.5249	2.3261	57.4736	11.0155	68.8882
17	0.3134	-0.1198	0.0932	0.3854	0.0037	0.1344	0.7948	0.0555	0.233	0.6781	-0.0004	0.126	-0.35	0.3482	0.0002	1.8826	0.0541	0.106	1.0174	0.0639	1.2649	46.8524	6.3477	63.5885
18	0.3647	-0.1926	0.2639	0.3114	0.2324	0.8846	0.8704	0.5655	0.3172	1.2988	0.0475	-0.8144	0.1315	0.2591	0.0399	2.0525	-0.1556	0.0187	0.9936	0.0666	1.4167	53.1273	1.1164	61.2234

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 24 through 88 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 89 through 144 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 145 through 766 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 767 through 809 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 31 through 51 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 52 through 125 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 126 through 391 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'C' and (resid 30 through 36 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'C' and (resid 37 through 85 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'D' and (resid 27 through 39 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'D' and (resid 40 through 47 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'D' and (resid 48 through 61 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'D' and (resid 62 through 227 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'D' and (resid 228 through 244 )
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'E' and (resid 29 through 40 )
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'E' and (resid 41 through 45 )
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'E' and (resid 46 through 80 )
18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain 'E' and (resid 81 through 111 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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